Anti-CRISPR - Anti-CRISPR

Anti-CRISPR (protein AcrIIA4)
AcrIIA4 structure PDB.jpg
Struktura AcrIIA4 získaná z PDB pomocí prohlížeče JSmol.
Identifikátory
OrganismusListeria monocytogenes prophages
SymbolAcrIIA4
PDB5XN4
UniProtA0A247D711

Anti-CRISPR (Anti-Clustered Pravidelně Interspaced Short Palindromic Repeats or Acr) je skupina proteinů nacházejících se v fágy, které inhibují normální aktivitu CRISPR -Cas, jistý imunitní systém bakterie.[1] CRISPR se skládá z genomický sekvence, které lze najít v prokaryotické organismy, které pocházejí z bakteriofágy které předem infikovaly bakterie a jsou používány k obraně buňky před dalšími virovými útoky.[2] Anti-CRISPR výsledky z evolučního procesu došlo ve fágech, aby se zabránilo jejich genomy zničen prokaryotický buňky, které infikují.[3]

Před objevením tohoto typu rodinných proteinů bylo získání mutací jediným známým způsobem, kterému se fágové mohli vyhnout CRISPR-Cas zprostředkované rozbití snížením vazebné afinity fága a CRISPR. Nicméně bakterie mají mechanismy k přesměrování mutantního bakteriofága, což je proces, který se nazývá „adaptace primingu“. Pokud tedy vědci v současné době vědí, anti-CRISPR je nejúčinnějším způsobem, jak zajistit přežití fágů během procesu infekce bakteriemi.[4]

Dějiny

Systémy Anti-CRISPR byly poprvé k vidění v Pseudomonas aeruginosa proroci,[5] který deaktivoval systém CRISPR – Cas typu I-F, charakteristický pro některé kmeny těchto bakterií. Po analýze genomových sekvencí těchto fágů byly objeveny geny kódující pět různých proteinů Anti-CRISPR (také nazývaných Acrs). Takové proteiny byly AcrF1, AcrF2, AcrF3, AcrF4 a AcrF5. Výzkum zjistil, že žádný z těchto proteinů nenarušil expresi genů Cas ani sestavení molekul CRISPR, takže se předpokládalo, že tyto typy I-F bílkoviny přímo ovlivnilo rušení CRISPR – Cas.[6]

Další vyšetřování tuto hypotézu potvrdilo objevem dalších 4 proteinů (AcrE1, AcrE2, AcrE3 a AcrE4), u kterých bylo prokázáno, že brání Pseudomonas aeruginosaSystém CRISPR-Cas.[7] Kromě toho byl lokus genů kódujících tyto proteiny typu I-E opravdu blízký místu odpovědnému za expresi proteinů typu I-F ve stejné skupině fágů, což vedlo k závěru, že oba typy proteinů fungovaly společně.[8] Těchto prvních devět proteinů však nesdílelo nic společného sekvenční motivy, což by usnadnilo identifikaci nových proteinových rodin Anti-CRISPR.

Později bylo vidět, že fágy, které produkovaly takové proteiny, také kódovaly domnělý transkripční regulátor pojmenovaný Aca 1 (anti-CRISPR associated 1), který byl geneticky umístěn opravdu blízko genům anti-CRISPR. Tento regulační protein má být odpovědný za expresi genu anti-CRISPR během infekčního cyklu fága, proto se zdá, že oba typy proteinů (anti-CRISPR a Aca1) fungují společně jako jediný mechanismus.[5]

Po několika studiích podobné aminokyselinová sekvence k tomu Aca1 byl nalezen, což vedlo k objevu Aca2, nová rodina proteinů Aca. Aca2 také odhalila existenci pěti nových skupin proteinů anti-CRISPR typu I-F kvůli jejich genomové blízkosti: AcrF6, AcrF7, AcrF8, AcrF9 a AcrF10. Tyto proteiny nebyly přítomny pouze v Pseudomonas aeruginosaFágy, protože také ovlivňovaly další buňky Proteobakterie kmen.[6]

