Protein FAM46B - Protein FAM46B - Wikipedia

TENT5B
Předpokládaná terciární struktura FAM46A.png
Identifikátory
AliasyTENT5Brodina se sekvenční podobností 46 členů B, terminální nukleotidyltransferáza 5B, FAM46B
Externí IDMGI: 2140500 HomoloGene: 24928 Genové karty: TENT5B
Umístění genu (člověk)
Chromozom 1 (lidský)
Chr.Chromozom 1 (lidský)[1]
Chromozom 1 (lidský)
Genomické umístění pro TENT5B
Genomické umístění pro TENT5B
Kapela1p36.11Start27,005,020 bp[1]
Konec27,012,850 bp[1]
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

115572

100342

Ensembl

ENSG00000158246

ENSMUSG00000046694

UniProt

Q96A09

Q8C152

RefSeq (mRNA)

NM_052943

NM_175307

RefSeq (protein)

NP_443175

NP_780516

Místo (UCSC)Chr 1: 27,01 - 27,01 MbChr 4: 133,48 - 133,49 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

Protein FAM46B také známý jako rodina se sekvenční podobností 46 členů B je protein že u lidí je kódován FAM46B gen.[5] FAM46B obsahuje jednu proteinovou doménu neznámé funkce, DUF1693.[6] Droždí dvouhybridní screening identifikoval tři proteiny, které fyzicky interagují s FAM46B. Tyto jsou ATX1, PEPP2 (kódováno RHOXF2 ) a DAZAP2.[7][8]

Gen

Přehled

FAM46B je nejběžnější název používaný pro gen kódující FAM46B. Aliasy MGC16491 a RP11-344H11 byly také použity k popisu stejného genu.[7]FAM46B gen 7 283 párů bází umístěný na antisense vlákno DNA na krátkém rameni chromozomu 1 na specifickém místě 1p36.11. Protože je to na protismyslném řetězci, směru FAM46B je přepsán do je proti standardnímu číslování nukleotidů podél chromozomu. FAM46B začíná na základně 27 339 333 a končí na 27 331 522.

Program El Dorado prostřednictvím Genomatix předpovídá promotér region bude dlouhý 1028 základen, rozkládá se na základnách 27 339 962 až 27 338 935.[9]

Struktura exonu a varianty sestřihu

FAM46B se skládá ze dvou exonů bez alternativního sestřihu. Jak dokazuje směr šipek na exonech ve srovnání s počty párů bází na chromozomu, FAM46B je na opačném řetězci chromozomu 1.

Gen FAM46B obsahuje dva exony, oba se nacházejí v proteinu FAM46B. Existuje jedna hlavní proteinová izoforma s uvedením č alternativní sestřih FAM46B mRNA.[10]

Homologie

Paralogy

FAM46B má tři paralogy v Homo sapiens: FAM46A, FAM46C, a FAM46D.[7] Vícenásobné seřazení sekvencí čtyř členů FAM46 vykazuje vysokou úroveň ochrany zejména směrem k C-konec. Aminokyseliny konzervované ve všech čtyřech paraologech označují zbytky, které tvoří jádro rodiny FAM46.

Vícenásobné zarovnání sekvence FAM46 paralogů
FAM46B ortology u obratlovců a vzdálenější homology u bezobratlých

Ortology

FAM46B je přítomen u společného předka zvířat a nachází se pouze v eukaryotech. Ačkoli přísné ortology z FAM46B se vyskytují pouze u relativně malého rozsahu zvířat, jako je hmyz a obratlovců, ortology paralogů FAM46 bylo identifikováno u širší škály druhů. U obratlovců FAM46B je vysoce konzervovaný u ryb, obojživelníků a savců. Běžné modelové organismy, ve kterých byl identifikován FAM46B, jsou Danio rerio, Xenopus tropicalis, a Mus musculus. Přísný ortolog FAM46B nebyl nalezen u plazů nebo ptáků; paralogy FAM46A a FAM46C se však nacházejí v souboru Anolis carolinensis, a paralog FAM46C se vyskytuje u ptáků, jako jsou Gallus gallus.[6]

Vzdálené homology

Vzdálený homology z FAM46B jsou přítomni v Drosophila a hlístice, jako je Caenorhabditis elegans. V rostlinách, prvcích nebo houbách nejsou žádné ortology FAM46B.[11]

Fylogeneze

Tento nezakořeněný fylogenetický strom ukazuje vztah mezi lidským FAM46B a selektivními ortology a homology.

Fylogenetický strom FAM46B zrcadlí standardní fylogenetický strom. Jak lze očekávat, savci jsou seskupeni s primáty seskupenými nejtěsněji. Vzdálenější homology jako např Drosophila a Caenorhabditis jsou vlevo, což představuje větší divergenci mezi genovými sekvencemi.

Protein

Funkce FAM46B ještě nebyla stanovena. Níže uvedené informace jsou založeny na bioinformatických analýzách a předpovědích.

