Software pro analýzu OLIGO Primer - OLIGO Primer Analysis Software

Software pro analýzu OLIGO Primer
VývojářiMolecular Biology Insights, Inc.
Stabilní uvolnění
7.54 / 23. března 2011
Operační systémWindows, Macintosh
PlošinaMac, PC
TypBioinformatika
Licencekomerční
webová stránkahttp://oligo.net/

Software pro analýzu OLIGO Primer byl první veřejně dostupný software pro DNA základní nátěr.[1][2] První práce popisující tento software byly publikovány v letech 1989 a 1990,[3][4] a následné upgrady v 90. a 2000 letech, všechny byly citovány společně více než 600krát ve vědeckých časopisech a více než 500krát v patentech (podle Scopus ). Program je komplexní v reálném čase PCR primer a sonda vyhledávací a analytický nástroj, a také dělá další úkoly, jako je siRNA a molekulární maják vyhledávání, otevřený čtecí rámec a restrikční enzym analýza atd. Byl vytvořen a udržován Wojciech Rychlik a Piotr Rychlik. OLIGO bylo několikrát recenzováno ve vědeckých časopisech, poprvé v roce 1991 v recenzi v Kritické recenze v biochemii a molekulární biologii,[5] a pro jeho další upgrady (přičemž OLIGO 7 je nejnovější v roce 2011).[6][7][8][9]

Software Oligo Primer Analysis Software se používá v různých vědeckých studiích (jak uvádějí příklady nedávných publikací), mimo jiné pro: PCR v reálném čase,[10] studie apoptózy,[11] typizace antigenu,[12] identifikace druhů,[13] studie o vývoji druhů,[14] měření úrovní exprese mRNA,[15] studie hybridizace pole založené na oligonukleotidech,[16] degenerované studie primerů,[17] mikrosatelitní analýza,[18] Detekce DNA microarray,[19] inverzní PCR,[20] chůze genomu,[21] studie nukleotidových polymorfismů,[22] detekce mikroorganismů nebo virů,[23] genotypizace,[24] klonování,[25] konstrukce vektoru (genu),[26] sekvenování genomu,[27] detekce mutantů nebo vnitrodruhové variability,[28] studie genetických chorob,[29] siRNA a umlčení genů,[30] Analýza FISH (studie exprese jedné buňky),[31] sondy štíra,[32] a vývoj nových metod amplifikace DNA.[33]

