Aprataxin - Aprataxin

APTX
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	3KT9, 4NDF, 4NDG, 4NDH, 4NDI
Identifikátory
Aliasy	APTX, AOA, AOA1, AXA1, EAOH, EOAHA, FHA-HIT, aprataxin
Externí ID	OMIM: 606350 MGI: 1913658 HomoloGene: 41634 Genové karty: APTX
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 9 (lidský)
Konec	33,025,168 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 4 (myš)
Konec	40,703,194 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• Vazba DNA; • vazba N-konce proteinu; • aktivita polynukleotid 3'-fosfatázy; • vazba chromatinu; • vazba kovových iontů; • poškozená vazba DNA; • vazba fosfoproteinů; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • aktivita fosfoglykolátfosfatázy; • katalytická aktivita; • dvouvláknová vazba RNA; • dvouřetězcová vazba DNA; • aktivita hydrolázy; • Aktivita DNA 5'-adenosinmonofosfáthydrolázy; • vazba nukleové kyseliny; • DNA-3'-difosfo-5'-guanosin difosfatáza; • jednořetězcová vazba DNA; • neodpovídající DNA vazba; • jednořetězcová vazba DNA obsahující vazbu;
Buněčná složka	• cytoplazma; • nukleární chromatin; • chromatin; • jádro; • buněčné jádro; • nukleoplazma;
Biologický proces	• regulace stability proteinu; • buněčná odpověď na stimul poškození DNA; • Ligace DNA; • oprava dvojitého vlákna; • reakce na peroxid vodíku; • Oprava DNA; • polynukleotid 3 'defosforylace; • hydrolýza fosfodiesterové vazby nukleové kyseliny; • oprava přetržení jednoho vlákna; • defosforylace;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	54840
	66408
	ENSG00000137074
	ENSMUSG00000028411
	Q7Z2E3
	Q7TQC5
NM_001195248; NM_001195249; NM_001195250; NM_001195251; NM_001195252;
	NM_001195254; NM_017692; NM_175069; NM_175072; NM_175073
	NM_001025444; NM_001025445; NM_025545
NP_001182177; NP_001182178; NP_001182179; NP_001182180; NP_001182181;
	NP_001182183; NP_778239; NP_778243; NP_001355924; NP_001355925; NP_001355926; NP_001355927; NP_001355928; NP_001355929; NP_001355930; NP_001355931; NP_001355932; NP_001355933; NP_001355934; NP_001355935; NP_001357598; NP_001357599; NP_001357602
	NP_001020615; NP_001020616; NP_079821
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Aprataxin je protein že u lidí je kódován APTX gen.^[5]^[6]^[7]

Tento gen kóduje člena nadrodiny histidinové triády (HIT), z nichž některé mají aktivity vázající nukleotidy a diadenosin polyfosfát hydrolázy. Kódovaný protein může hrát roli v jednovláknová oprava DNA. Mutace v tomto genu byly spojeny s ataxie – oční apraxie. Pro tento gen bylo identifikováno několik variant transkriptu kódujících odlišné izoformy, avšak u některých variant nebyla stanovena celá délka jejich povahy.^[7]

Funkce

Aprataxin odstraňuje AMP z konců DNA po neúspěšných pokusech o ligaci DNA ligáza IV v době nehomologní spojování konců, což umožňuje následné pokusy o ligaci.^[8]^[9]

Přerušení řetězce DNA

Ataxia oculomotor apraxia-1 je a neurologická porucha způsobené mutacemi v genu APTX, který kóduje aprataxin.^[10] Zdá se, že neurologická porucha je způsobena postupným hromaděním neopravených zlomů řetězců DNA v důsledku neúspěšných ligačních událostí DNA.^[10]

Předčasné stárnutí

Aptx^−/− byly vytvořeny mutantní myši, ale chybí jim zjevný fenotyp.^[10] Byl vygenerován další model myši, ve kterém byla mutována superoxiddismutáza I (SOD1) je vyjádřen v Aptx^−/− myš.^[11] Mutace SOD1 způsobuje snížení transkripce následující zotavení oxidační stres. Tyto myši vykazovaly zrychlení buněčná stárnutí. Tato studie také prokázala ochrannou roli Aptxu in vivo a naznačuje, že ztráta funkce Aptx vede k progresivní akumulaci zlomů DNA v nervovém systému, což vyvolává znaky systémového předčasného stárnutí ^[11] (vidět Teorie poškození DNA stárnutí ).

