SMARCE1 - SMARCE1

SMARCE1
Identifikátory
Aliasy	SMARCE1, BAF57, CSS5, související se SWI / SNF, asociované s matricí, aktinově závislý regulátor chromatinu, podčeleď e, člen 1
Externí ID	OMIM: 603111 MGI: 1927347 HomoloGene: 37727 Genové karty: SMARCE1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 17 (lidský)
Konec	40,648,654 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 11 (myš)
Konec	99,231,017 bp
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0000980 RNA polymeráza II cis-regulační oblast sekvenčně specifická vazba DNA; • Vazba DNA; • vazba N-konce proteinu; • GO: Aktivita transkripčního koaktivátoru 0001105; • Aktivita N-acetyltransferázy; • vazba chromatinu; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba jaderného receptoru závislá na ligandu; • Vazba RNA; • vazba nukleosomální DNA; • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA, specifická pro RNA polymerázu II;
Buněčná složka	• komplex nBAF; • Komplex SWI / SNF; • transkripční represorový komplex; • nukleoplazma; • nukleární chromozom; • npBAF komplex; • nukleární chromatin; • buněčné jádro; • makromolekulární komplex;
Biologický proces	• remodelace chromatinu; • neurogeneze; • regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • vývoj nervového systému; • Remodelace chromatinu závislá na ATP; • demontáž nukleosomu; • negativní regulace transkripce, chráněná DNA; • kovalentní modifikace chromatinu; • organizace chromatinu; • pozitivní regulace transkripce templátované nukleovou kyselinou;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	6605
	57376
	ENSG00000073584
	ENSMUSG00000037935
	Q969G3
	O54941
	NM_003079
	NM_020618
	NP_003070; NP_003070.3
	NP_065643
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

SWI / SNF související s aktinem závislým regulátorem závislým na aktinu člena podskupiny E chromatinu 1 je protein že u lidí je kódován SMARCE1 gen.^[5]^[6]

Funkce

Protein kódovaný tímto genem je součástí velké závislosti na ATP remodelace chromatinu komplex SWI / SNF, který je vyžadován pro transkripční aktivaci genů normálně potlačovaných chromatinem. Kódovaný protein, ať už samostatně nebo v komplexu SWI / SNF, se může vázat na čtyřcestnou spojovací DNA, o které se předpokládá, že napodobuje topologii DNA při vstupu nebo výstupu z DNA. nukleosom. Protein obsahuje doménu HMG vázající se na DNA, ale narušení této domény nezruší aktivity vázání DNA nebo vytěsňování nukleosomů komplexu SWI / SNF. Na rozdíl od většiny komplexních proteinů SWI / SNF nemá tento protein kvasinkový protějšek.^[6]

Interakce

SMARCE1 bylo prokázáno komunikovat s Estrogenový receptor alfa,^[7] SMARCB1^[8]^[9] a 4.^[8]^[9]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000073584 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000037935 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Wang W, Chi T, Xue Y, Zhou S, Kuo A, Crabtree GR (leden 1998). „Vazba architektonické DNA pomocí vysoce pohyblivé skupiny / podjednotky podobné kinesinu v komplexech savců souvisejících s SWI / SNF“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 95 (2): 492–8. doi:10.1073 / pnas.95.2.492. PMC 18447. PMID 9435219.
^ ^A ^b „Entrez Gene: SMARCE1 SWI / SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily e, member 1".
^ Belandia B, Orford RL, Hurst HC, Parker MG (srpen 2002). "Cílení komplexů remodelace SWI / SNF chromatinu na geny reagující na estrogen". Časopis EMBO. 21 (15): 4094–103. doi:10.1093 / emboj / cdf412. PMC 126156. PMID 12145209.
^ ^A ^b Wang W, Côté J, Xue Y, Zhou S, Khavari PA, Biggar SR, Muchardt C, Kalpana GV, Goff SP, Yaniv M, Workman JL, Crabtree GR (říjen 1996). „Čištění a biochemická heterogenita savčího komplexu SWI-SNF“. Časopis EMBO. 15 (19): 5370–82. doi:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00921.x. PMC 452280. PMID 8895581.
^ ^A ^b Zhao K, Wang W, Rando OJ, Xue Y, Swiderek K, Kuo A, Crabtree GR (listopad 1998). „Rychlá a na fosfoinositolu závislá vazba komplexu BAF podobného SWI / SNF na chromatin po signalizaci T lymfocytárního receptoru“. Buňka. 95 (5): 625–36. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 81633-5. PMID 9845365. S2CID 3184211.