Díky použití bioinformatických nástrojů bylo v roce 2016 AcrIIC1, AcrIIC2 a AcrIIC3 proteinové rodiny byly objeveny v Neisseria meningitidis (který byl dříve infikován fágy). Takové proteiny byly prvními inhibitory CRISPR – Cas typu II, které lze nalézt (konkrétně bránily II-C CRISPR – Cas9, typu mechanismu používaného v genetickém vydání lidských buněk).[9] O rok později studie potvrdila přítomnost inhibitorů CRISPR – Cas9 typu II-A (AcrIIA1, AcrIIA2, AcrIIA3 a AcrIIA4) v Listeria monocytogenes (infikováno bakteriofágy, které zavedly proteiny anti-CRISPR). Bylo prokázáno, že dva z těchto proteinů (AcrIIA2 a AcrIIA4) fungují správně Streptococcus pyogenes obranný systém typu II-A CRISPR.

Výsledkem celého tohoto výzkumu byl objev 21 různých proteinových rodin Anti-CRISPR, navzdory tomu, že díky rychlé mutační proces fágů. K odhalení složitosti systémů proti CRISPR je tedy zapotřebí dalšího výzkumu.

Typy

Geny anti-CRISPR lze nalézt v různých částech fágové DNA: v kapsidě, ocasu a na krajním konci. Navíc bylo zjištěno, že mnoho MGE má dva nebo dokonce tři Acr geny v jednom operon, což naznačuje, že mohly být vyměněny mezi MGE.[10]

Jako všechny proteiny, proteiny rodiny Acr jsou tvořeny translací a transdukcí genů a jejich klasifikace je založena na typu systému CRISPR-Cas, který inhibují, vzhledem k tomu, že každý protein anti-CRISPR inhibuje specifický CRISPR-Cas Systém. Přestože nebylo objeveno mnoho proteinů anti-CRISPR, doposud byly nalezeny tyto:

Rodiny proteinů anti-CRISPR (tabulka převzata z reference)[6]
Rodina proteinů Anti-CRISPRCharakterizovaný členSystém CRISPR inhibovánPočet aminokyselin
AcrE1JBD5‑34 (Pseudomonas aeruginosa)TJ100
AcrE2JBD88a ‑ 32 (P. aeruginosa)TJ84
AcrE3DMS3‑30 (P. aeruginosa)TJ68
AcrE4D3112‑31 (P. aeruginosa)TJ52
AcrF1JBD30‑35 (P. aeruginosa)LI78
AcrF2D3112‑30 (P. aeruginosa)LI90
AcrF3JBD5‑35 (P. aeruginosa)LI139
AcrF4JBD26‑37 (P. aeruginosa)LI100
AcrF5JBD5‑36 (P. aeruginosa)LI79
AcrF6AcrF6Pae (P. aeruginosa)Já a já100
AcrF7AcrF7Pae (P. aeruginosa)LI67
AcrF8AcrF8ZF40 (Pectobacterium fág ZF40)LI92
AcrF9AcrF9Vpa (Vibrio parahaemolyticus)LI68
AcrF10AcrF10Sxi (Shewanella xiamenensis)LI97
AcrIIA1AcrIIA1Lmo (Listeria monocytogenes)II ‑ A149
AcrIIA2AcrIIA2Lmo (L. monocytogenes)II ‑ A123
AcrIIA3AcrIIA3Lmo (L. monocytogenes)II ‑ A125
AcrIIA4AcrIIA4Lmo (L. monocytogenes)II ‑ A87
AcrIIC1AcrIIC1Nme (Neisseria meningitidis)II ‑ C85
AcrIIC2AcrIIC2Nme (N. meningitidis)II ‑ C123
AcrIIC3AcrIIC3Nme (N. meningitidis)II ‑ C116

Dosud byly nalezeny geny kódující proteiny anti-CRISPR myofágy, sifofágy, domnělé spojovací prvky a ostrovy patogenity.

