Projekt lidského proteomu - Human proteome project

Projekt lidského proteinu
Obsah
PopisCharakterizace celého proteomu
Typy dat
zajat		proteinová sekvence, fosforylace, acetylace, glykosylace
OrganismyHomo sapiens
Kontakt
Výzkumné centrumOrganizace lidských proteinů
Laboratořrozličný
Primární citacePMID  22398612
Přístup
webová stránkawww.hhpp.org
www.c-hpp.org
webová služba URLNextProt REST

The Projekt lidského proteinu[1] (HPP) je společné úsilí koordinované Organizace lidských proteinů.[2] Jeho stanoveným cílem je experimentálně pozorovat všechny bílkoviny produkovaný sekvencemi přeloženými z lidský genom.

Dějiny

The Organizace lidských proteinů sloužil jako koordinační orgán pro mnoho dlouhodobých proteomika výzkumné projekty spojené se specifickými lidskými tkáněmi klinického zájmu, jako např krevní plazma,[3] játra,[4] mozek [5] a moč.[6] Rovněž byl zodpovědný za projekty spojené se specifickými technologiemi [7] a standardy [8] nezbytné pro rozsáhlé studium proteinů.

Struktura a cíle většího projektu, který by paraleloval Projekt lidského genomu byl diskutován ve vědecké literatuře.[9][10][11][12][13] Výsledkem této debaty a řady setkání na světových kongresech organizace Human Proteome v letech 2009, 2010 a 2011 bylo rozhodnutí definovat projekt Human Proteome, který se skládá ze dvou dílčích projektů, C-HPP a B / D-HPP.[14] C-HPP bude rozdělen do 25 skupin, jedna na lidský chromozom. B / D-HPP bude organizován do skupin podle biologického a chorobného významu proteinů.[15]

Projekty a skupiny

Současná sada pracovních skupin je uvedena níže v pořadí chromozomů, které mají být studovány.

ChromozómVůdce skupinyNárodní příslušnost
1Ping XuČína
2Lydie LaneŠvýcarsko
3Takeshi KawamuraJaponsko
4Yu Ju ChenTchaj-wan
5Peter HorvatovichHolandsko
6Christoph BorchersKanada
7Edward NiceAustrálie, Nový Zéland
8Pengyuan YangČína
9Je-Yoel ChoSoul, Korea
10Joshua LabaerUSA
11Jong Shin YooKorea
12Ravi SirdeshmukhIndie, Singapur, Tchaj-wan, Thajsko
13Mladý Ki PaikKorea
14Charles PineauFrancie
15Gilberto B DomontBrazílie
16Fernando CorralesŠpanělsko
17Gilbert S. OmennUSA
18Alex ArchakovRusko
19György Marko-VargaŠvédsko
20Siqiu LiuČína
21Albert SickmannNěmecko
22Akhilesh PandeyUSA
XYasushi IshihamaJaponsko
YGhasem Hosseini SalekdehÍrán
MTAndrea UrbaniItálie

Výpočetní zdroje

Redukci dat, analýzu a validaci výsledků proteomiky založených na MS / MS poskytuje Eric Deutsch z Institute for Systems Biology, Seattle, USA (PeptidAtlas ). Zpracování údajů souvisejících s metodami protilátek koordinuje Kalle von Feilitzen, Stockholm, Švédsko (Atlas lidských bílkovin ). Za celkovou integraci a zpravodajskou informatiku odpovídá Lydie Lane v SIB, Ženeva, Švýcarsko (NeXtProt ). Veškerá data generovaná jako součást příspěvků HPP jsou uložena na jednom z ProteomeXchange úložiště.

Aktuální stav

Probíhající operace projektu Human Proteome založené na chromozomech byly předmětem zvláštního čísla časopisu Journal of Proteome Research (3. ledna 2014, svazek 13, číslo 1). Stav celkového projektu byl projednán v úvodníku v tomto čísle.[16]

Samostatná skupina CHPP-wiki byla vytvořena bioinformatickou skupinou projektu pro udržování aktuálních informací o projektu, včetně setkání, akcí, SOP a dalších speciálních zdrojů pro jednotlivé týmy chromozomů.

