Sekvenování MicroRNA - MicroRNA sequencing - Wikipedia

Sekvenování MicroRNA (miRNA-seq), typ RNA-sekv, je použití sekvenování nové generace nebo masivně paralelní s vysokou propustností Sekvenování DNA do sekvence mikroRNA, nazývané také miRNA. miRNA-seq se liší od jiných forem RNA-seq v tom, že vstupní materiál je často obohacen o malé RNA. miRNA-seq umožňuje vědcům zkoumat tkáňově specifické expresní vzorce, asociace chorob a izoformy miRNA a objevovat dříve necharakterizované miRNA. Důkazy, že dysregulované miRNA hrají roli při onemocněních, jako je rakovina[1] umístil miRNA-seq, aby se v budoucnu potenciálně stal důležitým nástrojem pro diagnostiku a prognostiku, protože náklady budou nadále klesat.[2] Stejně jako ostatní technologie profilování miRNA má miRNA-Seq výhody (nezávislost na sekvenci, pokrytí) i nevýhody (vysoké náklady, požadavky na infrastrukturu, délka běhu a potenciál artefakty ).[3]

Úvod

MicroRNA (miRNA) jsou rodina malých ribonukleových kyselin o délce 21-25 nukleotidů, které modulují expresi proteinu degradací transkriptu, inhibicí překlad nebo sekvestrující přepisy.[4][5][6] První objevená miRNA, lin-4, byl nalezen v genetice mutageneze obrazovka k identifikaci molekulárních prvků kontrolujících post-embryonální vývoj hlístice Caenorhabditis elegans.[7] The lin-4 Gen kódoval 22 nukleotidovou RNA se zachovanými komplementárními vazebnými místy v 3'-nepřekládané oblasti lin-14 mRNA přepis[8] a downregulovanou expresi proteinu LIN-14.[9] Nyní se předpokládá, že miRNA se podílejí na regulaci mnoha vývojových a biologických procesů, včetně krvetvorba (miR-181 v Mus musculus[10]), metabolismus lipidů (miR-14 v Drosophila melanogaster[11]) a vývoj neuronů (lsy-6 v Caenorhabditis elegans[12]).[6] Tyto objevy si vyžádaly vývoj technik schopných identifikovat a charakterizovat miRNA, jako je miRNA-seq.

Dějiny

Sekvenování MicroRNA (miRNA-seq) bylo vyvinuto s cílem využít výhod sekvenování nové generace nebo masivně paralelní vysoce výkonné sekvenování technologie za účelem nalezení nových miRNA a jejich profilů exprese v daném vzorku. Sekvenování miRNA samo o sobě není nový nápad, využívají se počáteční metody sekvenování Sangerovo sekvenování metody. Příprava sekvence zahrnovala vytváření knihoven pomocí klonování z DNA reverzně transkribované z endogenních malých RNA o velikosti 21–25 bp vybraných podle sloupce a Gelová elektroforéza.[13] Tato metoda je však vyčerpávající z hlediska času a zdrojů, protože každý klon musí být individuálně zesílen a připraven pro sekvenování. Tato metoda také neúmyslně upřednostňuje miRNA, které jsou vysoce exprimovány.[6] Sekvenování nové generace eliminuje potřebu sekvenčně specifických hybridizačních sond požadovaných v DNA microarray analýza i pracné metody klonování vyžadované v Sangerově sekvenční metodě. Sekvenční platformy nové generace v metodě miRNA-SEQ navíc usnadňují sekvenování velkých zásob malých RNA v jednom sekvenčním běhu.[14]

miRNA-seq lze provádět pomocí různých sekvenčních platforem. První analýza malého RNA pomocí metod miRNA-seq bylo vyšetřeno přibližně 1,4 milionu malých RNA z modelové rostliny Arabidopsis thaliana použitím Lynx Therapeutics 'Massively Parallel Signature Sequencing (MPSS) sekvenční platforma. Tato studie prokázala potenciál nových, vysoce výkonných sekvenčních technologií pro studium malých RNA a ukázala, že genomy generují velké množství malých RNA s rostlinami jako zvláště bohatými zdroji malých RNA.[15] Pozdější studie používaly jiné technologie sekvenování, jako je studie v C. elegans který identifikoval 18 nových genů miRNA a také novou třídu malých RNA hlístic 21U-RNA.[16] Další studie porovnávající malé profily RNA lidských nádorů děložního čípku a normální tkáně využila Illumina (společnost) Analyzátor genomu k identifikaci 64 nových lidských genů miRNA a 67 odlišně exprimovaných miRNA.[17] Applied Biosystems Sekvenční platforma SOLiD byla také použita ke zkoumání prognostické hodnoty miRNA při detekci lidského karcinomu prsu.[18]

Metody

Příprava knihovny miRNA

Příprava malé RNA

Viz také: Extrakce RNA, Extrakce fenol-chloroformem, Gelová elektroforéza, DNA ligáza, Reverzní transkriptáza, a Polymerázová řetězová reakce

Konstrukci knihovny sekvencí lze provádět pomocí různých různých sad v závislosti na použité vysoce výkonné platformě pro sekvenování. Existuje však několik společných kroků pro přípravu malé sekvence RNA.[19][20]

Celková izolace RNA

V daném vzorku je veškerá RNA extrahována a izolována pomocí metody isothiokyanát / fenol / chloroform (GITC / fenol) nebo komerčního produktu, jako je Trizol (Invitrogen ) činidlo. Počáteční množství 50-100 μg celkové RNA, 1 g tkáně obvykle poskytuje 1 mg celkové RNA, je obvykle nutné pro čištění gelu a výběr velikosti.[20] Měří se také kontrola kvality RNA, například spuštěním RNA čipu na Caliper LabChipGX (Třmenové biologické vědy ).

