5 - SMARCA5

5
Identifikátory
Aliasy	5, ISWI, SNF2H, WCRF135, hISWI, hSNF2H, související se SWI / SNF, asociované s maticí, aktinově závislý regulátor chromatinu, podčeleď a, člen 5
Externí ID	OMIM: 603375 MGI: 1935129 HomoloGene: 55764 Genové karty: 5
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 4 (lidský)
Konec	143,557,486 bp
Exprese RNA vzor
	; ; ; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba nukleotidů; • GO: Aktivita helikázy 0008026; • histonová vazba; • aktivita hydrolázy, působící na anhydridy kyselin, v anhydridech obsahujících fosfor; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba nukleové kyseliny; • vazba nukleosomů; • aktivita hydrolázy; • Vazba DNA; • ATP vazba; • Aktivita ATPázy; • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA, specifická pro RNA polymerázu II; • Aktivita ATPázy závislá na DNA;
Buněčná složka	• RSF komplex; • jaderná replikační vidlice; • nukleoplazma; • kondenzovaný chromozom; • buněčné jádro; • fibrilární centrum; • Komplex NURF; • komplex umlčování chromatinu; • Komplex typu ISWI;
Biologický proces	• pozitivní regulace genové exprese, epigenetická; • regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • umístění nukleosomu; • Sestava nukleosomů obsahující CENP-A; • Remodelace chromatinu závislá na ATP; • Transkripce s templátem DNA, iniciace; • shromáždění nukleosomů; • remodelace chromatinu; • umlčování chromatinu při rDNA; • montáž nebo demontáž chromatinu; • pozitivní regulace transkripce, chráněná DNA; • buněčná odpověď na faktor inhibující leukémii; • organizace chromatinu; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	8467
	93762
	ENSG00000153147
	ENSMUSG00000031715
	O60264
	Q91ZW3
	NM_003601
	NM_053124
	NP_003592
	NP_444354
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

SJQ / SMB související s aktinem závislý regulátor závislý na aktinu podskupiny chromatinu A člen 5 je protein že u lidí je kódován 5 gen.^[4]^[5]

Funkce

Protein kódovaný tímto genem je členem rodiny proteinů SWI / SNF. Členové této rodiny mají aktivity helikázy a ATPázy a předpokládá se, že regulují transkripci určitých genů změnou struktury chromatinu kolem těchto genů. Protein kódovaný tímto genem je součástí faktoru RSF remodelačního a mezerového faktoru, který usnadňuje transkripci genů třídy II RNA polymerázou II. Kódovaný protein je sekvenčně podobný proteinu remodelace proteinu Drosophila ISWI chromatinu.^[5]

Interakce

SMARCA5 bylo prokázáno komunikovat s RAD21,^[6] Histon deacetyláza 2,^[6] POLE3,^[7] SATB1^[8] a BAZ1A.^[6]^[7]^[8]^[9]^[10]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000153147 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Aihara T, Miyoshi Y, Koyama K, Suzuki M, Takahashi E, Monden M, Nakamura Y (říjen 1998). "Klonování a mapování SMARCA5 kódujícího hSNF2H, nový lidský homolog Drosophila ISWI". Kryogenetika a genetika buněk. 81 (3–4): 191–3. doi:10.1159/000015027. PMID 9730600. S2CID 46768416.
^ ^A ^b „Entrez Gene: SMARCA5 SWI / SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 5".
^ ^A ^b ^C Hakimi MA, Bochar DA, Schmiesing JA, Dong Y, Barak OG, Speicher DW, Yokomori K, Shiekhattar R (srpen 2002). "Komplex remodelace chromaosů, který načte cohesin na lidské chromozomy". Příroda. 429 (6901): 994–8. doi:10.1038 / nature01024. PMID 12198550. S2CID 4344470.
^ ^A ^b Poot RA, Dellaire G, Hülsmann BB, Grimaldi MA, Corona DF, Becker PB, Bickmore WA, Varga-Weisz PD (červenec 2000). „HuCHRAC, lidský komplex remodelace chromozomů ISWI obsahuje hACF1 a dva nové proteiny skládající se z histonů“. Časopis EMBO. 17 (12): 3377–87. doi:10.1093 / emboj / 19.13.3377. PMC 313940. PMID 10880450.
^ ^A ^b Yasui D, Miyano M, Cai S, Varga-Weisz P, Kohwi-Shigematsu T (říjen 2002). „SATB1 cílí na remodelaci chromaů, aby reguloval geny na velké vzdálenosti“. Příroda. 419 (6907): 641–5. doi:10.1038 / nature01084. PMID 12374985. S2CID 25822700.
^ Bochar DA, Savard J, Wang W, Lafleur DW, Moore P, Côté J, Shiekhattar R (únor 2000). "Rodina faktorů remodelace chromatos souvisejících s transkripčním faktorem Williamsova syndromu". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 97 (3): 1038–43. doi:10.1073 / pnas.97.3.1038. PMC 15513. PMID 10655480.
^ Bozhenok L, Wade PA, Varga-Weisz P (květen 2002). „Komplex remodelace chromaosů WSTF-ISWI cílí na heterochromatická replikační ohniska“. Časopis EMBO. 21 (9): 2231–41. doi:10.1093 / emboj / 21.9.2231. PMC 125993. PMID 11980720.

