Protein vázající doménu methyl-CpG 2 - Methyl-CpG-binding domain protein 2

MBD2
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2L2L
Identifikátory
Aliasy	MBD2DMTase, NY-CO-41, protein vázající doménu methyl-CpG 2
Externí ID	OMIM: 603547 MGI: 1333813 HomoloGene: 2918 Genové karty: MBD2
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 18 (lidský)
Konec	54,224,669 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 18 (myš)
Konec	70,626,131 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0000980 RNA polymeráza II cis-regulační oblast sekvenčně specifická vazba DNA; • Vazba DNA; • specifické vazby na proteinovou doménu; • vazba methyl-CpG; • Vazba domény C2H2 na zinkový prst; • vazba chromatinu; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba siRNA; • vazba nukleosomální DNA; • satelitní DNA vazba; • mRNA vazba;
Buněčná složka	• cytoplazma; • komplex histon-deacetylázy; • heterochromatin; • chromatin; • buněčné jádro; • nukleární chromatin; • nukleoplazma; • cytosol; • makromolekulární komplex;
Biologický proces	• regulace transkripce, DNA-šablony; • negativní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • transkripce, chráněná DNA; • Remodelace chromatinu závislá na ATP; • pozitivní regulace signální dráhy Wnt; • regulace buněčné proliferace; • mateřské chování; • negativní regulace transkripce, chráněná DNA; • stárnutí; • reakce na mechanický podnět; • odpověď na estradiol; • buněčná odpověď na organickou cyklickou sloučeninu; • reakce na hladinu živin; • reakce na organickou cyklickou sloučeninu; • pozitivní regulace vazby chromatinu; • vývoj srdce; • vývoj embryonálních orgánů; • umlčování chromatinu při rDNA; • regulace methylace DNA; • umlčování chromatinu závislé na methylaci; • sestava buněčného makromolekulárního komplexu;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	8932
	17191
	ENSG00000134046
	ENSMUSG00000024513
	Q9UBB5
	Q9Z2E1
	NM_015832; NM_003927
	NM_010773; NM_001311071
	NP_003918; NP_056647; NP_056647.1
	NP_001298000; NP_034903
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Protein vázající doménu methyl-CpG 2 je protein že u lidí je kódován MBD2 gen.^[5]^[6]

Funkce

Methylace DNA je hlavní modifikací eukaryotických genomů a hraje zásadní roli ve vývoji savců. Lidské proteiny MECP2, MBD1, MBD2, MBD3, a MBD4 obsahují rodinu jaderných proteinů souvisejících s přítomností v každém z a doména vázající methyl-CpG (MBD). Každý z těchto proteinů, s výjimkou MBD3, je schopen se specificky vázat na methylovanou DNA. MECP2, MBD1 a MBD2 mohou také potlačovat transkripci z promotorů methylovaného genu. Protein kódovaný těmito geny může fungovat jako mediátor biologických důsledků methylačního signálu. Rovněž se uvádí, že MBD2 a MBD3 přijímají NuRD komplex na oblasti DNA v závislosti na jejich selektivní vazbě methylovaných CpG míst. MBD2 / NuRD a MBD3 / NuRD proto definují dva odlišné proteinové komplexy s různými biochemickými a funkčními vlastnostmi.^[7]

Interakce

Ukázalo se, že protein 2 vázající doménu methyl-CpG komunikovat s:

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000134046 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000024513 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Hendrich B, Bird A (listopad 1998). „Identifikace a charakterizace rodiny savčích proteinů vázajících methyl-CpG“. Mol Cell Biol. 18 (11): 6538–47. doi:10.1128 / mcb.18.11.6538. PMC 109239. PMID 9774669.
^ Hendrich B, Abbott C, McQueen H, Chambers D, Cross S, Bird A (září 1999). "Genomická struktura a chromozomální mapování myšího a lidského genu Mbd1, Mbd2, Mbd3 a Mbd4". Mamm genom. 10 (9): 906–12. doi:10,1007 / s003359901112. PMID 10441743. S2CID 819148.
^ Guezennec, Xavier (2006). „MBD2 / NuRD a MBD3 / NuRD, dva odlišné komplexy s různými biochemickými a funkčními vlastnostmi“. Molekulární a buněčná biologie. 26 (3): 843–851. doi:10.1128 / MCB.26.3.843-851.2006. PMC 1347035. PMID 16428440.
^ ^A ^b ^C Brackertz M, Boeke J, Zhang R, Renkawitz R (říjen 2002). „Dva vysoce příbuzné proteiny p66 obsahují novou rodinu silných transkripčních represorů interagujících s MBD2 a MBD3“. J. Biol. Chem. 277 (43): 40958–66. doi:10,1074 / jbc.M207467200. PMID 12183469.
^ Feng Q, Cao R, Xia L, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Zhang Y (leden 2002). „Identifikace a funkční charakterizace složek p66 / p68 komplexu MeCP1“. Mol. Buňka. Biol. 22 (2): 536–46. doi:10.1128 / mcb.22.2.536-546.2002. PMC 139742. PMID 11756549.
^ ^A ^b Ng HH, Zhang Y, Hendrich B, Johnson CA, Turner BM, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Reinberg D, Bird A (září 1999). „MBD2 je transkripční represor patřící do komplexu histon-deacetylázy MeCP1“. Nat. Genet. 23 (1): 58–61. doi:10.1038/12659. hdl:1842/684. PMID 10471499. S2CID 6147725.
^ ^A ^b ^C Zhang Y, Ng HH, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Bird A, Reinberg D (srpen 1999). „Analýza podjednotek NuRD odhalila jádrový komplex histon-deacetylázy a souvislost s methylací DNA.“. Genes Dev. 13 (15): 1924–35. doi:10.1101 / gad.13.15.1924. PMC 316920. PMID 10444591.
^ Jiang CL, Jin SG, Pfeifer GP (prosinec 2004). „MBD3L1 je transkripční represor, který interaguje s proteinem vázajícím methyl-CpG 2 (MBD2) a složkami komplexu NuRD“. J. Biol. Chem. 279 (50): 52456–64. doi:10,1074 / jbc.M409149200. PMID 15456747.
^ Sekimata M, Takahashi A, Murakami-Sekimata A, Homma Y (listopad 2001). „Zapojení nového proteinu se zinkovým prstem, MIZF, do transkripční represe interakcí s proteinem vázajícím methyl-CpG, MBD2“. J. Biol. Chem. 276 (46): 42632–8. doi:10,1074 / jbc.M107048200. PMID 11553631.
^ Boeke J, Ammerpohl O, Kegel S, Moehren U, Renkawitz R (listopad 2000). „Minimální represivní doména MBD2b se překrývá s doménou vázající methyl-CpG a váže se přímo na Sin3A.“. J. Biol. Chem. 275 (45): 34963–7. doi:10,1074 / jbc.M005929200. PMID 10950960.