Frakcionace velikosti malých RNA gelovou elektroforézou

Izolovaná RNA se analyzuje na denaturačním polyakrylamidovém gelu. K identifikaci části gelu obsahující RNA vhodné velikosti se používá zobrazovací metoda, jako jsou radioaktivní oligonukleotidy značené 5’-32P spolu s žebříkem velikosti, čímž se snižuje množství materiálu, který se nakonec sekvenuje. Tento krok nemusí být nutně proveden před kroky ligace a reverzní transkripce uvedenými níže.[19][20]

Ligace

Krok ligace přidává adaptéry DNA na oba konce malých RNA, které působí jako vazebná místa primeru během reverzní transkripce a PCR zesílení. Adenylovaný jednovláknový DNA 3'adaptor následovaný 5'adaptorem je ligován na malé RNA pomocí ligujícího enzymu, jako je T4 RNA ligáza2. Adaptéry jsou také navrženy tak, aby zachytávaly malé RNA s 5 'fosfátovou skupinou, charakteristickými mikroRNA, spíše než produkty degradace RNA s 5' hydroxylovou skupinou.[19][20]

Reverzní transkripce a amplifikace PCR

Tento krok převádí malé ligované adaptéry RNA na klony cDNA použité v sekvenční reakci. Existuje mnoho komerčních sad, které tento krok provedou pomocí nějaké formy reverzní transkriptáza. Poté se provede PCR k amplifikaci skupiny cDNA sekvencí. V tomto kroku lze také použít primery navržené s jedinečnými nukleotidovými značkami k vytvoření ID tagů v multiplexním sekvenování sdružené knihovny.[19][20]

Sekvenování

Viz také: Sekvenování DNA

Skutečné sekvenování RNA se významně liší v závislosti na použité platformě. Tři běžné sekvenování nové generace[21] platformy jsou Pyrosekvenování na 454 biologických věd plošina,[22] sekvenční syntéza na bázi polymerázy na Illumina (společnost) plošina,[23] nebo sekvenování ligací na Solidní sekvenování ABI plošina.[24]

Analýza dat

Ústředním bodem pro analýzu dat miRNA-seq je schopnost 1) získat úrovně četnosti miRNA ze čtení sekvencí, 2) objevovat nové miRNA a poté být schopni 3) určit odlišně exprimovanou miRNA a jejich 4) asociované genové cíle mRNA.

Analýza dat miRNA-seq

miRNA Zarovnání a kvantifikace množství

miRNA mohou být přednostně exprimovány v určitých typech buněk, tkáních, stádiích vývoje nebo v konkrétních chorobných stavech, jako je rakovina.[1] Protože hluboké sekvenování (miRNA-seq) generuje miliony čtení z daného vzorku, umožňuje nám profilovat miRNA; ať už je to kvantifikací jejich absolutního množství, objevit jejich varianty (známé jako isomiry[25]) Vezměte na vědomí, že vzhledem k tomu, že průměrná délka načítaných sekvencí je delší než průměrná miRNA (17-25 nt), měly by se 3 'a 5' konce miRNA nacházet při stejném čtení. Existuje několik algoritmů kvantifikace hojnosti miRNA.[21][26] Jejich obecné kroky jsou následující:[27]

  1. Po sekvenování jsou surová načtená sekvence filtrována na základě kvality. Sekvence adaptéru jsou také oříznuty z přečtení surové sekvence.
  2. Výsledná čtení se poté naformátují do souboru fasta, kde se zaznamená počet kopií a sekvence pro každou jedinečnou značku.
  3. Sekvence, které mohou představovat kontaminaci E. Coli, jsou označeny a VÝBUCH hledat proti databázi E. Coli a jsou odstraněny z analýzy.
  4. Každá ze zbývajících sekvencí je srovnána s databází sekvencí miRNA (jako je miRBase[28]) Abychom zohlednili nedokonalé zpracování DICER, jsou povoleny 6nt převis na 3 'konci a 3nt na 5' konci.
  5. Čtení, která se nesrovnají s databází miRNA, se poté volně zarovnají s miRNA prekurzory k detekci miRNA, které by mohly nést mutace nebo ty, které prošly Úpravy RNA.
  6. Počty čtení pro každou miRNA se poté normalizují na celkový počet mapovaných miRNA, aby se ohlásilo množství každé miRNA.

Nový miRNA Discovery

Další výhodou miRNA-seq je, že umožňuje objev nových miRNA, které se mohly vyhnout tradičním metodám screeningu a profilování.[27] Existuje několik nových algoritmů objevování miRNA. Jejich obecné kroky jsou následující:

  1. Získejte čtení, která neodpovídají známým sekvencím miRNA, a mapujte je do genomu.
  2. Metoda skládání RNA
    1. Pro sekvence miRNA byla nalezena přesná shoda, získejte genomovou sekvenci zahrnující ~ 100 bp lemující sekvence na obou stranách a spusťte RNA pomocí softwaru pro skládání RNA, jako je vídeňský balíček.[29]
    2. Složené sekvence, které leží na jednom rameni vlásenky miRNA a mají minimální volnou energii menší než ~ 25 kcal / mol, jsou zařazeny do užšího výběru jako domnělá miRNA.
    3. Sekvence z užšího výběru jsou oříznuty tak, aby obsahovaly pouze možnou prekurzorovou sekvenci, a poté jsou znovu složeny, aby se zajistilo, že prekurzor nebyl uměle stabilizován sousedními sekvencemi.
    4. Výsledné přeložené sekvence jsou považovány za nové miRNA, pokud sekvence miRNA spadá do jednoho ramene vlásenky, a jsou mezi druhy vysoce konzervativní.
  3. Metoda exprese hvězdného řetězce (miRdeep[30])
    1. Nové miRNA sekvence jsou identifikovány na základě charakteristického expresního vzoru, který zobrazují díky zpracování DICER: vyšší exprese zralé miRNA nad hvězdným řetězcem a smyčkovými sekvencemi.

