UPF0488 - UPF0488

C8orf33
Identifikátory
AliasyC8orf33, otevřený čtecí rámec chromozomu 8 33
Externí IDMGI: 2152337 HomoloGene: 11320 Genové karty: C8orf33
Umístění genu (člověk)
Chromozom 8 (lidský)
Chr.Chromozom 8 (lidský)[1]
Chromozom 8 (lidský)
Genomické umístění pro C8orf33
Genomické umístění pro C8orf33
Kapela8q24.3Start145,052,465 bp[1]
Konec145,066,685 bp[1]
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

65265

117171

Ensembl

ENSG00000182307

ENSMUSG00000063236

UniProt

Q9H7E9

Q3U6N9

RefSeq (mRNA)

NM_023080

NM_054099
NM_001347540

RefSeq (protein)

NP_075568

NP_001334469
NP_473440

Místo (UCSC)Chr 8: 145,05 - 145,07 MbChr 15: 76,95 - 76,95 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

UPF0488 je protein že u lidí je kódován C8orf33 (Chromosome 8 Open Reading Frame 33) gen. Otevřený čtecí rámec 33 chromozomu 8 (C8orf33) je gen kódující lidský protein s aktuálně neznámou funkcí.

Tkáňová a subcelulární distribuce

Protein UPF0488 je s většinou výjimek ve většině tkání exprimován v nízkých až středních hladinách.[5] Předpokládá se, že bude lokalizován v jádru a mitochondrii, i když se předpokládá, že několik ortologů bude také lokalizováno v cytosolu; navíc existují experimentální důkazy ukazující, že lidský C8orf33 se může lokalizovat v peroxisomech. Exprese tohoto genu je poté up-regulována lithium vystavení. C8orf33 je významně vyšší regulován v léčbě rakoviny prsu.[6]

Posttranslační modifikace

Předpovídá se několik posttranslačních modifikací včetně fosforylace, methylace a acetylace.[7] Kromě toho má několik posttranslačních modifikací, jako je acetylace, methylace, fosfoprotein - to zahrnuje modifikace aminokyselin (nebo modifikované zbytky), jako je N-acetylalanin, omega-N-methylarginin a fosfoserin).[8]

Gen

Tento gen má 5 transkriptů (varianty sestřihu), 62 ortologů a je členem 1 rodiny proteinů Ensembl. Tento gen je členem lidské sady CCDS: CCDS34974.1[9] Tento gen je členem lidské sady CCDS: CCDS34974. Expresní profil C8orf33 odhalil, že tento gen byl nadměrně exprimován po expozici lithiu.[10]

C8orf33 (UPF0488) má 31 alternativně sestřižených exonů, které se kombinují ve 13 různých variantách přepisu - varianta X1 je nejdelší a zdá se, že má největší identitu. Sekvenování RNA lidské tkáně UPF0488.

Přepis

UPF0488 má 5 transkriptů variant sestřihu. Z hlediska běžných genových haplotypových alel je frekvence haplotypu 96,3% pro jedno variantní místo. Primární přepis je 3 593 bp, zatímco podobná varianta je 1 666 bp. Sekundární struktura mRNA 3 'a 5' UTR naznačuje různé energie skládání. 5 'UTR oblast obsahuje násobnou energii -21,20 a skládá se z 54 základen, energie základen je -0,393. Oblast 3’UTR obsahuje násobnou energii -646,10, skládající se z 1873 základen - zatímco energie základen je -0,345.[11]

Výraz

Podle analýzy mikročipové tkáňové exprese provedené NCBI GEO má gen C8orf33 průměrné úrovně exprese ve většině tkání kromě štítné žlázy a příštítných tělísek. Exprese se zdá být nízká ve slinivce břišní, tenkém střevě a dalších zažívacích orgánech kromě ledvin, které se zdají relativně vyšší.[11]

Přibližné vzorce výrazu odvozené ze zdrojů EST. Předpokládaný gen kódující bílkoviny potkana Norska. Zastoupeno 30 EST z 20 knihoven cDNA. Reprezentace EST předpjatá vůči plodu. Zdá se, že genová exprese se zvyšuje v kategoriích rezistentních na obezitu

Promotér

Oblast promotoru pro c8orf33 pokrývá 1191 párů bází DNA a obsahuje více než 700 potenciálních vazebných míst pro faktor. Bylo vybráno a ukázáno patnáct transkripčních faktorů s vysoce konzervovanými vazebnými místy napříč promotorovými oblastmi více druhů pro c8orf33 (viz část Anotovaný promotor). CDF1 (Cycling DOF Factor 1) fyzicky interaguje s FKF1, protein CDF1 je stabilnější u mutantů FKF1.[12] Další transkripční faktor, transkripční faktor II B (TFIIB), je obecný transkripční faktor, který se podílí na tvorbě preiniciačního komplexu RNA polymerázy II (PIC).[13]

Protein

Isoelektrický bod proteinu (UPF0488) je 9,16, vzhledem k podrobné analýze izoelektrického bodu podle různých stupnic pro jednotlivé proteiny. Čistý poplatek byl určen pomocí hodnot dostupných z knihy Lehninger's Biochemistry. Prekurzorový protein má molekulovou hmotnost přibližně 24,9925 kDa. To je o něco větší než průměrná hodnota pl 6,81 pro lidský proteom. Obsahuje opakování od 149 do 166 a 167 až 186. Opakování však obsahuje vysoký stupeň degenerace.[14]

UPF0488 je alanin bohatý protein ve srovnání s jinými proteiny a nízký obsah všech ostatních aminokyselin arginin, leucin, a prolin.

