GLIPR1 - GLIPR1

PDB 3q2r zbarvené řetízkem a při pohledu zepředu.
GLIPR1
Dostupné struktury
PDBHledání ortologu: PDBe RCSB
Identifikátory
AliasyGLIPR1CRISP7, GLIPR, RTVP1, GLI související s patogenezí 1
Externí IDOMIM: 602692 MGI: 1920940 HomoloGene: 21357 Genové karty: GLIPR1
Umístění genu (člověk)
Chromozom 12 (lidský)
Chr.Chromozom 12 (lidský)[1]
Chromozom 12 (lidský)
Genomické umístění pro GLIPR1
Genomické umístění pro GLIPR1
Kapela12q21.2Start75,480,753 bp[1]
Konec75,503,863 bp[1]
Exprese RNA vzor
PBB GE GLIPR1 214085 x na fs.png

PBB GE GLIPR1 204222 s na fs.png

PBB GE GLIPR1 204221 x na fs.png
Další údaje o referenčních výrazech
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

11010

73690

Ensembl

ENSG00000139278

ENSMUSG00000056888

UniProt

P48060

Q9CWG1

RefSeq (mRNA)

NM_006851

NM_028608

RefSeq (protein)

NP_006842

NP_082884

Místo (UCSC)Chr 12: 75,48 - 75,5 MbChr 10: 111,99 - 112 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

Protein související s patogenezí gliomu 1 je protein že u lidí je kódován GLIPR1 gen.[5][6][7]

Funkce

Tento gen kóduje protein s podobností s oběma protein související s patogenezí (PR) nadčeleď a sekreční protein bohatý na cystein (CRISP) rodina.[7]

Objev

Předchozí nález RTVP1 (GLIPR1) jako cílového genu p53 s funkcemi potlačujícími nádory vedl výzkumy k zahájení celého genomu. sekvenční homologie hledat geny podobné RTVP1 / GLIPR1 (GLIPR1L).[8] p53, gen potlačující nádor je nejčastěji mutovaným genem u lidské rakoviny.[8] Mutace v genu p53 může vést k buněčným poruchám, jako je zhoubný růst a metsastatis.[9][10][11] Lidský GLIPR1 byl původně identifikován u člověka glioblastom a byl nazýván jako GLIPR1 (protein 1 související s patogenezí gliomu)[12] nebo RTVP1 (související s proteinem specifickým pro varlata, vespid a patogenezi 1).[13] Dále byl identifikován jako marker myelomocytické diferenciace v makrofág.[14] Klastrové proteiny RTVP-1 sdílejí významnou sekvenční homologii se členy (PR) superrodiny a proteiny rodiny CRISP.[8]

Struktura

Struktura proteinu: GLIPR1 je ve dvou izomerních formách, identifikátor: P48060-1 a P48060-2, které kódují 266 (30 366 da) a 236 (26 919 Da) aminokyselin.[15] [2] Proteiny GLIPR1 obsahují následující domén:

• SCP: extracelulární proteinová doména podobná SCP • CAP: rodina sekrečních proteinů bohatá na cystein

Tyto predikované transmembránové domény a činí je jedinečnými pro savčí proteiny CAP a nejsou prezentovány v jiných izoformách GLIPR1.[16] CAP doména je strukturálně konzervovaná 15 KDa cystin bohatá doména, jak se historicky označuje jako SCP, NCBI cd00168 pr Pfam00188.[8][15]

Poloha genu

Geny GLIPR1L a Glipr1l se nacházejí velmi blízko RTVP1 v rozmezí 170 kb, u člověka je to v chromozomu 12q21 a v chromozóm 10D1 u myši (obr. 1A a 1B).[8] V lidském genu GLIPR1 se nachází na dlouhém (q) rameni chromozomu 12 z páru bází 71500001-75700000 (build GRCh37 / hg19)(mapa)[17]

Genový výraz

GlIPR1 je vysoce tkáňově specifický s vysokou mRNA, přičemž exprese GLIPR1L1 je s velmi vysokými hladinami mRNA ve varlatech, ale málo stop v močovém měchýři následuje nezjistitelná exprese v prostatě, ledvinách, plicích a kostní dřeni.[8] Exprese GLIPR1L2 byla podobná GLIPR1L1.[8]

Klinický význam

Studie ukázala, že lidský promotor GLIPR1 je vysoce methylován v tkáních rakoviny prostaty ve srovnání s normální tkání prostaty, která koreluje se sníženou úrovní exprese GLIPR1. Proto bylo navrženo, aby GLIPR1 působil jako supresor nádoru, který prochází epigenetický inaktivace u rakoviny prostaty.[18][15]Tato jedinečná vlastnost GLIPR1 může být efektivní pro ovládání malignity.[19] Předklinické studie prokázaly významné potlačení růstu nádoru, když byl AdGLIPR1 přímo injikován do rakoviny prostaty pomocí imunokompetentní ortotopický model myši.[19]

Homologie s obranným mechanismem rostlin

GLIPR1 vykazuje 35% identitu aminokyselinové sekvence s proteinem P14a souvisejícím s rajčatovou patogenezí (PR), který má význam v obranném mechanismu rostlin.[20] Srovnání těchto dvou proteinů vedlo k identifikaci běžného částečně rozpouštědlem vystaveného prostorového klastru čtyř aminokyselinových zbytků, His-69, Glu-88, Glu-110 a His-127 v číslování GliPR, které označuje běžnou domnělou aktivní místo pro proteiny GliPR a PR-1 vytvářející funkční spojení mezi lidským imunitním systémem a systémem obrany rostlin.[20]

Typy rakoviny / pozice SNP

Grafické znázornění počtu pozic ovlivněných typem rakoviny vs. typem rakoviny a počtem typů rakoviny vs. postiiton v aminokyselinové sekvenci je poskytnuto v odkazu.[3]