Analýza diferenciálního vyjádření

Poté, co jsou kvantity miRNA kvantifikovány pro každý vzorek, mohou být jejich úrovně exprese porovnány mezi vzorky. Jeden by pak byl schopen identifikovat miRNA, které jsou přednostně exprimovány v konkrétních časových bodech nebo v konkrétních tkáních nebo chorobných stavech. Po normalizaci počtu mapovaných čtení mezi vzorky lze použít celou řadu statistických testů (jako jsou ty, které se používají v profilování genové exprese ) k určení rozdílového výrazu

Předpověď cíle

Identifikace cílů mRNA miRNA poskytne pochopení genů nebo sítí genů, jejichž expresi regulují.[31] Veřejné databáze poskytují předpovědi cílů miRNA. Ale pro lepší rozlišení skutečných pozitivních předpovědí od falešně pozitivních předpovědí mohou být data miRNA-seq integrována do dat mRNA-seq, aby bylo možné pozorovat funkční páry miRNA: mRNA. RNA22,[32] TargetScan,[33][34][35][36][37][38] miRanda,[39] a PicTar[40] jsou software určený pro tento účel. Je uveden seznam predikčního softwaru tady Obecné kroky jsou:

  1. Určete miRNA: vazebné páry mRNA, je identifikována komplementarita mezi sekvencemi miRNA na 3’-UTR sekvence mRNA.
  2. Určete stupeň zachování miRNA: vazebné páry mRNA napříč druhy. Typicky je u více vysoce vazebných párů méně pravděpodobné, že budou falešnými poplachy predikce.
  3. Pozorujte důkazy o cílení miRNA v mRNA-seq nebo datech exprese proteinu: kde je exprese miRNA vysoká, měla by být exprese genu a proteinu jejího cílového genu nízká.

Ověření cíle pro rozštěpené mRNA cíle

Mnoho miRNA funguje tak, že řídí štěpení jejich mRNA cílů; to platí zejména u rostlin, a proto byly vyvinuty vysoce výkonné sekvenční metody, které využívají výhod této vlastnosti miRNA sekvenováním nezakrytých 3 'konců štěpených nebo degradovaných mRNA. Tyto metody jsou známé jako Postupnost degradace nebo PARE.[41][42] Validace cílového štěpení ve specifických mRNA se obvykle provádí pomocí upravené verze 5 ' Rychlá amplifikace cDNA končí s genově specifickým primerem.

Aplikace

Identifikace nových miRNA

miRNA-seq odhalila nové miRNA, které se dříve unikly tradičním metodám profilování miRNA. Příklady takových nálezů jsou v embryonálních kmenových buňkách,[25] kuřecí embrya,[43] akutní lymfoblastická leukémie,[44] difuzní velký b-buněčný lymfom a b-buňky,[45] Akutní myeloidní leukémie,[46] a rakovina plic.[47]

Biomarkery nemoci

Mikro RNA jsou důležitými regulátory téměř všech buněčných procesů, jako je přežití, proliferace, a diferenciace. V důsledku toho není neočekávané, že miRNA se účastní různých aspektů rakoviny prostřednictvím regulace onko- a gen potlačující nádor výraz. V kombinaci s vývojem vysoce výkonných metod profilování byly miRNA identifikovány jako biomarkery pro klasifikaci rakoviny, odpověď na terapii a prognózu.[48] Navíc, protože miRNA regulují genovou expresi, mohou také odhalit poruchy v důležitých regulačních sítích, které mohou být příčinou konkrétní poruchy.[48] Níže je uvedeno několik aplikací miRNA jako biomarkerů a prediktorů onemocnění.

Tabulka 1: Podtypy rakoviny rozlišené mikroRNA
Typ rakovinymiRNA αČj.
Prsa
Stav pohotovostimiR-26a / b, rodina miR-30, miR-29b, miR-155, miR-342, miR-206, miR-191[49][50][51][52]
Stav PRlet-7c, miR-29b, miR-26a, miR-30 rodina, miR-520g[52][53]
HER2 /neu postavenímiR-520d, miR-181c, miR-302c, miR-376b, miR-30e[49][53]
Plíce
Skvamózní vs neskvamózní buňkamiR-205[54]
Malé buňky vs nemalé buňkymiR-17-5p, miR-22, miR-24, miR-31[48]
Žaludeční
Difúzní vs střevnímiR-29b / c, rodina miR-30, miR-135a / b[55]
Endometria
Endometrioid vs děložní papilárnímiR-19a / b, miR-30e-5p, miR-101, miR-452, miR-382, miR-15a, miR-29c[56]
Renální
Čistá buňka vs. papilárnímiR-424, miR-203, miR-31, miR-126[57]
Oncocytoma vs chromophobemiR-200c, miR-139-5p[57]
Myelom
s t (14; 16)miR-1, miR-133a[58]
s t (4; 14)miR-203, miR-155, miR-375[58]
s t (11; 14)miR-125a, miR-650, miR-184[58]
Akutní myeloidní leukémie
at (15; 17)miR-382, miR-134, miR-376a, miR-127, miR-299-5p, miR-323[59]
s t (8; 21) nebo inv (16)let-7b / c, miR-127[59]
s NPM1 mutacemiR-10a / b, let-7, miR-29, miR-204, miR-128a, miR-196a / b[59][60]
s FLT3 ITDmiR-155[59][60][61]
Chronická lymfocytární leukémie
Úrovně ZAP-70 a stav IgVHmiR-15a, miR-195, miR-221, miR-155, miR-23b[62]
Melanom
s BRAF V600EmiR-193a, miR-338, miR-565[63]
Lymfom
Difúzní velký B-buněčný lymfommá-miR-128, má-miR-129-3p, má-miR-152, má-miR-155, má-miR-185, má-miR-193a-5p, má-miR-196b, má-miR- 199b-3p, má-miR-20b, má-miR-23a, má-miR-27a, má-miR-28-5p, má-miR-301a, má-miR-331-3p, má-miR-365, has-miR-625, has-miR-9[45]

αToto není úplný seznam miRNA zapojených do těchto malignit.