Další čtení

Martens JA, Winston F (duben 2003). "Nedávný pokrok v porozumění remodelace chromatinu komplexy Swi / Snf". Aktuální názor na genetiku a vývoj. 13 (2): 136–42. doi:10.1016 / S0959-437X (03) 00022-4. PMID 12672490.
Wang W, Côté J, Xue Y, Zhou S, Khavari PA, Biggar SR, Muchardt C, Kalpana GV, Goff SP, Yaniv M, Workman JL, Crabtree GR (říjen 1996). „Čištění a biochemická heterogenita savčího komplexu SWI-SNF“. Časopis EMBO. 15 (19): 5370–82. doi:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00921.x. PMC 452280. PMID 8895581.
Cho H, Orphanides G, Sun X, Yang XJ, Ogryzko V, Lees E, Nakatani Y, Reinberg D (září 1998). „Komplex lidské RNA polymerázy II obsahující faktory, které modifikují strukturu chromatinu“. Molekulární a buněčná biologie. 18 (9): 5355–63. doi:10.1128 / MCB.18.9.5355. PMC 109120. PMID 9710619.
Phelan ML, Sif S, Narlikar GJ, Kingston RE (únor 1999). "Rekonstituce komplexu remodelace jádra chromatinu z podjednotek SWI / SNF". Molekulární buňka. 3 (2): 247–53. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80315-9. PMID 10078207.
Xue Y, Canman JC, Lee CS, Nie Z, Yang D, Moreno GT, Young MK, Salmon ED, Wang W (listopad 2000). „Komplex lidské remodelace SWI / SNF-B chromatinu souvisí s kvasinkami rsc a lokalizuje se na kinetochorech mitotických chromozomů“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 97 (24): 13015–20. doi:10.1073 / pnas.240208597. PMC 27170. PMID 11078522.
Decristofaro MF, Betz BL, Rorie CJ, Reisman DN, Wang W, Weissman BE (leden 2001). "Charakterizace exprese proteinu SWI / SNF v buněčných liniích lidského karcinomu prsu a dalších malignancích". Journal of Cellular Physiology. 186 (1): 136–45. doi:10.1002 / 1097-4652 (200101) 186: 1 <136 :: AID-JCP1010> 3.0.CO; 2-4. PMID 11147808.
Simpson JC, Wellenreuther R, Poustka A, Pepperkok R, Wiemann S (září 2000). „Systematická subcelulární lokalizace nových proteinů identifikovaných sekvenováním cDNA ve velkém měřítku“. Zprávy EMBO. 1 (3): 287–92. doi:10.1093 / embo-reports / kvd058. PMC 1083732. PMID 11256614.
Kato H, Tjernberg A, Zhang W, Krutchinsky AN, An W, Takeuchi T, Ohtsuki Y, Sugano S, de Bruijn DR, Chait BT, Roeder RG (únor 2002). „SYT se asociuje s lidskými komplexy SNF / SWI a C-koncová oblast svého fúzního partnera SSX1 cílí na histony“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (7): 5498–505. doi:10,1074 / jbc.M108702200. PMID 11734557.
Chi TH, Wan M, Zhao K, Taniuchi I, Chen L, Littman DR, Crabtree GR (červenec 2002). "Reciproční regulace exprese CD4 / CD8 komplexy BAF podobnými SWI / SNF". Příroda. 418 (6894): 195–9. doi:10.1038 / nature00876. PMID 12110891. S2CID 4406140.
Belandia B, Orford RL, Hurst HC, Parker MG (srpen 2002). "Cílení komplexů remodelace SWI / SNF chromatinu na geny reagující na estrogen". Časopis EMBO. 21 (15): 4094–103. doi:10.1093 / emboj / cdf412. PMC 126156. PMID 12145209.
Battaglioli E, Andrés ME, Rose DW, Chenoweth JG, Rosenfeld MG, Anderson ME, Mandel G (říjen 2002). „REST represe neuronových genů vyžaduje komponenty komplexu hSWI.SNF“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (43): 41038–45. doi:10,1074 / jbc.M205691200. PMID 12192000.
Baker KM, Wei G, Schaffner AE, Ostrowski MC (květen 2003). „Ets-2 a složky savčích SWI / SNF tvoří represorový komplex, který negativně reguluje promotor BRCA1“. The Journal of Biological Chemistry. 278 (20): 17876–84. doi:10,1074 / jbc.M209480200. PMID 12637547.
Kitagawa H, Fujiki R, Yoshimura K, Mezaki Y, Uematsu Y, Matsui D, Ogawa S, Unno K, Okubo M, Tokita A, Nakagawa T, Ito T, Ishimi Y, Nagasawa H, Matsumoto T, Yanagisawa J, Kato S (Červen 2003). „Komplex WINAC remodelační komplex WINAC se zaměřuje na jaderný receptor na promotory a je narušen Williamsovým syndromem“. Buňka. 113 (7): 905–17. doi:10.1016 / S0092-8674 (03) 00436-7. PMID 12837248.
Hsiao PW, Fryer CJ, Trotter KW, Wang W, Archer TK (září 2003). „BAF60a zprostředkovává kritické interakce mezi jadernými receptory a komplexem remodelace chromatinu BRG1 pro transaktivaci“. Molekulární a buněčná biologie. 23 (17): 6210–20. doi:10.1128 / MCB.23.17.6210-6220.2003. PMC 180928. PMID 12917342.
Wu K, Bottazzi ME, de la Fuente C, Deng L, Gitlin SD, Maddukuri A, Dadgar S, Li H, Vertes A, Pumfery A, Kashanchi F (leden 2004). „Proteinový profil komplexů souvisejících s daní“. The Journal of Biological Chemistry. 279 (1): 495–508. doi:10,1074 / jbc.M310069200. PMID 14530271.
Millar JK, Christie S, Porteous DJ (listopad 2003). "Kvasinkové dvouhybridní obrazovky implikují DISC1 ve vývoji a fungování mozku". Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 311 (4): 1019–25. doi:10.1016 / j.bbrc.2003.10.101. PMID 14623284.

