CCDC47 - CCDC47
| CCDC47 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | CCDC47, MSTP041, GK001, doména coiled-coil obsahující 47, THNS | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | OMIM: 618260 MGI: 1914413 HomoloGene: 41351 Genové karty: CCDC47 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 17: 63,75 - 63,78 Mb | n / a | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [2] | [3] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Coiled-coil doména 47 (CCDC47) je gen lokalizovaný na lidský chromozom 17, konkrétně lokus 17q23.3, který kóduje protein CCDC47. Gen má několik aliasů včetně GK001 a MSTP041. Samotný protein obsahuje coiled-coil domény, nadrodinu SEEEED, doménu neznámé funkce (DUF1682) a transmembránovou doménu. Funkce proteinu není známa, ale bylo navrženo, aby se CCDC47 účastnil homeostázy vápenatých iontů a reakce na přetížení endoplazmatického retikula.[4]
Gen
Samotný gen CCDC47 se nachází na minusovém řetězci lidský chromozom 17 a obsahuje 13 exon spojovací místa a 14 odlišných introny. Po odstranění exonů má gen délku 3445 párů bází. Žádný důkaz pro mikro RNA nebo pseudogeny byly nalezeny. Gen nemá různé izoformy, existuje pouze varianta přepisu 1X.
Protein
Struktura
Protein kódovaný CCDC47 má délku 483 aminokyselin a obsahuje obě a signální peptid a transmembránová doména. Je bohatý na negativně nabité aminokyseliny, jako je kyselina asparagová a kyselina glutamová což mu dává kyselost izoelektrický bod 4,56.[6] Protein je také bohatý na methionin. Celkově váží 55,9 kDal, což je konzervováno různými ortology. CCDC47 také obsahuje nadrodinu a doménu SEEEED neznámé funkce 1682 (DUF1682). Nadčeleď SEEEED je krátká oblast s nízkou složitostí, která se skládá hlavně z serinu. Rodina běžně leží na komplexu klatrinového adaptéru 3 podjednotkových proteinů beta-1.[7] Přesná funkce DUF 1682 je nejasná, ale jeden člen rodiny byl popsán jako protein specifický pro adipocyty.[8]
Předpovídají se dva disulfidové vazby ve struktuře CCDC47 u cysteinů 209 až 214, respektive cysteinů 215 až 283.[9] C-koncová část proteinu je vysoce nabitá a její sekundární struktura Předpokládá se, že je to alfa šroubovice kraj.[10] Tato oblast také obsahuje navinuté cívkové domény, které jsou strukturálními motivy, ve kterých jsou 2-7 alfa helixy navinuty dohromady a jsou následně zapojeny do biologické exprese. Tyto domény typicky sledují vzorec HxxHCxC, kde H je hydrofobní aminokyselina, C je nabitá aminokyselina a x je jakákoli aminokyselina.[11] Mnoho aminokyselinových sekvencí sledujících tento vzor je vidět v C-koncové oblasti CCDC47, kde je znázorněna nejvyšší konzervace prostřednictvím ortologů.
Regulace a překlad
CCDC47 je regulován promotorem GXP43413.[12] Promotor má délku 819 párů bází a je vysoce konzervovaný u savců. Konzervovaná vazebná místa u savců, která jsou umístěna na tomto promotoru, zahrnují nukleární respirační faktor 1 (NFR1), cAMP-responzivní element vázající protein (CREB), rodinu PAR b ZIP a transkripční faktor Sp4. NRF1 kóduje protein, který homodimerizuje a aktivuje expresi klíčových metabolických genů. CREB se váže na prvky reakce cAMP, čímž zvyšuje nebo snižuje transkripci downstream genů[13] zatímco rodina PAR b ZIP je zapojena do regulace cirkadiánní rytmy.[14]S ohledem na mRNA, překlad začíná na základním páru 337 a končí v 1728. Existuje silná stonková smyčka nachází se v 5 'UTR oblasti od základen 289-318, která je pravděpodobně zapojena do regulace mRNA díky své těsné blízkosti spustit kodon.[15]
Buněčná distribuce
Předpokládá se, že finální protein je přeložen z endoplazmatického retikula do cytoplazmy buňky. Protein je ukotven v membráně ER v transmembránové doméně umístěné od aminokyseliny 137 do 165.[16] Část proteinu, která sahá do cytosol se předpokládá, že bude vysoce fosforylovaný protože fosforylační místa proteinu jsou konzervována do ortologů kostnatých ryb.[17] Výzkum ukázal, že CCDC47 je vyjádřen v reakci na přetížení ER, což činí tuto těsnou blízkost ER důležitou.[18]
Posttranslační úpravy
Kromě vysoké úrovně fosforylace vidět v CCDC47, tři místa sulfinace jsou předpovídána a konzervována u savců, plazů a ptáků, ale ne u ryb, obojživelníků nebo bezobratlých.[19] Pět potenciálu sumoylace stránky jsou také vidět a konzervovány zpět k kostnatým rybám.[20] Tady není žádný glykosylace proteinu, protože se nepředpokládá, že se rozšíří do extracelulární části buňky.