Srovnání s jinými metodami profilování miRNA

Nevýhody použití miRNA-seq oproti jiným metodám profilování miRNA spočívají v tom, že je dražší, obecně vyžaduje větší množství celkové RNA, zahrnuje rozsáhlou amplifikaci a je časově náročnější než metody microarray a qPCR.[3] Rovněž se zdá, že metody přípravy knihovny miRNA-seq mají systematické preferenční zastoupení doplňku miRNA, což zabrání přesnému určení množství miRNA.[64] Přístup je zároveň nezávislý na hybridizaci, a proto nevyžaduje a priori informace o sekvenci. Z tohoto důvodu lze získat sekvence nových miRNA a izoformy miRNA (isoMirs), rozlišit postupně podobné miRNA a identifikovat bodové mutace.[65]

Porovnání platformy profilování miRNA

[3]

Tabulka 2: Porovnání platformy miRNA profilování
qPCRMicroarraySekvenování
Časová propustnost~ 6 hodin~ 2 dny1–2 týdny
Celková požadovaná RNA500 ng100-1 000 ng500-5 000 ng
Byl zjištěn dynamický rozsahŠest řádůČtyři řádyPět nebo více řádů
Infrastruktura a technické požadavkyMáloMírnýPodstatné
Cena za vzorek (USD)$400$250–$350$500–$700

