Databáze interagujících proteinů - Database of Interacting Proteins - Wikipedia

Databáze interagujících proteinů (DIP)
Databáze interagujících proteinů Logo.png
Obsah
Popisdatabáze interakce proteinů
Kontakt
Výzkumné centrumUniversity of California, Los Angeles
AutořiDavid Eisenberg
Primární citaceXenarios a spol. (2002)[1]
Datum vydání2002
Přístup
webová stránkahttp://dip.doe-mbi.ucla.edu
Smíšený
LicenceCC BY-ND 3.0

The Databáze interagujících proteinů (DIP) je biologická databáze, která katalogizuje experimentálně určené interakce mezi bílkoviny.[2][3] Spojuje informace z různých zdrojů a vytváří jednotnou a konzistentní sadu interakcí protein – protein. Data uložená v rámci DIP byla kurátorem, a to jak ručně, provedena odborníkem kurátoři a automaticky pomocí výpočetních přístupů, které využívají znalosti o interakce protein-protein sítí extrahován z nejspolehlivější základní sady dat DIP. Databáze byla původně vydána v roce 2002. Od roku 2014 je DIP kurátorem výzkumné skupiny David Eisenberg na UCLA.

DIP lze prohledávat prostřednictvím jeho webového rozhraní; vyhledávání mohou být založena mimo jiné na interakcích popsaných ve vybraném článku v časopise nebo na interakcích podporovaných experimentálními důkazy.[4]

DIP je členem International Molecular Exchange Consortium (IMEx),[5] skupina hlavních veřejných poskytovatelů údajů o interakcích. Mezi další zúčastněné databáze patří Biomolecular Interaction Network Database (BIND),[6] IntAct,[7] databáze molekulárních interakcí (MINT),[8] MIPS,[9] MPact a BioGRID.[5] Databáze IMEx spolupracují, aby zabránily zdvojování úsilí, shromažďování údajů z nepřekrývajících se zdrojů a sdílení údajů o interakci. Konsorcium IMEx také pracovalo na vývoji HUPO -PSI -MI XML formát, který je nyní široce implementován.[5][10]

Všechny informace v rámci DIP jsou volně dostupné pod a Creative Commons BY-ND 3.0 licence.[2]

Reference

  1. ^ Xenarios, I; Salwínski, L; Duan, XJ; Higney, P; Kim, SM; Eisenberg, D (1. ledna 2002). „DIP, databáze interagujících proteinů: výzkumný nástroj pro studium buněčných sítí proteinových interakcí“. Výzkum nukleových kyselin. 30 (1): 303–5. doi:10.1093 / nar / 30.1.303. PMC  99070. PMID  11752321.
  2. ^ A b „DIP: Domů“. dip.doe-mbi.ucla.edu. Citováno 8. září 2014.
  3. ^ Salwinski, L .; Miller, C. S .; Smith, A. J .; Pettit, F. K .; Bowie, J. U .; Eisenberg, D. (2004). „Databáze interagujících proteinů: aktualizace z roku 2004“. Výzkum nukleových kyselin. 32 (90001): D449 – D451. doi:10.1093 / nar / gkh086. PMC  308820. PMID  14681454.
  4. ^ „DIP: Hledat“. dip.doe-mbi.ucla.edu. Citováno 8. září 2014.
  5. ^ A b C Orchard, S .; Kerrien, S .; Abbani, S .; Aranda, B .; Bhate, J .; Bidwell, S .; Bridge, A .; Briganti, L .; Brinkman, F .; Cesareni, G .; Chatr-Aryamontri, A .; Chautard, E .; Chen, C .; Dumousseau, M .; Goll, J .; Hancock, R .; Hannick, L. I .; Jurisica, I .; Khadake, J .; Lynn, D. J .; Mahadevan, U .; Perfetto, L .; Raghunath, A .; Ricard-Blum, S .; Roechert, B .; Salwinski, L .; Stümpflen, V .; Tyers, M .; Uetz, P .; Xenarios, I. (2012). „Kurátor údajů o interakci s proteiny: konsorcium International Molecular Exchange (IMEx)“. Přírodní metody. 9 (4): 345–350. doi:10.1038 / nmeth.1931. PMC  3703241. PMID  22453911.
  6. ^ Alfarano, C. (17. prosince 2004). „Aktualizace síťové databáze pro biomolekulární interakce a související nástroje 2005“. Výzkum nukleových kyselin. 33 (Problém s databází): D418 – D424. doi:10.1093 / nar / gki051. PMC  540005. PMID  15608229.
  7. ^ Kerrien, S .; Aranda, B .; Breuza, L .; Bridge, A .; Broackes-Carter, F .; Chen, C .; Duesbury, M .; Dumousseau, M .; Feuermann, M .; Hinz, U .; Jandrasits, C .; Jimenez, R. C .; Khadake, J .; Mahadevan, U .; Masson, P .; Pedruzzi, I .; Pfeiffenberger, E .; Porras, P .; Raghunath, A .; Roechert, B .; Orchard, S .; Hermjakob, H. (24. listopadu 2011). „Databáze molekulárních interakcí IntAct v roce 2012“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (D1): D841 – D846. doi:10.1093 / nar / gkr1088. PMC  3245075. PMID  22121220.
  8. ^ Zanzoni, A; Montecchi-Palazzi, L; Quondam, M; Ausiello, G; Helmer-Citterich, M; Cesareni, G (20. února 2002). „MINT: a Molecular INTeraction database“. FEBS Dopisy. 513 (1): 135–40. doi:10.1016 / s0014-5793 (01) 03293-8. PMC  1751541. PMID  11911893.
  9. ^ Guldener, U. (1. ledna 2006). „MPact: zdroj interakce proteinů MIPS u kvasinek“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (90001): D436 – D441. doi:10.1093 / nar / gkj003. PMC  1347366. PMID  16381906.
  10. ^ Hermjakob, Henning; Montecchi-Palazzi, Luisa; Bader, Gary; Wojcik, Jérôme; Salwinski, Lukasz; Ceol, Arnaud; Moore, Susan; Orchard, Sandra; Sarkans, Ugis; von Mering, Christian; Roechert, Bernd; Poux, Sylvain; Jung, Eva; Mersch, Henning; Kersey, Paul; Lappe, Michael; Li, Yixue; Zeng, Rong; Rana, Debashis; Nikolski, Macha; Husi, Holger; Brun, Christine; Shanker, K; Grant, Seth G N; Sander, Chris; Bork, Peer; Zhu, Weimin; Pandey, Akhilesh; Brazma, Alvis; Jacq, Bernard; Vidal, Marc; Sherman, David; Legrain, Pierre; Cesareni, Gianni; Xenarios, Ioannis; Eisenberg, David; Steipe, Boris; Hogue, Chris; Apweiler, Rolf (2004). „Formát molekulárních interakcí HUPO PSI - komunitní standard pro reprezentaci dat interakce proteinů“. Přírodní biotechnologie. 22 (2): 177–183. doi:10.1038 / nbt926. PMID  14755292. S2CID  17557764.

externí odkazy