Byly učiněny pokusy najít společné okolní genetické rysy anti-CRISPR genů, ale bez úspěchu. Nicméně přítomnost aca Byl pozorován gen těsně pod geny anti-CRISPR.[10]

První objevené rodiny proteinů Acr byly AcrF1, AcrF2, AcrF3, AcrF4 a AcrF5.[5] Tyto inhibitory se vyskytují hlavně v Pseudomonas fágy, které jsou schopné infikovat Pseudomonas aeruginosas vlastnit systém CRISPR – Cas typu I ‑ F. Poté v jiné studii bylo zjištěno, že proteinové rodiny AcrE1, AcrE2, AcrE3 a AcrE4 také inhibují CRISPR – Cas typu I ‑ F v Pseudomonas aeruginosas.[7]

Později se ukázalo, že u proteinů AcrF6, AcrF7, AcrF8, AcrF9 a AcrF10, které byly také schopné inhibovat CRISPR – Cas typu I ‑ F, se velmi často proteobakterie MGE.[10]

Poté byly objeveny první inhibitory systému CRISPR – Cas typu II: AcrIIC1, AcrIIC2 a AcrIIC3, které blokují aktivitu CRISPR – Cas9 typu II ‑ C Neisseria meningitidis.[9]

Nakonec byly nalezeny AcrIIA1, AcrIIA2, AcrIIA3 a AcrIIA4. Tyto rodiny proteinů mají schopnost inhibovat systém CRISPR – Cas typu II ‑ A Listeria monocytogenes.[11]

Pokud jde o konvenci pojmenování proteinů rodiny Acr, je stanoveno následovně: za prvé, typ inhibovaného systému, poté číselná hodnota odkazující na rodinu proteinů a nakonec zdroj specifického proteinu anti-CRISPR. Například AcrF9Vpa je aktivní proti systému CRISPR – Cas typu I-F. Byl to také devátý anti-CRISPR popsaný pro tento systém a je kódován v integrovaném MGE v a Vibrio parahaemolyticus genom.

Struktura

Jak je uvedeno výše, existuje široké spektrum anti-CRISPR proteinů, ale jen málo z nich bylo hluboce studováno. Jedním z nejvíce studovaných a dobře definovaných Acr je AcrIIA4, který inhibuje Cas9, čímž blokuje systém II-A CRISPR-Cas Streptococcus pyogenes.

AcrIIA4

AcrIIA4 20 secuencias.jpg Struktura AcrIIA4 získaná softwarem UCSF Chimera,[12] kde byl nahrán jeho soubor PDB.[13] Různým barvám byly přiřazeny čtyři různé sekundární struktury nalezené v tomto proteinu: modrá pro β-řetězce, červená pro a-helixy, oranžová pro 310 spirála a šedá pro smyčky. Soubor PDB původně obsahoval 20 super energetických sekvencí s nejnižší energií (a tedy nejstabilnějších), z nichž jedna byla náhodně vybrána k vytvoření obrázku. [14]

Protein byl vyřešen použitím nukleární magnetická rezonance (NMR); obsahuje 87 zbytků a jeho molekulová hmotnost je 10,182 kDa.[13] AcrIIA4 obsahuje:

  • 3 antiparalelní β-řetězce (první ze zbytků 16 až 19, druhý ze 29 až 33 a třetí ze 40 až 44), které tvoří β-list. To představuje 16,1% z celkového počtu aminokyselin, protože 14 z nich tvoří β-řetězce.
  • 3 α-šroubovice (první, 2–13 zbytků, druhý, 50–59 zbytků a třetí, 68–85 zbytků).
  • 1 310 spirála umístěna mezi první (β1) a druhou (β2) β-vlákna, která začínají zbytkem 22 a končí zbytkem 25. Celková šroubovicová část se skládá ze 40 zbytků, což je 50,6% proteinu.
  • Smyčky spojování různých sekundárních struktur.

Existuje dobrá definice sekundárních struktur, protože tři α-šroubovice jsou zabaleny poblíž tří β-řetězců. Je pozoruhodné, že mezi β3 vláknem, a2 a α3 šroubovicemi je hydrofobní jádro, vzniklé shlukem aromatických postranních řetězců, které jsou přitahovány nekovalentními interakcemi, jako je skládání pí. Jelikož se jedná o kyselý protein, navíc existuje vysoká koncentrace negativně nabitých zbytků ve smyčkách mezi β3 a α2, mezi α2 a α3 a v první části α3, což může hrát důležitou roli při inhibici Cas9 , protože záporné náboje mohou napodobovat fosfáty nukleových kyselin.[14]

AcrF1

Na druhou stranu existuje další Acr, AcrF1, který nemusí být tak studován, jak je vysvětleno výše, i když existuje dobrý popis jeho struktury. Inhibuje systém I-F CRISPR-Cas systému Pseudomonas aeruginosa. Maxwell a kol.[15] vyřešil 3D strukturu pomocí NMR.