Reference

  1. ^ A b Farazi, Thalia A; Spitzer, Jessica I; Morozov, Pavel; Tuschl, Thomas (2011). „miRNA u lidské rakoviny“. The Journal of Pathology. 223 (2): 102–115. doi:10,1002 / cesta.2806. ISSN  0022-3417. PMC  3069496. PMID  21125669.
  2. ^ Sandhu, S .; Garzon, R. (2011). „Potenciální aplikace mikroRNA při diagnostice, prognóze a léčbě rakoviny“. Semin Oncol. 38 (6): 781–787. doi:10.1053 / j.seminoncol.2011.08.007. PMID  22082764.
  3. ^ A b C Baker, Monya (2010). "MicroRNA profilování: oddělování signálu od šumu". Přírodní metody. 7 (9): 687–692. doi:10.1038 / nmeth0910-687. ISSN  1548-7091. PMID  20805796. S2CID  6853222.
  4. ^ Kim, V. Narry; Han, Jinju; Siomi, Mikiko C. (2009). "Biogeneze malých RNA u zvířat". Nature Reviews Molecular Cell Biology. 10 (2): 126–139. doi:10.1038 / nrm2632. ISSN  1471-0072. PMID  19165215. S2CID  8360619.
  5. ^ Bartel, D (2004). "MicroRNAsGenomics, Biogenesis, Mechanism, and Function". Buňka. 116 (2): 281–297. doi:10.1016 / S0092-8674 (04) 00045-5. ISSN  0092-8674. PMID  14744438. S2CID  2669459.
  6. ^ A b C On, Lin; Hannon, Gregory J. (2004). „MicroRNA: malé RNA s velkou rolí v regulaci genů“. Genetika hodnocení přírody. 5 (7): 522–531. doi:10.1038 / nrg1379. ISSN  1471-0056. PMID  15211354. S2CID  86602746.
  7. ^ Ambros, Victor (1989). „Hierarchie regulačních genů řídí vývojovou změnu od larvy k dospělému u C. elegans.“ Buňka. 57 (1): 49–57. doi:10.1016/0092-8674(89)90171-2. ISSN  0092-8674. PMID  2702689. S2CID  13103224.
  8. ^ Lee, Rosalind C .; Feinbaum, Rhonda L .; Ambros, Victor (1993). „Heterochronický gen C. elegans lin-4 kóduje malé RNA s antisense komplementaritou k lin-14“. Buňka. 75 (5): 843–854. doi:10.1016 / 0092-8674 (93) 90529-Y. ISSN  0092-8674. PMID  8252621.
  9. ^ Wightman, Bruce; Ha, Ilho; Ruvkun, Gary (1993). „Posttranskripční regulace heterochronického genu lin-14 lin-4 zprostředkovává tvorbu temporálního vzoru u C. elegans“. Buňka. 75 (5): 855–862. doi:10.1016/0092-8674(93)90530-4. ISSN  0092-8674. PMID  8252622.
  10. ^ Chen, C.-Z. (2004). „MicroRNA modulují diferenciaci hematopoetické linie“ (PDF). Věda. 303 (5654): 83–86. Bibcode:2004Sci ... 303 ... 83C. doi:10.1126 / science.1091903. hdl:1721.1/7483. ISSN  0036-8075. PMID  14657504. S2CID  7044929.
  11. ^ Xu, Peizhang; Vernooy, Stephanie Y .; Guo, Ming; Hay, Bruce A. (2003). „Drosophila MicroRNA Mir-14 potlačuje buněčnou smrt a je nutná pro normální metabolismus tuků“ (PDF). Aktuální biologie. 13 (9): 790–795. doi:10.1016 / S0960-9822 (03) 00250-1. ISSN  0960-9822. PMID  12725740. S2CID  6391484.
  12. ^ Johnston, Robert J .; Hobert, Oliver (2003). "MicroRNA kontrolující levou / pravou neuronální asymetrii u Caenorhabditis elegans". Příroda. 426 (6968): 845–849. Bibcode:2003 Natur.426..845J. doi:10.1038 / nature02255. ISSN  0028-0836. PMID  14685240. S2CID  4410288.
  13. ^ Lee, R. C. (2001). "Rozsáhlá třída malých RNA v Caenorhabditis elegans". Věda. 294 (5543): 862–864. Bibcode:2001Sci ... 294..862L. doi:10.1126 / science.1065329. ISSN  0036-8075. PMID  11679672. S2CID  33480585.
  14. ^ Aldridge, Sarah; Hadfield, James (2012). Úvod do technologie profilování miRNA a srovnání mezi platformami. Metody v molekulární biologii. 822. Technologie profilování výrazů MicroRNA nové generace. 19–31. doi:10.1007/978-1-61779-427-8_2. ISBN  978-1-61779-426-1. ISSN  1064-3745. PMID  22144189.
  15. ^ Lu, C; Tej, SS; Luo, S; Haudenschild, CD; Meyers, BC; Green, PJ (2. září 2005). "Elucidace malé RNA složky transkriptomu". Věda. 309 (5740): 1567–9. Bibcode:2005Sci ... 309.1567L. doi:10.1126 / science.1114112. PMID  16141074. S2CID  1651848.
  16. ^ Ruby, J. Graham; Jan, Calvin; Hráč, Christopher; Axtell, Michael J .; Lee, William; Nusbaum, Čad; Ge, Hui; Bartel, David P. (2006). „Sekvenování ve velkém měřítku odhaluje 21U-RNA a další mikroRNA a endogenní siRNA v C. elegans“. Buňka. 127 (6): 1193–1207. doi:10.1016 / j.cell.2006.10.040. ISSN  0092-8674. PMID  17174894. S2CID  16838469.
  17. ^ Witten, Daniela; Tibshirani, Robert; Gu, Sam; Fire, Andrew; Lui, Weng-Onn (2010). „Extrémně vysoký průchod založený na sekvenování malých RNA a diskrétní statistická analýza biomarkerů ve sbírce cervikálních nádorů a odpovídajících kontrol“. Biologie BMC. 8 (1): 58. doi:10.1186/1741-7007-8-58. ISSN  1741-7007. PMC  2880020. PMID  20459774.
  18. ^ Wu, Qian; Lu, Zuhong; Li, Zdraví; Lu, Jiafeng; Guo, Li; Ge, Qinyu (2011). "Sekvenování nové generace MicroRNA pro detekci rakoviny prsu". Journal of Biomedicine and Biotechnology. 2011: 1–7. doi:10.1155/2011/597145. ISSN  1110-7243. PMC  3118289. PMID  21716661.
  19. ^ A b C d Lu, C; Meyers, BC; Green, PJ (říjen 2007). "Konstrukce malých knihoven cDNA RNA pro hluboké sekvenování". Metody. 43 (2): 110–7. doi:10.1016 / j.ymeth.2007.05.002. PMID  17889797.
  20. ^ A b C d E Hafner, Markus; Landgraf, Pablo; Ludwig, Janos; Rýže, Amanda; Ojo, tolulope; Lin, Carolina; Holoch, Daniel; Lim, Cindy; Tuschl, Thomas (2008). "Identifikace mikroRNA a dalších malých regulačních RNA pomocí sekvenování cDNA knihovny". Metody. 44 (1): 3–12. doi:10.1016 / j.ymeth.2007.09.009. ISSN  1046-2023. PMC  2847350. PMID  18158127.
