Diskoidinová doména - Discoidin domain

F5 / 8 doména typu C
PDB 1fac EBI.jpg
Struktura membránově vázající C2 domény faktoru VIII.[1]
Identifikátory
SymbolF5_F8_type_C
PfamPF00754
InterProIPR000421
STRÁNKAPDOC00988
SCOP21fac / Rozsah / SUPFAM
OPM nadčeleď46
OPM protein1 sdd
CDDcd00057

Diskoidinová doména (také známý jako F5 / 8 doména typu Cnebo Doména typu C2) je hlavní proteinová doména z mnoha faktory srážení krve.

Faktory srážení krve PROTI a VIII obsahují C-koncovou, dvakrát opakovanou doménu přibližně 150 aminokyselin, která se často nazývá „doména podobná C2“ (která nesouvisí s Doména C2 ). V Dictyostelium discoideum Bylo zjištěno (buněčná forma) buněčný adhezivní protein diskoidin, příbuzná doména, pojmenovaná diskoidinová I-podobná doména, DLD nebo DS, která sdílí společnou C-koncovou oblast přibližně 110 aminokyselin s doménou FA58C, ale jejíž koncových 40 aminokyselin je mnohem méně konzervovaných. Podobné domény byly detekovány v jiných extracelulárních a membránových proteinech.[2][3][4] V koagulačních faktorech V a VIII tvoří opakované domény část větší funkční domény, která podporuje vazbu na aniontové fosfolipidy na povrchu krevních destiček a endoteliálních buněk.[5] Ukázalo se, že C-koncová doména druhého FA58C opakování (C2) koagulačního faktoru VIII je zodpovědná za vazbu fosfatidylserinu a je nezbytná pro aktivitu.[6][7] FA58C obsahuje ve většině proteinů dva konzervované cysteiny, které spojují končetiny domény disulfidovou vazbou.[8][9][10] Další disulfidová vazba je umístěna blízko C-konce druhé domény FA58C v MFGM Q08431.[10]

Lidské proteiny obsahující tuto doménu

AEBP1; BTBD9; CASPR4; CNTNAP1; CNTNAP2; CNTNAP3; CNTNAP4; CNTNAP5; CPXM1; CPXM2; DCBLD1; DCBLD2; DDR1; DDR2; EDIL3;F5; F8; F8B; MFGE8; NRP1; NRP2; RS1; SSPO; UNC13A

Reference

  1. ^ Veeraraghavan S, Baleja JD, Gilbert GE (červen 1998). "Struktura a topografie membránově vázající C2 domény faktoru VIII v přítomnosti dodecylfosfocholinových micel". Biochem. J. 332 (Pt 2) (Pt 2): 549–55. doi:10.1042 / bj3320549. PMC  1219512. PMID  9601086.
  2. ^ Davie EW, Kane WH (1986). „Klonování cDNA kódující lidský faktor V, krevní koagulační faktor homologní s faktorem VIII a ceruloplazminem“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 83 (18): 6800–6804. doi:10.1073 / pnas.83.18.6800. PMC  386597. PMID  3092220.
  3. ^ Rutter WJ, Edman JC, Johnson JD (1993). „Receptorová tyrosinkináza nalezená v buňkách karcinomu prsu má extracelulární doménu podobnou diskoidinu I“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 90 (12): 5677–5681. doi:10.1073 / pnas.90.12.5677. PMC  46784. PMID  8390675.
  4. ^ Couto JR, Taylor MR, Godwin SG, Ceriani RL, Peterson JA (1996). „Klonování a sekvenční analýza lidského epiteliálního antigenu prsu BA46 odhaluje sekvenci adheze buněk RGD prezentovanou na doméně podobné epidermálnímu růstovému faktoru“. DNA Cell Biol. 15 (4): 281–286. doi:10.1089 / dna.1996.15.281. PMID  8639264.
  5. ^ Davie EW, Kane WH (1988). „Faktory srážení krve V a VIII: strukturální a funkční podobnosti a jejich vztah k hemoragickým a trombotickým poruchám“. Krev. 71 (3): 539–555. doi:10.1182 / krev. V71.3.539.539. PMID  3125864.
  6. ^ Foster PA, Fulcher CA, Houghten RA, Zimmerman TS (1990). „Syntetické peptidy faktoru VIII s aminokyselinovými sekvencemi obsaženými v doméně C2 faktoru VIII inhibují vazbu faktoru VIII na fosfatidylserin“. Krev. 75 (10): 1999–2004. doi:10.1182 / krev. V75.10.1999.1999. PMID  2110840.
  7. ^ Kane WH, Peterson JA, Ortel TL, Quinn-Allen MA, Keller FG, Larocca D (1994). „Lokalizace funkčně důležitých epitopů ve druhé doméně typu C koagulačního faktoru V pomocí rekombinantních chimér“. J. Biol. Chem. 269 (22): 15898–15905. PMID  7515064.
  8. ^ Mann KG, Xue J, Kalafatis M (1993). "Stanovení disulfidových můstků v lehkém řetězci faktoru Va". Biochemie. 32 (22): 5917–5923. doi:10.1021 / bi00071a002. PMID  8504111.
  9. ^ Fujikawa K, McMullen BA, Davie EW, Hedner U, Ezban M (1995). „Umístění disulfidových vazeb a volných cysteinů v těžkých a lehkých řetězcích rekombinantního lidského faktoru VIII (antihemofilní faktor A)“. Protein Sci. 4 (4): 740–746. doi:10.1002 / pro.5560040413. PMC  2143093. PMID  7613471.
  10. ^ A b Petersen TE, Hvarregaard J, AndersenMH, Berglund L, Rasmussen JT (září 1996). „Charakterizace glykoproteinu PAS-6/7 z membrán globulí hovězího mléčného tuku“. Eur. J. Biochem. 240 (3): 628–636. doi:10.1111 / j.1432-1033.1996.0628h.x. PMID  8856064.
Poznámky
Tento článek včlení text od public domain Pfam a InterPro: IPR000421

Další čtení

Baumgartner, S .; Hofmann, K .; Chiquet-Ehrismann, P .; Bucher, R. (1998). „Znovu navštívena rodina diskoidinových domén: Noví členové z prokaryot a homologická predikce skládání“. Věda o bílkovinách. 7 (7): 1626–1631. doi:10.1002 / pro.5560070717. PMC  2144056. PMID  9684896.