Signál balení koronaviru - Coronavirus packaging signal

Signál balení koronaviru
RF00182 konsensuální sekundární struktura.png
Předpovězeno sekundární struktura a zachování sekvence balíčku Corona_package
Identifikátory
SymbolBalíček Corona
RfamRF00182
Další údaje
RNA typCis-reg
DoményViry
TAKSO: 0000233
PDB strukturPDBe

The Signál balení koronaviru je konzervovaný cis-regulační prvek nalezen v Betacoronavirus (část Koronavirus podčeleď viry ). Hraje důležitou roli při regulaci balení viru genom do kapsid. Jako součást životního cyklu viru je v infikované buňce virový genom spojen s virem bílkoviny a sestavuje se do nových infekčních potomstvo viry. Tento proces se nazývá balení a je nezbytný pro virovou replikaci.

Signál balení se nachází v pozitivní smysl jednovláknové RNA genom. Interaguje s virovými proteiny (M a N)[1] a zajišťuje selektivní balení virové RNA do virionů.[2]

Tento RNA element je konzervován Embecovirus (dříve známý jako linie A Betacoronavirus[3]), který zahrnuje virus myší hepatitidy (MHV), bovinní koronavirus (BCoV) a podobné lidské koronaviry HCoV-HKU1 a HCoV-OC43. Je pozoruhodné, že tento prvek chybí v ostatních virových liniích, které vyvinuly samostatné obalové signály. Například se nenachází v SARS-CoV a SARS-CoV-2[1] (na rozdíl od předchozích nároků[4] které byly vyvráceny[5]).

Balicí signál je konzervovaný Sekundární struktura RNA se čtyřmi motivy vnitřní smyčky AGC / GUAAU.[6] Ve virovém genomu je balicí signál umístěn v nestrukturální protein 15 (nsp15) a kóduje a polypeptid který se nachází na povrchu proteinu nsp15.[7] Odstranění signálu balení nebo zavedení mutací, které narušují jeho sekundární strukturu, ale ne kódovaný peptid, vede ke ztrátě specificity balení. Přemístění balicího signálu do jiné části genomu zároveň nemělo negativní účinek na balení.[8]

Mezi další rodiny RNA identifikované v koronaviru patří SL-III cis-působící replikační prvek (CRE), stimulační prvek posouvající rámce koronaviru, motiv podobný koronaviru 3 'kmenové smyčky II (s2m), stejně jako 5′- a 3 'UTR pseudoknot.

Viz také

Reference

  1. ^ A b Masters, PS (listopad 2019). „Balení genomové RNA koronaviru“. Virologie. 537: 198–207. doi:10.1016 / j.virol.2019.08.031. PMC  7112113. PMID  31505321.
  2. ^ Narayanan K, Makino S (2001). „Spolupráce signálu sbalení RNA a proteinu virové obálky v balení s koronavirem RNA“. J. Virol. 75 (19): 9059–9067. doi:10.1128 / JVI.75.19.9059-9067.2001. PMC  114474. PMID  11533169.
  3. ^ Wong, Antonio C. P .; Li, Xin; Lau, Susanna K. P .; Woo, Patrick C. Y. (únor 2019). „Globální epidemiologie netopýrových koronavirů“. Viry. 11 (2): 174. doi:10,3390 / v11020174. ISSN  1999-4915. PMC  6409556. PMID  30791586.
  4. ^ Qin, Lei; Xiong, Bin; Luo, Cheng; Guo, Zong-Ming; Hao, Pei; Su, Jiong; Nan, Peng; Feng, Ying; Shi, Yi-Xiang; Yu, Xiao-Jing; Luo, Xiao-Min (červen 2003). "Identifikace pravděpodobné genomové balicí signální sekvence z genomu SARS-CoV bioinformatickou analýzou". Acta Pharmacologica Sinica. 24 (6): 489–496. ISSN  1671-4083. PMID  12791173.
  5. ^ Kuo, Lili; Koetzner, Cheri A .; Hurst, Kelley R .; Masters, Paul S. (duben 2014). „Rozpoznání balicího signálu genomové RNA myšího koronaviru závisí na druhé doméně vázající RNA nukleokapsidového proteinu“. Journal of Virology. 88 (8): 4451–4465. doi:10.1128 / JVI.03866-13. ISSN  1098-5514. PMC  3993769. PMID  24501403.
  6. ^ Chen, Shih-Cheng; van den Born, Erwin; van den Worm, Sjoerd H. E .; Pleij, Cornelis W. A .; Snijder, Eric J .; Olsthoorn, René C. L. (červen 2007). „Nový model struktury pro balicí signál v genomu koronavirů skupiny IIa“. Journal of Virology. 81 (12): 6771–6774. doi:10.1128 / JVI.02231-06. ISSN  0022-538X. PMC  1900089. PMID  17428856.
  7. ^ Xu, Xiaoling; Zhai, Yujia; Slunce, Fei; Lou, Zhiyong; Su, Dan; Xu, Yuanyuan; Zhang, Rongguang; Joachimiak, Andrzej; Zhang, Xuejun C .; Bartlam, Mark; Rao, Zihe (srpen 2006). „Nový antivirový cíl odhalený hexamerní strukturou myšího strukturního proteinu viru hepatitidy nsp15“. Journal of Virology. 80 (16): 7909–7917. doi:10.1128 / JVI.00525-06. ISSN  0022-538X. PMC  1563835. PMID  16873248.
  8. ^ Kuo, Lili; Masters, Paul S. (květen 2013). „Funkční analýza signálu balení genomové RNA myšího koronaviru“. Journal of Virology. 87 (9): 5182–5192. doi:10.1128 / JVI.00100-13. ISSN  0022-538X. PMC  3624306. PMID  23449786.

externí odkazy