Vlastnosti / vlastnosti

Lidská forma FAM46B obsahuje 425 aminokyselina zbytky, má izoelektrický bod 8,093,[12] a molekulová hmotnost 46 888 Daltoni.[7] FAM46B je a rozpustný Předpokládá se, že se protein nachází v cytosolu.[13][14]

Domény a motivy

FAM46B obsahuje pouze jednu identifikovanou doménu: Doména neznámé funkce 1693 (DUF1693). DUF1693 byl identifikován jako součást nadrodiny nukleotidyltransferázy a obsahuje čtyři hlístice prion podobné proteiny, ale přesná funkce zůstává neznámá.[15] Analýza proteinu SAPS nepředpovídá žádné neobvyklé charakteristiky proteinu na základě složení aminokyselin, vnitřních opakování, shluků náboje nebo periodicity.[16]

Posttranslační úpravy

Tento diagram shrnuje hlavní posttranslační modifikace FAM46B. Všechny jednotlivé obrázky byly generovány pomocí nástrojů dostupných prostřednictvím ExPASy.

Předpokládá se, že FAM46B nebude obsahovat a signální peptid místo štěpení,[17] Glykofosfatidylinositol (GPI) kotvy nebo transmembránové oblasti. Absence signálního peptidu podporuje předpověď, že FAM46B se nachází v cytosolu.

K předpovědi byly použity nástroje na ExPASy fosforylace weby, O-vázaná glykosylace weby a N-vázaná glykosylace stránky. Ačkoli se předpokládá, že dvě místa ve FAM46B jsou potenciálními místy N-vázané glykosylace, FAM46B postrádá signální peptid, a tak nevstupuje do lumen z endoplazmatické retikulum kde dochází k N-vázané glykosylaci. Bylo identifikováno pět míst jako možná O-spojená glykosylační místa.[18] Ty jsou označeny v níže uvedené části Koncepční překlad.

Nejběžnější posttranslační modifikací predikovanou v FAM46B je fosforylace. Program NetPhos 2.0 předpovídá 23 fosforylačních stránek. Předpovídá se většina předpokládané fosforylace serin zbytky (14), ale předpokládá se 6 threonin a 3 dál tyrosiny.[19] Ty mají tendenci být seskupeny dohromady v proteinové sekvenci. Porovnání předpovězených fosforylačních míst u lidí, myší a zebrafish ukazuje, že všechny tři druhy mají přibližně stejný počet a distribuci fosforylačních míst (na seriny vs. threoniny vs. tryrosiny).

Sekundární struktura

Přesná struktura FAM46B nebyla charakterizována. Prediktivní programy dostupné přes Biology Workbench[20] takové GOR4, PELE, CHOFAS byly použity k předpovědi sekundární struktury. Výsledky získané prostřednictvím programů na Biology Workbench byly porovnány s výsledky získanými pomocí Phyre2.[21] Protože tyto programy jsou prediktivní a spoléhají na různé algoritmy, každý poskytuje mírně odlišný výstup. Konsenzus mezi programy naznačuje, že FAM46B obsahuje hlavně alfa šroubovice a náhodné cívky. I když je přítomen, zdá se, že FAM46B obsahuje pouze několik malých částí, u nichž se předpokládalo, že se vytvoří beta listy. Komentované výsledky předpovědí sekundární struktury PELE a PHYRE2 jsou uvedeny na obrázku níže.

Koncepční překlad

Koncepční překlad a klíč pro FAM46B

Výraz

Genová exprese FAM46B založená na mikročipech v různých tkáních. Obrázek získaný z BioGPS

Expresi lze hodnotit různými způsoby. Oba vyjádřené značky sekvence a profily GEO ukazují počet transkriptů genu přítomného v určitém typu tkáně a vzhledem k celkovým transkriptům genu. Mikročipy jsou také užitečné při kvantifikaci genové exprese. Protein hybridizace in situ je přesnější míra exprese než metody založené na mRNA nebo cDNA, protože sondy mohou být fúzovány přímo k proteinu.

Exprese FAM46B, rozdělená podle typu tkáně a zdravotního stavu. Data získaná ze stránky NCBI UniGene

Podle některých dostupných údajů z microarray je FAM46B vysoce exprimován v jazyku (hladiny 10x nad průměrnou genovou expresí pro tkáň).[22] Mimo jazyk se zdá, že FAM46B je rovnoměrně exprimován ve většině tkání. Kromě genové exprese ve zdravých tkáních data EST také zdůrazňují genovou expresi podle zdravotního stavu. Zdá se, že exprese FAM46B je zvýšená v případech rakoviny kůže a gliomy.[23]

Interagující proteiny

Transkripční faktory, které se vážou na regulační sekvence

K předpovědi tohoto seznamu transkripčních faktorů, které se pravděpodobně vážou na promotorovou oblast FAM46B, byl použit program El Dorado prostřednictvím Genomatixu. Četné E2F Předpovídá se, že kromě mnoha stránek transkripčních faktorů Zinc Finger je to několik E-box vazebné faktory a TWIST homology. Vazebná místa nejsou rovnoměrně distribuována v promotorové oblasti. Největší shlukování vazebných míst bylo lokalizováno kolem báze 177 promotoru, což je asi 600 párů bází proti proudu od začátku transkripce pro FAM46B.[9] Obrázek níže ukazuje vybraná vazebná místa pro transkripční faktor pro dvacet nejlepších shod identifikovaných El Dorado, které jsou na antisense vlákně.