Interakce

Aprataxin byl prokázán komunikovat s:

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000137074 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání Ensembl 89: ENSMUSG00000028411 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Date H, Onodera O, Tanaka H, Iwabuchi K, Uekawa K, Igarashi S, Koike R, Hiroi T, Yuasa T, Awaya Y, Sakai T, Takahashi T, Nagatomo H, Sekijima Y, Kawachi I, Takiyama Y, Nishizawa M , Fukuhara N, Saito K, Sugano S, Tsuji S (říjen 2001). „Ataxie s časným nástupem s oční motorickou apraxií a hypoalbuminemií je způsobena mutacemi v novém genu nadrodiny HIT“. Nat Genet. 29 (2): 184–8. doi:10.1038 / ng1001-184. PMID 11586299. S2CID 25665707.
^ Moreira MC, Barbot C, Tachi N, Kozuka N, Uchida E, Gibson T, Mendonca P, Costa M, Barros J, Yanagisawa T, Watanabe M, Ikeda Y, Aoki M, Nagata T, Coutinho P, Sequeiros J, Koenig M (Říjen 2001). „Gen mutovaný v ataxicko-oční apraxii 1 kóduje nový protein HIT / Zn-finger aprataxin“. Nat Genet. 29 (2): 189–93. doi:10.1038 / ng1001-189. PMID 11586300. S2CID 23001321.
^ ^A ^b „Entrez Gene: APTX aprataxin“.
^ Rass U, Ahel I, West SC (prosinec 2008). "Molekulární mechanismus Deadenylation DNA pomocí neurologického onemocnění protein aprataxin". J. Biol. Chem. 283 (49): 33994–4001. doi:10,1074 / jbc.M807124200. PMC 2662222. PMID 18836178.
^ Reynolds JJ, El-Khamisy SF, Katyal S, Clements P, McKinnon PJ, Caldecott KW (březen 2009). „Vadná ligace DNA během opravy jednořetězcového zlomu s krátkou náplastí v ataxii nebo okulomotorické apraxii 1“. Mol. Buňka. Biol. 29 (5): 1354–62. doi:10.1128 / MCB.01471-08. PMC 2643831. PMID 19103743.
^ ^A ^b ^C Ahel I, Rass U, El-Khamisy SF, Katyal S, Clements PM, McKinnon PJ, Caldecott KW, West SC (2006). „Neurodegenerativní chorobný protein aprataxin řeší abortní ligační meziprodukty DNA“. Příroda. 443 (7112): 713–6. doi:10.1038 / nature05164. PMID 16964241. S2CID 4431045.
^ ^A ^b Carroll J, Page TK, Chiang SC, Kalmar B, Bode D, Greensmith L, Mckinnon PJ, Thorpe JR, Hafezparast M, El-Khamisy SF (2015). „Exprese patogenní mutace SOD1 senzibilizuje buňky a myši s nedostatkem aprataxinu na oxidační stres a spouští znaky předčasného stárnutí“. Hučení. Mol. Genet. 24 (3): 828–40. doi:10,1093 / hmg / ddu500. PMC 4291253. PMID 25274775.
^ ^A ^b Date H, Igarashi S, Sano Y, Takahashi T, Takahashi T, Takano H, Tsuji S, Nishizawa M, Onodera O (prosinec 2004). "FHA doména aprataxinu interaguje s C-koncovou oblastí XRCC1". Biochem. Biophys. Res. Commun. 325 (4): 1279–85. doi:10.1016 / j.bbrc.2004.10.162. PMID 15555565.
^ ^A ^b ^C Gueven N, Becherel OJ, Kijas AW, Chen P, Howe O, Rudolph JH, Gatti R, Date H, Onodera O, Taucher-Scholz G, Lavin MF (květen 2004). „Aprataxin, nový protein, který chrání před genotoxickým stresem“. Hučení. Mol. Genet. 13 (10): 1081–93. doi:10,1093 / hmg / ddh122. PMID 15044383.
^ Clements PM, Breslin C, Deeks ED, Byrd PJ, Ju L, Bieganowski P, Brenner C, Moreira MC, Taylor AM, Caldecott KW (listopad 2004). „Produkt genu ataxie-okulomotorické apraxie 1 má jinou úlohu než ATM a interaguje s proteiny XRCC1 a XRCC4 pro opravu zlomů řetězce DNA.“ Oprava DNA (Amst.). 3 (11): 1493–502. doi:10.1016 / j.dnarep.2004.06.017. PMID 15380105.

