ARL6IP4 - ARL6IP4
| ARL6IP4 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | ARL6IP4, SFRS20, SR-25, SRp25, SRrp37, ADP ribosylační faktor jako GTPáza 6 interagující protein 4 | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | OMIM: 607668 MGI: 1929500 HomoloGene: 9606 Genové karty: ARL6IP4 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) |
| ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) |
| ||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 12: 122,98 - 122,98 Mb | Chr 5: 124,12 - 124,12 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Interakční protein podobný ADP-ribosylaci 6 (ARL6IP4), také nazývaný SRp25 je produktem ARL6IP4 gen lokalizovaný na chromozom 12q 24. 31. Jeho funkce není známa.
Struktura
Je to 360 aminokyseliny v délce. Vyjadřuje se všudypřítomně, ale pouze ve fázi G1 / S buněčný cyklus.[5] Člověk a myš mRNA tohoto proteinu má 77% homologie.[6]
Dva typy aminokyselina byly pozorovány shluky, a serin shluk a základní shluk.[6]
Funkce
Jeho funkce nejsou známy. Avšak kvůli sekvenční homologii jeho proteinu s SR sestřihovými faktory se všeobecně věří, že protein je jaderný a může hrát roli v regulaci sestřihu.[6] Předpokládá se, že protein je mediátorem v RAC1 signální dráha.[7]
Úpravy RNA
Pre-mRNA produktu genu ARL6IP4 podléhá Úpravy RNA.[8]
Typ
Editace RNA A až I je katalyzována rodinou adenosindeaminázy působící na RNA (ADAR), které konkrétně rozpoznávají adenosiny v dvouvláknových oblastech předmRNA a deaktivovat je inosin. Inosiny jsou uznávány jako guanosin buněčným translačním strojním zařízením. ADAR 1 a ADAR 2 jsou jedinými enzymaticky aktivními členy. ADAR3 má regulační roli v mozku. ADAR1 a ADAR 2 jsou široce exprimovány ve tkáních, zatímco ADAR 3 je omezen na mozek. Dvouřetězcové oblasti RNA jsou tvořeny párováním bází mezi zbytky v oblasti blízko místa úpravy se zbytky obvykle v sousedním intron ale může být exonický sekvence. Oblast, která se páruje s oblastí úpravy, je známá jako Editing Complementary Sequence (ECS).
Umístění
K úpravám dochází v místě úpravy K / R v aminokyselinové poloze 225 konečného proteinu. Za použití RT-PCR a sekvenování 100 jednotlivých klonů vykázalo 7% izoformy 3 proteinu G místo A v této poloze během sekvenování. Mohou být potenciálně přítomny i jiné menší editační weby, včetně některých ve stejném exonu jako hlavní editační web. Stejně jako v případě IGFBP7 editace pre-mRNA je neobvyklá, protože struktura RNA fold back je tvořena pouze exonovou sekvencí.[8]
Účinky na strukturu bílkovin
Úpravy na tomto webu vedou ke změně kodonu z a Lysin do Arginin. K tomu dochází ve vysoce bazické oblasti proteinu.[8]
Účinky na funkci bílkovin
Funkce neupraveného proteinu je do značné míry necharakterizovaná. Proto není znám ani účinek editace na pre-mRNA na funkci proteinů. Změna aminokyselin je konzervativní a je nepravděpodobné, že by masivně změnila funkci proteinu. Místo pro úpravy však může být důležité, protože změněná aminokyselina je a Lysin, které se mohou podílet na regulaci exprese proteinu. Lysiny mohou být stránky posttranslační modifikace a přeměna lysinu na arginin by mohla ovlivnit posttranslační modifikaci. [8]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000182196 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000029404 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Archivovaná kopie“. Archivovány od originál dne 26. 7. 2011. Citováno 2011-02-14.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz)
- ^ A b C Sasahara K, Yamaoka T, Moritani M, Tanaka M, Iwahana H, Yoshimoto K, Miyagawa J, Kuroda Y, Itakura M (březen 2000). "Molekulární klonování a analýza exprese domnělého jaderného proteinu, SR-25". Biochem. Biophys. Res. Commun. 269 (2): 444–50. doi:10.1006 / bbrc.2000.2301. PMID 10708573.
- ^ Li Q, Zhao H, Jiang L, Che Y, Dong C, Wang L, Wang J, Liu L (březen 2002). „SR-protein indukovaný HSVI vazbou na buňky fungující jako inhibitor sestřihu virové pre-mRNA“. J. Mol. Biol. 316 (4): 887–94. doi:10.1006 / jmbi.2001.5318. PMID 11884129.
- ^ A b C d Gommans WM, Tatalias NE, Sie CP, Dupuis D, Vendetti N, Smith L, Kaushal R, Maas S (říjen 2008). „Screening of human SNP database identifies recoding sites of A-to-I RNA editing“. RNA. 14 (10): 2074–85. doi:10,1261 / rna.816908. PMC 2553741. PMID 18772245.
externí odkazy
- Kiran A, Baranov PV. „DARNED“. DAtabáze RNa EDiting. Archivováno z původního dne 21. července 2011. Citováno 2011-07-22.
- Člověk ARL6IP4 umístění genomu a ARL6IP4 stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.