Další čtení

Scanlan MJ, Chen YT, Williamson B, Gure AO, Stockert E, Gordan JD, Türeci O, Sahin U, Pfreundschuh M, Old LJ (1998). "Charakterizace lidských antigenů rakoviny tlustého střeva rozpoznávaných autologními protilátkami". Int. J. Cancer. 76 (5): 652–8. doi:10.1002 / (SICI) 1097-0215 (19980529) 76: 5 <652 :: AID-IJC7> 3.0.CO; 2-P. PMID 9610721.
Zhang Y, LeRoy G, Seelig HP, Lane WS, Reinberg D (1998). „Dermatomyositis specifický autoantigen Mi2 je složkou komplexu obsahujícího aktivity histon-deacetylázy a aktivity remodelace nukleosomů“. Buňka. 95 (2): 279–89. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 81758-4. PMID 9790534. S2CID 18786866.
Tong JK, Hassig CA, Schnitzler GR, Kingston RE, Schreiber SL (1998). "Deacetylace chromatinu komplexem remodelace nukleosomů závislým na ATP". Příroda. 395 (6705): 917–21. Bibcode:1998 Natur.395..917T. doi:10.1038/27699. PMID 9804427. S2CID 4355885.
Bhattacharya SK, Ramchandani S, Cervoni N, Szyf M (1999). "Savčí protein se specifickou aktivitou demethylázy pro mCpG DNA". Příroda. 397 (6720): 579–83. Bibcode:1999 Natur.397..579B. doi:10.1038/17533. PMID 10050851. S2CID 4408031.
Zhang Y, Ng HH, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Bird A, Reinberg D (1999). „Analýza podjednotek NuRD odhalila jádrový komplex histon-deacetylázy a souvislost s methylací DNA.“. Genes Dev. 13 (15): 1924–35. doi:10.1101 / gad.13.15.1924. PMC 316920. PMID 10444591.
Ng HH, Zhang Y, Hendrich B, Johnson CA, Turner BM, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Reinberg D, Bird A (1999). „MBD2 je transkripční represor patřící do komplexu histon-deacetylázy MeCP1“. Nat. Genet. 23 (1): 58–61. doi:10.1038/12659. hdl:1842/684. PMID 10471499. S2CID 6147725.
Tatematsu KI, Yamazaki T, Ishikawa F (2000). „Komplex MBD2-MBD3 se váže na hemi-methylovanou DNA a tvoří komplex obsahující DNMT1 v ohniscích replikace v pozdní fázi S“. Geny buňky. 5 (8): 677–88. doi:10.1046 / j.1365-2443.2000.00359.x. PMID 10947852. S2CID 25185979.
Boeke J, Ammerpohl O, Kegel S, Moehren U, Renkawitz R (2001). „Minimální represivní doména MBD2b se překrývá s doménou vázající methyl-CpG a váže se přímo na Sin3A.“. J. Biol. Chem. 275 (45): 34963–7. doi:10,1074 / jbc.M005929200. PMID 10950960.
Humphrey GW, Wang Y, Russanova VR, Hirai T, Qin J, Nakatani Y, Howard BH (2001). „Stabilní komplexy histon-deacetylázy se vyznačují přítomností proteinů domény SANT CoREST / kiaa0071 a Mta-L1“. J. Biol. Chem. 276 (9): 6817–24. doi:10,1074 / jbc.M007372200. PMID 11102443.
Feng Q, Zhang Y (2001). „Komplex MeCP1 potlačuje transkripci preferenční vazbou, remodelací a deacetylací methylovaných nukleosomů“. Genes Dev. 15 (7): 827–32. doi:10,1101 / gad. 876201. PMC 312663. PMID 11297506.
Sekimata M, Takahashi A, Murakami-Sekimata A, Homma Y (2001). „Zapojení nového proteinu se zinkovým prstem, MIZF, do transkripční represe interakcí s proteinem vázajícím methyl-CpG, MBD2“. J. Biol. Chem. 276 (46): 42632–8. doi:10,1074 / jbc.M107048200. PMID 11553631.
Müller-Tidow C, Kügler K, Diederichs S, Klümpen S, Möller M, Vogt U, Metzger R, Schneider PM, Berdel WE, Serve H (2001). „Ztráta exprese proteinů vázajících methyl-CpG vázající se na HDAC u lidské rakoviny“. Br. J. Cancer. 85 (8): 1168–74. doi:10.1054 / bjoc.2001.2041. PMC 2375156. PMID 11710831.
Feng Q, Cao R, Xia L, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Zhang Y (2002). „Identifikace a funkční charakterizace složek p66 / p68 komplexu MeCP1“. Mol. Buňka. Biol. 22 (2): 536–46. doi:10.1128 / MCB.22.2.536-546.2002. PMC 139742. PMID 11756549.
Bakker J, Lin X, Nelson WG (2002). "Methyl-CpG vazebný doménový protein 2 potlačuje transkripci z hypermethylovaných promotorů genu glutathion S-transferázy genu třídy pi v buňkách hepatocelulárního karcinomu". J. Biol. Chem. 277 (25): 22573–80. doi:10,1074 / jbc.M203009200. PMID 11960994.
Saito M, Ishikawa F (2002). „Doména vázající mCpG lidského MBD3 se neváže na mCpG, ale interaguje se složkami NuRD / Mi2 HDAC1 a MTA2“. J. Biol. Chem. 277 (38): 35434–9. doi:10,1074 / jbc.M203455200. PMID 12124384.
Detich N, Theberge J, Szyf M (2002). „Aktivace specifická pro promotéra a demethylace pomocí MBD2 / demethylázy“. J. Biol. Chem. 277 (39): 35791–4. doi:10.1074 / jbc.C200408200. PMID 12177048.
Brackertz M, Boeke J, Zhang R, Renkawitz R (2002). „Dva vysoce příbuzné proteiny p66 obsahují novou rodinu silných transkripčních represorů interagujících s MBD2 a MBD3“. J. Biol. Chem. 277 (43): 40958–66. doi:10,1074 / jbc.M207467200. PMID 12183469.
Krithivas A, Fujimuro M, Weidner M, Young DB, Hayward SD (2002). „Proteinové interakce zaměřené na latentní jaderný antigen kaposiho sarkomu souvisejícího s herpesvirem na buněčné chromozomy“. J. Virol. 76 (22): 11596–604. doi:10.1128 / JVI.76.22.11596-11604.2002. PMC 136775. PMID 12388720.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000134046 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000024513 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid9774669-5] Hendrich B, Bird A (listopad 1998). „Identifikace a charakterizace rodiny savčích proteinů vázajících methyl-CpG“. Mol Cell Biol. 18 (11): 6538–47. doi:10.1128 / mcb.18.11.6538. PMC 109239. PMID 9774669.

