3 'UTR koronaviru - Coronavirus 3′ UTR

Koronavirus genomy jsou kladný smysl jednovláknový RNA molekuly s nepřeložená oblast (UTR) na 3 'konec který se nazývá 3 'UTR. 3 'UTR je zodpovědný za důležité biologické funkce, jako jsou virové replikace.[1] 3 'UTR má konzervovanou RNA sekundární struktura ale různé rody koronavirů (alfa-, beta-, gama- a deltacoronaviry) mají různé strukturní rysy popsané níže.

Alphacoronavirus 3 'UTR

Shoda sekundární struktura a zachování sekvence aCoV-3UTR (Rfam RF03121 ).

3 'UTR z Alfacoronaviry skládá se ze dvou malých sponek do vlasů (PK-SL2), které mohou tvořit alternativní konformaci (PK-SL1) kde oblast smyčky druhé vlásenky interaguje s dříkem první vlásenky (viz Koronavirový 3 'UTR pseudoknot ). PK-SL2 byl potvrzen v HCoV-229E a HCoV-NL63 experimenty sondování struktury in vitro. Za tímto pseudoknotem leží hypervariabilní oblast (HVR), který je podporován mnoha covarying páry bází v alfacoronaviruses. Dále konzervovaná oktanukleotidová sekvence 5'-GGAAGAGC-3 ' je přítomen v HVR.[2]

Betacoronavirus 3 'UTR

Shoda sekundární struktura a zachování sekvence bCoV-3UTR (Rfam RF03122 ).

3 'UTR z Betacoronaviry je přibližně 300–500 nukleotidů dlouhý. Největší 5 'struktura je vypouklá stonková smyčka (BSL), začínající downstream od N genu stop kodon a je nezbytný pro virovou replikaci. Předpokládá se, že bude zachována u betakoronavirů. Po proudu od BSL leží hypervariabilní oblast s vypouklou kmenovou smyčkou (HVR), obsahující spojení trojité šroubovice. Vláknová smyčka pramenící z tohoto spojení se účastní párování pseudoknotů s oblastí BSL. Pseudoknot a BSL se částečně překrývají, a proto nemohou být vytvořeny současně. Navrhuje se, aby BSL a pseudoknot fungovaly jako molekulární přepínač, který může regulovat přechod během syntézy virové RNA. Součástí HVR je oktanukleotidová sekvence 5'-GGAAGAGC-3 ' který je zachován mezi alfa- a betakoronaviry. 3 'UTR z SARS-CoV-2 je podobný ostatním betakoronavirům a je přibližně 300–500 nukleotidů dlouhý.

Gammacoronavirus 3 'UTR

v Gamacoronaviry je pozorována kmenová smyčka umístěná na 3 'UTR, která je nezbytná pro virovou replikaci. I když je přítomna blízká struktura pseudoknotů, která byla pozorována u jiných rodů koronavirů, její funkční význam dosud nebyl stanoven.

Deltacoronavirus 3 'UTR

Shoda sekundární struktura a zachování sekvence dCoV-3UTR (Rfam RF03124 ).

Ve 3 'UTR v. Jsou přítomny dvě menší vlásenky a hypervariabilní oblast (HVR) Deltakoronaviry. Struktura pseudoknotu, která je typická pro alfa- a betakoronaviry, nebyla dosud u Deltacoronavirů předpovězena.

Viz také

Reference

  1. ^ Madhugiri, R .; Fricke, M .; Marz, M .; Ziebuhr, J. (2016). "Coronavirus cis-Acting RNA Elements". Pokroky ve výzkumu virů. 96: 127–163. doi:10.1016 / bs.aivir.2016.08.007. ISBN  978-0-12-804736-1. ISSN  1557-8399. PMC  7112319. PMID  27712622.
  2. ^ Yang, Dong; Leibowitz, Julian L. (03.08.2015). "Struktura a funkce genomových 3 'a 5' konců koronaviru". Virový výzkum. 206: 120–133. doi:10.1016 / j.virusres.2015.02.025. ISSN  1872-7492. PMC  4476908. PMID  25736566.