SAP30 - SAP30

SAP30
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2 kB
Identifikátory
Aliasy	SAP30, Protein asociovaný se Sin3A 30
Externí ID	OMIM: 603378 MGI: 1929129 HomoloGene: 2869 Genové karty: SAP30
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 4 (lidský)
Konec	173,377,532 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 8 (myš)
Konec	57,487,860 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• Vazba DNA; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • GO: Aktivita transkripčního corepresoru 0001106; • vazba kovových iontů; • aktivita histon-deacetylázy;
Buněčná složka	• komplex histon-deacetylázy; • buněčné jádro; • nukleoplazma;
Biologický proces	• diferenciace buněk kosterního svalstva; • regulace transkripce, DNA-šablony; • negativní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • transkripce, chráněná DNA; • histonová deacetylace;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	8819
	60406
	ENSG00000164105
	ENSMUSG00000031609
	O75446
	O88574
	NM_003864
	NM_021788
	NP_003855
	NP_068560.1
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Protein asociovaný se Sin3A, 30 kDa, také známý jako SAP30, je protein který je u lidí kódován SAP30 gen.^[5]

Funkce

Histone acetylace hraje klíčovou roli v regulaci exprese eukaryotického genu. Acetylace a deacetylace histonu jsou katalyzovány multisubunitovými komplexy. Protein kódovaný tímto genem je součástí histon deacetyláza komplex, který zahrnuje SIN3A, SAP18, HDAC1, HDAC2, RbAp46, RbAp48 a další polypeptidy. Tento komplex je aktivní při deacetylaci histonových oktamerů jádra, ale neaktivní při deacetylaci nukleosomálních histonů. Pseudogen tohoto genu je lokalizován na chromozomu 3.^[5]

Savci mají jeden paralog SAP30, pojmenovaný jako SAP30 (SAP30L ), který sdílí 70% sekvenční identitu se SAP30.^[6] SAP30 a SAP30L společně tvoří dobře konzervovanou rodinu proteinů SAP30. Také SAP30L interaguje s několika složkami komplexu sin3A corepressor a indukuje transkripční represi prostřednictvím náboru Sin3A a histon-deacetyláz.^[7]

Proteiny rodiny SAP30 (proteiny SAP30) mají funkční nukleolární lokalizační signál a jsou schopni zacílit Sin3A na jádro.^[7] Proteiny SAP30 mají sekvenčně nezávislý kontakt s DNA prostřednictvím svého N-terminálního modulu závislého na zinku a jejich kyselá centrální oblast přispívá k interakcím histonu a nukleosomu. Vazba DNA proteinů SAP30 na DNA je regulována nukleárními signálními lipidy, fosfoinositidy (PI).^[8] Proteiny SAP30 poskytují první příklad, ve kterém se zdá, že DNA a PI stojí ve vzájemně antagonizujícím vzájemném vztahu, pokud jde o jejich interakci s zinkový prst proteiny, a tak ilustruje molekulární mechanismus, jak mohou tyto lipidy přispívat k regulaci genů.^[8]^[9]

Interakce

SAP30 bylo prokázáno komunikovat s:

