SBDS - SBDS
Ribosomový maturační protein SBDS je protein že u lidí je kódován SBDS gen.[5] Byl popsán alternativní přepis, ale jeho biologická povaha nebyla stanovena. Tento gen má úzce spojený pseudogen, který je vzdáleně lokalizován.[6] Tento gen kóduje člena vysoce konzervované rodiny proteinů, která existuje od archaeí po obratlovce a rostliny.
Funkce
Zakódovaný protein hraje zásadní roli v ribozom biogeneze. SBDS interaguje s elongačním faktorem podobnou GTPázou 1 (Efl1), aby disocioval eukaryotický iniciační faktor 6 (eIF6) z pozdní cytoplazmatické pre-60S ribozomální podjednotky, což umožňuje sestavení 80S[6]. Dynamická rotace proteinu SBDS v ribozomálním P místě je spojena s konformačním přepínačem v EFL1, který podporuje posun eIF6 prostřednictvím soutěže o překrývající se vazebné místo na 60S ribozomální podjednotce[7]. Kvasnicový ortolog SBDS, Sdo1, funguje v dráze obsahující Efl1, aby usnadnil uvolňování a recyklaci nukleolárního faktoru srážení Tif6 (ortolog kvasinky eIF6) z pozdní cytoplazmatické ribozomální podjednotky pre-60S[8]. Srazit exprese SBDS má za následek zvýšení apoptóza v erytroid buňky procházejí diferenciace kvůli zvýšené ROS úrovně[9]. Proto je SBDS pro normální stav zásadní erytropoéza[10].
Tato rodina je vysoce konzervovaná u druhů od archaeí po obratlovce a rostliny. Rodina obsahuje několik proteinů Shwachman-Bodian-Diamond syndromu (SBDS) jak od myší, tak od lidí. Shwachman-Diamondův syndrom je autozomálně recesivní porucha s klinickými rysy, které zahrnují pankreatickou exokrinní nedostatečnost, hematologickou dysfunkci a kostní abnormality. Členové této rodiny hrají roli v metabolismu RNA[5][11].
Řada necharakterizovaných hydrofilních proteinů o přibližně 30 kDa sdílí podobné oblasti. Tyto zahrnují,
- Myší protein 22A3.
- Saccharomyces cerevisiae chromozom XII hypotetický protein YLR022c.
- Caenorhabditis elegans hypotetický protein W06E11.4.
- Methanococcus jannaschii hypotetický protein MJ0592.
Tato konkrétní proteinová sekvence je vysoce konzervativní v druh od archaea na obratlovců a rostliny.[5]
Struktura
Protein SBDS obsahuje tři domény, an N-terminál konzervovaná FYSH doména, centrální šroubovicová doména a C-terminál doména obsahující motiv vázající RNA.[9]
N-terminální doména
| N-koncová doména proteinu SBDS | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | SBDS | ||||||||
| Pfam | PF01172 | ||||||||
| InterPro | IPR019783 | ||||||||
| STRÁNKA | PDOC00974 | ||||||||
| SCOP2 | 1nyn / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
Tato proteinová doména se jeví jako velmi důležitá, protože mutace v této doméně jsou obvykle příčinou syndromu Shwachman-Bodian-Diamond. Sdílí vzdálenou strukturní a sekvenční homologii s proteinem jménem YHR087W nalezeným v kvasinkách Saccharomyces cerevisiae. Protein YHR087W se podílí na metabolismu RNA, takže je pravděpodobné, že N-koncová doména SBDS má stejnou funkci.[11]
N-koncové domény obsahují nový smíšený alfabetický záhyb, čtyři beta-řetězce a čtyři alfa-helixy uspořádané jako tři beta-vláknové antiparalelní listy.[11]
Centrální doména
Funkce této proteinové domény bylo obtížné objasnit. Je možné, že má roli ve vazbě na DNA nebo RNA. Další možností je také vazba na bílkoviny za vzniku proteinového komplexu. Bylo obtížné odvodit funkci ze struktury, protože tato konkrétní struktura domény se nachází v archea.[11]
Tato doména obsahuje velmi běžnou strukturu, okřídlenou helix-turn-helix.[11]
C-koncová doména
| C-koncová doména proteinu SBDS | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | SBDS_C | ||||||||
| Pfam | PF09377 | ||||||||
| InterPro | IPR018978 | ||||||||
| SCOP2 | 1nyn / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
v molekulární biologie, SBDS C-terminál proteinová doména je vysoce konzervativní v druh od archaea na obratlovců a rostliny.[12]
Předpokládá se, že členové této rodiny hrají roli v RNA metabolismus.[11] Jeho přesná funkce však ještě musí být objasněna. Kromě toho jeho struktura velmi ztěžuje předvídání funkce proteinové domény.[11]
Struktura C-terminální domény obsahuje záhyb podobný ferredoxinu[13] Tato struktura má čtyřvláknovou strukturu beta-list se dvěma šroubovice na jedné straně.[11]
Klinický význam
Mutace v tomto genu jsou spojeny s Shwachman-Bodian-Diamondův syndrom.[6] Dvě nejběžnější mutace spojené s tímto syndromem jsou v pozicích 183–184 (TA → CT), které vedou k předčasnému stop kodonu (K62X) a mutaci posunu snímků v poloze 258 (2T → C), což vede k stopkondonu (C84fsX3).[9]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000126524 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000025337 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b C Boocock GR, Morrison JA, Popovic M, Richards N, Ellis L, Durie PR, Rommens JM (leden 2003). „Mutace v SBDS jsou spojeny se syndromem Shwachman-Diamond“. Genetika přírody. 33 (1): 97–101. doi:10.1038 / ng1062. PMID 12496757. S2CID 5091627.
