Caenorhabditis briggsae - Caenorhabditis briggsae

Caenorhabditis briggsae
Vědecká klasifikace
Království:
Animalia
Kmen:
Nematoda
Třída:
Secernentea
Objednat:
Rhabditida
Rodina:
Rhabditidae
Rod:
Caenorhabditis
Druh:
C. briggsae
Binomické jméno
Caenorhabditis briggsae
(Dougherty a Nigon, 1949)
Synonyma

Rhabditida Briggsae Dougherty a Nigon, 1949

Caenorhabditis briggsae je malý hlístice, úzce související s Caenorhabditis elegans. Rozdíly mezi těmito dvěma druhy jsou jemné. Mužský ocas dovnitř C. briggsae má mírně odlišnou morfologii od C. elegans. Mezi další rozdíly patří změny v kompetenci vulválního prekurzoru a umístění otvoru vylučovacího kanálu.[1] C. briggsae se často používá ke studiu rozdílů mezi ním a důkladněji pochopenými C. elegans, zejména na úrovni sekvence DNA a proteinů. Několik mutantních kmenů C. briggsae byly také izolovány, které usnadňují genetickou analýzu tohoto organismu.[2] C. briggsae, jako C. elegans, je hermafrodit.[3] The sekvence genomu pro C. briggsae byla stanovena v roce 2003.[4]

Dějiny

C. briggsae byla původně objevena Margaret Briggsovou v roce 1944. První jedinci byli izolováni z hromady listí nalezených v kampusu Palo Alto na Stanfordské univerzitě. Briggs, která studovala její MS, identifikovala hlístice jako neznámý druh rodu Rhabditida.[5] Byly formálně popsány v roce 1949 Doughertym a Nigonem a pojmenovány Rhabditis briggsae. Oba C. briggsae a C. elegans (pak známý jako Rhabditis elegans) byly umístěny do nového podrodu Caenorhabditis v roce 1952. Podrod byl později povýšen na rod v roce 1955. Původní Briggsova práce s organismem sledovala jeho životní cyklus v různých druzích médií za přítomnosti a nepřítomnosti bakterií. Organismus později použila ve studiích o účincích antibiotik. Tato práce byla důležitá při vývoji axenický kultivační metody.[6]

Místo výskytu

C. briggsae často najdete v kompostu, na záhonech, ve vlhkých houbách nebo v hnijícím ovoci bohatém na mikroorganismy a různé živiny. Hlavní stanoviště organismu je často považováno za mírné oblasti světa, často doprovázející své příbuzné C. elegans a C. remanei.[7]

Přehled genomu

Genom C. briggsae má velikost zhruba 100 Mb a předpokládá se, že kóduje přibližně 20 000 genů.[8] Celý projekt sekvenování genomu[9] odhalil genomy C. briggsae a C. elegans mít mnoho společného. Například oba červi mají stejný počet chromozomů (šest), podobnou velikost genomu a podobný počet genů kódujících proteiny a neproteinů. Další analýza prokázala asi 62% genů kódujících proteiny v C. briggsae mít ortology v C. elegans. Přesto existuje mnoho zajímavých druhově specifických rysů včetně genů, které slouží jako základ pro srovnávací analýzu.[10]

Srovnávací genomika

Tento druh se seskupuje s C. nigoni ve superskupině „Elegans“ ve fylogenetických studiích.

s C. elegans

C. briggsae je půdní nematoda, od které se podle odhadů lišila C. elegans zhruba před 80–100 miliony let, a přesto je od ní morfologicky téměř nerozeznatelný. Oblasti proteinů kódujících sekvence jsou mezi těmito dvěma druhy většinou konzervované, zatímco většina intergenních a intronových sekvencí je odlišná. Oblasti podobnosti mezi sekvencemi těchto dvou organismů mohou naznačovat kódování exonů nebo poukazovat na regulační oblasti a na geny RNA, které při standardní analýze chyběly.[11]

Reference

  1. ^ Gupta, B. P .; Sternberg, P. W. (2003). „Návrh sekvence genomu hlístice Caenorhabditis briggsae, společník C. elegans". Genome Biology. 4 (12): 238. doi:10.1186 / gb-2003-4-12-238. PMC  329410. PMID  14659008.
  2. ^ Hlístice C. briggsae Zdroj výzkumu
  3. ^ Haag, Eric S. „Vývoj určování pohlaví hlístic: C. elegans jako referenční bod pro srovnávací biologii “. WormBook.
  4. ^ Stein, L. D .; Blasiar, Darin; et al. (2003). "Sekvence genomu Caenorhabditis briggsae: Platforma pro srovnávací genomiku “. Biologie PLoS. 1 (2): 166–192. doi:10.1371 / journal.pbio.0000045. PMC  261899. PMID  14624247.
  5. ^ Ellsworth C Dougherty Archivováno 2008-05-26 na Wayback Machine
  6. ^ Ferris, Howard; Hieb, W.F. (2015). „Ellsworth C. Dougherty: Průkopník ve výběru Caenorhabditis elegans jako modelový organismus “. Genetika. 200 (4): 991–1002. doi:10.1534 / genetika.115.178913. PMC  4574257. PMID  26272995.
  7. ^ Watson L. D .; et al. (2007). "Caenorhabditis briggsae". Washingtonská univerzita v St. Louis. Archivovány od originál dne 01.06.2010. Citováno 2010-03-09.
  8. ^ „Archivovaná kopie“. Archivovány od originál dne 2017-04-20. Citováno 2017-06-01.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz)
  9. ^ Stein a kol., 2003
  10. ^ Genomika a biologie hlístice Caenorhabditis briggsae
  11. ^ C. briggsae Projekt

externí odkazy