  21. ^ A b Shendure, Jay; Ji, Hanlee (2008). "Sekvenování DNA nové generace". Přírodní biotechnologie. 26 (10): 1135–1145. doi:10.1038 / nbt1486. ISSN  1087-0156. PMID  18846087. S2CID  6384349.
  22. ^ „Archivovaná kopie“. Archivovány od originál dne 26. 05. 2011. Citováno 2012-03-01.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz)
  23. ^ http://www.illumina.com/pages.ilmn?ID=204
  24. ^ „Archivovaná kopie“. Archivovány od originál dne 2008-05-16. Citováno 2008-05-16.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz)
  25. ^ A b Morin, R. D .; O'Connor, M. D .; Griffith, M .; Kuchenbauer, F .; Delaney, A .; Prabhu, A.-L .; Zhao, Y .; McDonald, H .; Zeng, T .; Hirst, M .; Eaves, C. J .; Marra, M. A. (2008). „Aplikace masivně paralelního sekvenování na profilování a objevování mikroRNA v lidských embryonálních kmenových buňkách“. Výzkum genomu. 18 (4): 610–621. doi:10,1101 / gr. 7179508. ISSN  1088-9051. PMC  2279248. PMID  18285502.
  26. ^ Berninger, Philipp; Gaidatzis, Dimos; van Nimwegen, Erik; Zavolan, Mihaela (2008). "Výpočetní analýza malých dat klonování RNA". Metody. 44 (1): 13–21. doi:10.1016 / j.ymeth.2007.10.002. ISSN  1046-2023. PMID  18158128.
  27. ^ A b Creighton, C. J .; Reid, J. G .; Gunaratne, P. H. (2009). "Expresní profilování mikroRNA pomocí hlubokého sekvenování". Briefings in Bioinformatics. 10 (5): 490–497. doi:10.1093 / bib / bbp019. ISSN  1467-5463. PMC  2733187. PMID  19332473.
  28. ^ Kozomara, A .; Griffiths-Jones, S. (2010). „miRBase: integrace anotací mikroRNA a dat hloubkového řazení“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (Databáze): D152 – D157. doi:10.1093 / nar / gkq1027. ISSN  0305-1048. PMC  3013655. PMID  21037258.
  29. ^ Hofacker, I.L .; Fontana, W .; Stadler, P. F .; Bonhoeffer, L. S .; Tacker, M .; Schuster, P. (1994). "Rychlé skládání a srovnání sekundárních struktur RNA". Monatshefte für Chemie. 125 (2): 167–188. doi:10.1007 / BF00818163. ISSN  0026-9247. S2CID  19344304.
  30. ^ Yang, X .; Li, L. (2011). „miRDeep-P: výpočetní nástroj pro analýzu transkriptomu mikroRNA v rostlinách“. Bioinformatika. 27 (18): 2614–5. doi:10.1093 / bioinformatika / btr430. ISSN  1367-4803. PMID  21775303.
  31. ^ Cloonan, Nicole; Wani, Shivangi; Xu, Qinying; Gu, Jian; Lea, Kristi; Ohřívač, Sheila; Barbacioru, Catalin; Steptoe, Anita L; Martin, Hilary C; Nourbakhsh, Ehsan; Krishnan, Keerthana; Gardiner, Brooke; Wang, Xiaohui; Nones, Katia; Steen, Jason A; Matigan, Nick; Wood, David L; Kassahn, Karin S; Waddell, Nic; Shepherd, Jill; Lee, Clarence; Ichikawa, Jeff; McKernan, Kevin; Bramlett, Kelli; Kuersten, Scott; Grimmond, Sean M (2011). „MicroRNA a jejich isomiR fungují kooperativně při cílení na společné biologické cesty“. Genome Biology. 12 (12): R126. doi:10.1186 / gb-2011-12-12-r126. ISSN  1465-6906. PMC  3334621. PMID  22208850.
  32. ^ Miranda KC, Huynh T, Tay Y, Ang YS, Tam WL, Thomson AM, Lim B, Rigoutsos I (2006). "Metoda založená na vzoru pro identifikaci vazebných míst MicroRNA a jejich odpovídajících heteroduplexů". Buňka. 126 (6): 1203–17. doi:10.1016 / j.cell.2006.07.031. PMID  16990141. S2CID  12749133.
  33. ^ Lewis, BP; Burge CB; Bartel DP (14. ledna 2005). „Zachované párování semen, často obklopené adenosiny, naznačuje, že tisíce lidských genů jsou cíle mikroRNA.“ Buňka. 120 (1): 15–20. doi:10.1016 / j.cell.2004.12.035. PMID  15652477. S2CID  17316349.
  34. ^ Grimson, A; Farh, KK; Johnston, WK; Garrett-Engele, P; Lim, LP; Bartel, DP (6. července 2007). „MicroRNA zaměřená na specificitu u savců: determinanty nad párováním semen“. Molekulární buňka. 27 (1): 91–105. doi:10.1016 / j.molcel.2007.06.017. PMC  3800283. PMID  17612493.
  35. ^ Friedman, RC; Farh, KK; Burge, CB; Bartel, DP (leden 2009). „Většina savčích mRNA je konzervovaným cílem mikroRNA“. Výzkum genomu. 19 (1): 92–105. doi:10.1101 / gr.082701.108. PMC  2612969. PMID  18955434.
  36. ^ Garcia, DM; Baek, D; Shin, C; Bell, GW; Grimson, A; Bartel, DP (11. září 2011). „Slabá stabilita párování semen a vysoká hojnost cílového místa snižují odbornost lsy-6 a dalších mikroRNA“. Přírodní strukturní a molekulární biologie. 18 (10): 1139–46. doi:10.1038 / nsmb.2115. PMC  3190056. PMID  21909094.
  37. ^ Agarwal, Vikram; Bell, George W .; Nam, Jin-Wu; Bartel, David P. (08.08.2015). „Predikce účinných cílových míst mikroRNA v savčích mRNA“. eLife. 4: e05005. doi:10,7554 / eLife.05005. ISSN  2050-084X. PMC  4532895. PMID  26267216.
  38. ^ Agarwal, V; Subtelny, AO; Thiru, P; Ulitsky, I; Bartel, DP (4. října 2018). „Predikce účinnosti cílení mikroRNA u Drosophila“. Genome Biology. 19 (1): 152. doi:10.1186 / s13059-018-1504-3. PMC  6172730. PMID  30286781.
  39. ^ Maziere, P; Enright, A (2007). "Predikce cílů mikroRNA". Objev drog dnes. 12 (11–12): 452–458. doi:10.1016 / j.drudis.2007.04.002. ISSN  1359-6446. PMID  17532529.
  40. ^ Krek, A. Identifikace cílů microRNA. DAI-B 70/07, (2010).
  41. ^ Němec MA, Pillay M, Jeong DH, Hetawal A, Luo S, Janardhanan P, Kannan V, Rymarquis LA, Nobuta K, Němec R, De Paoli E, Lu C, Schroth G, Meyers BC, Green PJ (2008). "Globální identifikace párů mikroRNA-cílová RNA paralelní analýzou konců RNA". Nat. Biotechnol. 26 (8): 941–946. doi:10.1038 / nbt1417. PMID  18542052. S2CID  13187064.