- ^ A b C „Entrez Gene: SBDS Shwachman-Bodian-Diamond syndrom“.
- ^ Weis F, Giudice E, Churcher M, Jin L, Hilcenko C, Wong CC a kol. (Listopad 2015). "Mechanismus uvolňování eIF6 z rodící se ribozomální podjednotky 60S". Přírodní strukturní a molekulární biologie. 22 (11): 914–9. doi:10.1038 / nsmb.3112. PMC 4871238. PMID 26479198.
- ^ Menne TF, Goyenechea B, Sánchez-Puig N, Wong CC, Tonkin LM, Ancliff PJ a kol. (Duben 2007). „Protein syndromu Shwachman-Bodian-Diamond zprostředkovává translační aktivaci ribozomů v kvasinkách“. Genetika přírody. 39 (4): 486–95. doi:10.1038 / ng1994. PMID 17353896. S2CID 8076230.
- ^ A b C Orelio C, van der Sluis RM, Verkuijlen P, Nethe M, Hordijk PL, van den Berg TK, Kuijpers TW (2011). „Změněná intracelulární lokalizace a mobilita proteinu SBDS po mutaci v syndromu Shwachman-Diamond“. PLOS ONE. 6 (6): e20727. Bibcode:2011PLoSO ... 620727O. doi:10.1371 / journal.pone.0020727. PMC 3113850. PMID 21695142.
- ^ Sen S, Wang H, Nghiem CL, Zhou K, Yau J, Tailor CS a kol. (Prosinec 2011). „Protein související s ribozomy, SBDS, je kritický pro normální erytropoézu.“ Krev. 118 (24): 6407–17. doi:10.1182 / krev-2011-02-335190. PMID 21963601.
- ^ A b C d E F G h Savchenko A, Krogan N, Cort JR, Evdokimova E, Lew JM, Yee AA a kol. (Květen 2005). „Rodina proteinů Shwachman-Bodian-Diamondův syndrom je zapojena do metabolismu RNA“. The Journal of Biological Chemistry. 280 (19): 19213–20. doi:10,1074 / jbc.M414421200. PMID 15701634.
- ^ Boocock GR, Morrison JA, Popovic M, Richards N, Ellis L, Durie PR, Rommens JM (leden 2003). „Mutace v SBDS jsou spojeny se syndromem Shwachman-Diamond“. Genetika přírody. 33 (1): 97–101. doi:10.1038 / ng1062. PMID 12496757. S2CID 5091627.
- ^ Shammas C, Menne TF, Hilcenko C, Michell SR, Goyenechea B, Boocock GR a kol. (Květen 2005). „Strukturální a mutační analýza rodiny proteinů SBDS. Pohled na syndrom Shwachman-Diamond spojený s leukémií“. The Journal of Biological Chemistry. 280 (19): 19221–9. doi:10,1074 / jbc.M414656200. PMID 15701631.
Další čtení
- Lai CH, Chou CY, Ch'ang LY, Liu CS, Lin W (květen 2000). „Identifikace nových lidských genů evolučně konzervovaných u Caenorhabditis elegans srovnávací proteomikou“. Výzkum genomu. 10 (5): 703–13. doi:10,1101 / gr. 10.703. PMC 310876. PMID 10810093.