Reference

  1. ^ John SantaLucia, Jr. (2007) Basic Principles and Software for PCR Primer Design: Physical Principles and Visual-OMP Software for Optimal PCR Design, in Methods in Molecular Biology Vol. 402: Návrh PCR primeru; Vyd. A. Yuryev; Humana Press Inc., Totowa, NJ. s. 3-33.
  2. ^ John D. Offerman, Wojciech Rychlik (2003) Oligo Primer Analysis Software in Introduction to bioinformatika: teoretický a praktický přístup. Vyd. Stephen A. Krawetz a David D. Womble; Humana Press Inc., Totowa, NJ. str. 345-361.
  3. ^ Wojciech Rychlik a Robert E. Rhoads (1989) Počítačový program pro výběr optimálních oligonukleotidů pro hybridizaci filtrů, sekvenování a amplifikaci DNA in vitro; Nucleic Acids Research 17, 8543-8551.
  4. ^ Wojciech Rychlik, William J. Spencer a Robert E. Rhoads (1990) Optimalizace teploty žíhání pro amplifikaci DNA in vitro; Nucleic Acids Res. 18, 6409-6412.
  5. ^ Bej AK, Mahbubani MH, Atlas RM (1991). "Amplifikace nukleových kyselin pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) a dalších metod a jejich aplikací". Krit. Biochem. Mol. Biol. 26 (3–4): 301–34. doi:10.3109/10409239109114071. PMID  1718663.
  6. ^ Kamel A. Abd-Elsalam (2003) Bioinformatic Tools and Guideline for PCR Primer Design; African Journal of Biotechnology 2, 91-95.
  7. ^ Wojciech Rychlik (2007). "Software pro analýzu primeru OLIGO 7". Methods Mol. Biol. Metody v molekulární biologii ™. 402: 35–60. doi:10.1007/978-1-59745-528-2_2. ISBN  978-1-58829-725-9. PMID  17951789.
  8. ^ „Software pro analýzu oligomerních primerů od společnosti Molecular Biology Insights“.
  9. ^ Wojciech Rychlik (1993) Výběr primerů pro polymerázovou řetězovou reakci, v Methods in Molecular Biology Vol. 15: PCR Protocols: Current Methods and Applications; Vyd. B.A. Bílý; Humana Press Inc., Totowa, NJ. 31-40.
  10. ^ Arneth Borros (2009) Sledování iontové aktivity elektrochemií během polymerázové řetězové reakce; Analytical Biochemistry 385, 26-33.
  11. ^ Arabinda Das, Naren L. Banik a Swapan K. Ray (2008) Modulační účinky acetazolomidu a dexamethasonu na apoptózu zprostředkovanou temozolomidem v lidských buňkách glioblastomu T98G a U87MG; Vyšetřování rakoviny 26, 352 - 358.
  12. ^ Sarah H. Haddock, Christine Quartararo, Patrick Cooley a Dat D. Dao (2002) Typizace HLA-DQA1 s nízkým rozlišením pomocí DNA Microarray, Methods in Molecular Biology 170, 201-210.
  13. ^ Marco Severgnini, Paola Cremonesi, Clarissa Consolandi, Giada Caredda, Gianluca De Bellis a Bianca Castiglioni (2009) ORMA: nástroj pro identifikaci druhově specifických variací v designu 16S rRNA genů a designu oligonukleotidů; Nucleic Acids Research 37 (16), e109.
  14. ^ Arhat Abžanov (2009). „Finty Darwina: Analýza morfologických změn zobáku během evoluce“. Cold Spring Harbor Protocols. 1 (3): 481–500. doi:10.1101 / pdb.emo119. PMID  20147092.
  15. ^ Canhui Liu, Chitra Chauhan, Charles R. Katholi a Thomas R. Unnasch (2009) Spojovací vedoucí doména sestřihu představuje základní konzervovaný motiv pro expresi heterologních genů v B. malayi; Molekulární a biochemická parazitologie 166, 15–21.
  16. ^ Daryl A. Scott, Merel Klaassens, Ashley M. Holder, Kevin P. Lally, Caraciolo J. Fernandes, Robert-Jan Galjaard, Dick Tibboel, Annelies de Klein a Brendan Lee (2007) Genome-Wide Oligonucleotide-Based Array Comparative Genome Hybridizační analýza neizolované vrozené brániční kýly; Lidská molekulární genetika. 16, 424-430.
  17. ^ Omar J. Jabado, Gustavo Palacios, Vishal Kapoor, Jeffrey Hui, Neil Renwick, Zhai Junhui, Thomas Briese a W. Ian Lipkin (2006) Greene SCPrimer: rychlý komplexní nástroj pro návrh degenerovaných primerů z více sekvenčních zarovnání; Výzkum nukleových kyselin. 34, 6605-6611.