[pmid10441743-6] Hendrich B, Abbott C, McQueen H, Chambers D, Cross S, Bird A (září 1999). "Genomická struktura a chromozomální mapování myšího a lidského genu Mbd1, Mbd2, Mbd3 a Mbd4". Mamm genom. 10 (9): 906–12. doi:10,1007 / s003359901112. PMID 10441743. S2CID 819148.

[Guezennec-7] Guezennec, Xavier (2006). „MBD2 / NuRD a MBD3 / NuRD, dva odlišné komplexy s různými biochemickými a funkčními vlastnostmi“. Molekulární a buněčná biologie. 26 (3): 843–851. doi:10.1128 / MCB.26.3.843-851.2006. PMC 1347035. PMID 16428440.

[pmid12183469-8] A ^b ^C Brackertz M, Boeke J, Zhang R, Renkawitz R (říjen 2002). „Dva vysoce příbuzné proteiny p66 obsahují novou rodinu silných transkripčních represorů interagujících s MBD2 a MBD3“. J. Biol. Chem. 277 (43): 40958–66. doi:10,1074 / jbc.M207467200. PMID 12183469.

[pmid11756549-9] Feng Q, Cao R, Xia L, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Zhang Y (leden 2002). „Identifikace a funkční charakterizace složek p66 / p68 komplexu MeCP1“. Mol. Buňka. Biol. 22 (2): 536–46. doi:10.1128 / mcb.22.2.536-546.2002. PMC 139742. PMID 11756549.

[pmid10471499-10] A ^b Ng HH, Zhang Y, Hendrich B, Johnson CA, Turner BM, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Reinberg D, Bird A (září 1999). „MBD2 je transkripční represor patřící do komplexu histon-deacetylázy MeCP1“. Nat. Genet. 23 (1): 58–61. doi:10.1038/12659. hdl:1842/684. PMID 10471499. S2CID 6147725.

[pmid10444591-11] A ^b ^C Zhang Y, Ng HH, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Bird A, Reinberg D (srpen 1999). „Analýza podjednotek NuRD odhalila jádrový komplex histon-deacetylázy a souvislost s methylací DNA.“. Genes Dev. 13 (15): 1924–35. doi:10.1101 / gad.13.15.1924. PMC 316920. PMID 10444591.

[pmid15456747-12] Jiang CL, Jin SG, Pfeifer GP (prosinec 2004). „MBD3L1 je transkripční represor, který interaguje s proteinem vázajícím methyl-CpG 2 (MBD2) a složkami komplexu NuRD“. J. Biol. Chem. 279 (50): 52456–64. doi:10,1074 / jbc.M409149200. PMID 15456747.

[pmid11553631-13] Sekimata M, Takahashi A, Murakami-Sekimata A, Homma Y (listopad 2001). „Zapojení nového proteinu se zinkovým prstem, MIZF, do transkripční represe interakcí s proteinem vázajícím methyl-CpG, MBD2“. J. Biol. Chem. 276 (46): 42632–8. doi:10,1074 / jbc.M107048200. PMID 11553631.

[pmid10950960-14] Boeke J, Ammerpohl O, Kegel S, Moehren U, Renkawitz R (listopad 2000). „Minimální represivní doména MBD2b se překrývá s doménou vázající methyl-CpG a váže se přímo na Sin3A.“. J. Biol. Chem. 275 (45): 34963–7. doi:10,1074 / jbc.M005929200. PMID 10950960.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]