Netprimer - Netprimer - Wikipedia

NetPrimer
VývojářiPremier Biosoft
Stabilní uvolnění
PlošinaApplet Java[1]
TypBioinformatika
Licencekomerční
webová stránkahttp://www.premierbiosoft.com/netprimer/

NetPrimer je bezplatný webový nástroj používaný k analýze primery použito v PCR k amplifikaci sekvence DNA.[2] Software předpovídá teplotu tání primerů pomocí termodynamický algoritmus nejbližšího souseda. Přesná předpověď teploty tání (Tm) je jedním z nejdůležitějších faktorů, který určuje úspěšnost PCR reakce.[3]

NetPrimer také analyzuje termodynamicky důležité sekundární struktury jako vlásenky, já a kříž dimery, běží a opakuje se.[4] Tyto struktury významně ovlivňují účinnost primeru a tím i úspěch[je zapotřebí objasnění ] PCR reakce.

NetPrimer lze použít k určení nejlepších párů primerů pro danou sadu experimentálních podmínek. Program přiřadí hodnocení každému analyzovanému primeru.[5] Hodnocení je založeno na blízkosti termodynamických parametrů k jejich ideálnímu skóre.

Kromě kvality primeru je to molekulární váha a optická aktivita (jak V. .. tak v nmol /A260 & µg / A260) jsou také uvedeny pro kvantifikaci. Primery se analyzují na jejich GC% (obsah guanin-cytosinu).[6] Tento důležitý parametr určuje jejich žíhání síla.

Obchodní model

Přestože je Netprimer poskytován bezplatně, není tomu tak svobodný software. Uživatelé se musí pro přístup zaregistrovat[7] a tím dostávat reklamu na další produkty Premier Biosoft.

Reference

  1. ^ http://www.premierbiosoft.com/netprimer/netprlaunch/Help/xnetprlaunch.html (i když je uvedeno „vyžaduje Java plug-in 1.4 nebo novější pro Windows“, dále na stránce také ukazuje, že jej testovali na Mac OS X)
  2. ^ http://www.ebd.csic.es/andy/MolEcolNotes05.pdf
  3. ^ Dieffenbach, C.W .; Dveksler, GS (2003). PCR Primer: A Laboratory Manual, Second Edition (2003) Paperback. Cold Spring Harbor Laboratory Press. str. 61. ISBN  9780879696542. Citováno 2015-05-17.
  4. ^ pga.mgh.harvard.edu/primerbank/help.html
  5. ^ http://www.aphis.usda.gov/wildlife_damage/nwrc/publications/08pubs/piaggio081.pdf
  6. ^ http://jcm.asm.org/cgi/reprint/39/11/4119.pdf
  7. ^ http://www.premierbiosoft.com/crm/jsp/com/pbi/crm/clientside/RegisterUser.jsp?FromPage=Register&LoginForFreeTool=true&PID=3

externí odkazy