Primer Premier - Primer Premier - Wikipedia

Primer Premier
VývojářiPremier Biosoft
Stabilní uvolnění
6.24
Operační systémWindows, Mac OS X
TypBioinformatika
Licencekomerční
webová stránkahttp://www.premierbiosoft.com

Primer Premier software kombinuje design primerů pro různé Aplikace PCR pod jednou společnou platformou. Software podporuje návrh degenerovaných primerů na seřazení pro amplifikaci související sady nukleotidových sekvencí pro detekci běžných znaků mezi organismy a pro stanovení dědičnosti.[1]

Tento software také navrhuje označené a vnořené primery pro multiplexní PCR reakce. [2]

Software Primer Premier podporuje analýzu motivů a vyhledávání ORF spolu s vyhledáním restrikčních míst na nukleotidové sekvenci.

Tento software má vestavěný překladač sekvencí nukleotid-protein a protein-nukleotid, který lze použít pro návrh degenerovaných primerů pro kodony kódující více aminokyselinových sekvencí. Rozumí se také, že primery navržené společností Primer Premier jsou účinné a potvrzují návrhové pokyny stanovené pro navrhování primerů pro geny pro domácnost s vysokým G + C%.[3]

Tento software také navrhuje primery pro lemující exony a introny v genu, ačkoli o tom není žádná zmínka na oficiální stránce Primer Premier na webu Premier Biosoft.

Software vypočítá stabilitu struktury vlásenky a byl použit ke studiu jejího účinku na amplifikaci PCR.[4]

Konkurenti

Existuje mnoho dalších softwarových programů, které navrhují primery pro PCR reakci. Některé z nich jsou uvedeny níže:

  1. Geniální
  2. Primer3[5]
  3. DNASTAR 's produkty, jako jsou SeqBuilder a PrimerSelect
  4. AlleleID (vyrobeno stejnou společností jako Primer Premier)
  5. PrimerX (pro místně zaměřená mutageneze )
  6. GenomePride[6]
  7. OLIGO

Reference

  1. ^ Zhaohui S, Wenling Z, Bao Z, Rong S, Wenli M. Mikročipy pro detekci HBV a HDV PMID  15479617
  2. ^ Citlivost, specificita a stabilita vnořeného tag / primer multiplex PCR pro diagnostiku malárie Guo CK, Li XM, Li JH, Mao W, Lin Z, Du JF, Huang TY. PMID  18038781
  3. ^ Guo YP, Huang Y. Návrh a ověření primerů pro geny pro úklid streptomycet PMID  18271268
  4. ^ http://www.horizonpress.com/mbt/v/v1/11.pdf
  5. ^ "Primer 3". primer3.sourceforge.net.
  6. ^ Haas, Stefan A. „GenomePRIDE - software pro návrh primerů PCR / oligo design“. pride.molgen.mpg.de.

externí odkazy