Doména PKD - PKD domain

Dostupné proteinové struktury:
Pfam	struktur / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	shrnutí struktury
PDB	1l0qB: 353–424 2c26A: 1363–1442 2c4xA: 1363–1442 1b4rOdpověď: 277–352 1wgoOdpověď: 787–869

Doména PKD
Identifikátory
Symbol	PKD
Pfam	PF00801
InterPro	IPR000601
CHYTRÝ	PKD
SCOP2	1b4r / Rozsah / SUPFAM
CDD	cd00146
Dostupné proteinové struktury:
Pfam	struktur / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	shrnutí struktury
PDB	1l0qB: 353–424 2c26A: 1363–1442 2c4xA: 1363–1442 1b4rOdpověď: 277–352 1wgoOdpověď: 787–869

PKD (polycystická choroba ledvin) doména byla poprvé identifikována v doméně polycystické onemocnění ledvin protein, polycystin-1 (PKD1 Gen) a obsahuje záhyb podobný Ig skládající se z beta sendviče sedmi řetězců ve dvou listech s topologií řeckého klíče, i když někteří členové mají další řetězce.^[1] Polycystin-1 je velký glykoprotein na buněčném povrchu, který se účastní interakcí adhezivní protein – protein a protein – sacharid; není však jasné, zda doména PKD zprostředkovává některou z těchto interakcí.

Domény PKD se také nacházejí v jiných proteinech, obvykle v extracelulárních částech proteinů zapojených do interakcí s jinými proteiny. Například domény se záhybem typu PKD se nacházejí v archaeal Vrah bílkoviny, které chrání buňku před extrémním prostředím,^[2] a v lidském receptoru SorCS2.^[3]

Lidské proteiny obsahující tuto doménu

GPNMB; ; PKD1; PKD1L1; SILV; SORCS1; SORCS2; SORCS3;

Reference

^ Bycroft M, Bateman A, Clarke J, Hamill SJ, Sandford R, Thomas RL, Chothia C (1999). „Struktura domény PKD z polycystinu-1: důsledky pro polycystické onemocnění ledvin“. EMBO J.. 18 (2): 297–305. doi:10.1093 / emboj / 18.2.297. PMC 1171124. PMID 9889186.
^ Joachimiak A, Springer TA, Zhang RG, Wang JH, Liu JH, Jing H, Takagi J, Lindgren S (2002). „Proteiny povrchové vrstvy archaealu obsahují domény beta vrtule, PKD a spirály beta a souvisejí s povrchovými proteiny metazoanových buněk“. Struktura. 10 (10): 1453–1464. doi:10.1016 / S0969-2126 (02) 00840-7. PMID 12377130.
^ Hermans-Borgmeyer I, Hampe W, Schaller HC, Rezgaoui M (2001). „Geny pro lidské receptory obsahující doménu VPS10 jsou velké a obsahují mnoho malých exonů.“ Hučení. Genet. 108 (6): 529–36. doi:10,1007 / s004390100504. PMID 11499680. S2CID 23375354.

Tento článek včlení text od public domain Pfam a InterPro: IPR000601

[PUB00001323-1] Bycroft M, Bateman A, Clarke J, Hamill SJ, Sandford R, Thomas RL, Chothia C (1999). „Struktura domény PKD z polycystinu-1: důsledky pro polycystické onemocnění ledvin“. EMBO J.. 18 (2): 297–305. doi:10.1093 / emboj / 18.2.297. PMC 1171124. PMID 9889186.

[PUB00014157-2] Joachimiak A, Springer TA, Zhang RG, Wang JH, Liu JH, Jing H, Takagi J, Lindgren S (2002). „Proteiny povrchové vrstvy archaealu obsahují domény beta vrtule, PKD a spirály beta a souvisejí s povrchovými proteiny metazoanových buněk“. Struktura. 10 (10): 1453–1464. doi:10.1016 / S0969-2126 (02) 00840-7. PMID 12377130.

[PUB00035973-3] Hermans-Borgmeyer I, Hampe W, Schaller HC, Rezgaoui M (2001). „Geny pro lidské receptory obsahující doménu VPS10 jsou velké a obsahují mnoho malých exonů.“ Hučení. Genet. 108 (6): 529–36. doi:10,1007 / s004390100504. PMID 11499680. S2CID 23375354.

[1]

[2]

[3]