Homologie a evoluce

Evoluční linie UPF0488 lze vysledovat stejně vzdálenou jako bezobratlí s rychlostí evoluce vyšší než u fibrinogen.

Graf ukazuje divergenci UPF0488 v dané časové škále ve srovnání s fibrinogenem a cytochromem c. Vyrovnání pomocí SDSC Biology Workbench poskytuje shodu 27,7% Danio rerio. ALIGN vypočítá globální zarovnání dvou sekvencí, čímž získá skóre globálního zarovnání 215.[15]

MRNA UPF0488 má velmi vysokou úroveň degenerace napříč organismy. Sekvence velmi nízké identity s lidskou mRNA lze identifikovat pouze v blízce příbuzných organismech. Protein však měl mnohem vzdálenější příbuzné, včetně několika bezobratlých. Zarovnání proteinů pro Homo Sapien UPF0488 bylo provedeno pomocí San Diego Workbench; tato vyrovnání byla provedena proti několika různým taxonům včetně obratlovců, jako jsou savci, plazi, aves a bezobratlí, jako jsou hmyz. Proteinové sekvence pro UPf0488 jsou velmi vysoce konzervované u blízkých příbuzných homo sapiens, jako je Gorilla Gorilla Gorilla (Gorilla). Podobnost v proteinové sekvenci je nepřímo úměrná divergenci (MYA) (tabulka homologů).

Funkce

Bylo zjištěno, že aktivita C8orf33 je spojena s Receptor spojený s G proteinem signální dráha, interakce neuroaktivní ligand-receptor, vápník signální dráha a regulace aktin cytoskelet. Následující látky interagují s UPF0488: 7,8-dihydro-7,8-dihydroxybenzo (a) pyren 9,10-oxid, benzo (a) pyren, methotrexát, a vitamin E..[16][17]

Patologie

Exprese genu UPF0488 se zvyšuje po léčbě cephaloridin, polosyntetický derivát cefalosporin C. který inhibuje glukoneogenezi jak v cílových (ledvinách), tak v necílových (játrech) orgánech.[12]

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000182307 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000063236 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ „C8orf33 chromozom 8 otevřený čtecí rámec 33 [Homo sapiens]“. Entrez Gene.
  6. ^ Ma C, Chen HI, Flores M, Huang Y, Chen Y (2013). „BRCA-Monet: síťová režimová metoda specifické léčby rakoviny prsu pro efektivní predikci léčby pomocí rozsáhlé databáze microarray“. Biologie systémů BMC. 7 Suppl 5: S5. doi:10.1186 / 1752-0509-7-S5-S5. PMC  4029357. PMID  24564956.
  7. ^ „Protein UPF0488 C8orf33 [Homo sapiens]“. Entrez Protein.
  8. ^ „C8orf33“. Genové karty.
  9. ^ „Gene: C8orf33 ENSG00000182307“. Ensembl. Evropský bioinformatický institut - Evropská laboratoř molekulární biologie.
  10. ^ Aitchison K, Serretti A, Goldman D, Curran S, Drago A, Malhotra AK (2009). „8. výroční zpráva o schůzce o farmakogenetice v psychiatrii“. The Pharmacogenomics Journal. 9 (6): 358–61. doi:10.1038 / tpj.2009.47. PMC  2945913. PMID  19841640.
  11. ^ A b „Tkáň C8orf33“. Atlas lidských bílkovin.
  12. ^ A b Goldstein RS, Smith PF, Tarloff JB, Contardi L, Rush GF, Hook JB (1988). "Biochemické mechanismy nefrotoxicity cephaloridinu". Humanitní vědy. 42 (19): 1809–16. doi:10.1016/0024-3205(88)90018-5. PMID  3285106.
  13. ^ Lewin B (2004). Geny VIII (8. vydání). Horní sedlo, NJ: Pearson / Prentice Hall. str.636 –637. ISBN  978-0-13-143981-8.
  14. ^ "Detekce a zarovnání opakování v proteinových sekvencích". Radar.
  15. ^ Myers EW, Miller W (1988). Msgstr "Optimální zarovnání v lineárním prostoru". Počítačové aplikace v biologických vědách: CABIOS. 4 (1): 11–7. doi:10.1093 / bioinformatika / 4.1.11. PMID  3382986.
  16. ^ „C8ORF33“. Srovnávací databáze toxikogenomiky.
  17. ^ Squassina A, Manchia M, Del Zompo M (2010). „Farmakogenomika stabilizátorů nálady při léčbě bipolární poruchy“. Lidská genomika a proteomika. 2010: 159761. doi:10.4061/2010/159761. PMC  2958627. PMID  20981231.