Výraz
Microarray byly analyzovány vzorce tkáňové exprese z GEO a ukázalo se, že CCDC47 se jeví jako všudypřítomně exprimovaný v mírných hladinách v mnoha různých lidských tkáních.[21] Přestože je protein všudypřítomně exprimován, nejvyšší úrovně exprese lze pozorovat v neuronálních tkáních, jako je vynikající cervikální ganglion, mozková amygdala a ciliární ganglion. Zvýšený výraz je také vidět v Štítná žláza a CD34 + buňky.
Homologie
CCDC47 není známo paralogy prostřednictvím textových dotazů, BLAST a BLAT. Gen má mnoho ortology sahající zpět k bezobratlým živočichům, jako jsou C. elegans a je vysoce konzervativní u savců s procentem identity vyšším než 95%. CCDC47 byl sekvenován v široké taxonomii organismů včetně savců, ptáků, plazů, obojživelníků, kostnatých ryb a bezobratlých. Procentní identita lidského CCDC47 se specifickým ortologem klesá podle očekávání s přibývajícími roky divergence. Homologické geny CCDC47 jsou také přítomny v komářích, houbách, arabidopsis a asijské rýži. Tyto homology obsahují stejný DUF1682, který se nachází v CCDC47.
| Rod Druh | Společný název organismu | Odchylka od Lidé (MYA)[22] | Protein NCBI Přístupové číslo | Identita sekvence lidem[23] | Délka sekvence (AA) |
|---|---|---|---|---|---|
| Mus musculus | Myš | 92.3 | NP_080285.2 | 97.90% | 483 |
| Myotis davidii | Myš ušatý | 94.2 | XP_006776781.1 | 97.50% | 483 |
| Elephantulus edwardii | Sloní rejska | 98.7 | XP_006886355.1 | 95.00% | 483 |
| Alligator mississippiensis | Americký aligátor | 296 | XP_006271625.1 | 91.00% | 482 |
| Falco cherrug | Saker Falcon | 296 | XP_005439470.1 | 90.10% | 482 |
| Ophiophagus hannah | Král kobra | 296 | ETE73955 | 78.90% | 516 |
| Xenopus laevis | Africká drápá žába | 371.2 | NP_001087058.1 | 78.70% | 489 |
| Danio rerio | Zebra ryby | 400.1 | NP_001004551.1 | 76.20% | 486 |
| Latimeria chalumnae | Coelacanth | 414.9 | XP_00599466.3 | 83.50% | 478 |
| Saccoglossus kowalevskii | Žaludový červ | 661.2 | XP_006822108 | 50.50% | 496 |
| Pediculus humanus corporis | Vši lidské tělo | 782.7 | XP_002424359 | 46.10% | 447 |
| Acyrthosiphon pison | Mšice | 782.7 | NP_001162147 | 43.50% | 449 |
| Caenorhabditis elegans | Škrkavka | 937.5 | NP_497788.1 | 35.10% | 442 |
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000108588 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ "AceView". NCBI. Citováno 1. března 2014.[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ "Doména CCDC47 coiled-coil obsahující 47". NCBI. Citováno 3. března 2014.
- ^ „SAPS Anaysis“. SDSC Workbench. Citováno 14. dubna 2014.
- ^ "NCBI BLAST". Národní centrum pro biotechnologické informace. Citováno 7. března 2014.[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ „Genecards“. Kompendium lidských genů. Citováno 7. března 2014.
- ^ "Sulfinátor". EXPASY. Citováno 7. dubna 2014.
- ^ „Software pro rozpoznávání proteinů PHYRE 2“. Citováno 14. dubna 2014.
- ^ Mason JM, Arndt KM (2004). "Spirálové domény cívky: stabilita, specificita a biologické důsledky". ChemBioChem. 5 (2): 170–6. doi:10.1002 / cbic.200300781. PMID 14760737. S2CID 39252601.
- ^ „El Dorado“. Genomatix. Citováno 3. dubna 2014.[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ "Protein One". Faktory přepisu. Archivovány od originál dne 06.06.2014. Citováno 29. března 2014.
- ^ „Protein Spotlight, The PAR b ZIP Family“. Citováno 28. března 2014.
- ^ „Webový server mfold“. Citováno 3. dubna 2014.
- ^ "Filtrační server DAS-TM". EXPASY. Citováno 17. dubna 2014.
- ^ „NetPhos Server 2.0“. EXPASY. Citováno 20. dubna 2014.
- ^ Viguerie, Nathalie; Picard, Flora; Hul, Gabby; Roussel, Balbine; Barbe, Pierre; Iacovoni, Jason S .; Valle, Carine; Langin, Dominique; Šariš, Wim H. M. (2012). "Několik účinků krátkodobé léčby dexamethasonem v lidském kosterním svalu a tukové tkáni". Fyziologická genomika. 44 (2): 141–151. doi:10.1152 / physiolgenomics.00032.2011. ISSN 1094-8341. PMID 22108209.
- ^ "Sulfinátor". EXPASY. Citováno 20. dubna 2014.
- ^ „SumoPLOT“. EXPASY. Citováno 20. dubna 2014.[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ „Profily GEO“. NCBI. Citováno 20. března 2014.
- ^ „Time Tree: The Timescale of Life“. Citováno 13. března 2014.
- ^ "VÝBUCH". NCBI. Citováno 13. března 2014.
externí odkazy
- Člověk CCDC47 umístění genomu a CCDC47 stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.