Další čtení

Aicardi J, Barbosa C, Andermann E a kol. (1989). „Ataxia-oční motorická apraxie: syndrom napodobující ataxii-telangiektázii“. Ann. Neurol. 24 (4): 497–502. doi:10,1002 / ana 410240404. PMID 3239952. S2CID 45836910.
Gascon GG, Abdo N, Sigut D a kol. (1995). "Ataxia-okulomotorický apraxický syndrom". J. Child Neurol. 10 (2): 118–22. doi:10.1177/088307389501000210. PMID 7782601. S2CID 26080242.
Hannan MA, Sigut D, Waghray M, Gascon GG (1995). „Ataxicko-oční motorická apraxie: vyšetřování buněčné radiosenzitivity pacientů a jejich rodin“. J. Med. Genet. 31 (12): 953–6. doi:10,1136 / jmg. 31.12.953. PMC 1016697. PMID 7891378.
Moreira MC, Barbot C, Tachi N a kol. (2001). „Homozygotní mapování portugalských a japonských forem ataxicko-okulomotorické apraxie na 9p13 a důkaz genetické heterogenity“. Dopoledne. J. Hum. Genet. 68 (2): 501–8. doi:10.1086/318191. PMC 1235299. PMID 11170899.
Brenner C (2002). „Náznak, Fhit a GalT: funkce, struktura, evoluce a mechanismus tří větví nadrodiny histidinové triády nukleotidových hydroláz a transferáz“. Biochemie. 41 (29): 9003–14. doi:10.1021 / bi025942q. PMC 2571077. PMID 12119013.
Shimazaki H, Takiyama Y, Sakoe K a kol. (2002). „Ataxie s časným nástupem s oční motorickou apraxií a hypoalbuminemií: mutace genu aprataxinu“. Neurologie. 59 (4): 590–5. doi:10.1212 / mn. 59.4.590. PMID 12196655. S2CID 19576330.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Tranchant C, Fleury M, Moreira MC a kol. (2004). "Fenotypová variabilita mutací genu aprataxinu". Neurologie. 60 (5): 868–70. doi:10.1212 / 01.wnl.0000048562.88536.a4. PMID 12629250. S2CID 29358633.
Le Ber I, Moreira MC, Rivaud-Péchoux S, et al. (2003). "Cerebelární ataxie s okulomotorickou apraxií typu 1: klinické a genetické studie". Mozek. 126 (Pt 12): 2761–72. doi:10.1093 / mozek / awg283. PMID 14506070.
Sekijima Y, Hashimoto T, Onodera O a kol. (2004). „Těžká generalizovaná dystonie jako projev pacienta s mutací genu aprataxinu“. Mov. Disord. 18 (10): 1198–200. doi:10,1002 / mds.10526. PMID 14534929. S2CID 28225863.
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T a kol. (2004). „Kompletní sekvenování a charakterizace 21 243 lidských cDNA plné délky“. Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038 / ng1285. PMID 14702039.
Sano Y, Date H, Igarashi S a kol. (2004). „Aprataxin, příčinný protein pro EAOH, je jaderný protein s potenciální rolí jako protein pro opravu DNA.“ Ann. Neurol. 55 (2): 241–9. doi:10,1002 / ana.10808. PMID 14755728. S2CID 25338143.
Gueven N, Becherel OJ, Kijas AW a kol. (2004). „Aprataxin, nový protein, který chrání před genotoxickým stresem“. Hučení. Mol. Genet. 13 (10): 1081–93. doi:10,1093 / hmg / ddh122. PMID 15044383.
Humphray SJ, Oliver K, Hunt AR a kol. (2004). "DNA sekvence a analýza lidského chromozomu 9". Příroda. 429 (6990): 369–74. doi:10.1038 / nature02465. PMC 2734081. PMID 15164053.
Habeck M, Zühlke C, Bentele KH a kol. (2004). „Mutace aprataxinu jsou v Německu vzácnou příčinou časného nástupu ataxie“. J. Neurol. 251 (5): 591–4. doi:10.1007 / s00415-004-0374-7. PMID 15164193. S2CID 20280677.
Hirano M, Nishiwaki T, Kariya S a kol. (2004). „Nové varianty sestřihu zvyšují molekulární diverzitu aprataxinu, genu odpovědného za časný nástup ataxie s oční motorickou apraxií a hypoalbuminemií“. Neurosci. Lett. 366 (2): 120–5. doi:10.1016 / j.neulet.2004.05.034. PMID 15276230. S2CID 37647769.
Amouri R, Moreira MC, Zouari M a kol. (2005). "Mutace genů aprataxinu v tuniských rodinách". Neurologie. 63 (5): 928–9. doi:10.1212 / 01.wnl.0000137044.06573,46. PMID 15365154. S2CID 41637052.
Clements PM, Breslin C, Deeks ED a kol. (2005). „Produkt genu ataxia-okulomotorické apraxie 1 má jinou úlohu než ATM a interaguje s proteiny XRCC1 a XRCC4 pro opravu zlomů řetězce DNA.“ Oprava DNA (Amst.). 3 (11): 1493–502. doi:10.1016 / j.dnarep.2004.06.017. PMID 15380105.