HDAC1,^[10]^[11]^[12]^[13]^[14]^[15]
Histon deacetyláza 2,^[11]^[12]^[15]
ING1^[15] a
Korepresor jaderného receptoru 1,^[16]^[17]
RBBP4,^[11]^[12]^[15]
RBBP7,^[11]^[12]^[15]
SIN3A,^[11]^[12]^[14]^[15]^[18]^[16] a
YY1.^[10]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000164105 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031609 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ ^A ^b „Entrez Gene: SAP30 Sin3A-associated protein, 30kDa“.
^ Lindfors K, Viiri KM, Niittynen M, Heinonen TY, Mäki M, Kainulainen H (prosinec 2003). „TGF-beta indukuje expresi SAP30L, nového jaderného proteinu“. BMC Genomics. 4 (1): 53. doi:10.1186/1471-2164-4-53. PMC 319701. PMID 14680513.
^ ^A ^b Viiri KM, Korkeamäki H, Kukkonen MK, Nieminen LK, Lindfors K, Peterson P, Mäki M, Kainulainen H, Lohi O (2006). „SAP30L interaguje s členy komplexu jádra Sin3A a zacíluje Sin3A na jádro“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (11): 3288–98. doi:10.1093 / nar / gkl401. PMC 1500868. PMID 16820529.
^ ^A ^b Viiri KM, Jänis J, Siggers T, Heinonen TY, Valjakka J, Bulyk ML, Mäki M, Lohi O (leden 2009). „DNA-vazebné a ohýbací aktivity SAP30L a SAP30 jsou zprostředkovány modulem závislým na zinku a monofosfoinositidy“. Molekulární a buněčná biologie. 29 (2): 342–56. doi:10.1128 / MCB.01213-08. PMC 2612513. PMID 19015240.
^ http://acta.uta.fi/teos.php?id=11179
^ ^A ^b Huang NE, Lin CH, Lin YS, Yu WC (červen 2003). Msgstr "Modulace aktivity YY1 pomocí SAP30". Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 306 (1): 267–75. doi:10.1016 / s0006-291x (03) 00966-5. PMID 12788099.
^ ^A ^b ^C ^d ^E Zhang Y, Sun ZW, Iratni R, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Hampsey M, Reinberg D (červen 1998). „SAP30, nový protein konzervovaný mezi člověkem a kvasinkami, je součástí komplexu histon-deacetylázy“. Molekulární buňka. 1 (7): 1021–31. doi:10.1016 / s1097-2765 (00) 80102-1. PMID 9651585.
^ ^A ^b ^C ^d ^E Zhang Y, Ng HH, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Bird A, Reinberg D (srpen 1999). „Analýza podjednotek NuRD odhalila jádrový komplex histon-deacetylázy a souvislost s methylací DNA.“. Geny a vývoj. 13 (15): 1924–35. doi:10.1101 / gad.13.15.1924. PMC 316920. PMID 10444591.
^ Swanson KA, Knoepfler PS, Huang K, Kang RS, Cowley SM, Laherty CD, Eisenman RN, Radhakrishnan I (srpen 2004). "HBP1 a Mad1 represory váží doménu Sin3 corepressor PAH2 s opačnou spirálovou orientací". Přírodní strukturní a molekulární biologie. 11 (8): 738–46. doi:10.1038 / nsmb798. PMID 15235594. S2CID 44324333.
^ ^A ^b Yochum GS, Ayer DE (červenec 2001). „Pf1, nový protein PHD se zinkovým prstem, který spojuje TLE corepresor s komplexem mSin3A-histon-deacetyláza“. Molekulární a buněčná biologie. 21 (13): 4110–8. doi:10.1128 / MCB.21.13.4110-4118.2001. PMC 87072. PMID 11390640.
^ ^A ^b ^C ^d ^E ^F Kuzmichev A, Zhang Y, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Reinberg D (únor 2002). "Role komplexu Sin3-histon-deacetyláza v regulaci růstu kandidátem potlačujícím nádor p33 (ING1)". Molekulární a buněčná biologie. 22 (3): 835–48. doi:10.1128 / mcb.22.3.835-848.2002. PMC 133546. PMID 11784859.
^ ^A ^b Laherty CD, Billin AN, Lavinsky RM, Yochum GS, Bush AC, Sun JM, Mullen TM, Davie JR, Rose DW, Glass CK, Rosenfeld MG, Ayer DE, Eisenman RN (červenec 1998). „SAP30, součást komplexu mSin3 corepressor zapojeného do N-CoR zprostředkované represi specifickými transkripčními faktory“. Molekulární buňka. 2 (1): 33–42. doi:10.1016 / s1097-2765 (00) 80111-2. PMID 9702189.
^ Underhill C, Qutob MS, Yee SP, Torchia J (prosinec 2000). „Nový komplex nuklepresorů nukleárních receptorů, N-CoR, obsahuje složky savčího komplexu SWI / SNF a corepresorů KAP-1“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (51): 40463–70. doi:10,1074 / jbc.M007864200. PMID 11013263.
^ Fleischer TC, Yun UJ, Ayer DE (květen 2003). „Identifikace a charakterizace tří nových komponent komplexu mSin3A corepressor“. Molekulární a buněčná biologie. 23 (10): 3456–67. doi:10.1128 / mcb.23.10.3456-3467.2003. PMC 164750. PMID 12724404.

