Coronavirus 3 ′ kmen-smyčka II-jako motiv (s2m) - Coronavirus 3′ stem-loop II-like motif (s2m)

Coronavirus 3 ′ kmen-smyčka II-jako motiv (s2m)
RF00164-rscape.svg
Identifikátory
Symbols2m
RfamRF00164
Další údaje
RNA typCis-reg
DoményEukaryota; Viry
TAKSO: 0000233
PDB strukturPDBe

The Koronavirový motiv podobný 3 'kmenové smyčce II (také známý jako s2m) je a sekundární struktura motiv identifikovaný v 3 'nepřekládaná oblast (3′UTR) z astrovirus, koronavirus a koní rhinovirus genomy.[1][2] Jeho funkce není známa, ale bylo zjištěno, že v něm hrají roli různé virové 3 'UTR oblasti virová replikace a balení.

Zdá se, že tento motiv je v obou zachován nukleotid sekvence a sekundární struktura skládání, což naznačuje jeho silnou evoluční volbu zachování. Předpokládá se, že přítomnost tohoto konzervovaného motivu v těchto třech různých virových rodinách je výsledkem alespoň dvou samostatných rekombinace Události.[2]

Mezi další rodiny RNA identifikované v koronaviru patří SL-III cis-působící replikační prvek (CRE), stimulační prvek posouvající rámce koronaviru, signál balení koronaviru a koronavirus 3 'UTR pseudoknot.

Reprezentace 3D struktury motivu s2m.[2]

Biologický význam

Funkčně během invaze hostitele virovou RNA se ukazuje, že s2m nejprve váže jeden nebo více proteinů jako mechanismus, aby virová RNA nahradila syntézu hostitelského proteinu. To bylo také vidět v makromolekulární substituci RNA záhybů s2m RNA. Prvek s2m RNA je také účinným cílem při navrhování antivirových léčiv.[3][4] Během pandemie COVID-19 v roce 2020 má mnoho genomových sekvencí australských izolátů SARS ‐ CoV ‐ 2 delece nebo mutace v s2m, což naznačuje, že v tomto elementu RNA SARS-CoV-2 mohlo dojít k událostem rekombinace RNA.[5]

Viz také

Reference

  1. ^ Jonassen CM, Jonassen TO, Grinde B (1998). "Společný motiv RNA na 3 'konci genomů astrovirů, viru ptačí infekční bronchitidy a koňovitého rhinoviru". Journal of General Virology. 79 (4): 715–718. doi:10.1099/0022-1317-79-4-715. PMID  9568965.
  2. ^ A b C Robertson MP, Igel H, Baertsch R, Haussler D, Ares M, Scott WG (2005). „Struktura důsledně konzervovaného RNA prvku v genomu viru SARS“. Biologie PLoS. 3 (1): e5. doi:10.1371 / journal.pbio.0030005. PMC  539059. PMID  15630477.
  3. ^ Robertson MP, Igel H, Baertsch R, Haussler D, Ares M (2005). „Jr, et al. (2005) Struktura přísně konzervovaného prvku RNA v genomu viru SARS ". Biologie PLoS. 3 (1): e5. doi:10.1371 / journal.pbio.0030005. PMC  539059. PMID  15630477.
  4. ^ Robertson MP, Igel H, Baertsch R, Haussler D, Ares M, Scott WG (leden 2005). „Struktura přísně konzervovaného prvku RNA v genomu viru SARS“. PLOS Biology. 3: e5. doi:10.1371 / journal.pbio.0030005. PMC  539059. PMID  15630477. Citováno 2013-06-04.
  5. ^ Yeh TY, Contreras GP (2020). „Rozvíjející se virové mutanti v Austrálii naznačují událost rekombinace RNA v genomu SARS ‐ CoV ‐ 2“. Lékařský Jornal Austrálie. 213 (1): 44–44.e1. doi:10,5694 / mja2.50657. PMC  7300921. PMID  32506536.

externí odkazy