Xanthomonas sRNA - Xanthomonas sRNA

V molekulární biologii Xanthomonas sRNA jsou malé RNA které byly identifikovány u různých druhů bakterie Xanthomonas.

Analýza rostlinný patogen Xanthomonas campestris pv. vesicatoria odhalila expresi sedmi cis-kódovaných antisense RNA (asX1-asX7) a 15 intergenních sRNA (sX1 - sX15). Několik sRNA bylo také identifikováno v Xanthomonas campestris pathovar campestris. Některé z těchto X. campestris sRNA se nacházejí pouze v Xanthomonasněkteré jsou také exprimovány v jiných bakteriích.[1][2] Zdá se, že přispívá několik z těchto sRNA virulence, včetně sX12, sX13 a sRNA-Xcc1.[1][3][4]

Výpočtová analýza předpovídá 63 sRNA Xanthomonas oryzae pathovar oryzae, exprese 8 z nich byla experimentálně potvrzena. Vyjádření tří z nich je Hfq -závislý.[5]

Viz také

Reference

  1. ^ A b Schmidtke C, Findeiß S, Sharma CM, Kuhfuß J, Hoffmann S, Vogel J a kol. (2011). „Transkriptomová analýza rostlinného patogenu Xanthomonas identifikuje sRNA s domnělou funkcí virulence“. Nucleic Acids Res. 40 (5): 2020–31. doi:10.1093 / nar / gkr904. PMC  3300014. PMID  22080557.
  2. ^ Jiang RP, Tang DJ, Chen XL, He YQ, Feng JX, Jiang BL a kol. (2010). „Identifikace čtyř nových malých nekódujících RNA z Xanthomonas campestris pathovar campestris“. BMC Genomics. 11: 316. doi:10.1186/1471-2164-11-316. PMC  2996969. PMID  20482898.
  3. ^ Chen XL, Tang DJ, Jiang RP, He YQ, Jiang BL, Lu GT a kol. (2011). „sRNA-Xcc1, integronem kódovaná trans-působící sRNA transpozonem a plazmidem, je pod pozitivní kontrolou klíčových regulátorů virulence HrpG a HrpX Xanthomonas campestris pathovar campestris“. RNA Biol. 8 (6): 947–953. doi:10,4161 / rna.8.6.16690. PMC  3256417. PMID  21941121.
  4. ^ Schmidtke, C; Abendroth, U; Brock, J; Serrania, J; Becker, A; Bonas, U (září 2013). „Malá RNA sX13: mnohostranný regulátor virulence v rostlinném patogenu Xanthomonas“. PLOS patogeny. 9 (9): e1003626. doi:10.1371 / journal.ppat.1003626. PMC  3771888. PMID  24068933.
  5. ^ Liang H, Zhao YT, Zhang JQ, Wang XJ, Fang RX, Jia YT (2011). "Identifikace a funkční charakterizace malých nekódujících RNA v Xanthomonas oryzae pathovar oryzae". BMC Genomics. 12: 87. doi:10.1186/1471-2164-12-87. PMC  3039613. PMID  21276262.