Dekarboxylázy závislé na pyridoxalu skupiny III - Group III pyridoxal-dependent decarboxylases - Wikipedia
| Orn / Lys / Arg dekarboxyláza, N-terminální doména | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 krystalografická struktura plp-dependentní ornithin dekarboxylázy z rozlišení laktobacilu 30a na 3,1 angstromů | |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | OKR_DC_1_N | ||||||||
| Pfam | PF03709 | ||||||||
| Pfam klan | CL0304 | ||||||||
| InterPro | IPR005308 | ||||||||
| STRÁNKA | PDOC00585 | ||||||||
| SCOP2 | 1ord / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
| Orn / Lys / Arg dekarboxyláza, hlavní doména | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
krystalografická struktura plp-dependentní ornithin dekarboxylázy z rozlišení laktobacilu 30a na 3,1 angstromů | |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | OKR_DC_1 | ||||||||
| Pfam | PF01276 | ||||||||
| Pfam klan | CL0061 | ||||||||
| InterPro | IPR000310 | ||||||||
| STRÁNKA | PDOC00585 | ||||||||
| SCOP2 | 1ord / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
| Orn / Lys / Arg dekarboxyláza, C-koncová doména | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
krystalografická struktura plp-dependentní ornithin dekarboxylázy z rozlišení laktobacilu 30a na 3,1 angstromů | |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | OKR_DC_1_C | ||||||||
| Pfam | PF03711 | ||||||||
| InterPro | IPR008286 | ||||||||
| STRÁNKA | PDOC00585 | ||||||||
| SCOP2 | 1ord / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
V molekulární biologii pyridoxal-dependentní dekarboxylázy skupiny III plocha rodina z bakteriální enzymy zahrnující ornithin dekarboxyláza ES 4.1.1.17, lysin dekarboxyláza ES 4.1.1.18 a arginin dekarboxyláza ES 4.1.1.19.[1]
Pyridoxal-5'-fosfát -závislý aminokyselina dekarboxylázy lze rozdělit na čtyři skupiny na základě aminokyselinová sekvence. Skupina III zahrnuje prokaryotický ornitin a lysin dekarboxyláza a prokaryotický biodegradativní typ arginin dekarboxyláza.[1]
Struktura
Tyto enzymy se skládají z několika konzervovaný domén. The N-terminál doména má flavodoxin -jako fold, a kvůli své poloze v celkovém 3D se nazývá „křídlová“ doména struktura. Ornithin dekarboxyláza z Lactobacillus 30a (L30a OrnDC) je zástupcem velkých dekarboxyláz závislých na pyridoxal-5'-fosfátu, které působí na lysin, arginin nebo ornitin. The Krystalická struktura L30a OrnDC byl vyřešen na 3.0 A rozlišení. Šest dimery související s C6 symetrie skládat enzymaticky aktivní dodecamer (přibližně 106 Da ). Každý monomer L30a OrnDC lze popsat z hlediska pěti sekvenčních skládací domén. Aminoterminální doména, zbytky 1 až 107, sestává z pětivláknového beta-list nazval „křídlo“ domény. Dvoukřídlé domén každého dimer promítnout dovnitř směrem ke středu dodecameru a přispět ke stabilizaci dodecameru.[2]Hlavní doména obsahuje konzervovaný lysin zbytek, který je místem připojení pyridoxal-fosfát skupina.[2]
Viz také
- Dekarboxylázy závislé na pyridoxalu skupiny I
- Dekarboxylázy závislé na pyridoxalu skupiny II
- Dekarboxylázy závislé na pyridoxalu skupiny IV
Reference
- ^ A b Sandmeier E, Hale TI, Christen P (květen 1994). "Mnohočetný evoluční původ pyridoxal-5'-fosfát-dependentních aminokyselinových dekarboxyláz". Eur. J. Biochem. 221 (3): 997–1002. doi:10.1111 / j.1432-1033.1994.tb18816.x. PMID 8181483.
- ^ A b Momany C, Ernst S, Ghosh R, Chang NL, Hackert ML (říjen 1995). "Krystalografická struktura na PLP závislé ornithin dekarboxylázy z rozlišení Lactobacillus 30a na 3,0 A". J. Mol. Biol. 252 (5): 643–55. doi:10.1006 / jmbi.1995.0526. PMID 7563080.