Protein související s autofagií 101 - Autophagy-related protein 101 - Wikipedia

ATG101
Dostupné struktury PDB Hledání ortologu: PDBe RCSB Seznam id kódů PDB 4WZG, 5C50
Identifikátory
Aliasy	ATG101, C12orf44, autofagie související 101
Externí ID	OMIM: 615089 MGI: 1915368 HomoloGene: 11072 Genové karty: ATG101
Umístění genu (člověk) Chr. Chromozom 12 (lidský)[1] Kapela 12q13.13 Start 52,069,246 bp[1] Konec 52,077,494 bp[1]
Umístění genu (myš) Chr. Chromozom 15 (myš)[2] Kapela 15 | 15 F1 Start 101,284,272 bp[2] Konec 101,290,945 bp[2]
Genová ontologie Molekulární funkce • GO: 0001948 vazba na proteiny • identická vazba na protein • GO: 0032403 vazba makromolekulárního komplexu Buněčná složka • cytoplazma • cytosol • pre-autofagozomální struktura • membrána endoplazmatického retikula Biologický proces • autofagie • makroautofagie • autofagozomální sestava • regulace makroautofagie Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
Druh	Člověk	Myš
Entrez	60673	68118
Ensembl	ENSG00000123395	ENSMUSG00000037204
UniProt	Q9BSB4	Q9D8Z6
RefSeq (mRNA)	NM_021934 NM_001098673	NM_026566
RefSeq (protein)	NP_001092143 NP_068753	NP_080842
Místo (UCSC)	Chr 12: 52,07 - 52,08 Mb	Chr 15: 101,28 - 101,29 Mb
PubMed Vyhledávání	[3]	[4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověka Zobrazit / upravit myš

Protein související s autofagií 101 také známý jako ATG101 je protein že u lidí je kódován C12orf44 gen (otevřený čtecí rámec 44 chromozomu 12).^[5]

Autofagie je proces formování a vakuola kolem proteinů a nukleových kyselin, které se mají štěpit v lysozomech. Přepsaný mRNA sekvence C12orf44 je 1287 párů bází a po translaci je sekvence 218 aminokyseliny v délce. Protein ATG101 je lokalizován v cytoplazma, ale lze je také najít vázané na strukturu známou jako a phagophore podílející se na autofagii. Tento gen je vysoce konzervovaný u savců a vykazuje ochranu u většiny eukaryot. Předpokládá se přímá interakce s ATG13 v ULK1 komplex, který může být důležitý pro aktivaci fagoforů.

Funkce

ATG101 je nově nalezený důležitý protein související s autofagií, mezi mnoha dalšími proteiny zodpovědnými za autofagii, což je proces dobře konzervovaný mezi většinou eukaryotických organismů. ATG101 však není homologní s žádným z ostatních proteinů ATG. ATG101 interaguje s esenciálním autofagickým proteinem ATG13 u savců, což je a ULK1 interagující protein.^[6] ULK1 (kináza 1 podobná unc-51) je považována za důležitou pro aktivaci makroautofagie u savců. ATG101 je navržen k ochraně ATG13 před proteazomální degradací, proto stabilizuje hladiny ATG13 nalezené v buňkách a reguluje hladiny makroautofagie.^[7] Podle publikovaných článků se říká, že ATG101 se lokalizuje do izolační membrány, známé také jako fagofor. Toto připojení k fagoforu by mohlo vysvětlit místo palmitoylace nacházející se na třetím AA, což je a cystein. Fagofory jsou zodpovědné za rozpoznávání a obklopování materiálů, které mají být degradovány lysozom vytvořením membrány, která zcela obklopuje materiály, které mají být degradovány.

Vlastnosti bílkovin

Zachování sekvence lze vidět v tomto uspořádání různých savců, včetně psů, krav, myší, potkanů ​​a šimpanzů.

Struktura proteinu kontrolního bodu sestavy vřetena Mad2, předpokládá se, že je z 95% podobná ATG101. Toto je nejbližší známý odhad struktury nového proteinu ATG101.

Protein ATG101 obsahuje doménu DUF1649 (doména neznámé funkce 1649).

ATG101 je vysoce konzervovaný u většiny obratlovců, včetně zvířat, jako jsou myši, u nichž se předpokládalo, že jejich společný předchůdce s lidmi se rozcházel před 65 až 85 miliony let. Může to být důkaz, že ATG101 je významný způsobem, který musí zůstat strukturálně konzervovaný, aby si zachoval funkci. Pouze 2 missense SNP jsou známy v sekvenci DNA pro ATG101, což ukazuje, že neexistují žádné jiné verze tohoto proteinu, což také naznačuje jeho strukturální význam.

V tomto koncepčním překladu lze vidět místo palmitoylace na třetí aminokyselině, stejně jako možné místo fosforylace zobrazené v závorkách. Aminokyseliny jsou zarovnány nad kódující oblastí mRNA, která je také očíslována po stranách. V ATG101 je tento protein bohatý na valin.

Genový výraz

Nejsou k dispozici žádné konkrétní údaje zakládající ATG101 v žádné konkrétní oblasti. Při pohledu na více expresních sad u lidí i myší se předpokládá, že budou všudypřítomně exprimovány ve tkáních.

Genové sousedství

• GRASP GRP1 (obecný receptor pro fosfoinositidy 1) asociovaný protein lešení^[8] -

Kódy pro obecný receptorový protein, který je relativně neznámý a nachází se na stejném řetězci jako C12orf44, jak je vidět níže, zabírá 8924 bp.

• NR4A1 (podrodina jaderného receptoru 4, skupina A, člen 1) -

Tento gen kóduje nervový růstový faktor IB, který je členem nadrodiny receptoru steroid-štítná žláza-retinoid. Exprese je vyvolána fytohemaglutininem v lidských lymfocytech a stimulací séra zastavených fibroblastů. Kódovaný protein funguje jako nukleární transkripční faktor. Translokace proteinu z jádra do mitochondrií indukuje apoptózu. Poloha je na stejném úseku jako C12orf44, rozpětí 8097 bp.

• OR7E47P (čichový receptor, rodina 7, podčeleď E, člen 47 pseudogen) -

Čichové receptory interagují s molekulami odorantu v nose a vyvolávají neuronální reakci, která vyvolává vnímání vůně. Čichové receptorové proteiny jsou členy velké rodiny receptorů spřažených s G-proteinem (GPCR) vznikajících z jednotlivých kódujících genů exonu. Čichové receptory sdílejí 7-transmembránovou doménovou strukturu s mnoha neurotransmitery a hormonálními receptory a jsou zodpovědné za rozpoznávání a přenos proteinů odorantu zprostředkovaný G proteinem. Nachází se za C12orf44 na chromozomu, leží na stejném vlákně a má délku 946 bp.

• KRT80 (keratin 80) -

Tento gen kóduje epiteliální keratin, který je slabě exprimován v jazyku. Nachází se na protějším břehu k C12orf44 a je 23 005 bp dlouhý.

Reference

externí odkazy

• Člověk ATG101 umístění genomu a ATG101 stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.