Protein obsahuje 78 zbytků,[6] mezi kterými interagují a vytvářejí sekundární struktury. Struktura AcrF1 je tvořena dvěma antiparalelními a-helixy a β-fólií, která obsahuje čtyři antiparalelní β-řetězce. Tento β-list je umístěn na opačné straně a-šroubovité části, což vytváří hydrofobní jádro tvořené 13 aminokyselinami. Obraty lze nalézt také v různých částech proteinu, například spojování β-řetězců.[15][16]

Existují povrchové zbytky, které se aktivně účastní aktivního místa AcrF1, z nichž dva jsou tyrosiny (Y6 a Y20) a třetí aminokyselinou je a kyselina glutamová (E31), jako jejich mutace pomocí alanin způsobuje 100násobné snížení aktivity proteinu (s mutacemi Y20A a E31A) a 107-násobné snížení při mutaci Y6.

Různé struktury, které tvoří protein, vytvářejí zvláštní kombinaci, jak Maxwell et al. provedli vyhledávání DALI, aby našli podobnosti mezi jinými proteiny, a nenašli žádné informativní podobnosti.[15]

Funkce

Zabránění zničení fágové DNA

Hlavní funkcí proteinů anti-CRISPR je interakce se specifickými složkami systémů CRISPR-Cas, jako je efektor nukleázy, aby se zabránilo zničení fágové DNA (vazbou nebo štěpením). [17] [18]

Fág vloží svoji DNA do prokaryotické buňky, obvykle detekuje sekvenci známou jako „cíl“, která aktivuje imunitní systém CRISPR-Cas, ale přítomnost počáteční sekvence (před cílem) kódující tvorbu proteinů Acr se vyhne ničení fágů. Acr proteiny se tvoří před načtením cílové sekvence. Tímto způsobem je systém CRISPR-Cas zablokován, než může vyvinout odpověď.

Postup začíná CRISPR místo transkribovány do crRNA (CRISPR RNA). CrRNA se kombinují s bílkovinami Cas a tvoří komplex ribonukleoproteinů s názvem Cascade. Tento komplex zkoumá buňku a hledá komplementární sekvence crRNA. Když je tato sekvence nalezena, nukleáza Cas3 je rekrutována do kaskády a cílová DNA z fága je odštěpena. Ale například když jsou nalezeny AcrF1 a AcrF2 (proteiny anti-CRISPR), interagují s Cas7f, respektive Cas8f-Cas5f, což neumožňuje vazbu na fágovou DNA. Navíc štěpení cíle brání spojení mezi AcrF3 a Cas3. [6]


Spolupráce fág-fág: První fágové infekce nemusí být schopny bránit imunitě CRISPR, ale spolupráce fág-fág stále více zvyšuje produkci Acr a imunosupresi hostitele, což zvyšuje zranitelnost hostitelské buňky vůči reinfekci a nakonec umožňuje úspěšnou infekci a další šíření fág. Na základě reprezentace nalezené v 17. odkazu. [17]

Většina genů Acr je umístěna vedle genů asociovaných s anti-CRISPR (Aca), které kódují proteiny s motivem vazby DNA helix-turn-helix. Geny Aca jsou zachovány a vědci je používají k identifikaci genů Acr, ale funkce proteinů, které kódují, není zcela jasná. Promotor asociovaný s Acr produkuje vysoké hladiny transkripce Acr ihned po injekci fágové DNA do bakterie a poté proteiny Aca transkripci potlačují. Pokud by to nebylo potlačeno, konstantní transkripce genu by byla pro fága smrtelná. Proto je aktivita Aca nezbytná pro zajištění jejího přežití. [19]