Další čtení

Ayer DE, Lawrence QA, Eisenman RN (březen 1995). „Transkripční represe Mad-Max je zprostředkována tvorbou ternárních komplexů se savčími homology kvasinkového represoru Sin3“. Buňka. 80 (5): 767–76. doi:10.1016/0092-8674(95)90355-0. PMID 7889570. S2CID 8749951.
Zhang Y, Iratni R, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Reinberg D (květen 1997). „Histonové deacetylázy a SAP18, nový polypeptid, jsou složkami lidského komplexu Sin3“. Buňka. 89 (3): 357–64. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80216-0. PMID 9150135.
Zhang Y, Sun ZW, Iratni R, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Hampsey M, Reinberg D (červen 1998). „SAP30, nový protein konzervovaný mezi člověkem a kvasinkami, je součástí komplexu histon-deacetylázy“. Molekulární buňka. 1 (7): 1021–31. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80102-1. PMID 9651585.
Laherty CD, Billin AN, Lavinsky RM, Yochum GS, Bush AC, Sun JM, Mullen TM, Davie JR, Rose DW, Glass CK, Rosenfeld MG, Ayer DE, Eisenman RN (červenec 1998). „SAP30, součást komplexu mSin3 corepressor zapojeného do N-CoR zprostředkované represi specifickými transkripčními faktory“. Molekulární buňka. 2 (1): 33–42. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80111-2. PMID 9702189.
Zhang Y, LeRoy G, Seelig HP, Lane WS, Reinberg D (říjen 1998). „Dermatomyositis specifický autoantigen Mi2 je složkou komplexu obsahujícího aktivity histon-deacetylázy a aktivity remodelace nukleosomů“. Buňka. 95 (2): 279–89. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 81758-4. PMID 9790534. S2CID 18786866.
Tong JK, Hassig CA, Schnitzler GR, Kingston RE, Schreiber SL (říjen 1998). "Deacetylace chromatinu komplexem remodelace nukleosomů závislým na ATP". Příroda. 395 (6705): 917–21. doi:10.1038/27699. PMID 9804427. S2CID 4355885.
Hsieh JJ, Zhou S, Chen L, Young DB, Hayward SD (leden 1999). „CIR, korepresor spojující vazebný faktor DNA CBF1 s komplexem histon-deacetylázy“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 96 (1): 23–8. doi:10.1073 / pnas.96.1.23. PMC 15086. PMID 9874765.
Boutell JM, Thomas P, Neal JW, Weston VJ, Duce J, Harper PS, Jones AL (září 1999). „Aberantní interakce transkripčních represorových proteinů s genovým produktem Huntingtonovy choroby, huntingtin“. Lidská molekulární genetika. 8 (9): 1647–55. doi:10,1093 / hmg / 8.9.1647. PMID 10441327.
Zhang Y, Ng HH, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Bird A, Reinberg D (srpen 1999). „Analýza podjednotek NuRD odhalila jádrový komplex histon-deacetylázy a souvislost s methylací DNA.“. Geny a vývoj. 13 (15): 1924–35. doi:10.1101 / gad.13.15.1924. PMC 316920. PMID 10444591.
Krithivas A, Young DB, Liao G, Greene D, Hayward SD (říjen 2000). „Lidský herpesvirus 8 LANA interaguje s proteiny komplexu mSin3 corepressor a negativně reguluje expresi genu viru Epstein-Barr v duálně infikovaných buňkách PEL“. Journal of Virology. 74 (20): 9637–45. doi:10.1128 / JVI.74.20.9637-9645.2000. PMC 112396. PMID 11000236.
