Online HPC - OnlineHPC

Online HPC
Návrhář pracovního postupu online HPC
Návrhář pracovního postupu online HPC
VývojářiOnline HPC
Konečné vydání
1.0 / 24. září 2012 (2012-09-24)
NapsánoJáva
Operační systémLinux, Mac OS X, Microsoft Windows
LicenceProprietární EULA
webová stránkaonlinehpc.com

The Online HPC byla bezplatná veřejná webová služba, která dodávala nástroje pro řešení vysoce výkonné počítače a online Pracovní postup editor. OnlineHPC umožnil uživatelům navrhovat a provádět pracovní toky pomocí návrháře pracovních postupů online a pracovat s vysoce výkonnými počítači - klastry a cloudy. Přístup k vysoce výkonným prostředkům byl k dispozici přímo z uživatelského rozhraní služby, jako z komponent pracovního toku. Stroj pracovního postupu služby OnlineHPC byl Taverna jak se tradičně používá pro vědecký pracovní tok provádění v takových doménách, jako bioinformatika,[1][2] cheminformatika,[3] lék, astronomie,[4] společenské vědy, hudba, a digitální uchování.[5]

Dějiny

Online HPC byl spuštěn na webu Ústav pro problémy přenosu informací v roce 2012 jako projekt pro výzkumné pracovníky ústavu, jejichž práce vyžaduje přístup počítačové klastry a kteří nejsou profesionální programátoři.

Motivací projektu je, že existuje mezera mezi dovednostmi výzkumného pracovníka a úrovní kompetencí potřebných k jeho běhu vysoce výkonné výpočty. Na cestě k HPC jsou nejméně tři překážky:

  • Výzkumník potřebuje najít poskytovatele HPC a postupovat postupy, aby získal přístup;
  • Výzkumník musí nainstalovat a nakonfigurovat řadu nízkoúrovňových softwarových aplikací a vypořádat se s digitálními certifikáty, aby mohl pokračovat;
  • Výzkumník se musí seznámit s takovými technologiemi a nástroji jako MPI, dávkoví správci úloh nebo dokonce webové služby.

Poslední požadavek zastaví většinu i těch nejsilnějších vědců, kteří prošli prvními dvěma úrovněmi. Tato služba si klade za cíl snížit bariéry poskytnutím kompletní předkonfigurované sady nástrojů potřebných pro práci s počítačovými klastry: emulátor terminálu v prohlížeči, prohlížeč systému souborů, správce pověření a rozsáhlý nástroj úloh.

Po chvíli vyšlo najevo, že inženýrské a vědecké úkoly vyžadují propracovanější nástroj, který vědcům umožňuje provádět tok úkolů - pracovní toky. Pokud neexistuje řada vědeckých implementací pracovního toku, jsou to téměř všechny desktopové aplikace, a proto bylo cílem vytvořit online prostředí se zaměřením na jednoduchost a lepší uživatelský komfort.

Projekt se používal v bioinformatice,[6][7] lidské zdraví,[8] telekomunikací a dalších domén.

Od 2016-05, http://onlinehpc.com/ byl nedostupný.

Schopnosti

Screenshot návrháře pracovního postupu OnlineHPC

Online HPC mělo k dispozici návrháře pracovních postupů online pomocí hlavních prohlížečů (Firefox, Chrome a Internet Explorer) na počítačích a tabletech.

Pracovní postupy v OnlineHPC zahrnovaly komponenty pro:

  • Spouštění rozsáhlých výpočtů na počítačových klastrech
  • MÝDLO /WSDL a ZBYTEK Webové služby, speciální komponenta pro BioMart webová služba.
  • R statistická služba
  • Fazole skript (Jáva -jako skriptovací jazyk)
  • Externí nástroje na vzdálených počítačích (přes ssh )
  • XPath extrakce dat xml
  • Import dat z Microsoft Excel tabulky

Služba měla také základní nástroje pro přípravu a spouštění rozsáhlých výpočetních úloh na klastrech - emulátor terminálu v prohlížeči, prohlížeč systému souborů a prohlížeč stavu klastru. Uživatelé se mohli rozhodnout provozovat existující hardwarový klastr nebo spustit konfiguraci nové instance klastru v cloudu.

Viz také

externí odkazy

Reference

  1. ^ Stevens, R. D.; Robinson, A. J .; Goble, C. A. (2003). „MyGrid: Personalizovaná bioinformatika v informační síti“. Bioinformatika. 19: i302 – i304. doi:10.1093 / bioinformatika / btg1041. PMID  12855473.
  2. ^ Stevens, R. D.; Tipney, H. J .; Wroe, C. J .; Oinn, T. M .; Senger, M .; Lord, P. W .; Goble, C. A.; Brass, A.; Tassabehji, M. (2004). „Zkoumání Williams-Beurenova syndromu pomocí myGrid“. Bioinformatika. 20: i303 – i310. doi:10.1093 / bioinformatika / bth944. PMID  15262813.
  3. ^ Truszkowski, A .; Jayaseelan, K .; Neumann, S .; Willighagen, E. L .; Zielesny, A .; Steinbeck, C. (2011). „Nový vývoj v prostředí otevřeného pracovního toku cheminformatiky CDK-Taverna“. Journal of Cheminformatics. 3: 54. doi:10.1186/1758-2946-3-54. PMC  3292505. PMID  22166170.
  4. ^ Hook, R. N .; Romaniello, M .; Ullgrén, M .; Järveläinen, P .; Maisala, S .; Oittinen, T .; Savolainen, V .; Solin, O .; Tyynelä, J .; Peron, M .; Izzo, C .; Licha, T. (2008). "ESO Reflex: Grafický modul pracovního toku pro spouštění receptů". Workshop kalibrace přístrojů ESO 2007. Evropská jižní observatoř ESO Astrophysics Symposia. p. 169. doi:10.1007/978-3-540-76963-7_23. ISBN  978-3-540-76962-0.
  5. ^ Raditsch, M .; Schlarb, S .; Møldrup-Dalum, P .; Medjkoune, L. (2012). „Spustitelné pracovní postupy webového obsahu pro experimentální spuštění“ (PDF).
  6. ^ Taverna Online - s metagenomickými příklady, technologický track talk na ISMB od Katy Wolstencroftové, pondělí 22. července.
  7. ^ Taverna Online - s metagenomickými příklady, Alan Williams, University of Manchester, Velká Británie
  8. ^ Plán projektu VPH-Share, VPH-Share Sedmý rámcový program projektu Evropské unie