  42. ^ Addo-Quaye C, Eshoo TW, Bartel DP, Axtell MJ (2008). "Endogenní siRNA a miRNA cíle identifikované sekvenováním degradomu Arabidopsis". Curr. Biol. 18 (10): 758–762. doi:10.1016 / j.cub.2008.04.042. PMC  2583427. PMID  18472421.
  43. ^ Buermans, Henk PJ; Ariyurek, Yavuz; van Ommen, Gertjan; den Dunnen, Johan T; 't Hoen, Peter AC (2010). „Nové metody pro sekvenování založené na sekvenování mikroRNA pomocí sekvenování nové generace“. BMC Genomics. 11 (1): 716. doi:10.1186/1471-2164-11-716. ISSN  1471-2164. PMC  3022920. PMID  21171994.
  44. ^ Zhang, Baohong; Zhang, Hua; Yang, Jian-Hua; Zheng, Yu-Sheng; Zhang, Peng; Chen, Xiao; Wu, červen; Xu, Ling; Luo, Xue-Qun; Ke, Zhi-Yong; Zhou, Hui; Qu, Liang-Hu; Chen, Yue-Qin (2009). „Celá genomová analýza malé RNA a nového objevu mikroRNA u lidské akutní lymfoblastické leukémie založená na přístupu rozsáhlého sekvenování“. PLOS ONE. 4 (9): e6849. Bibcode:2009PLoSO ... 4.6849Z. doi:10.1371 / journal.pone.0006849. ISSN  1932-6203. PMC  2731166. PMID  19724645.
  45. ^ A b Jima, D. D .; Zhang, J .; Jacobs, C .; Richards, K. L .; Dunphy, C.H .; Choi, W. W. L .; Yan Au, W .; Srivastava, G .; Czader, M. B .; Rizzieri, D. A .; Lagoo, A. S .; Lugar, P. L .; Mann, K. P .; Flowers, C. R .; Bernal-Mizrachi, L .; Naresh, K. N .; Evens, A. M .; Gordon, L. I .; Luftig, M .; Friedman, D. R .; Weinberg, J. B .; Thompson, M. A .; Gill, J. I .; Liu, Q .; Jak, T .; Grubor, V .; Gao, Y .; Patel, A .; Wu, H .; Zhu, J .; Blobe, G. C .; Lipsky, P.E .; Chadburn, A .; Dave, S. S. (2010). „Hluboké sekvenování malého RNA transkriptomu normálních a maligních lidských B buněk identifikuje stovky nových mikroRNA“. Krev. 116 (23): e118 – e127. doi:10.1182 / krev-2010-05-285403. ISSN  0006-4971. PMC  3012600. PMID  20733160.
  46. ^ Starczynowski, D. T .; Morin, R .; McPherson, A .; Lam, J .; Chari, R .; Wegrzyn, J .; Kuchenbauer, F .; Hirst, M .; Tohyama, K .; Humphries, R. K .; Lam, W. L .; Marra, M .; Karsan, A. (2010). „Identifikace lidských mikroRNA v genomu v genomových změnách asociovaných s leukémií“. Krev. 117 (2): 595–607. doi:10.1182 / krev-2010-03-277012. ISSN  0006-4971. PMID  20962326.
  47. ^ Keller, Andreas; Backes, Christina; Leidinger, Petra; Kefer, Nathalie; Boisguerin, Valesca; Barbacioru, Catalin; Vogel, Britta; Matzas, Mark; Huwer, Hanno; Katus, Hugo A .; Stähler, Cord; Meder, Benjamin; Meese, Eckart (2011). „Sekvenování nové generace identifikuje nové mikroRNA v periferní krvi pacientů s rakovinou plic“. Molekulární biosystémy. 7 (12): 3187–99. doi:10.1039 / c1mb05353a. ISSN  1742-206X. PMID  22027949.
  48. ^ A b C Chan, Elcie; Prado, Daniel Estévez; Weidhaas, Joanne Barnes (2011). „Rakovinové mikroRNA: Od profilování podtypů po prediktory reakce na terapii“. Trendy v molekulární medicíně. 17 (5): 235–243. doi:10.1016 / j.molmed.2011.01.008. ISSN  1471-4914. PMC  3092835. PMID  21354374.
  49. ^ A b Blenkiron, Cherie; Goldstein, Leonard D; Thorne, Natalie P; Spiteri, Inmaculada; Chin, Suet-Feung; Dunning, Mark J; Barbosa-Morais, Nuno L; Teschendorff, Andrew E; Green, Andrew R; Ellis, Ian O; Tavaré, Simon; Caldas, Carlos; Miska, Eric A (2007). „MikroRNA expresní profil lidského karcinomu prsu identifikuje nové markery podtypu nádoru“. Genome Biology. 8 (10): R214. doi:10.1186 / gb-2007-8-10-r214. ISSN  1465-6906. PMC  2246288. PMID  17922911.
  50. ^ Sempere, L. F .; Christensen, M .; Silahtaroglu, A .; Bak, M .; Heath, C. V .; Schwartz, G .; Wells, W .; Kauppinen, S .; Cole, C. N. (2007). „Změněná exprese MicroRNA omezena na specifické subpopulace epiteliálních buněk u rakoviny prsu“. Výzkum rakoviny. 67 (24): 11612–11620. doi:10.1158 / 0008-5472.CAN-07-5019. ISSN  0008-5472. PMID  18089790.
  51. ^ Mattie, Michael D; Benz, Christopher C; Bowers, Jessica; Sensinger, Kelly; Wong, Linda; Scott, Gary K; Fedele, Vita; Ginzinger, David; Getts, Robert; Haqq, Chris (2006). „Optimalizované vysoce výkonné profilování exprese microRNA poskytuje nové biomarkerové hodnocení klinických biopsií rakoviny prostaty a prsu“. Molekulární rakovina. 5 (1): 24. doi:10.1186/1476-4598-5-24. ISSN  1476-4598. PMC  1563474. PMID  16784538.
  52. ^ A b Iorio, M. V .; Ferracin, M .; Liu, C.-G .; Veronese, A .; Spizzo, R .; Sabbioni, S .; Magri, E .; Pedriali, M .; Fabbri, M .; Campiglio, M .; Menard, S .; Palazzo, J. P .; Rosenberg, A .; Musiani, P .; Volinia, S .; Nenci, I .; Calin, G. A .; Querzoli, P .; Negrini, M .; Croce, C. M. (2005). "Deregulace genové exprese MicroRNA u lidského karcinomu prsu". Výzkum rakoviny. 65 (16): 7065–7070. doi:10.1158 / 0008-5472.CAN-05-1783. ISSN  0008-5472. PMID  16103053.
  53. ^ A b Lowery, Aoife J; Miller, Nicola; Devaney, Amanda; McNeill, Roisin E; Davoren, Pamela A; Lemetre, Christophe; Beneš, Vladimír; Schmidt, Sabine; Blake, Jonathon; Ball, Graham; Kerin, Michael J (2009). „MikroRNA podpisy předpovídají stav estrogenových receptorů, progesteronových receptorů a HER2 / neu receptorů u rakoviny prsu“. Výzkum rakoviny prsu. 11 (3): R27. doi:10.1186 / bcr2257. ISSN  1465-5411. PMC  2716495. PMID  19432961.
  54. ^ Lebanony, D .; Benjamin, H .; Gilad, S .; Ezagouri, M .; Dov, A .; Ashkenazi, K .; Gefen, N .; Izraeli, S .; Rechavi, G .; Pass, H .; Nonaka, D .; Li, J .; Spector, Y .; Rosenfeld, N .; Chajut, A .; Cohen, D .; Aharonov, R .; Mansukhani, M. (2009). „Diagnostický test založený na expresi hsa-miR-205 odlišuje skvamózní a neskvamózní nemalobuněčný karcinom plic“. Journal of Clinical Oncology. 27 (12): 2030–2037. doi:10.1200 / JCO.2008.19.4134. ISSN  0732-183X. PMID  19273703.