Spolupráce fág-fág

Kromě toho bylo ověřeno, že bakterie se systémy CRISPR-Cas jsou stále částečně imunní vůči Acr. V důsledku toho nemusí být počáteční abortní infekce fágem schopna bránit imunitě CRISPR, ale spolupráce fágů a fágů může stále více zvyšovat produkci Acr a podporovat imunosupresi, což může vést ke zvýšení zranitelnosti hostitelské buňky vůči reinfekci a nakonec umožnit úspěšnou infekci a šíření druhého fága. [17] Tato spolupráce vytváří epidemiologický bod zvratu, ve kterém v závislosti na počáteční hustotě Acr-fágů a síle vazby CRISPR / Acr mohou být fágy buď eliminovány, nebo mohou vyvolat fágovou epidemii (počet bakteriofágů je zesílen). [20][21]

Pokud jsou počáteční hladiny fágů dostatečně vysoké, dosáhne hustota imunosuprimovaných hostitelů kritického bodu, kde existuje více úspěšných infekcí než těch neúspěšných. Poté začíná epidemie. Pokud tento bod není dosažen, dojde k vyhynutí fágů a imunosuprimovaní hostitelé obnoví svůj původní stav. [20][21]

Fágový imunitní únik

Ukázalo se, že proteiny Acr hrají důležitou roli při umožnění imunitního úniku fága, i když stále není jasné, jak může syntéza proteinů anti-CRISPR překonat systém CRISPR-Cas hostitele, který může rozbít genom fága během několika minut po infekci.[17]

Mechanismy

Schéma znázorňující systém CRISPR-Cas typu I-F a inhibiční mechanismy tří anti-CRISPR typu I-F. Komplex typu I-F CRISPR je vyroben z 60 nukleotidů crRNA a devíti proteinů Cas (typ proteinu je specifikován čísly 5,8,7,6). AcrF1 jde do Cas7f a brání cílové DNA v přístupu k průvodce crRNA. AcrF2 interaguje jak s Cas8f, tak s Cas7f, což ztěžuje přístup cílové DNA do vazebné kapsy. Nakonec AcrF3 tvoří a homodimer, interakce s Cas3 zabráněním kontaktu s komplexem Cascade. Na základě vyjádření recenze nalezené v odkazech níže. [22]

U všech dosud objevených proteinů Anti-CRISPR byly mechanismy popsány pouze u 15 z nich. Tyto mechanismy lze rozdělit do tří různých typů: interference nakládání s crRNA, blokování vazby DNA a DNA výstřih prevence.

Rušení načítání CrRNA

Interferenční mechanismus načítání CrRNA (CRISPR RNA) byl spojován hlavně s rodinou proteinů AcrIIC2.[23] Aby bylo možné zablokovat Cas9 aktivity, brání správnému sestavení komplexu crRNA ‐ Cas9.

Blokování vazby DNA

Ukázalo se, že AcrIIC2 není jediný, který je schopen blokovat vazbu DNA. Existuje také dalších 11 proteinů rodiny Acr, které to mohou také provádět. Některé z nich jsou AcrIF1, AcrIF2 a AcrIF10, které působí na různé podjednotky Kaskádový efektor komplex systému CRISPR ‐ Cas typu I ‐ F, který brání DNA vázat se na komplex. [24]

AcrIIC3 dále podporuje vazbu DNA dimerizace Cas9 [23][25] a AcrIIA2 napodobuje DNA, čímž blokuje PAM rozpoznávání zbytků a následná prevence dsDNA (dvouvláknová DNA) uznání a závaznost. [26][27]

Prevence štěpení DNA

AcrE1, AcrIF3 a AcrIIC1 mohou zabránit štěpení cílové DNA. Použitím Rentgenová krystalografie Bylo objeveno, že AcrE1 se váže na Cas3 spojený s CRISPR. [28] Stejně tak biochemická a strukturní analýza AcrIF3 prokázala jeho schopnost vázat se na Cas3 jako dimer, aby se zabránilo náboru Cas3 do komplexu Cascade. [24][29][30] Nakonec bylo díky biochemickým a strukturálním studiím AcrIIC1 zjištěno, že se váže na aktivní místo HNH endonukleáza doména v Cas9, která zabraňuje štěpení DNA. Tak promění Cas9 na neaktivní stav vázaný na DNA.[25]

Aplikace

Fágová terapie lze použít proti rezistenci na antibiotika, protože bakteriofágy mohou zabíjet bakterie a léčit infekci.

