HLA-Cw * 16 - HLA-Cw*16




hlavní histokompatibilní komplex (člověk), třída I, Cw * 16
Alely	Cw * 1601 Cw * 1602
Struktura (Vidět HLA-C )
Identifikátory	1601 1602
Symbol (y)	HLA-C^{[trvalý mrtvý odkaz ]}
EBI-HLA	Cw **1601
	Cw **1602
Sdílená data
Místo	chr.6 6p21.31

HLA-Cw * 16 (Cw * 16) je HLA -C alela -skupina. Sérotyp identifikuje běžnější genové produkty HLA-Cw * 16.^[1] Tato skupina alel se nejčastěji vyskytuje v západní Africe, ale jediný haplotyp Cw16 se nachází v západní Evropě na neobvykle vysokých frekvencích. Pro Cw * 16 neexistuje žádná užitečná sérologie.^[2]

Alely

**HLA Cw * 1601 frekvence**
		frekvence
ref.	Populace	(%)
^[3]	Bandiagara (Mali )	28.3
^[3]	Fulani (Burkina Faso )	21.4
^[3]	Mossi (Burkina Faso)	17.9
^[3]	Niokholo Mandinka (Senegal )	16.8
^[3]	Gipuzkoa Baskičtina (Španělsko )	16.6
^[3]	Rimailbe (Burkina Faso)	16.0
^[3]	Ibizané (Španělsko)	11.4
^[3]	Bubi (Bioko, Eq, Guinea)	10.5
^[3]	Lusaka (Zambie)	10.0
^[3]	Girona (Katalánsko, Španělsko)	9.8
^[3]	Keňa	8.4
^[3]	Shona (Harare, Zimbabwe)	8.0
^[3]	Tunisko	7.2
^[3]	Mallorca a Menorca (Španělsko)	7.1
^[3]	Východní Andalusie (Španělsko)	6.7
^[3]	Beti (Kamerun )	6.0
^[3]	Jihovýchodní Francie	5.1
^[3]	E. Andalusia Gypsy (Španělsko)	5.1
^[3]	Severní Irsko	5.0
^[3]	súdánský	5.0
^[3]	Kampala (Uganda )	4.9
^[3]	Bamileke (Kamerun)	4.5
^[3]	Luo (Keňa )	4.5
^[3]	Nandi (Keňa)	4.4
^[3]	Běloši (Spojené království )	4.1
^[3]	Sawa (Kamerun)	3.8
^[3]	Marathas (Bombaj, Indie )	3.7
^[3]	Centrální Portugalsko	3.7
^[3]	Korsika (Francie )	3.5
^[3]	Nador M. Berberský (Maroko )	3.2
^[3]	Bergamo (Itálie )	3.0
^[3]	Ženeva (Švýcarsko )	2.7
^[3]	Tibilisi (Gruzie)	1.9
^[3]	Kurdové (Gruzie)	1.7
^[3]	Mbenzele (Republika C.African)	1.5
^[3]	Sindhi (Pákistán)	1.5
^[3]	Guraiat A Zdrávas (Saudská arábie )	1.2
^[3]	Baloch (Írán )	1.0
^[3]	Natal Tamil (Jižní Afrika )	1.0
^[3]	(Siraya) Tchaj-wan	1.0
^[3]	Západní Francie	0.5
^[3]	Libanon	0.5
^[3]	Teherán (Írán )	0.4
^[3]	krocan	0.4
^[3]	Ammán, Jordánsko)	0.3
^[3]	Lakota Sioux (USA)	0.3
^[3]	Yupik Eskimo (USA)	0.2