Klíčovou součástí tohoto projektu jsou metriky pro úroveň spolehlivosti spojené s pozorováním proteinů. Jak definovat metriky, které mají smysl pro různé používané experimentální protokoly, je předmětem probíhající debaty: byly publikovány aktuální metriky konsensu.[17]

Články v časopisech popisující nedávný stav projektu a oznamující spuštění „MissingProteinPedia“ naleznete zde.[18][19]

Viz také

Reference

  1. ^ Legrain, P. a kol. Projekt lidského proteomu: Současný stav a budoucí směřování. Mol Cell Proteomics. 10: M111.009993 (2011).
  2. ^ HUPO (Human Proteome Organization) 1. světový kongres. Mol Cell Proteomics. 9: 651-752 (2002).
  3. ^ Omenn, G.S. a kol. Přehled projektu HUPO Plasma Proteome. Proteomika. 5, 3226-45 (2005).
  4. ^ On, F. Projekt lidského jaterního proteomu: plán, pokrok a perspektivy. Mol Cell Proteomics. 4, 1841-8 (2005).
  5. ^ Hamacher, M. a kol. Projekt HUPO Brain Proteome: směrem ke kodexu chování. Mol Cell Proteomics. 7, 457 (2008).
  6. ^ Yamamoto, T., Langham, R.G., Ronco, P., Knepper, M.A. & Thongboonkerd, V. Směrem ke standardním protokolům a pokynům pro proteomiku moči. Proteomika. 8, 2156-9 (2008).
  7. ^ Uhlen, M. & Ponten, F. Proteomika založená na protilátkách pro profilování lidské tkáně. Mol Cell Proteomics. 4, 384-93 (2005).
  8. ^ Orchard, S. a kol. Současný stav vývoje proteomických standardů. Expert Rev Proteomics. 1, 179-83 (2005).
  9. ^ Archakov A, et al. Moskevský workshop HUPO Human Proteome Project. Mol Cell Proteomics. 8: 2199-200 (2009).
  10. ^ Baker MS. Budování „praktického“ projektu lidského proteomu - další velká věc v základní a klinické proteomice. Curr Opin Mol Ther. 2009 11: 600-2 (2009).
  11. ^ Redakční, Volání lidského proteomu. Nat metody. 7: 661 (2010).
  12. ^ Rabilloud T. a kol. Je projekt lidského proteomu zaměřený na geny nejlepším způsobem, jak může proteomika sloužit biologii? Proteomika. 10:3067-72 (2010).
  13. ^ Redakční. Genově zaměřený projekt lidských proteinů. Mol Cell Proteomics. 9: 427-429 (2010).
  14. ^ Paik, Y-K. a kol. Projekt lidského proteomu zaměřeného na chromozomy k charakterizaci sad proteinů kódovaných v genomu. Nature Biotech.30: 221–3 (2012).
  15. ^ Aebersold R. a kol. Projekt lidského proteinu biologie / nemocí (B / D-HPP): Umožnění výzkumu proteinů pro komunitu biologických věd. J. Proteome Res. 12:23–27 (2013).
  16. ^ Paik Y-K. a kol. Genome-wide Proteomics, Chromosome-centric Human Proteome Project (C-HPP), Part II. J. Proteome Res. 13:1–4 (2014).
  17. ^ Omenn GS., Et al. Metriky pro projekt Human Proteome 2015: Pokrok v oblasti lidského proteinu a pokyny pro vysoce spolehlivou identifikaci proteinů. J Proteome Res. 14: 3452-60 (2015).
  18. ^ Horvatovich P. a kol. Quest for Missing Proteins: update 2015 on Chromosome-Centric Human Proteome Project. J Proteome Res. 15. června (2015).
  19. ^ Baker, MS; et al. (2017). „Urychlení hledání chybějících proteinů v lidském proteomu“. Příroda komunikace. 8. doi:10.1038 / ncomms14271. PMC  5286205.

externí odkazy

  1. Stránka projektu HPP (www.hupo.org)
  2. Webové stránky HPP (www.thehpp.org)
  3. Webové stránky HPP zaměřené na chromozomy (www.c-hpp.org)
  4. Webové stránky BD HPP (www.hupo.org/B/D-HPP)