Pt barel - Pt-barrel
| Prenyltransferáza podobná Orf2 | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Krystalová struktura proteinu PT-barelu. | |||||||||||
| Identifikátory | |||||||||||
| Symbol | PTase_Orf2 | ||||||||||
| Pfam | PF11468 | ||||||||||
| InterPro | IPR020965 | ||||||||||
| SCOP2 | 1zb6 / Rozsah / SUPFAM | ||||||||||
| |||||||||||
The PT hlaveň, je nový proteinový záhyb, který byl objeven v Krystalická struktura prenyltransferázy, Orf2 ze Streptomyces sp. kmen CL190.[1]
Struktura
PT hlaveň se skládá z uzavřené β-fólie obsahující deset antiparalelních β-řetězce uspořádané kolem centrálního β-jádrového jádra, které je obklopeno prstencem α-šroubovice tvořící vnější povrch hlavně vystavený rozpouštědlům.
Sekundární konektivita téměř odpovídá (ααββ)5 klasifikace, ale je konkrétněji popsána pomocí (ααββ)4- (αββ) −α nomenklatura, kde šroubovice 6 a 8, které se podílejí na mezibílkovinových kontaktech v krystalové mřížce, vykazují šroubovicový „zlom“. Nejvíce hydrofobní část PT-barelu je oblast mezi vnějším povrchem válcového β-barelu a pásem okolních α-šroubovic. Kromě toho řada hydrofobních zbytků umístěných uvnitř válce pojme prenylový konec molekul Geranyl-diPhosphate (GPP) a GSPP, zatímco difosfátové nebo thio-difosfátové hlavní skupiny substrátu a analogů substrátu směřují k „horní“ ”, Polárnější konec hlavně, kde je Mg2+ ion je koordinován. Nakonec je dno hlavně uzavřeno krátkou C-koncovou šroubovice (α11).
Reference
- ^ Kuzuyama T, Noel JP, Richard SB (červen 2005). „Strukturální základ pro promiskuitní biosyntetickou prenylaci aromatických přírodních produktů“. Příroda. 435 (7044): 983–7. doi:10.1038 / nature03668. PMC 2874460. PMID 15959519.
- Koehl P (červenec 2005). "Uvolněná specificita u aromatických prenyltransferáz". Nat. Chem. Biol. 1 (2): 71–2. doi:10.1038 / nchembio0705-71. PMID 16408001.
- Botta B, Delle Monache G, Menendez P, Boffi A (prosinec 2005). "Nové prenyltransferázové enzymy jako nástroj pro prenylaci flavonoidů". Trends Pharmacol. Sci. 26 (12): 606–8. doi:10.1016 / j.tips.2005.09.012. PMID 16229901.
Tiskové zprávy
Promiskuitní katalytická aktivita, kterou má nová struktura enzymů, 15. června 2005
SSRL Science Highlight červenec 2005
Číslo tiskové zprávy LightSource.org: PR-SSRL-05-3