Vazebná místa transkripčního faktoru s vysokým skóre shody matrice a umístěná na antisense vlákně. Údaje získané od společnosti El Dorado

Potvrzené interakce protein-protein a možný klinický význam

Droždí dva hybridní screening označuje, že FAM46B fyzicky interaguje s proteinem ataxinu-1, který je kódován ATXN1.[8] Přesná funkce ATXN1 není známa, ale předpokládá se, že se podílí na regulaci aspektů produkce bílkovin, zejména transkripce. Protože FAM46B fyzicky interaguje s ATXN1, je možné, že FAM46B také hraje roli v regulaci produkce proteinu a regulaci transkripce.[24]

Druhý protein, u kterého je prokázáno, že fyzicky interaguje s FAM46B, je DAZAP2, je na prolin bohatý mozek exprimovaný protein.[8] V kombinaci s výše uvedenými informacemi o ATXN1 se ukazuje, že FAM46B interaguje s mozkovými specifickými proteiny. Třetím proteinem identifikovaným kvasinkovým dvouhybridním skríninkem jako fyzickým interaktivem FAM46B je PEPP2,[8] spárovaný homeobox protein. Pokud je tato interakce významná, může interakce mezi FAM46B a PEPP2 hrát roli ve vývoji a morfogenezi.

Avšak proteinový interatom není dosud dobře znám. Ne každý program identifikoval interagující proteiny stejným způsobem. Například STRING identifikoval ATXN-1 jako silného interakčního partnera s FAM46B, ale neidentifikoval PEPP2 ani DAZAP2. Síť predikcí z STRING je zobrazena na sousedním obrázku.

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000158246 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000046694 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ "NCBI Gene: FAM46B rodina se sekvenční podobností 46, člen B". Citováno 23. dubna 2013.
  6. ^ A b "NCBI BLAST". Národní lékařská knihovna. Národní centrum pro biotechnologické informace. Citováno 11. května 2013.
  7. ^ A b C d "rodina se sekvenční podobností 46, člen B". Citováno 23. dubna 2013.
  8. ^ A b C d "Shrnutí interakce FAM46B". BioGRID. Tyers Lab. Citováno 11. května 2013.
  9. ^ A b „Anotace a analýza“. El Dorado. Genomatix. Citováno 4. května 2013.
  10. ^ "Rodina Homo sapiens se sekvenční podobností 46, člen B (FAM46B), mRNA". Citováno 23. dubna 2013.
  11. ^ "rodina se sekvenční podobností 46, člen B". Citováno 23. dubna 2013.
  12. ^ „Big-PI“. IMP Bioinformatika. Citováno 11. května 2013.
  13. ^ „Predikce SOSUI“. Archivovány od originál dne 20. března 2004. Citováno 4. května 2013.
  14. ^ „PSORT II“. Citováno 4. května 2013.
  15. ^ „Zachované domény NCB: nadrodina DUF1693“. Citováno 23. dubna 2013.
  16. ^ Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (březen 1992). "Metody a algoritmy pro statistickou analýzu proteinových sekvencí". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 89 (6): 2002–6. doi:10.1073 / pnas.89.6.2002. PMC  48584. PMID  1549558.
  17. ^ Petersen TN, Brunak S, von Heijne G, Nielsen H (2011). "SignalP 4.0: rozlišování signálních peptidů z transmembránových oblastí". Nat. Metody. 8 (10): 785–6. doi:10.1038 / nmeth.1701. PMID  21959131.
  18. ^ „NetOGlyc“. Predikční servery CBS. Citováno 11. května 2013.
  19. ^ „NetPhos“. Predikční servery CBS. Citováno 11. května 2013.
  20. ^ „GOR4, CHOFAS, PELE“. Proteinové nástroje. San Diego Superpočítačové centrum. Citováno 12. května 2013.[trvalý mrtvý odkaz ]
  21. ^ Kelley LA, Sternberg MJ (2009). „Predikce proteinové struktury na webu: případová studie využívající server Phyre“ (PDF). Nat Protoc. 4 (3): 363–71. doi:10.1038 / nprot.2009.2. hdl:10044/1/18157. PMID  19247286.
  22. ^ "SymAtlas Expression FAM46B". BioGPS. Výzkumný ústav Scripps. Citováno 12. května 2013.
  23. ^ „UniGene Data, FAM46B“. EST profil. Národní centrum pro biotechnologické informace. Citováno 12. května 2013.
  24. ^ „ATXN1 - ataxin 1“. Genetic Home Reference, National Library of Medicine. Citováno 11. května 2013.