Další čtení

Dirscherl SS, Krebs JE (srpen 2004). "Funkční rozmanitost komplexů ISWI". Biochemie a buněčná biologie. 82 (4): 482–9. doi:10.1139 / o04-044. PMID 15284901.
LeRoy G, Orphanides G, Lane WS, Reinberg D (prosinec 1998). "Požadavek RSF a FACT na transkripci templátů chromatinu in vitro". Věda. 282 (5395): 1900–4. doi:10.1126 / science.282.5395.1900. PMID 9836642.
Bochar DA, Savard J, Wang W, Lafleur DW, Moore P, Côté J, Shiekhattar R (únor 2000). "Rodina faktorů remodelace chromatinu souvisejících s transkripčním faktorem Williamsova syndromu". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 97 (3): 1038–43. doi:10.1073 / pnas.97.3.1038. PMC 15513. PMID 10655480.
Poot RA, Dellaire G, Hülsmann BB, Grimaldi MA, Corona DF, Becker PB, Bickmore WA, Varga-Weisz PD (červenec 2000). „HuCHRAC, lidský komplex pro remodelaci chromatinu ISWI obsahuje hACF1 a dva nové histonové proteiny“. Časopis EMBO. 19 (13): 3377–87. doi:10.1093 / emboj / 19.13.3377. PMC 313940. PMID 10880450.
Stopka T, Zakova D, Fuchs O, Kubrova O, Blafkova J, Jelínek J, Nečas E, Živý J (červenec 2000). „Gen pro remodelaci chromatinu SMARCA5 je dysregulován v primitivních heliotopoietických buňkách akutní leukémie“. Leukémie. 14 (7): 1247–52. doi:10.1038 / sj.leu.2401807. PMID 10914549.
Aalfs JD, Narlikar GJ, Kingston RE (září 2001). „Funkční rozdíly mezi lidskými ATP-závislými nukleosomovými remodelačními proteiny BRG1 a SNF2H“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (36): 34270–8. doi:10,1074 / jbc.M104163200. PMID 11435432.
Strohner R, Nemeth A, Jansa P, Hofmann-Rohrer U, Santoro R, Längst G, Grummt I (září 2001). „NoRC - nový člen savčích strojů pro přestavbu chromatinu na ISWI“. Časopis EMBO. 20 (17): 4892–900. doi:10.1093 / emboj / 20.17.4892. PMC 125270. PMID 11532953.
Bozhenok L, Wade PA, Varga-Weisz P (květen 2002). „WSTF-ISWI chromatos remodelační komplexní cíle zaměřuje na heterochromatická replikační ohniska“. Časopis EMBO. 21 (9): 2231–41. doi:10.1093 / emboj / 21.9.2231. PMC 125993. PMID 11980720.
Levine SS, Weiss A, Erdjument-Bromage H, Shao Z, Tempst P, Kingston RE (září 2002). „Jádro polykombového represivního komplexu je kompozičně a funkčně konzervováno u much a lidí“. Molekulární a buněčná biologie. 22 (17): 6070–8. doi:10.1128 / MCB.22.17.6070-6078.2002. PMC 134016. PMID 12167701.
Hakimi MA, Bochar DA, Schmiesing JA, Dong Y, Barak OG, Speicher DW, Yokomori K, Shiekhattar R (srpen 2002). "Komplex remodelace chromatinu, který načte cohesin na lidské chromozomy". Příroda. 418 (6901): 994–8. doi:10.1038 / nature01024. PMID 12198550. S2CID 4344470.
Yasui D, Miyano M, Cai S, Varga-Weisz P, Kohwi-Shigematsu T (říjen 2002). „SATB1 cílí na remodelaci chromatinu, aby reguloval geny na velké vzdálenosti“. Příroda. 419 (6907): 641–5. doi:10.1038 / nature01084. PMID 12374985. S2CID 25822700.
Collins N, Poot RA, Kukimoto I, García-Jiménez C, Dellaire G, Varga-Weisz PD (prosinec 2002). „Pro replikaci DNA prostřednictvím heterochromatinu je vyžadován komplex ACF1-ISWI remodelace chromatinu“. Genetika přírody. 32 (4): 627–32. doi:10.1038 / ng1046. PMID 12434153. S2CID 22545162.
Loyola A, Huang JY, LeRoy G, Hu S, Wang YH, Donnelly RJ, Lane WS, Lee SC, Reinberg D (říjen 2003). "Funkční analýza podjednotek faktoru sestavy chromatinu RSF". Molekulární a buněčná biologie. 23 (19): 6759–68. doi:10.1128 / MCB.23.19.6759-6768.2003. PMC 193931. PMID 12972596.
Shu H, Chen S, Bi Q, Mumby M, Brekken DL (březen 2004). „Identifikace fosfoproteinů a jejich fosforylačních míst v buněčné linii lymfomu WEHI-231 B“. Molekulární a buněčná proteomika. 3 (3): 279–86. doi:10,1074 / mcp. D300003-MCP200. PMID 14729942.
Obuse C, Yang H, Nozaki N, Goto S, Okazaki T, Yoda K (únor 2004). „Proteomická analýza komplexu centromér z HeLa mezifázových buněk: UV-poškozený DNA vazebný protein 1 (DDB-1) je součástí komplexu CEN, zatímco BMI-1 je přechodně ko-lokalizován s centromerickou oblastí v mezifázi.“ Geny do buněk. 9 (2): 105–20. doi:10.1111 / j.1365-2443.2004.00705.x. PMID 15009096. S2CID 21813024.
Geiman TM, Sankpal UT, Robertson AK, Zhao Y, Zhao Y, Robertson KD (květen 2004). „DNMT3B interaguje s enzymem remodelací chromatinu hSNF2H, HDAC 1 a 2 a složkami methylačního systému histonu“. Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 318 (2): 544–55. doi:10.1016 / j.bbrc.2004.04.058. PMID 15120635.
Geiman TM, Sankpal UT, Robertson AK, Chen Y, Mazumdar M, Heale JT, Schmiesing JA, Kim W, Yokomori K, Zhao Y, Robertson KD (2004). „Izolace a charakterizace nového komplexu DNA methyltransferázy spojujícího DNMT3B se složkami kondenzačního aparátu mitotických chromozomů“. Výzkum nukleových kyselin. 32 (9): 2716–29. doi:10.1093 / nar / gkh589. PMC 419596. PMID 15148359.