Underhill C, Qutob MS, Yee SP, Torchia J (prosinec 2000). „Nový komplex nuklepresorů nukleárních receptorů, N-CoR, obsahuje složky savčího komplexu SWI / SNF a corepresorů KAP-1“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (51): 40463–70. doi:10,1074 / jbc.M007864200. PMID 11013263.
Humphrey GW, Wang Y, Russanova VR, Hirai T, Qin J, Nakatani Y, Howard BH (březen 2001). „Stabilní komplexy histon-deacetylázy se vyznačují přítomností proteinů domény SANT CoREST / kiaa0071 a Mta-L1“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (9): 6817–24. doi:10,1074 / jbc.M007372200. PMID 11102443.
Skowyra D, Zeremski M, Neznanov N, Li M, Choi Y, Uesugi M, Hauser CA, Gu W, Gudkov AV, Qin J (březen 2001). „Diferenciální asociace produktů alternativních transkriptů kandidátního supresoru nádoru ING1 s komplexem transkripčního korpresoru mSin3 / HDAC1“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (12): 8734–9. doi:10,1074 / jbc.M007664200. PMID 11118440.
Yochum GS, Ayer DE (červenec 2001). „Pf1, nový protein PHD se zinkovým prstem, který spojuje TLE corepresor s komplexem mSin3A-histon-deacetyláza“. Molekulární a buněčná biologie. 21 (13): 4110–8. doi:10.1128 / MCB.21.13.4110-4118.2001. PMC 87072. PMID 11390640.
Kuzmichev A, Zhang Y, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Reinberg D (únor 2002). "Role komplexu Sin3-histon-deacetyláza v regulaci růstu kandidátem potlačujícím nádor p33 (ING1)". Molekulární a buněčná biologie. 22 (3): 835–48. doi:10.1128 / MCB.22.3.835-848.2002. PMC 133546. PMID 11784859.
Saito M, Ishikawa F (září 2002). „Doména vázající mCpG lidského MBD3 se neváže na mCpG, ale interaguje se složkami NuRD / Mi2 HDAC1 a MTA2“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (38): 35434–9. doi:10,1074 / jbc.M203455200. PMID 12124384.
Wysocka J, MP Myers, Laherty CD, Eisenman RN, Herr W (duben 2003). „Lidská sin3 deacetyláza a trithorax související s Set1 / Ash2 histonem H3-K4 methyltransferáza jsou spolu vázány selektivně faktorem buněčné proliferace HCF-1“. Geny a vývoj. 17 (7): 896–911. doi:10,1101 / gad.252103. PMC 196026. PMID 12670868.
Huang NE, Lin CH, Lin YS, Yu WC (červen 2003). Msgstr "Modulace aktivity YY1 pomocí SAP30". Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 306 (1): 267–75. doi:10.1016 / S0006-291X (03) 00966-5. PMID 12788099.
Sironi E, Cerri A, Tomasini D, Sirchia SM, Porta G, Rossella F, Grati FR, Simoni G (duben 2004). „Ztráta heterozygotnosti na chromozomu 4q32-35 ve sporadických bazocelulárních karcinomech: důkazy o zapojení genů p33ING2 / ING1L a SAP30“. Časopis kožní patologie. 31 (4): 318–22. doi:10.1111 / j.0303-6987.2004.0187.x. PMID 15005689. S2CID 2520678.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000164105 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031609 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[entrez-5] A ^b „Entrez Gene: SAP30 Sin3A-associated protein, 30kDa“.