Tento protein související článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000073584 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000037935 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid9435219-5] Wang W, Chi T, Xue Y, Zhou S, Kuo A, Crabtree GR (leden 1998). „Vazba architektonické DNA pomocí vysoce pohyblivé skupiny / podjednotky podobné kinesinu v komplexech savců souvisejících s SWI / SNF“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 95 (2): 492–8. doi:10.1073 / pnas.95.2.492. PMC 18447. PMID 9435219.

[entrez-6] A ^b „Entrez Gene: SMARCE1 SWI / SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily e, member 1".

[pmid12145209-7] Belandia B, Orford RL, Hurst HC, Parker MG (srpen 2002). "Cílení komplexů remodelace SWI / SNF chromatinu na geny reagující na estrogen". Časopis EMBO. 21 (15): 4094–103. doi:10.1093 / emboj / cdf412. PMC 126156. PMID 12145209.

[pmid8895581-8] A ^b Wang W, Côté J, Xue Y, Zhou S, Khavari PA, Biggar SR, Muchardt C, Kalpana GV, Goff SP, Yaniv M, Workman JL, Crabtree GR (říjen 1996). „Čištění a biochemická heterogenita savčího komplexu SWI-SNF“. Časopis EMBO. 15 (19): 5370–82. doi:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00921.x. PMC 452280. PMID 8895581.

[pmid9845365-9] A ^b Zhao K, Wang W, Rando OJ, Xue Y, Swiderek K, Kuo A, Crabtree GR (listopad 1998). „Rychlá a na fosfoinositolu závislá vazba komplexu BAF podobného SWI / SNF na chromatin po signalizaci T lymfocytárního receptoru“. Buňka. 95 (5): 625–36. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 81633-5. PMID 9845365. S2CID 3184211.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]