Obratle mitochondriální kód - Vertebrate mitochondrial code

The mitochondriální kód obratlovců (překladová tabulka 2) je genetický kód nalezen v mitochondrie ze všech vertebrata.

Vývoj

Předpokládalo se, že AGA a AGG se staly mitochondriálními stop kodony na počátku vývoje obratlovců.^[1] Přinejmenším u lidí se však nyní ukázalo, že sekvence AGA a AGG nejsou rozpoznány jako ukončovací kodony. A -1 mitoribosom posun snímků se vyskytuje u kodonů AGA a AGG, u nichž se předpokládá ukončení CO1 a ND6 otevřené čtecí rámce (ORF), a následně oba ORF končí ve standardním kodonu UAG.^[2]

Neúplné stop kodony

Mitochondriální geny u některých obratlovců (včetně lidí) jsou neúplné stop kodony končící v U nebo UA, které se po dalším postupu stanou úplnými ukončovacími kodony (UAA) polyadenylace.^[3]^[4]^[5]^[6]

Překladová tabulka

Aminokyseliny biochemické vlastnosti	nepolární	polární	základní	kyselé		Ukončení: stop kodon

Standardní genetický kód
1. místo základna	2. základna								3. místo základna
1. místo základna	U		C		A		G		3. místo základna
U	UUU	(Phe / F) Fenylalanin	UCU	(Ser / S) Serine	UAU	(Tyr / Y) Tyrosin	UGU	(Cys / C) Cystein	U
	UUC	(Phe / F) Fenylalanin	UCC		UAC	(Tyr / Y) Tyrosin	UGC	(Cys / C) Cystein	C
	UUA	(Leu / L) Leucin	UCA		UAA	Stop	UGA	(Trp / W) Tryptofan	A
	UUG		UCG		UAG	Stop	UGG	(Trp / W) Tryptofan	G
C	CUU		CCU	(Podpěra) Prolin	CAU	(His / H) Histidin	CGU	(Arg / R) Arginin	U
	CUC		CCC		CAC	(His / H) Histidin	CGC		C
	CUA		CCA		CAA	(Gln / Q) Glutamin	CGA		A
	CUG		CCG		CAG	(Gln / Q) Glutamin	CGG		G
A	AUU	(Ile / I) Isoleucin	ACU	(Thr / T) Threonin	AAU	(Asn / N) Asparagin	AGU	(Ser / S) Serine	U
	AUC	(Ile / I) Isoleucin	ACC		AAC	(Asn / N) Asparagin	AGC	(Ser / S) Serine	C
	AUA	(Met / M) Methionin	ACA		AAA	(Lys / K) Lysin	AGA	Stop	A
	SRPEN^[A]	(Met / M) Methionin	ACG		AAG	(Lys / K) Lysin	AGG	Stop	G
G	GUU	(Val / V) Valine	GCU	(Ala / A) Alanin	GAU	(Asp / D) Kyselina asparagová	GGU	(Gly / G) Glycin	U
	GUC		GCC		GAC	(Asp / D) Kyselina asparagová	GGC		C
	GUA		GCA		GAA	(Lepidlo) Kyselina glutamová	GGA		A
	GUG		GCG		GAG	(Lepidlo) Kyselina glutamová	GGG		G

^A Kodon AUG oba kóduje methionin a slouží jako iniciační místo: první AUG v mRNA v kódující oblasti začíná translace na protein.^[7]

Rozdíly od standardního kódu


Kodony DNA	Kodony RNA	Tento kód (2)	Standardní kód (1)
`AGA`	`AGA`	`STOP = Ter` `(*)`	`Arg` `(R)`
`AGG`	`AGG`	`STOP = Ter` `(*)`	`Arg` `(R)`
`ATA`	`AUA`	`Se setkal` `(M)`	`Ile` `(Já)`
`TGA`	`UGA`	`Trp` `(Ž)`	`STOP = Ter` `(*)`

Alternativní iniciační kodony

Bos: AUA
Homo: AUA, AUU
Mus: AUA, AUU, AUC
Coturnix, Gallus: také GUG^[8]

Viz také

Seznam genetických kódů

Reference

Tento článek obsahuje public domain text z NCBI stránka sestavená Andrzejem (Anjayem) Elzanowskim a Jimem Ostellem.^[9]

