Doména podobná zóně pellucida - Zona pellucida-like domain

Doména podobná zóně pellucida
Identifikátory
SymbolZona_pellucida
PfamPF00100
InterProIPR001507
CHYTRÝSM00241
STRÁNKAPDOC00577
Membranome146

The Doména podobná zóně pellucida (Doména ZP / doména podobná ZP / modul ZP)[1][2] je velký protein kraj asi 260 aminokyselin. Bylo uznáno v řadě eukaryotických receptorů podobných glykoproteiny.[1] Všechny tyto molekuly jsou mozaikové proteiny s velkou extracelulární oblastí složenou z různých domén, často následovanou transmembránovou oblastí a velmi krátkou cytoplazmatický regionu nebo a GPI -Kotva.[2]

Funkční a krystalografické studie odhalily, že oblast „domény ZP“ společná pro všechny tyto proteiny je modul polymerace proteinů, který se skládá ze dvou odlišných, ale strukturně souvisejících domén podobných imunoglobulinům, ZP-N a ZP-C.[3][4][5][6][7][8][9] Modul ZP je umístěn v C-terminální části extracelulární oblasti a - s výjimkou nepolymerního člena rodiny ENG[10] - obsahuje 8 nebo 10 konzervovaných zbytků Cys zapojených do disulfidových vazeb.[5][6][9]

První 3D struktura proteinového vlákna modulu ZP, nativní člověk uromodulin (UMOD ), byl určen cryo-EM.[11][12]

Další kopie izolovaných domén ZP-N se nacházejí v N-koncové oblasti podjednotek vaječného plášťového proteinu oplodnění u obratlovců i bezobratlých, například u lidí zona pellucida komponenty ZP1, ZP2 a ZP4 a měkkýš vitellin obálkový receptor pro vaječný lysin (VERL).[5][13][14]

Příklady

Lidské geny kódující proteiny obsahující tuto doménu zahrnují:

Reference

  1. ^ A b Bork P, Sander C (1992). "Velká doména společná pro receptory spermií (Zp2 a Zp3) a receptor TGF-beta typu III". FEBS Lett. 300 (3): 237–40. doi:10.1016/0014-5793(92)80853-9. PMID  1313375. S2CID  38778076.
  2. ^ A b Jovine L, Darie CC, Litscher ES, Wassarman PM (2005). "Proteiny domény Zona pellucida". Annu. Biochem. 74: 83–114. doi:10,1146 / annurev.biochem.74.082803.133039. PMID  15952882.
  3. ^ Jovine L, Qi H, Williams Z, Litscher E, Wassarman PM (2002). „ZP doména je konzervovaný modul pro polymeraci extracelulárních proteinů“. Nat. Cell Biol. 4 (6): 457–61. doi:10.1038 / ncb802. PMID  12021773. S2CID  11575790.
  4. ^ Jovine L, Qi H, Williams Z, Litscher ES, Wassarman PM (2004). „Duplikovaný motiv řídí sestavování proteinů domény zona pellucida“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (16): 5922–7. Bibcode:2004PNAS..101,5922J. doi:10.1073 / pnas.0401600101. PMC  395899. PMID  15079052.
  5. ^ A b C Monné M, Han L, Schwend T, Burendahl S, Jovine L (2008). „Krystalová struktura domény ZP-N ZP3 odhaluje jádrový záhyb zvířecích vaječných obalů“. Příroda. 456 (7222): 653–7. Bibcode:2008 Natur.456..653M. doi:10.1038 / nature07599. PMID  19052627. S2CID  4430083. PDB: 3D4C, 3D4G, 3EF7​
  6. ^ A b Han L, Monné M, Okumura, H, Schwend, T, Cherry, AL, Flot, D, Matsuda, T, Jovine, L (2010). „Pohledy na sestavu vaječného pláště a interakci vajíčka a spermie z rentgenové struktury ZP3 plné délky“. Buňka. 143 (3): 404–15. doi:10.1016 / j.cell.2010.09.041. PMID  20970175. S2CID  18583237. PDB: 3NK3, 3NK4​
  7. ^ Lin SJ, Hu Y, Zhu J, Woodruff TK, Jardetzky TS (2011). „Struktura domény betaglykanu zona pellucida (ZP) -C poskytuje poznatky o polymeraci proteinů zprostředkovaných ZP a vazbě TGF-beta“. Proc Natl Acad Sci U S A. 108 (13): 5232–6. Bibcode:2011PNAS..108,5232L. doi:10.1073 / pnas.1010689108. PMC  3069177. PMID  21402931. PDB: 3QW9​
  8. ^ Diestel U, Resch M, Meinhardt K, Weiler S, Hellmann TV, Mueller TD, Nickel J, Eichler J, Muller YA (2013). „Identifikace nového vazebného místa pro TGF-β v zóně C-terminálu (ZP-C) zóny TGF-β-receptoru 3 (TGFR-3)“. PLOS ONE. 8 (6): e67214. Bibcode:2013PLoSO ... 867214D. doi:10.1371 / journal.pone.0067214. PMC  3695229. PMID  23826237. PDB: 4AJV​
  9. ^ A b Bokhove M, Nishimura K, Brunati M, Han L, de Sanctis D, Rampoldi L, Jovine L (2016). „Strukturovaný linker mezi doménami řídí vlastní polymeraci lidského uromodulinu“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 113 (6): 1552–1557. Bibcode:2016PNAS..113.1552B. doi:10.1073 / pnas.1519803113. PMC  4760807. PMID  26811476. PDB: 4 WRN, 5BUP​
  10. ^ Saito T, Bokhove M, Croci R, Zamora-Caballero S, Han L, Letarte M, de Sanctis D, Jovine L (2017). „Strukturální základy interakce člověka s endoglinem a BMP9: pohledy na signalizaci BMP a HHT1“. Zprávy buněk. 19 (9): 1917–1928. doi:10.1016 / j.celrep.2017.05.011. PMC  5464963. PMID  28564608. PDB: 5 Hz​
  11. ^ Stsiapanava, A; Xu, C; Brunati, M; Zamora-Caballero, S; Schaeffer, C; Han, L; Carroni, M; Yasumasu, S; Rampoldi, L; Wu, B; Jovine, L (2020). „Kryo-EM struktura nativního lidského uromodulinu, modul polymeru Zona Pellucida“. bioRxiv  10.1101/2020.05.28.119206.PDB: 6TQK, 6TQL​
  12. ^ Stsiapanava A, Xu C, Brunati M, Zamora-Caballero S, Schaeffer C, Bokhove M, Han L, Hebert H, Carroni M, Yasumasu S, Rampoldi L, Wu B, Jovine L (2020). "Kryo-EM struktura nativního lidského uromodulinu, polymeru modulu zona pellucida". EMBO J.: e106807. doi:10.15252 / embj.2020106807. PMID  33196145. PDB: 6TQK, 6TQL​
  13. ^ Callebaut I, Mornon JP, Monget P (2007). „Izolované domény ZP-N tvoří N-terminální rozšíření proteinů Zona Pellucida“. Bioinformatika. 23 (15): 1871–1874. doi:10.1093 / bioinformatika / btm265. PMID  17510169.
  14. ^ Raj I, Sadat Al Hosseini H, Dioguardi E, Nishimura K, Han L, Villa A, de Sanctis D, Jovine L (2017). „Strukturální základ rozpoznávání spermatu vaječným pláštěm při oplodnění“. Buňka. 169 (7): 1315–1326. doi:10.1016 / j.cell.2017.05.033. PMC  5480393. PMID  28622512. PDB: 5II4, 5II5, 5II6, 5MR2, 5IIC, 5IIA, 5IIB, 5MR3​
Tento článek včlení text od public domain Pfam a InterPro: IPR001507