Snížení snížení cíle CRISPR-Cas9 mimo cíl

AcrIIA4 je jedním z proteinů odpovědných za inhibici systému CRISPR-Cas9, což je mechanismus používaný v edici savčích buněk. Přidání AcrIIA4 do lidských buněk zabrání interakci Cas9 se systémem CRISPR, čímž se sníží jeho schopnost štěpit DNA. Různorodé studie však dospěly k závěru, že přidání v malých poměrech po provedení úpravy genomu snižuje počet řezů mimo cíl na konkrétních místech, ve kterých Cas9 interaguje, což činí celý systém mnohem přesnějším. [26]

Zabránění ekologickým důsledkům

Jedním z hlavních cílů používání technologie CRISPR-Cas9 je vymýcení nemocí, z nichž některé se vyskytují v vektory nemocí, jako jsou komáři. Anti-CRISPR proteiny mohou bránit genová jednotka, což by v roce mohlo mít nejisté a katastrofické následky ekosystémy. [31]

Zjistěte přítomnost Cas9 ve vzorku

Fágová terapie je dobrou alternativou k používání antibiotik, ale některé bakterie mají systémy CRISPR-Cas. Pokud by však fágy obsahovaly proteiny Acr, inhibovaly by imunitní systém CRISPR-Cas a infikovaly by buňku. Na konci reprodukčního cyklu fágů, ke kterému dochází uvnitř bakterií, by se uvolnily nové fágy, což by vyvolalo buněčnou lýzu.

Abychom věděli, zda určitá bakterie syntetizuje Cas9, a proto používá CRISPR-Cas9, nebo k detekci náhodného nebo nepovoleného použití tohoto systému, lze použít AcrIIC1. Protože se výše uvedený protein váže na Cas9, byla navržena odstředivá mikrofluidní platforma, která jej detekuje a určuje jeho katalytickou aktivitu.[31]

Fágová terapie

Odolnost proti antibiotikům je problém veřejného zdraví, který se kvůli špatnému užívání antibiotik neustále zvyšuje. Fágová terapie spočívá v infekci bakterií pomocí fágů, které jsou mnohem specifičtější a způsobují méně nežádoucích účinků než antibiotika. Acrs by mohl inhibovat systém CRISPR-Cas9 některých bakterií a umožnit těmto fágům infikovat bakteriální buňky, aniž by byl napaden jeho imunitním systémem. [31]