externí odkazy

GeneReviews / NCBI / NIH / UW záznam o ataxii s Oculomotor Apraxia typu 1
Záznamy OMIM o ataxii s Oculomotor Apraxia typu 1
Člověk APTX umístění genomu a APTX stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000137074 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání Ensembl 89: ENSMUSG00000028411 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid11586299-5] Date H, Onodera O, Tanaka H, Iwabuchi K, Uekawa K, Igarashi S, Koike R, Hiroi T, Yuasa T, Awaya Y, Sakai T, Takahashi T, Nagatomo H, Sekijima Y, Kawachi I, Takiyama Y, Nishizawa M , Fukuhara N, Saito K, Sugano S, Tsuji S (říjen 2001). „Ataxie s časným nástupem s oční motorickou apraxií a hypoalbuminemií je způsobena mutacemi v novém genu nadrodiny HIT“. Nat Genet. 29 (2): 184–8. doi:10.1038 / ng1001-184. PMID 11586299. S2CID 25665707.

[pmid11586300-6] Moreira MC, Barbot C, Tachi N, Kozuka N, Uchida E, Gibson T, Mendonca P, Costa M, Barros J, Yanagisawa T, Watanabe M, Ikeda Y, Aoki M, Nagata T, Coutinho P, Sequeiros J, Koenig M (Říjen 2001). „Gen mutovaný v ataxicko-oční apraxii 1 kóduje nový protein HIT / Zn-finger aprataxin“. Nat Genet. 29 (2): 189–93. doi:10.1038 / ng1001-189. PMID 11586300. S2CID 23001321.

[entrez-7] A ^b „Entrez Gene: APTX aprataxin“.

[pmid18836178-8] Rass U, Ahel I, West SC (prosinec 2008). "Molekulární mechanismus Deadenylation DNA pomocí neurologického onemocnění protein aprataxin". J. Biol. Chem. 283 (49): 33994–4001. doi:10,1074 / jbc.M807124200. PMC 2662222. PMID 18836178.

[pmid19103743-9] Reynolds JJ, El-Khamisy SF, Katyal S, Clements P, McKinnon PJ, Caldecott KW (březen 2009). „Vadná ligace DNA během opravy jednořetězcového zlomu s krátkou náplastí v ataxii nebo okulomotorické apraxii 1“. Mol. Buňka. Biol. 29 (5): 1354–62. doi:10.1128 / MCB.01471-08. PMC 2643831. PMID 19103743.

[Ahel-10] A ^b ^C Ahel I, Rass U, El-Khamisy SF, Katyal S, Clements PM, McKinnon PJ, Caldecott KW, West SC (2006). „Neurodegenerativní chorobný protein aprataxin řeší abortní ligační meziprodukty DNA“. Příroda. 443 (7112): 713–6. doi:10.1038 / nature05164. PMID 16964241. S2CID 4431045.

[Carroll-11] A ^b Carroll J, Page TK, Chiang SC, Kalmar B, Bode D, Greensmith L, Mckinnon PJ, Thorpe JR, Hafezparast M, El-Khamisy SF (2015). „Exprese patogenní mutace SOD1 senzibilizuje buňky a myši s nedostatkem aprataxinu na oxidační stres a spouští znaky předčasného stárnutí“. Hučení. Mol. Genet. 24 (3): 828–40. doi:10,1093 / hmg / ddu500. PMC 4291253. PMID 25274775.

[pmid15555565-12] A ^b Date H, Igarashi S, Sano Y, Takahashi T, Takahashi T, Takano H, Tsuji S, Nishizawa M, Onodera O (prosinec 2004). "FHA doména aprataxinu interaguje s C-koncovou oblastí XRCC1". Biochem. Biophys. Res. Commun. 325 (4): 1279–85. doi:10.1016 / j.bbrc.2004.10.162. PMID 15555565.

[pmid15044383-13] A ^b ^C Gueven N, Becherel OJ, Kijas AW, Chen P, Howe O, Rudolph JH, Gatti R, Date H, Onodera O, Taucher-Scholz G, Lavin MF (květen 2004). „Aprataxin, nový protein, který chrání před genotoxickým stresem“. Hučení. Mol. Genet. 13 (10): 1081–93. doi:10,1093 / hmg / ddh122. PMID 15044383.

[pmid15380105-14] Clements PM, Breslin C, Deeks ED, Byrd PJ, Ju L, Bieganowski P, Brenner C, Moreira MC, Taylor AM, Caldecott KW (listopad 2004). „Produkt genu ataxie-okulomotorické apraxie 1 má jinou úlohu než ATM a interaguje s proteiny XRCC1 a XRCC4 pro opravu zlomů řetězce DNA.“ Oprava DNA (Amst.). 3 (11): 1493–502. doi:10.1016 / j.dnarep.2004.06.017. PMID 15380105.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]