SRNA-Xcc1 - SRNA-Xcc1

sRNA-Xcc1 (malá RNA identifikována z Xanthomonas campestris pv. campestris ) je rodina trans-působící nekódující RNA (také známá jako malá RNA).[1][2] Homology sRNA-Xcc1 se nacházejí v několika bakteriálních kmenech patřících k alfa-proteobakterie, beta-proteobakterie, gama-proteobakterie, a delta-proteobakterie. v Xanthomonas campestris pv. campestris, sRNA-Xcc1 je kódována pomocí integron genová kazeta a je pod pozitivní kontrolou regulátorů virulence HrpG a HrpX.[3][4]

Původ a fylogenetická distribuce

sRNA-Xcc1 je kódována genovou kazetou v integronu Xanthomonas campestris pv. campestris a homology z sRNA-Xcc1 se často nacházejí v kazetách genů integronu klonovaných z nekulturní bakterie,[5] je možné, že sRNA-Xcc1 je původně zachycena integrony z přirozeného prostředí. sRNA-Xcc1 homology se nacházejí v několika taxonomicky vzdálených kmenech napříč alfa-, beta- a gama-proteobakteriemi, ale ne v blízce příbuzných bakteriích, což znamená, že sRNA-Xcc1 se přenáší prostřednictvím horizontální přenos genů (HGT). Homologní gen sRNA-Xcc1 se nachází na Tn5542, a transposon nesený plazmid pHMT112, což naznačuje, že horizontální přenos sRNA-Xcc1 je realizován pomocí transpozonů a / nebo plazmidů.[6]

Potenciální biologická funkce

Exprese sRNA-Xcc1 je pod pozitivní kontrolou dvou důležitých virulence regulátory HrpG a HrpX z Xanthomonas campestris pv. campestris, což naznačuje, že sRNA-Xcc1 může být zapojena do patogeneze z patogen.

Reference

  1. ^ Chen XL; Tang DJ; Jiang RP; He YQ; Jiang BL; Lu GT; Tang JL (2011). „sRNA-Xcc1, integronem kódovaná trans-působící sRNA transpozonem a plazmidem, je pod pozitivní kontrolou klíčových regulátorů virulence HrpG a HrpX Xanthomonas campestris pathovar campestris“. RNA Biol. 8 (6): 947–53. doi:10,4161 / rna.8.6.16690. PMC  3256417. PMID  21941121.
  2. ^ Schmidtke C, Findeiß S, Sharma CM, Kuhfuß J, Hoffmann S, Vogel J a kol. (2011). „Transkriptomová analýza rostlinného patogenu Xanthomonas identifikuje sRNA s domnělou funkcí virulence“. Nucleic Acids Res. 40 (5): 2020–2031. doi:10.1093 / nar / gkr904. PMC  3300014. PMID  22080557.
  3. ^ Wengelnik K; Van den Ackerveken G; Bonas U (1996). „HrpG, klíčový regulační protein hrp Xanthomonas campestris pv. Vesicatoria je homologní s dvousložkovými regulátory odezvy“. Interakce mikrobů s rostlinami Mol. 9 (8): 704–12. doi:10.1094 / mpmi-9-0704. PMID  8870269.
  4. ^ Wengelnik K; Bonas U (1996). „HrpXv, regulátor typu AraC, aktivuje expresi pěti ze šesti lokusů v klastru hrp Xanthomonas campestris pv. Vesicatoria“. J Bacteriol. 178 (12): 3462–9. PMC  178114. PMID  8655542.
  5. ^ Gillings MR; Holley MP; Stokes HW; Holmes AJ (2005). „Integrony v Xanthomonas: zdroj rozmanitosti genomu druhů“. Proc Natl Acad Sci U S A. 102 (12): 4419–24. doi:10.1073 / pnas.0406620102. PMC  555480. PMID  15755815.
  6. ^ Tan HM; Tang HY; Joannou CL; Abdel-Wahab NH; Mason JR (1993). „Geny plasmidu kódované ML2 Pseudomonas putida pro benzen dioxygenázu jsou neobvyklé v použití kodonů a s nízkým obsahem G + C“. Gen. 130 (1): 33–9. doi:10.1016/0378-1119(93)90343-2. PMID  8344526.

Fylogenetické diagramy

  • Vícenásobné zarovnání a model konsensuální sekundární struktury homologů sRNA-Xcc1. Vícenásobné vyrovnání bylo provedeno pomocí programu ClustalW a byla předpovězena konsensuální sekundární struktura na základě vícenásobného vyrovnání pomocí programu RNAalifold. Motiv konzervované sekvence „AUACAAnACCC“ byl orámován.

  • Fylogenetický strom homologů sRNA-Xcc1 založený na vícenásobném srovnání. Symboly na pravé straně názvu bakteriálního kmene označují třídu druhu, který obsahuje homolog sRNA-Xcc1, a místo, kde se homolog nachází.