Cw * 1601

Umístění Mali

Umístění Burkina-Faso

Umístění Rovníkové Guineje

Umístění BasqueCountry

Zatímco Cw * 1601 se pravděpodobně nevyvinul dovnitř Západní Afrika, určitě zaznamenala expanzi a je to region, ve kterém je vidět většinu haplotypové rozmanitosti. Protože tabulka kmitočtů pro Cw * 1601 ukazuje, že nejvyšší frekvence pro danou zeměpisnou šířku na sever, více či méně, následují 0. poledník od západní Afriky k Spojené království, výjimka, antinoda, v západní Francie, což naznačuje přesun v těchto regionech nebo v jádru Cw * 16 nesoucí migraci podél východního regionu. Ve složce je sekundární uzel Baskové z Španělsko, avšak vzhledem k velmi malé diverzifikaci haplotypu (viz haplotyp A29-Cw * 16-B44, tato stránka) naznačuje, že je to výsledek asymetrické expanze nebo výběru v baskičtině pro alelu.
Mandinka ze Senegalu souvisí s Bandiagarou z Mali, protože Senegal se říší Mali. The Bubi se nacházejí na ostrovech u pobřeží Rovníkové Guineje (kliknutím na mapu zvětšíte do plné velikosti pro zobrazení ostrovů)

Ostatní alely a haplotypy mají podobný vzorec. DR7-DQ2, DR3-DQ2 a A * 2901 sledují podobný vzorec zjevného toku genů z Afriky do západní Evropy. Ačkoli u DR3-DQ2 se zdá, že migrace souvisí s B8 a pravděpodobně k ní došlo na počátku AMH osídlení Evropy.

Haplotypy

A29-Cw * 16-B44

HLA Cw * 16 haplotypových frekvencí
		frekvence
ref.	Populace	(%)
A29-Cw16-B44 ^{(A * 2902: Cw * 1601: B * 4403)}
	Basque, Gipuzkoa (Španělsko)	10.3
	Basque, San Sebastion (Španělsko)	7.5
	Údolí Pasiegos (Španělsko)	5.4
	Basque, Arratia (Španělsko)	5.3
^[4]	Cornish (gr. Británie)	5.3
^[4]	španělština	5.0
	Huate Corse (Francie)	4.3
	Paříž, Francie)	3.9
	portugalština	3.5
^[4]	francouzština	3.4
	irština	3.4
	S. African (indig.)	2.7
	N. Irish	2.8
^[4]	Dán	2.2
	Tunisko	2.0
	Wales	2.0
	toskánský	1.7
	holandský	1.4
	Němec	1.3
	Rainforest (Kamerun)	1.3

A29-Cw16-B44(A * 2902: Cw * 1601: B * 4403) se zdá, že pochází ze západní Afriky, kde je frekvence Cw * 16 nejvyšší a prošla více vazebnou rovnováhou. Cw * 16 klesají pomalu směrem na sever a rychleji na východ a severovýchod, s nejvyšší frekvencí / šířkou na sever obecně podél východního Španělska do britských Ilses, některé tečou nahoru kanálem, ale haplotypová frekvence klesá ve vnitrozemí Evropy.

Tento haplotyp lze obecně rozšířit z A- na -DQ as A29 -Cw16-B44 -DR7 -DQ2.2:

A*2901 : Cw*1601 : B*4403 : DRB1*0701 : DQA1*0201 : DQB1*0202

Složka Cw16 je ve silné vazebné nerovnováze se složkou DR7-DQ2.2, což naznačuje, že od zavedení haplotypů do Evropy nebyl dostatečný čas na ekvilibraci, což podporuje její nedávné zavedení do Evropy. Tento konkrétní haplotyp podporuje teorie migrace, které jsou četnější než teorie podporované mtDNA nebo chromozomálními informacemi Y, u HLA haplotypů je evidentní mnoho takových „menších“ migrací, což naznačuje mnohem větší komplexitu pro lidskou populaci než haploidní loci jsou evidentní.

