Seznam softwaru pro anotaci proteinových tandemových opakování - List of protein tandem repeat annotation software

Výpočtové metody používají různé vlastnosti proteinových sekvencí a struktur k vyhledání, charakterizaci a anotaci proteinový tandem se opakuje.

Sekvenčně založené anotační metody

názevPoslední aktualizacePoužíváníTypy výsledkůPopisOtevřený zdroj?Podle typu opakujteOdkaz
ard22013webanotovaná sekvenceNervová síťNealfa-solenoid[1]
DŮVĚRA2004ke stažení / webpozice jednotky, vícenásobné zarovnání sekvenceAb-initio stanovení vnitřních opakování v proteinech. Využívá tranzitivitu zarovnání?Ne[2]
T-REKS2009ke stažení / webopakovat jednotkuShlukování délek mezi identickými krátkými řetězci pomocí a Algoritmus K-meansAnoNe[3]
HHRepID2008ke stažení / webIdentifikace opakování v proteinových sekvencích pomocí srovnání HMM-HMM za účelem využití evolučních informací ve formě vícenásobné zarovnání sekvence homologůNe[4]
RADAR2018ke stažení / webpozice jednotky, vícenásobné zarovnání sekvenceRADAR identifikuje krátký předpětí složení a aproximované opakování s mezerami, stejně jako složité architektury opakování zahrnující mnoho různých typů opakování v sekvenci dotazůAnoNe[5][6]
XSTREAM2007webpozice jednotky, různá období, vícenásobné zarovnání sekvencenástroj pro dolování dat navržený k efektivní identifikaci vzorů tandemového opakování (TR) v datech biologické sekvence. Program k analýze používá strategii rozšíření semen spolu s několika algoritmy postprocesingu Ve formátu FASTA proteinové nebo nukleotidové sekvenceNeNe[7]
TRED2007ke staženídefinice tandemových opakování přes editační vzdálenost a efektivní, deterministický algoritmus pro nalezení těchto opakováníNeNe
SKUTEČNÉ2015ke staženíDetekuje tandemové repetice pomocí softwaru de novo a sekvenčních profilů HMM; statistická analýza významnosti domnělých tandemových opakování a filtrování nadbytečných předpovědíAno[8]
DOTTER1995ke staženíGrafický dotplot program pro podrobné srovnání dvou sekvencí[9]
0J.PY[10]
PTRStalker2012ke staženípozice jednotky, vícenásobné zarovnání sekvenceDetekce Ab-initio fuzzy tandemových opakování v proteinových aminokyselinových sekvencích.Ne[11]
TRDistiller2015Rychlé třídění sekvencí tandemového opakování (TR) a sekvencí neobsahujících TR[12]
REPRO2000webDetekce opakování na základě variace Smith-Waterman místní strategie zarovnání následuje iterativní postup seskupování na základě grafůNeNe[13]
REP2000webNeAno

Strukturované anotační metody

názevPoslední aktualizacePoužíváníTypy výsledkůPopisOtevřený zdroj?Podle typu opakujteOdkaz
TAPO2016webpozice jednotkyPoužívá periodicitu atomových souřadnic a další typy strukturní reprezentace, včetně řetězců generovaných konformačními abecedami, map zbytkových kontaktů a uspořádání vektorů prvků sekundární strukturyNeNe[14]
SYMD2014galaxieopakujte geometriiDetekuje interně symetrické proteinové struktury pomocí procedury „alignment scan“, ve které je proteinová struktura zarovnána sama po kruhové permutaci druhé kopie veškerým možným počtem reziduíNeNe[15]
RAPHAEL2012webpravděpodobnost opakováníRedukce na trojrozměrnou strukturu na vlnovou funkci. Poté určuje informace o periodicitě.NeNe[16]
CE-SYMM
ProSTRIP
DAVROS2004
RQA2009
OPAAS
Gplus
REUPRED
Řídicí panel
RepeatDB-Lite
PRIGSA
Swelfe
Frustratometr