  55. ^ Ueda, Tetsuya; Volinia, Stefano; Okumura, Hiroshi; Shimizu, Masayoshi; Taccioli, Cristian; Rossi, Simona; Olše, Hansjuerg; Liu, Chang-gong; Oue, Naohide; Yasui, Wataru; Yoshida, Kazuhiro; Sasaki, Hiroki; Nomura, Sachiyo; Seto, Yasuyuki; Kaminishi, Michio; Calin, George A; Croce, Carlo M (2010). „Vztah mezi expresí mikroRNA a progresí a prognózou rakoviny žaludku: analýza exprese mikroRNA“. Onkologie lancety. 11 (2): 136–146. doi:10.1016 / S1470-2045 (09) 70343-2. ISSN  1470-2045. PMC  4299826. PMID  20022810.
  56. ^ Ratner, Elena S .; Tuck, David; Richter, Christine; Nallur, Sunitha; Patel, Rajeshvari M .; Schultz, Vince; Hui, Pei; Schwartz, Peter E .; Rutherford, Thomas J .; Weidhaas, Joanne B. (2010). „Podpisy MicroRNA rozlišují podtypy nádorů rakoviny dělohy“. Gynekologická onkologie. 118 (3): 251–257. doi:10.1016 / j.ygyno.2010.05.010. ISSN  0090-8258. PMC  2918705. PMID  20542546.
  57. ^ A b Fridman, Eddie; Dotan, Zohar; Barshack, Iris; David, Miriam Ben; Dov, Avital; Tabak, Sarit; Zion, Orit; Benjamin, Sima; Benjamin, Hila; Kuker, Hagit; Avivi, Camila; Rosenblatt, Kinneret; Polak-Charcon, Sylvie; Ramon, Jacob; Rosenfeld, Nitzan; Spector, Yael (2010). „Přesná molekulární klasifikace renálních nádorů pomocí exprese MicroRNA“. The Journal of Molecular Diagnostics. 12 (5): 687–696. doi:10.2353 / jmoldx.2010.090187. ISSN  1525-1578. PMC  2928434. PMID  20595629.
  58. ^ A b C Gutiérrez, NC; Sarasquete, ME; Misiewicz-Krzeminska, I; Delgado, M; De Las Rivas, J; Ticona, F V; Fermiñán, E; Martín-Jiménez, P; Chillón, C; Risueño, A; Hernández, J M; García-Sanz, R; González, M; San Miguel, J F (2010). „Deregulace exprese mikroRNA u různých genetických podtypů mnohočetného myelomu a korelace s profilováním genové exprese“. Leukémie. 24 (3): 629–637. doi:10.1038 / leu.2009.274. ISSN  0887-6924. PMID  20054351.
  59. ^ A b C d Jongen-Lavrencic, M .; Sun, S. M .; Dijkstra, M. K .; Valk, P. J. M .; Lowenberg, B. (2008). „Profily exprese MicroRNA ve vztahu ke genetické heterogenitě akutní myeloidní leukémie“. Krev. 111 (10): 5078–5085. doi:10.1182 / krev-2008-01-133355. ISSN  0006-4971. PMID  18337557.
  60. ^ A b Garzon, R .; Garofalo, M .; Martelli, M. P .; Briesewitz, R .; Wang, L .; Fernandez-Cymering, C .; Volinia, S .; Liu, C.-G .; Schnittger, S .; Haferlach, T .; Liso, A .; Diverio, D .; Mancini, M .; Meloni, G .; Foa, R .; Martelli, M. F .; Mecucci, C .; Croce, C. M .; Falini, B. (2008). „Výrazný mikroRNA podpis akutní myeloidní leukémie nesoucí cytoplazmaticky mutovaný nukleofosmin“. Sborník Národní akademie věd. 105 (10): 3945–3950. Bibcode:2008PNAS..105,3945G. doi:10.1073 / pnas.0800135105. ISSN  0027-8424. PMC  2268779. PMID  18308931.
  61. ^ Marcucci, Guido; Radmacher, Michael D .; Maharry, Kati; Mrózek, Krzysztof; Ruppert, Amy S .; Paschka, Peter; Vukosavljevic, Tamara; Whitman, Susan P .; Baldus, Claudia D .; Langer, Christian; Liu, Chang-Gong; Carroll, Andrew J .; Powell, Bayard L .; Garzon, Ramiro; Croce, Carlo M .; Kolitz, Jonathan E .; Caligiuri, Michael A .; Larson, Richard A .; Bloomfield, Clara D. (2008). "Exprese MicroRNA u cytogeneticky normální akutní myeloidní leukémie". New England Journal of Medicine. 358 (18): 1919–1928. doi:10.1056 / NEJMoa074256. ISSN  0028-4793. PMID  18450603.
  62. ^ Calin, George Adrian; Ferracin, Manuela; Cimmino, Amelia; Di Leva, Gianpiero; Shimizu, Masayoshi; Wojcik, Sylwia E .; Iorio, Marilena V .; Visone, Rosa; Sever, Nurettin Ilfer; Fabbri, Muller; Iuliano, Rodolfo; Palumbo, Tiziana; Pichiorri, Flavia; Roldo, Claudia; Garzon, Ramiro; Sevignani, Cinzia; Rassenti, Laura; Olše, Hansjuerg; Volinia, Stefano; Liu, Chang-gong; Kipps, Thomas J .; Negrini, Massimo; Croce, Carlo M. (2005). "Podpis MicroRNA spojený s prognózou a progresí v chronické lymfocytární leukémii". New England Journal of Medicine. 353 (17): 1793–1801. doi:10.1056 / NEJMoa050995. ISSN  0028-4793. PMID  16251535.
  63. ^ Caramuta, Stefano; Egyházi, Suzanne; Rodolfo, Monica; Witten, Daniela; Hansson, Johan; Larsson, Catharina; Lui, Weng-Onn (2010). "Profily exprese MicroRNA spojené s mutačním stavem a přežitím u maligního melanomu". Journal of Investigative Dermatology. 130 (8): 2062–2070. doi:10.1038 / jid.2010.63. ISSN  0022-202X. PMID  20357817.
  64. ^ Linsen, Sam E V; de Wit, Elzo; Janssens, Georges; Ohřívač, Sheila; Chapman, Laura; Parkin, Rachael K; Fritz, Brian; Wyman, Stacia K; de Bruijn, Ewart; Voest, Emile E; Kuersten, Scott; Tewari, Muneesh; Cuppen, Edwin (2009). "Omezení a možnosti profilování digitální exprese genů malé RNA". Přírodní metody. 6 (7): 474–476. doi:10.1038 / nmeth0709-474. ISSN  1548-7091. PMID  19564845. S2CID  7953265.
  65. ^ Git, A .; Dvinge, H .; Salmon-Divon, M .; Osborne, M .; Kutter, C .; Hadfield, J .; Bertone, P .; Caldas, C. (2010). „Systematické srovnání profilů microarray, PCR v reálném čase a sekvenčních technologií nové generace pro měření diferenciální exprese microRNA“. RNA. 16 (5): 991–1006. doi:10.1261 / rna.1947110. ISSN  1355-8382. PMC  2856892. PMID  20360395.