[pmid14680513-6] Lindfors K, Viiri KM, Niittynen M, Heinonen TY, Mäki M, Kainulainen H (prosinec 2003). „TGF-beta indukuje expresi SAP30L, nového jaderného proteinu“. BMC Genomics. 4 (1): 53. doi:10.1186/1471-2164-4-53. PMC 319701. PMID 14680513.

[pmid16820529-7] A ^b Viiri KM, Korkeamäki H, Kukkonen MK, Nieminen LK, Lindfors K, Peterson P, Mäki M, Kainulainen H, Lohi O (2006). „SAP30L interaguje s členy komplexu jádra Sin3A a zacíluje Sin3A na jádro“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (11): 3288–98. doi:10.1093 / nar / gkl401. PMC 1500868. PMID 16820529.

[pmid19015240-8] A ^b Viiri KM, Jänis J, Siggers T, Heinonen TY, Valjakka J, Bulyk ML, Mäki M, Lohi O (leden 2009). „DNA-vazebné a ohýbací aktivity SAP30L a SAP30 jsou zprostředkovány modulem závislým na zinku a monofosfoinositidy“. Molekulární a buněčná biologie. 29 (2): 342–56. doi:10.1128 / MCB.01213-08. PMC 2612513. PMID 19015240.

[9] ttp://acta.uta.fi/teos.php?id=11179

[pmid12788099-10] A ^b Huang NE, Lin CH, Lin YS, Yu WC (červen 2003). Msgstr "Modulace aktivity YY1 pomocí SAP30". Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 306 (1): 267–75. doi:10.1016 / s0006-291x (03) 00966-5. PMID 12788099.

[pmid9651585-11] A ^b ^C ^d ^E Zhang Y, Sun ZW, Iratni R, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Hampsey M, Reinberg D (červen 1998). „SAP30, nový protein konzervovaný mezi člověkem a kvasinkami, je součástí komplexu histon-deacetylázy“. Molekulární buňka. 1 (7): 1021–31. doi:10.1016 / s1097-2765 (00) 80102-1. PMID 9651585.

[pmid10444591-12] A ^b ^C ^d ^E Zhang Y, Ng HH, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Bird A, Reinberg D (srpen 1999). „Analýza podjednotek NuRD odhalila jádrový komplex histon-deacetylázy a souvislost s methylací DNA.“. Geny a vývoj. 13 (15): 1924–35. doi:10.1101 / gad.13.15.1924. PMC 316920. PMID 10444591.

[pmid15235594-13] Swanson KA, Knoepfler PS, Huang K, Kang RS, Cowley SM, Laherty CD, Eisenman RN, Radhakrishnan I (srpen 2004). "HBP1 a Mad1 represory váží doménu Sin3 corepressor PAH2 s opačnou spirálovou orientací". Přírodní strukturní a molekulární biologie. 11 (8): 738–46. doi:10.1038 / nsmb798. PMID 15235594. S2CID 44324333.

[pmid11390640-14] A ^b Yochum GS, Ayer DE (červenec 2001). „Pf1, nový protein PHD se zinkovým prstem, který spojuje TLE corepresor s komplexem mSin3A-histon-deacetyláza“. Molekulární a buněčná biologie. 21 (13): 4110–8. doi:10.1128 / MCB.21.13.4110-4118.2001. PMC 87072. PMID 11390640.

[pmid11784859-15] A ^b ^C ^d ^E ^F Kuzmichev A, Zhang Y, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Reinberg D (únor 2002). "Role komplexu Sin3-histon-deacetyláza v regulaci růstu kandidátem potlačujícím nádor p33 (ING1)". Molekulární a buněčná biologie. 22 (3): 835–48. doi:10.1128 / mcb.22.3.835-848.2002. PMC 133546. PMID 11784859.

[pmid9702189-16] A ^b Laherty CD, Billin AN, Lavinsky RM, Yochum GS, Bush AC, Sun JM, Mullen TM, Davie JR, Rose DW, Glass CK, Rosenfeld MG, Ayer DE, Eisenman RN (červenec 1998). „SAP30, součást komplexu mSin3 corepressor zapojeného do N-CoR zprostředkované represi specifickými transkripčními faktory“. Molekulární buňka. 2 (1): 33–42. doi:10.1016 / s1097-2765 (00) 80111-2. PMID 9702189.

[pmid11013263-17] Underhill C, Qutob MS, Yee SP, Torchia J (prosinec 2000). „Nový komplex nuklepresorů nukleárních receptorů, N-CoR, obsahuje složky savčího komplexu SWI / SNF a corepresorů KAP-1“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (51): 40463–70. doi:10,1074 / jbc.M007864200. PMID 11013263.

[pmid12724404-18] Fleischer TC, Yun UJ, Ayer DE (květen 2003). „Identifikace a charakterizace tří nových komponent komplexu mSin3A corepressor“. Molekulární a buněčná biologie. 23 (10): 3456–67. doi:10.1128 / mcb.23.10.3456-3467.2003. PMC 164750. PMID 12724404.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]