Viz také

Reference

  1. ^ Nakamura M, Srinivasan P, Chavez M, Carter MA, Dominguez AA, La Russa M a kol. (Leden 2019). „Anti-CRISPR zprostředkovaná kontrola editace genů a syntetických obvodů v eukaryotických buňkách“. Příroda komunikace. 10 (1): 194. Bibcode:2019NatCo..10..194N. doi:10.1038 / s41467-018-08158-x. PMC  6331597. PMID  30643127.
  2. ^ Barrangou R (únor 2015). „Role systémů CRISPR-Cas v adaptivní imunitě i mimo ni“. Aktuální názor na imunologii. 32: 36–41. doi:10.1016 / j.coi.2014.12.008. PMID  25574773.
  3. ^ Stanley SY, Borges AL, Chen KH, Swaney DL, Krogan NJ, Bondy-Denomy J, Davidson AR (září 2019). „Proteiny spojené s anti-CRISPR jsou rozhodujícími represory transkripce anti-CRISPR“. Buňka. 178 (6): 1452–1464.e13. doi:10.1016 / j.cell.2019.07.046. PMC  6754177. PMID  31474367.
  4. ^ Maxwell KL (říjen 2017). „Příběh Anti-CRISPR: bitva o přežití“. Molekulární buňka. 68 (1): 8–14. doi:10.1016 / j.molcel.2017.09.002. PMID  28985512.
  5. ^ A b C Bondy-Denomy J, Pawluk A, Maxwell KL, Davidson AR (leden 2013). „Bakteriofágové geny, které inaktivují bakteriální imunitní systém CRISPR / Cas“. Příroda. 493 (7432): 429–32. Bibcode:2013Natur.493..429B. doi:10.1038 / příroda 11723. PMC  4931913. PMID  23242138.
  6. ^ A b C d E Pawluk A, Davidson AR, Maxwell KL (leden 2018). "Anti-CRISPR: objev, mechanismus a funkce". Recenze přírody. Mikrobiologie. 16 (1): 12–17. doi:10.1038 / nrmicro.2017.120. PMID  29062071. S2CID  13222384.
  7. ^ A b Pawluk A, Bondy-Denomy J, Cheung VH, Maxwell KL, Davidson AR (duben 2014). „Nová skupina fágových anti-CRISPR genů inhibuje systém CRISPR-Cas typu I-E Pseudomonas aeruginosa“. mBio. 5 (2): e00896. doi:10,1128 / mBio.00896-14. PMC  3993853. PMID  24736222.
  8. ^ Borges AL, Davidson AR, Bondy-Denomy J (září 2017). „Objev, mechanismy a evoluční dopad anti-CRISPR“. Roční přehled virologie. 4 (1): 37–59. doi:10.1146 / annurev-virology-101416-041616. PMC  6039114. PMID  28749735.
  9. ^ A b Pawluk A, Amrani N, Zhang Y, Garcia B, Hidalgo-Reyes Y, Lee J a kol. (Prosinec 2016). „Přirozeně se vyskytující vypínače pro CRISPR-Cas9“. Buňka. 167 (7): 1829–1838.e9. doi:10.1016 / j.cell.2016.11.017. PMC  5757841. PMID  27984730.
  10. ^ A b C Pawluk A, Staals RH, Taylor C, Watson BN, Saha S, Fineran PC a kol. (Červen 2016). "Inaktivace systémů CRISPR-Cas anti-CRISPR proteiny u různých bakteriálních druhů". Přírodní mikrobiologie. 1 (8): 16085. doi:10.1038 / nmicrobiol.2016.85. PMID  27573108. S2CID  3826582.
  11. ^ Rauch BJ, Silvis MR, Hultquist JF, Waters CS, McGregor MJ, Krogan NJ, Bondy-Denomy J (leden 2017). "Inhibice CRISPR-Cas9 s bakteriofágovými proteiny". Buňka. 168 (1–2): 150–158.e10. doi:10.1016 / j.cell.2016.12.009. PMC  5235966. PMID  28041849.
  12. ^ „UCSF Chimera“. Chiméra. Citováno 25. října 2019.
  13. ^ A b „AcrIIA4 - PDB“. Proteinová datová banka. doi:10,2210 / pdb5xn4 / pdb. Citováno 2019-10-15.
  14. ^ A b Kim I, Jeong M, Ka D, Han M, Kim NK, Bae E, Suh JY (březen 2018). „Struktura řešení a dynamika anti-CRISPR AcrIIA4, inhibitoru Cas9“. Vědecké zprávy. 8 (1): 3883. Bibcode:2018NatSR ... 8,3883K. doi:10.1038 / s41598-018-22177-0. PMC  5832863. PMID  29497118.
  15. ^ A b C Maxwell KL, Garcia B, Bondy-Denomy J, Bona D, Hidalgo-Reyes Y, Davidson AR (říjen 2016). „Struktura řešení proteinu anti-CRISPR“. Příroda komunikace. 7 (1): 13134. Bibcode:2016NatCo ... 713134M. doi:10.1038 / ncomms13134. PMC  5062604. PMID  27725669.