Počet typů rakoviny vs. pozice v aminokyselinové sekvenci
Počet pozic ovlivněných typy rakoviny vs. typ rakoviny

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000139278 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000056888 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ Murphy EV, Zhang Y, Zhu W, Biggs J (červen 1995). „Protein související s patogenezí lidského gliomu strukturně souvisí s proteiny související s rostlinnou patogenezí a jeho gen je specificky exprimován v mozkových nádorech“. Gen. 159 (1): 131–5. doi:10.1016 / 0378-1119 (95) 00061-A. PMID  7607567.
  6. ^ Rich T, Chen P, Furman F, Huynh N, Israel MA (listopad 1996). „RTVP-1, nový lidský gen se sekvenční podobností s geny různých druhů, je exprimován v liniích nádorových buněk gliálního, ale nikoli neuronového původu“. Gen. 180 (1–2): 125–30. doi:10.1016 / S0378-1119 (96) 00431-3. PMID  8973356.
  7. ^ A b „Entrez Gene: GLIPR1 GLI související s patogenezí 1 (gliom)“.
  8. ^ A b C d E F G Ren C, Ren CH, Li L, Goltsov AA, Thompson TC (srpen 2006). „Identifikace a charakterizace genů podobných RTVP1 / GLIPR1, nový klastr cílového genu p53“. Genomika. 88 (2): 163–72. doi:10.1016 / j.ygeno.2006.03.021. PMID  16714093.
  9. ^ Hollstein M, Sidransky D, Vogelstein B, Harris CC (červenec 1991). "mutace p53 u lidských rakovin". Věda. 253 (5015): 49–53. Bibcode:1991Sci ... 253 ... 49H. doi:10.1126 / science.1905840. PMID  1905840.
  10. ^ Stapleton AM, Timme TL, Gousse AE, Li QF, Tobon AA, Kattan MW, Slawin KM, Wheeler TM, Scardino PT, Thompson TC (srpen 1997). „Primární lidské buňky rakoviny prostaty nesoucí mutace p53 jsou klonálně expandovány v metastázách“. Klinický výzkum rakoviny. 3 (8): 1389–97. PMID  9815823.
  11. ^ Thompson TC, Park SH, Timme TL, Ren C, Eastham JA, Donehower LA, Bradley A, Kadmon D, Yang G (březen 1995). „Ztráta funkce p53 vede k metastázám u myšího karcinomu prostaty iniciovaného ras + myc“. Onkogen. 10 (5): 869–79. PMID  7534899.
  12. ^ Murphy EV, Zhang Y, Zhu W, Biggs J (červen 1995). „Protein související s patogenezí lidského gliomu strukturně souvisí s proteiny souvisejícími s rostlinnou patogenezí a jeho gen je specificky exprimován v mozkových nádorech“. Gen. 159 (1): 131–5. doi:10.1016 / 0378-1119 (95) 00061-a. PMID  7607567.
  13. ^ Rich T, Chen P, Furman F, Huynh N, Israel MA (listopad 1996). „RTVP-1, nový lidský gen se sekvenční podobností s geny různých druhů, je exprimován v liniích nádorových buněk gliového, ale nikoli neuronového původu“. Gen. 180 (1–2): 125–30. doi:10.1016 / s0378-1119 (96) 00431-3. PMID  8973356.
  14. ^ Gingras MC, Margolin JF (leden 2000). "Diferenciální exprese více neočekávaných genů během diferenciace buněk U937 a makrofágů detekovaná supresivní subtraktivní hybridizací". Experimentální hematologie. 28 (1): 65–76. doi:10.1016 / s0301-472x (99) 00126-5. PMID  10658678.
  15. ^ A b C Gibbs GM, Roelants K, O'Bryan MK (prosinec 2008). „Nadčeleď CAP: cysteinové bohaté sekreční proteiny, antigen 5 a proteiny související s patogenezí 1 - role v reprodukci, rakovině a imunitní obraně“. Endokrinní hodnocení. 29 (7): 865–97. doi:10.1210 / er.2008-0032. PMID  18824526.
  16. ^ Asojo OA, Koski RA, Bonafé N (říjen 2011). "Strukturální studie proteinu 1 souvisejícího s patogenezí lidského gliomu". Acta Crystallographica oddíl D. 67 (Pt 10): 847–55. doi:10.1107 / S0907444911028198. PMC  3176621. PMID  21931216.
  17. ^ Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna [1]
  18. ^ Ren C, Li L, Yang G, Timme TL, Goltsov A, Ren C, Ji X, Addai J, Luo H, Ittmann MM, Thompson TC (únor 2004). „RTVP-1, tumor supresor inaktivovaný methylací u rakoviny prostaty“. Výzkum rakoviny. 64 (3): 969–76. doi:10.1158 / 0008-5472.can-03-2592. PMID  14871827.
  19. ^ A b Thompson TC (červenec 2010). „Protein 1 související s patogenezí gliomu: aktivity potlačující nádory a terapeutický potenciál“. Lékařský deník Yonsei. 51 (4): 479–83. doi:10,3349 / ymj.2010.51.4.479. PMC  2880257. PMID  20499410.
  20. ^ A b Szyperski T, Fernández C, Mumenthaler C, Wüthrich K (březen 1998). „Srovnání struktury proteinu GliPR souvisejícího s patogenezí lidského gliomu a proteinu P14a souvisejícího s rostlinnou patogenezí naznačuje funkční spojení mezi lidským imunitním systémem a systémem obrany rostlin“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 95 (5): 2262–6. Bibcode:1998PNAS ... 95.2262S. doi:10.1073 / pnas.95.5.2262. PMC  19313. PMID  9482873.

Další čtení