Postupnost degradace - Degradome sequencing

Postupnost degradace (Degradome-Seq),[1][2] označovaný také jako paralelní analýza konců RNA (PARE ),[1][2] je upravená verze 5'-Rychlá amplifikace cDNA končí (RACE) pomocí vysoce výkonných metod hlubokého řazení, jako je technologie SBS společnosti Illumina. Sekvenování degradomu poskytuje komplexní prostředky pro analýzu vzorců degradace RNA.

K identifikaci bylo použito degradační sekvenování mikroRNA (miRNA ) štěpná místa,[3] protože miRNA mohou způsobit endonukleolytické štěpení mRNA rozsáhlou a často dokonalou komplementaritou s mRNA.[1][2] Sekvenování degradomu odhalilo mnoho známých a nových rostlin miRNA (siRNA ) cíle.[1][2][4][5][6][7] Nedávno se také použilo sekvenování degradomu k identifikaci štěpů odvozených od zvířat (lidských a myších) miRNA.[8][9][10]

externí odkazy

  • databáze starBase: databáze pro zkoumání míst štěpení mikroRNA z sekvenování degradomu (Degradome-Seq) data.

Reference

  1. ^ A b C d Němec MA, Pillay M, Jeong DH, Hetawal A, Luo S, Janardhanan P, Kannan V, Rymarquis LA, Nobuta K, Němec R, De Paoli E, Lu C, Schroth G, Meyers BC, Green PJ (2008). "Globální identifikace párů mikroRNA-cílová RNA paralelní analýzou konců RNA". Nat. Biotechnol. 26 (8): 941–946. doi:10.1038 / nbt1417. PMID  18542052.
  2. ^ A b C d Addo-Quaye C, Eshoo TW, Bartel DP, Axtell MJ (2008). "Endogenní siRNA a miRNA cíle identifikované sekvenováním degradomu Arabidopsis". Curr. Biol. 18 (10): 758–762. doi:10.1016 / j.cub.2008.04.042. PMC  2583427. PMID  18472421.
  3. ^ Thomson, DW; Bracken, CP; Goodall, GJ (06.06.2011). „Experimentální strategie pro identifikaci cílů mikroRNA“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (16): 6845–6853. doi:10.1093 / nar / gkr330. PMC  3167600. PMID  21652644.
  4. ^ Yang JH, Li JH, Shao P, Zhou H, Chen YQ, Qu LH (2011). „starBase: databáze pro zkoumání map interakcí microRNA – mRNA z dat Argonaute CLIP-Seq a Degradome-Seq“. Nucleic Acids Res. 39 (Problém s databází): 1–8. doi:10.1093 / nar / gkq1056. PMC  3013664. PMID  21037263.
  5. ^ Henderson, I.R .; Jacobsen, S.E. (2008). „Sekvenování nakrájených konců odhaluje cíle mikroRNA“. Přírodní biotechnologie. 26 (8): 881–882. doi:10.1038 / nbt0808-881. PMC  2989925. PMID  18688239.
  6. ^ Wu, L .; Zhang, Q .; Zhou, H .; Ni, F .; Wu, X .; Qi, Y. (2009). „Rýžové mikroRNA efektorové komplexy a cíle“. Rostlinná buňka online. 21 (11): 3421–35. doi:10.1105 / tpc.109.070938. PMC  2798332. PMID  19903869.
  7. ^ Pantaleo, V .; Szittya, G .; Moxon, S .; Miozzi, L .; Moulton, V .; Dalmay, T .; Burgyan, J. (2010). „Identifikace mikroRNA révy vinné a jejich cílů pomocí vysoce výkonného sekvenování a analýzy degradomu“. The Plant Journal. 62 (6): 960–76. doi:10.1111 / j.0960-7412.2010.04208.x. PMID  20230504.
  8. ^ Shin, C .; Nam, J. W .; Farh, K. K. H .; Chiang, H. R .; Shkumatava, A .; Bartel, D. P. (2010). „Rozšíření kódu cílení MicroRNA: funkční weby se středovým párováním“. Molekulární buňka. 38 (6): 789–802. doi:10.1016 / j.molcel.2010.06.005. PMC  2942757. PMID  20620952.
  9. ^ Karginov, F. V .; Cheloufi, S .; Chong, M. M. W .; Stark, A .; Smith, A. D .; Hannon, G. J. (2010). „Různá endonukleolytická štěpná místa v savčím transkriptomu závisí na mikroRNA, Drosha a dalších nukleázách“. Molekulární buňka. 38 (6): 781–8. doi:10.1016 / j.molcel.2010.06.001. PMC  2914474. PMID  20620951.
  10. ^ Bracken, CP; Szubert, JM; Mercer, TR; Dinger, ME; Thomson, DW; Mattick, JS; Michael, MZ; Goodall, GJ (2011-03-22). „Globální analýza degradatoru savčí RNA odhaluje rozsáhlé endonukleolytické štěpení závislé na miRNA a nezávislé na miRNA“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (13): 5658–5668. doi:10.1093 / nar / gkr110. PMC  3141239. PMID  21427086.