Reference

  1. ^ Fournier D, Palidwor GA, Shcherbinin S, Szengel A, Schaefer MH, Perez-Iratxeta C, Andrade-Navarro MA (21. listopadu 2013). „Funkční a genomové analýzy alfa-solenoidových proteinů“. PLOS ONE. 8 (11): e79894. Bibcode:2013PLoSO ... 879894F. doi:10.1371 / journal.pone.0079894. PMC  3837014. PMID  24278209.
  2. ^ Szklarczyk, Radek; Heringa, Jaap (04.08.2004). „Sledování opakování pomocí významnosti a tranzitivity“. Bioinformatika. 20 Suppl 1: i311–317. doi:10.1093 / bioinformatika / bth911. ISSN  1367-4811. PMID  15262814.
  3. ^ Jorda, Julien; Kajava, Andrey V. (2009-10-15). „T-REKS: identifikace tandemových opakování v sekvencích pomocí algoritmu založeného na K-meanS“. Bioinformatika. 25 (20): 2632–2638. doi:10.1093 / bioinformatika / btp482. ISSN  1367-4811. PMID  19671691.
  4. ^ Zimmermann, Lukas; Stephens, Andrew; Nam, Seung-Zin; Rau, David; Kübler, Jonas; Lozajic, Marko; Gabler, Felix; Söding, Johannes; Lupas, Andrei N. (2018-07-20). „Zcela reimplementovaný soubor MPI pro bioinformatiku s jádrem nového serveru HHpred“. Journal of Molecular Biology. Výpočetní zdroje pro molekulární biologii. 430 (15): 2237–2243. doi:10.1016 / j.jmb.2017.12.007. ISSN  0022-2836. PMID  29258817.
  5. ^ Heger, Andreas; Holm, Liisa (2000). "Rychlá automatická detekce a zarovnání opakování v proteinových sekvencích". Proteiny: struktura, funkce a genetika. 41 (2): 224–237. doi:10.1002 / 1097-0134 (20001101) 41: 2 <224 :: aid-prot70> 3.0.co; 2-z. ISSN  0887-3585. PMID  10966575.
  6. ^ Lopez, Rodrigo; Paern, Juri; Squizzato, Silvano; Valentin, Franck; Li, Weizhong; McWilliam, Hamish; Goujon, Mickael (01.07.2010). „Nový rámec nástrojů pro analýzu bioinformatiky na EMBL – EBI“. Výzkum nukleových kyselin. 38 (suppl_2): W695 – W699. doi:10.1093 / nar / gkq313. ISSN  0305-1048. PMC  2896090. PMID  20439314.
  7. ^ Newman, Aaron M .; Cooper, James B. (11.10.2007). „XSTREAM: Praktický algoritmus pro identifikaci a modelování architektury tandemových opakování v proteinových sekvencích“. BMC bioinformatika. 8 (1): 382. doi:10.1186/1471-2105-8-382. ISSN  1471-2105. PMC  2233649. PMID  17931424.
  8. ^ Anisimova, Maria; Xenarios, Ioannis; Zoller, Stefan; Stockinger, Heinz; Murri, Riccardo; Messina, Antonio; Pečerska, Jūlija; Korsunsky, Alexander; Schaper, Elke (2015-09-15). „TRAL: tandemová opakovaná knihovna anotací“. Bioinformatika. 31 (18): 3051–3053. doi:10.1093 / bioinformatika / btv306. ISSN  1367-4803. PMID  25987568.
  9. ^ Sonnhammer, E. L .; Durbin, R. (1995-12-29). „Dot-matrix program s dynamickým řízením prahové hodnoty vhodný pro analýzu genomové DNA a proteinové sekvence“. Gen. 167 (1–2): GC1–10. doi:10.1016/0378-1119(95)00714-8. ISSN  0378-1119. PMID  8566757.
  10. ^ Wise, M. J. (2001). „0j.py: softwarový nástroj pro bílkoviny a proteinové domény s nízkou složitostí“. Bioinformatika. 17 Suppl 1: S288–295. doi:10.1093 / bioinformatika / 17.suppl_1.s288. ISSN  1367-4803. PMID  11473020.
  11. ^ Pellegrini, Marco; Renda, Maria Elena; Vecchio, Alessio (21.03.2012). "Ab initio detekce fuzzy aminokyselinových tandemových opakování v proteinových sekvencích". BMC bioinformatika. 13 (3): S8. doi:10.1186 / 1471-2105-13-S3-S8. ISSN  1471-2105. PMC  3402919. PMID  22536906.
  12. ^ Richard, François D .; Kajava, Andrey V. (01.06.2014). "TRDistiller: Rychlý filtr pro obohacení sekvenčních datových souborů o proteiny obsahující tandemové repetice". Journal of Structural Biology. 186 (3): 386–391. doi:10.1016 / j.jsb.2014.03.013. ISSN  1047-8477. PMID  24681324.
  13. ^ George, Richard A .; Heringa, Jaap (říjen 2000). Msgstr "Server REPRO: hledání interní sekvence proteinu se opakuje přes web". Trendy v biochemických vědách. 25 (10): 515–517. doi:10.1016 / s0968-0004 (00) 01643-1. ISSN  0968-0004. PMID  11203383.
  14. ^ Do Viet, Phuong; Roche, Daniel B .; Kajava, Andrey V. (2015-09-14). „TAPO: Kombinovaná metoda pro identifikaci tandemových opakování v proteinových strukturách“. FEBS Dopisy. 589 (19 Pt A): 2611–2619. doi:10.1016 / j.febslet.2015.08.025. ISSN  1873-3468. PMID  26320412.
  15. ^ Tai, Chin-Hsien; Paul, Rohit; KC, Dukka; Shilling, Jeffery D .; Lee, Byungkook (01.07.2014). „Webový server SymD: platforma pro detekci interně symetrických proteinových struktur“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (Problém s webovým serverem): W296 – W300. doi:10.1093 / nar / gku364. ISSN  0305-1048. PMC  4086132. PMID  24799435.
  16. ^ Walsh, Ian; Sirocco, Francesco G .; Minervini, Giovanni; Di Domenico, Tomás; Ferrari, Carlo; Tosatto, Silvio C. E. (08.09.2012). "RAPHAEL: rozpoznávání, periodicita a přiřazení přiřazení solenoidových proteinových struktur". Bioinformatika. 28 (24): 3257–3264. doi:10.1093 / bioinformatika / bts550. ISSN  1460-2059. PMID  22962341.