  18. ^ Alberto Arias, Ruth Freire, Josefina Méndez a Ana Insua (2010) Izolace a charakterizace mikrosatelitních markerů v hřebenatce královny Aequipecten opercularis a jejich aplikace na populační genetickou studii; Vodní životní zdroje 23, 199-207.
  19. ^ Frédérique Bidard, Sandrine Imbeaud, Nancie Reymond, Olivier Lespinet, Philippe Silar, Corinne Clavé, Hervé Delacroix, Véronique Berteaux-Lecellier a Robert Debuchy (2010) Obecný rámec pro optimalizaci sond pro genovou expresi microarray a její aplikaci na houbu Podospora anserina; Poznámky k výzkumu BMC 3, 171.
  20. ^ Kazutaka Yamada, Takeshi Terahara, Shinya Kurata, Toyokazu Yokomaku, Satoshi Tsuneda a Shigeaki Harayama (2008) Získání celých genů z DNA prostředí pomocí inverzní PCR s předběžnou amplifikací cílových genů pomocí primerů obsahujících uzamčené nukleové kyseliny; Environmentální mikrobiologie 10, 978 - 987.
  21. ^ Tokuji Tsuchiya; Nanako Kameya & Ikuo Nakamura (2009). „Straight Walk: Modifikovaná metoda ligací zprostředkované chůze genomu pro rostlinné druhy s velkými genomy“. Analytická biochemie. 388 (1): 158–160. doi:10.1016 / j.ab.2009.02.002. PMID  19454221.
  22. ^ O. A. Gra, A. S. Glotov, Zh. M. Kozhekbayeva, O. V. Makarova a T. V. Nasedkina (2008) Genetický polymorfismus GST, NAT2 a MTRR a náchylnost k dětské akutní leukémii; Molecular Biology 42, 187-197.
  23. ^ T. Wei, G. Lu a G. R. G. Clover (2009) Multiplex RT-PCR pro detekci viru žluté žíly bramboru, viru chřestu tabáku a viru infekční chlorózy rajčat u brambor s kontrolou vnitřní amplifikace rostlin; Plant Pathology 58, 203-209.
  24. ^ Kristel Van Laethema, Yoeri Schrootena, Kris Covensa, Nathalie Dekeersmaekera, Paul De Munterc, Eric Van Wijngaerdenc, Marc Van Ransta a Anne-Mieke Vandamme (2008) Genotypic Assay for the Amplification and Sequencing of Integrase from Diverse HIV-1 Group Podtypy; Journal of Virological Methods 153, 176-181.
  25. ^ Elena K. Khlestkina, Uttam Kumar a Marion S. Röder (2010) Entgeny oxidázy kyseliny -kaurenové v pšenici; Molekulární chov 25, 251–258.
  26. ^ Guozheng Conga, Jianhua Zhoua, Shandian Gaoa, Junzheng Dua, Junjun Shaoa, Tong Lina, Huiyun Chang a Qingge Xie (2008) Konstrukce rekombinantního retrovirového vektoru nesoucího gen laboratoře viru slintavky a kulhavky a jeho exprese u skotu ( MDBK) buňky; Chinese Journal of Biotechnology 24, 740-745.
  27. ^ Lei Wei, Xiaobing Wu a Zhigang Jiang (2009) Kompletní struktura mitochondriálního genomu sněžného leoparda Panthera uncia; Zprávy o molekulární biologii 36, 871–878.
  28. ^ David S. Perlin, Sergey Balashov a Steven Park (2008) Multiplex Detection of Mutations; Metody v molekulární biologii 429, 23-31.
  29. ^ Michele Salemi, Corrado Romano, Concetta Barone, Francesco Cali, Filippo Caraci, Carmelo Romano, Cataldo Scavuzzo, Francesco Scillato, Maria Grazia Salluzzo, Maria Piccione, Manuela Martines, Giovanni Corsello, Ferdinando Nicoletti a Paolo Bosco (2009) SPANX-B a Analýza dávkování genu SPANX-C (oblast Xq27) u subjektů s Downovým syndromem s nesestoupenými varlaty; Journal of Genetics 88, 93-97.
  30. ^ Anastasia Khvorova, Angela Reynolds a Sumedha D. Jayasena (2003) Functional siRNA and miRNAs Exhibit Strand Bias; Cell, 115, 209-216.
  31. ^ Rossanna C. Pezo, Saumil J. Gandhi, L. Andrew Shirley, Richard G. Pestell, Leonard H. Augenlicht a Robert H. Singer (2008) Single-Cell Transcription Site Activation predicts Chemotherapy Response Chemotherapy in Human Colorectal Tumors; Cancer Research 68, 4977-4982.
  32. ^ Rachael Carters, Jennifer Ferguson, Rupert Gaut, Paul Ravetto, Nicola Thelwell a David Whitcombe (2008) Design and Use of Scorpions Fluorescent Signal Molecules; Methods in Molecular Biology 429, 99-115.
  33. ^ Chunsun Zhang a Da Xing (2010) Microfluidic gradient PCR (MG-PCR): nová metoda pro amplifikaci mikrofluidní DNA; Biomedicínské mikrozařízení 12, 1-12.

Jiný software pro návrh primeru