^ S. Osawa, T. Ohama, T. H. Jukes a K. Watanabe (září 1989). „Vývoj mitochondriálního genetického kódu. I. Původ AGR serinu a stop kodonů v metazoanových mitochondriích“. J Mol Evol. 29 (3): 202–7. doi:10.1007 / bf02100203. PMID 2506356. S2CID 21051869.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
^ R J Temperley; R Richter; S Dennerlein; R N Lightowlers; Z M Chrzanowska-Lightowlers (leden 2010). „Hladové kodony podporují posun rámců v lidských mitochondriálních ribozomech“. Věda. 327 (5963): 301. doi:10.1126 / science.1180674. PMID 20075246. S2CID 206522983.
^ Temperley, R. J .; Wydro, M; Lightowlers, R. N .; Chrzanowska-Lightowlers, Z. M. (2010). „Lidské mitochondriální mRNA - jako členové všech rodin, podobné, ale odlišné“. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - bioenergetika. 1797 (6–7): 1081–5. doi:10.1016 / j.bbabio.2010.02.036. PMC 3003153. PMID 20211597.
^ WR Hou, Y. Chen, X. Wu, JC Hu, ZS Peng, J. Yang, ZX Tang, CQ Zhou, YM Li, SK Yang, YJ Du, LL Kong, ZL Ren, HY Zhang a SS Shuai (prosinec 2006) ). "Kompletní sekvence mitochondriálního genomu asijského černého medvěda poddruhu sečuánského (Ursus thibetanus mupinensis)". Int J Biol Sci. 3 (2): 85–90. doi:10,7150 / ijbs.3,85. PMC 1752227. PMID 17205108.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
^ Oh, D. J .; Kim, J. Y .; Lee, J. A .; Yoon, W. J .; Park, S. Y .; Jung, Y. H. (2007). "Kompletní mitochondriální genom králíka Siganus fuscescens (Perciformes, Siganidae)". Sekvence DNA. 18 (4): 295–301. doi:10.1080/10425170701248525. PMID 17541835. S2CID 38458668.
^ Ki, J. S .; Hwang, D. S .; Park, T. J .; Han, S. H .; Lee, J. S. (2009). „Srovnávací analýza úplného mitochondriálního genomu vydry říční Lutra lutra (Carnivora; Mustelidae)“. Zprávy o molekulární biologii. 37 (4): 1943–55. doi:10.1007 / s11033-009-9641-0. PMID 19757186. S2CID 24233602.
^ Nakamoto T (březen 2009). "Evoluce a univerzálnost mechanismu zahájení syntézy proteinů". Gen. 432 (1–2): 1–6. doi:10.1016 / j.gene.2008.11.001. PMID 19056476.
^ P. Desjardins & R. Morais (únor 1991). "Nukleotidová sekvence a vývoj kódujících a nekódujících oblastí křepelčího mitochondriálního genomu". J Mol Evol. 32 (2): 153–161. doi:10.1007 / bf02515387. PMID 1706782. S2CID 1974138.
^ Genetické kódy

externí odkazy

[OOJ&W-1] S. Osawa, T. Ohama, T. H. Jukes a K. Watanabe (září 1989). „Vývoj mitochondriálního genetického kódu. I. Původ AGR serinu a stop kodonů v metazoanových mitochondriích“. J Mol Evol. 29 (3): 202–7. doi:10.1007 / bf02100203. PMID 2506356. S2CID 21051869.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)

[Temperly-2] R J Temperley; R Richter; S Dennerlein; R N Lightowlers; Z M Chrzanowska-Lightowlers (leden 2010). „Hladové kodony podporují posun rámců v lidských mitochondriálních ribozomech“. Věda. 327 (5963): 301. doi:10.1126 / science.1180674. PMID 20075246. S2CID 206522983.

[Temperly2-3] Temperley, R. J .; Wydro, M; Lightowlers, R. N .; Chrzanowska-Lightowlers, Z. M. (2010). „Lidské mitochondriální mRNA - jako členové všech rodin, podobné, ale odlišné“. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - bioenergetika. 1797 (6–7): 1081–5. doi:10.1016 / j.bbabio.2010.02.036. PMC 3003153. PMID 20211597.

[Hou-4] WR Hou, Y. Chen, X. Wu, JC Hu, ZS Peng, J. Yang, ZX Tang, CQ Zhou, YM Li, SK Yang, YJ Du, LL Kong, ZL Ren, HY Zhang a SS Shuai (prosinec 2006) ). "Kompletní sekvence mitochondriálního genomu asijského černého medvěda poddruhu sečuánského (Ursus thibetanus mupinensis)". Int J Biol Sci. 3 (2): 85–90. doi:10,7150 / ijbs.3,85. PMC 1752227. PMID 17205108.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)

[Oh-5] Oh, D. J .; Kim, J. Y .; Lee, J. A .; Yoon, W. J .; Park, S. Y .; Jung, Y. H. (2007). "Kompletní mitochondriální genom králíka Siganus fuscescens (Perciformes, Siganidae)". Sekvence DNA. 18 (4): 295–301. doi:10.1080/10425170701248525. PMID 17541835. S2CID 38458668.

[Ki-6] Ki, J. S .; Hwang, D. S .; Park, T. J .; Han, S. H .; Lee, J. S. (2009). „Srovnávací analýza úplného mitochondriálního genomu vydry říční Lutra lutra (Carnivora; Mustelidae)“. Zprávy o molekulární biologii. 37 (4): 1943–55. doi:10.1007 / s11033-009-9641-0. PMID 19757186. S2CID 24233602.

[pmid19056476-7] Nakamoto T (březen 2009). "Evoluce a univerzálnost mechanismu zahájení syntézy proteinů". Gen. 432 (1–2): 1–6. doi:10.1016 / j.gene.2008.11.001. PMID 19056476.

[D&M-8] P. Desjardins & R. Morais (únor 1991). "Nukleotidová sekvence a vývoj kódujících a nekódujících oblastí křepelčího mitochondriálního genomu". J Mol Evol. 32 (2): 153–161. doi:10.1007 / bf02515387. PMID 1706782. S2CID 1974138.

[Elzanowski-9] Genetické kódy

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[A]

[7]

[8]

[9]