  16. ^ Davidson AR, Pawluk A, Maxwell KL, Bondy-Denomy J. "AcrF1 - PDB". Bude zveřejněno. doi:10,2210 / pdb2lw5 / pdb. Citováno 2019-10-14.
  17. ^ A b C d van Gent M, Gack MU (září 2018). „Virová anti-CRISPR taktika: Žádný úspěch bez oběti“. Imunita. 49 (3): 391–393. doi:10.1016 / j.immuni.2018.08.023. PMID  30231980.
  18. ^ Gomila J, Hanel M, Faraguna C. „Proteiny anti-CRISPR“. Zlatý. Citováno 2019-10-14.
  19. ^ „Inici sessió - Identificació UB - Universitat de Barcelona“. sso.ub.edu. Citováno 2019-10-25.
  20. ^ A b Landsberger M, Gandon S, Meaden S, Rollie C, Chevallereau A, Chabas H a kol. (Srpen 2018). „Fágy anti-CRISPR spolupracují na překonání imunity CRISPR-Cas“. Buňka. 174 (4): 908–916.e12. doi:10.1016 / j.cell.2018.05.058. PMC  6086933. PMID  30033365.
  21. ^ A b Borges AL, Zhang JY, Rollins MF, Osuna BA, Wiedenheft B, Bondy-Denomy J (srpen 2018). „Bakteriofágová spolupráce potlačuje imunitu CRISPR-Cas3 a Cas9“. Buňka. 174 (4): 917–925.e10. doi:10.1016 / j.cell.2018.06.013. PMC  6086726. PMID  30033364.
  22. ^ Zhu Y, Zhang F, Huang Z (březen 2018). „Strukturální pohledy na inaktivaci systémů CRISPR-Cas různými proteiny anti-CRISPR“. Biologie BMC. 16 (1): 32. doi:10.1186 / s12915-018-0504-9. PMC  5859409. PMID  29554913.
  23. ^ A b Zhu Y, Gao A, Zhan Q, Wang Y, Feng H, Liu S a kol. (Duben 2019). „Různé mechanismy inhibice CRISPR-Cas9 anti-CRISPR proteiny typu IIC“. Molekulární buňka. 74 (2): 296–309.e7. doi:10.1016 / j.molcel.2019.01.038. PMC  6750902. PMID  30850331.
  24. ^ A b Bondy-Denomy J, Garcia B, Strum S, Du M, Rollins MF, Hidalgo-Reyes Y a kol. (Říjen 2015). "Více mechanismů pro inhibici CRISPR-Cas anti-CRISPR proteiny". Příroda. 526 (7571): 136–9. Bibcode:2015 Natur.526..136B. doi:10.1038 / příroda15254. PMC  4935067. PMID  26416740.
  25. ^ A b Harrington LB, Doxzen KW, Ma E, Liu JJ, Knott GJ, Edraki A a kol. (Září 2017). „Širokopásmový inhibitor CRISPR-Cas9“. Buňka. 170 (6): 1224–1233.e15. doi:10.1016 / j.cell.2017.07.037. PMC  5875921. PMID  28844692.
  26. ^ A b Shin J, Jiang F, Liu JJ, Bray NL, Rauch BJ, Baik SH a kol. (Červenec 2017). „Deaktivace Cas9 pomocí anti-CRISPR DNA mimika“. Vědecké zálohy. 3 (7): e1701620. Bibcode:2017SciA .... 3E1620S. doi:10.1126 / sciadv.1701620. PMC  5507636. PMID  28706995.
  27. ^ Guo M, Wang S, Zhu Y, Wang S, Xiong Z, Yang J a kol. (Červen 2017). "Strukturní základ inhibice CRISPR-SpyCas9 proteinem anti-CRISPR". Příroda. 546 (7658): 436–439. Bibcode:2017Natur.546..436D. doi:10.1038 / příroda22377. PMID  28448066. S2CID  4445217.
  28. ^ Pawluk A, Shah M, Mejdani M, Calmettes C, Moraes TF, Davidson AR, Maxwell KL (prosinec 2017). „Deaktivace nukleázy CRISPR-Cas typu I-E pomocí proteinu anti-CRISPR kódovaného bakteriofágy“. mBio. 8 (6). doi:10,1 128 / mBio.01751-17. PMC  5727412. PMID  29233895.
  29. ^ Wang J, Ma J, Cheng Z, Meng X, You L, Wang M a kol. (Září 2016). „Evoluční závod ve zbrojení CRISPR: strukturální pohledy na virové anti-CRISPR / Cas reakce“. Cell Research. 26 (10): 1165–1168. doi:10.1038 / cr.2016.103. PMC  5113301. PMID  27585537.
  30. ^ Wang X, Yao D, Xu JG, Li AR, Xu J, Fu P a kol. (Září 2016). "Strukturální základ inhibice Cas3 bakteriofágovým proteinem AcrF3". Přírodní strukturní a molekulární biologie. 23 (9): 868–70. doi:10.1038 / nsmb.3269. PMID  27455460. S2CID  6466590.
  31. ^ A b C Zhang F, Song G, Tian Y (červen 2019). „Anti-CRISPRs: Přírodní inhibitory pro systémy CRISPR-Cas“. Zvířecí modely a experimentální medicína. 2 (2): 69–75. doi:10.1002 / ame2.12069. PMC  6600654. PMID  31392299.