Reference

^ Cianetti L, Testa U, Scotto L a kol. (1989). "Tři nové alely HLA třídy I: struktura mRNA a alternativní mechanismy zpracování". Imunogenetika. 29 (2): 80–91. doi:10.1007 / BF00395855. PMID 2914713.
^ Marsh, S. G .; Albert, E. D .; Bodmer, W. F .; Bontrop, R.E .; Dupont, B .; Erlich, H. A .; Fernández-Viña, M .; Geraghty, D. E .; Holdsworth, R .; Hurley, C. K .; Lau, M .; Lee, K. W .; Mach, B .; Maiers, M .; Mayr, W. R .; Müller, C. R .; Parham, P .; Petersdorf, E. W .; Sasazuki, T .; Strominger, J.L .; Svejgaard, A .; Terasaki, P. I .; Tiercy, J. M .; Trowsdale, J. (2010). „Nomenklatura pro faktory systému HLA, 2010“. Tkáňové antigeny. 75 (4): 291–455. doi:10.1111 / j.1399-0039.2010.01466.x. PMC 2848993. PMID 20356336.
^ ^A ^b ^C ^d ^E ^F ^G ^h ⁱ ^j ^k ^l ^m ⁿ ^Ó ^str ^q ^r ^s ^t ^u ^proti ^w ^X ^y ^z ^aa ^ab ^ac ^inzerát ^ae ^af ^ag ^ah ^ai ^aj ^ak ^al ^dopoledne ^an ^ao ^ap ^vod ^ar ^{tak jako} ^na ^au Middleton D, Menchaca L, Rood H, Komerofsky R (2003). "Nová databáze alel s frekvencí: http://www.allelefrequencies.net ". Tkáňové antigeny. 61 (5): 403–7. doi:10.1034 / j.1399-0039.2003.00062.x. PMID 12753660. Externí odkaz v | název = (Pomoc)
^ ^A ^b ^C ^d Sasazuki, Takehiko; Tsuji, Kimiyoshi; Aizawa, Miki (1992). HLA 1991: sborník z jedenáctého mezinárodního workshopu a konference o histokompatibilitě, který se konal v Jokohamě v Japonsku ve dnech 6. – 13. Listopadu 1991. Oxford [Oxfordshire]: Oxford University Press. ISBN 978-0-19-262390-4.

[pmid2914713-1] Cianetti L, Testa U, Scotto L a kol. (1989). "Tři nové alely HLA třídy I: struktura mRNA a alternativní mechanismy zpracování". Imunogenetika. 29 (2): 80–91. doi:10.1007 / BF00395855. PMID 2914713.

[pmid15787720-2] Marsh, S. G .; Albert, E. D .; Bodmer, W. F .; Bontrop, R.E .; Dupont, B .; Erlich, H. A .; Fernández-Viña, M .; Geraghty, D. E .; Holdsworth, R .; Hurley, C. K .; Lau, M .; Lee, K. W .; Mach, B .; Maiers, M .; Mayr, W. R .; Müller, C. R .; Parham, P .; Petersdorf, E. W .; Sasazuki, T .; Strominger, J.L .; Svejgaard, A .; Terasaki, P. I .; Tiercy, J. M .; Trowsdale, J. (2010). „Nomenklatura pro faktory systému HLA, 2010“. Tkáňové antigeny. 75 (4): 291–455. doi:10.1111 / j.1399-0039.2010.01466.x. PMC 2848993. PMID 20356336.

[pmid12753660-3] A ^b ^C ^d ^E ^F ^G ^h ⁱ ^j ^k ^l ^m ⁿ ^Ó ^str ^q ^r ^s ^t ^u ^proti ^w ^X ^y ^z ^aa ^ab ^ac ^inzerát ^ae ^af ^ag ^ah ^ai ^aj ^ak ^al ^dopoledne ^an ^ao ^ap ^vod ^ar ^{tak jako} ^na ^au Middleton D, Menchaca L, Rood H, Komerofsky R (2003). "Nová databáze alel s frekvencí: http://www.allelefrequencies.net ". Tkáňové antigeny. 61 (5): 403–7. doi:10.1034 / j.1399-0039.2003.00062.x. PMID 12753660. Externí odkaz v | název = (Pomoc)

[isbn0-19-262390-7-4] A ^b ^C ^d Sasazuki, Takehiko; Tsuji, Kimiyoshi; Aizawa, Miki (1992). HLA 1991: sborník z jedenáctého mezinárodního workshopu a konference o histokompatibilitě, který se konal v Jokohamě v Japonsku ve dnech 6. – 13. Listopadu 1991. Oxford [Oxfordshire]: Oxford University Press. ISBN 978-0-19-262390-4.

[1]

[2]

[3]

[4]