Tento článek o gen na lidský chromozom 4 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000153147 - Ensembl, Květen 2017

[2] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[3] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid9730600-4] Aihara T, Miyoshi Y, Koyama K, Suzuki M, Takahashi E, Monden M, Nakamura Y (říjen 1998). "Klonování a mapování SMARCA5 kódujícího hSNF2H, nový lidský homolog Drosophila ISWI". Kryogenetika a genetika buněk. 81 (3–4): 191–3. doi:10.1159/000015027. PMID 9730600. S2CID 46768416.

[entrez-5] A ^b „Entrez Gene: SMARCA5 SWI / SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 5".

[pmid12198550-6] A ^b ^C Hakimi MA, Bochar DA, Schmiesing JA, Dong Y, Barak OG, Speicher DW, Yokomori K, Shiekhattar R (srpen 2002). "Komplex remodelace chromaosů, který načte cohesin na lidské chromozomy". Příroda. 429 (6901): 994–8. doi:10.1038 / nature01024. PMID 12198550. S2CID 4344470.

[pmid10880450-7] A ^b Poot RA, Dellaire G, Hülsmann BB, Grimaldi MA, Corona DF, Becker PB, Bickmore WA, Varga-Weisz PD (červenec 2000). „HuCHRAC, lidský komplex remodelace chromozomů ISWI obsahuje hACF1 a dva nové proteiny skládající se z histonů“. Časopis EMBO. 17 (12): 3377–87. doi:10.1093 / emboj / 19.13.3377. PMC 313940. PMID 10880450.

[pmid12374985-8] A ^b Yasui D, Miyano M, Cai S, Varga-Weisz P, Kohwi-Shigematsu T (říjen 2002). „SATB1 cílí na remodelaci chromaů, aby reguloval geny na velké vzdálenosti“. Příroda. 419 (6907): 641–5. doi:10.1038 / nature01084. PMID 12374985. S2CID 25822700.

[pmid10655480-9] Bochar DA, Savard J, Wang W, Lafleur DW, Moore P, Côté J, Shiekhattar R (únor 2000). "Rodina faktorů remodelace chromatos souvisejících s transkripčním faktorem Williamsova syndromu". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 97 (3): 1038–43. doi:10.1073 / pnas.97.3.1038. PMC 15513. PMID 10655480.

[pmid11980720-10] Bozhenok L, Wade PA, Varga-Weisz P (květen 2002). „Komplex remodelace chromaosů WSTF-ISWI cílí na heterochromatická replikační ohniska“. Časopis EMBO. 21 (9): 2231–41. doi:10.1093 / emboj / 21.9.2231. PMC 125993. PMID 11980720.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]