- Popovic M, Goobie S, Morrison J, Ellis L, Ehtesham N, Richards N a kol. (Duben 2002). „Fine mapping of the locus for Shwachman-Diamond syndrome at 7q11, identification of shared disease haplotypes, and exclusion of TPST1 as the candidate gen“. European Journal of Human Genetics. 10 (4): 250–8. doi:10.1038 / sj.ejhg.5200798. PMID 12032733. S2CID 12667823.
- Nakashima E, Mabuchi A, Makita Y, Masuno M, Ohashi H, Nishimura G, Ikegawa S (březen 2004). „Nové mutace SBDS způsobené genovou konverzí u japonských pacientů se syndromem Shwachman-Diamond“. Genetika člověka. 114 (4): 345–8. doi:10.1007 / s00439-004-1081-2. PMID 14749921. S2CID 30492406.
- Woloszynek JR, Rothbaum RJ, Rawls AS, Minx PJ, Wilson RK, Mason PJ a kol. (Prosinec 2004). „Mutace genu SBDS jsou přítomny u většiny pacientů se syndromem Shwachman-Diamond“. Krev. 104 (12): 3588–90. doi:10.1182 / krev-2004-04-1516. PMID 15284109.
- Andersen JS, Lam YW, Leung AK, Ong SE, Lyon CE, Lamond AI, Mann M (leden 2005). "Dynamika nukleolárního proteomu". Příroda. 433 (7021): 77–83. Bibcode:2005 Natur.433 ... 77A. doi:10.1038 / nature03207. PMID 15635413. S2CID 4344740.
- Kuijpers TW, Alders M, Tool AT, Mellink C, Roos D, Hennekam RC (červenec 2005). "Hematologické abnormality u syndromu Shwachman Diamond: nedostatek vztahu genotyp-fenotyp". Krev. 106 (1): 356–61. doi:10.1182 / krev-2004-11-4371. PMID 15769891.
- Austin KM, Leary RJ, Shimamura A (srpen 2005). „Protein Shwachman-Diamond SBDS se lokalizuje do jádra“. Krev. 106 (4): 1253–8. doi:10.1182 / krev-2005-02-0807. PMC 1895203. PMID 15860664.
- Kawakami T, Mitsui T, Kanai M, Shirahata E, Sendo D, Kanno M a kol. (Červenec 2005). „Genetická analýza syndromu Shwachman-Diamond: fenotypová heterogenita u pacientů nesoucích identické mutace SBDS“. Tohoku Journal of Experimental Medicine. 206 (3): 253–9. doi:10.1620 / tjem.206.253. PMID 15942154.
- Boocock GR, Marit MR, Rommens JM (červen 2006). "Fylogeneze, zachování sekvence a funkční komplementace rodiny proteinů SBDS". Genomika. 87 (6): 758–71. doi:10.1016 / j.ygeno.2006.01.010. PMID 16529906.
- Erdos M, Alapi K, Balogh I, Oroszlán G, Rákóczi E, Sümegi J, Maródi L (listopad 2006). „Těžký fenotyp syndromu Shwachman-Diamond způsobený složenými heterozygotními mutacemi missense v genu SBDS“. Experimentální hematologie. 34 (11): 1517–21. doi:10.1016 / j.exphem.2006.06.009. PMID 17046571.
- Nishimura G, Nakashima E, Hirose Y, Cole T, Cox P, Cohn DH a kol. (Duben 2007). „Genové mutace syndromu Shwachman-Bodian-Diamond způsobují neonatální formu spondylometafyziální dysplázie (SMD) podobnou sedaghatovskému typu SMD“. Journal of Medical Genetics. 44 (4): e73. doi:10.1136 / jmg.2006.043869. PMC 2598034. PMID 17400792.
- Calado RT, Graf SA, Wilkerson KL, Kajigaya S, Ancliff PJ, Dror Y a kol. (Srpen 2007). "Mutace v genu SBDS u získané aplastické anémie". Krev. 110 (4): 1141–6. doi:10.1182 / krev-2007-03-080044. PMC 1939897. PMID 17478638.
- Wang Y, Yagasaki H, Hama A, Nishio N, Takahashi Y, Kojima S (listopad 2007). „Mutace SBDS a SH2D1A není spojena s aplastickou anémií u japonských dětí“. Haematologica. 92 (11): 1573. doi:10,3324 / haematol.11568. PMID 18024409.
externí odkazy
- GeneReviews / NIH / NCBI / UW vstup na syndrom Shwachman-Diamond
- Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: Q9Y3A5 (Protein zrání ribozomu SBDS) na PDBe-KB.