Transmembránový protein 222 - Transmembrane protein 222
| TMEM222 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | TMEM222, C1orf160, transmembránový protein 222 | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | MGI: 1098568 HomoloGene: 11999 Genové karty: TMEM222 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 1: 27,32 - 27,34 Mb | Chr 4: 133,27 - 133,28 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Transmembránový protein 222 je protein že u lidí je kódován TMEM222 gen.[5][6] Jedním z významných rysů proteinu kódovaného tímto genem je přítomnost tří předpokládaných transmembránový domén.[7] Předpokládá se, že protein TMEM222 se s největší pravděpodobností lokalizuje do sekrečních vezikul.[8]
Genové funkce
TMEM222 má doména neznámé funkce (DUF778).[9] Aliasy tohoto genu zahrnují DKFZP564D0478, RP11-4K3__A.4, C1orf160 a MGC111002.[10] Accession NM_032125.2, nejdelší kódující sekvence (1629 bp), kóduje protein o 208 aminokyselinových zbytcích (23230 Daltonů), který je považován za konsensuální kódující sekvenci (CCDS297.2).[11] Existují dva izoformy proteinu kódovaného tímto genem. Jsou podobné, až na to, že v druhém (Q9H0R3-2) chybí prvních 96 aminokyselinových zbytků, které jsou přítomny v prvním (Q9H0R3-1).[12]
Genový výraz
ACEVIEW označil TMEM222 jako vysoce exprimovaný s 3,8krát větší expresí než průměrný gen v databázi.[13] Existují důkazy o expresi ze 166 tkání, včetně mozku, plic, tlustého střeva, ledvin a placenty.[13]
Homologie
Ortology a vzdálený homology lidské TMEM222 byly identifikovány v celé Eukaryotě, zejména u rostlin a zvířat.[14] V lidském genomu nebyly nalezeny žádné paralogy tohoto genu.[15]
| Rod / druh | Běžné jméno | Přístupové číslo | Délka | Podobnost | Identita |
|---|---|---|---|---|---|
| Rattus norvegicus | Krysa | NP_001107252.1 | 208aa | 99% | 96% |
| Canis familiaris | Pes | XP_852505.1 | 208aa | 98% | 96% |
| Mus musculus | Myš | NP_079943.2 | 208aa | 96% | 95% |
| Sus scrofa | Prase | XP_003127773.1 | 208aa | 97% | 94% |
| Equus caballus | Kůň | XP_001917747.1 | 207aa | 94% | 93% |
| Gallus gallus | Kuře | XP_417729.1 | 182aa | 90% | 85% |
| Danio rerio | Zebrafish | NP_001013334.1 | 174aa | 83% | 71% |
| Anopheles gambiae | Komár | XP_320483.3 | 197aa | 66% | 53% |
| Drosophila melanogaster | Ovocný let | NP_723362.1 | 196aa | 74% | 61% |
| Caenorhabditis elegans | Hlístice | NP_494762.2 | 168aa | 72% | 55% |
| Phytophthora infestans | Pozdní světlo | XP_002902629.1 | 186aa | 59% | 48% |
| Zea mays | Kukuřice | NP_001144071.1 | 233aa | 61% | 44% |
| Oryza sativa | Rýže | NP_001051577.1 | 204aa | 61% | 43% |
| Arabidopsis thaliana | Vysoká řeřicha | NP_190673.1 | 231aa | 55% | 36% |
| Homo sapiens | Člověk | NP_115501.2 | 208 | - | - |
Vzdálený homolog
Vzdálený homolog TMEM222,[14] RTH (RTE1-homolog),[16] je homolog o RTE1 (vnímání reverze na ethylen 1), o kterém je známo, že indukuje konformační změny v ETR1 (ethylenový receptor 1), které vedou k negativní regulace což odpovídá ztrátě vnímání ethylenu.[17]
Interakce s proteiny
Důkazy z kvasinek dvouhybridní screening existuje pro dvě proteinové interakce s tímto genem. Jedním z nich je serinová proteáza (PRSS23 )[18] která byla identifikována jako součást ovulace myší a je vylučována do extracelulární matrice.[19] Druhým proteinem je ab-hydroláza (transkript 5 spojený s HLA-B)[20] která je nedílnou součástí membrány a její odpovídající gen se nachází v blízkém genomu Faktor nekrózy nádorů (TNF) -alfa a TNF-beta.[21]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000186501 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000028857 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge W, Bocher M, Blocker H, Bauersachs S, Blum H, Lauber J, Dusterhoft A, Beyer A, Kohrer K, Strack N, Mewes HW, Ottenwalder B „Obermaier B, Tampe J, Heubner D, Wambutt R, Korn B, Klein M, Poustka A (březen 2001). „Směrem ke katalogu lidských genů a proteinů: sekvenování a analýza 500 nových kompletních proteinů kódujících lidské cDNA“. Genome Res. 11 (3): 422–35. doi:10,1101 / gr. GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
- ^ „Entrez Gene: C1orf160 chromozom 1, otevřený čtecí rámec 160“.
- ^ TMHMM
- ^ k-NN
- ^ NCBI (National Center for Biotechnology information)
- ^ Genové karty
- ^ Uniprot
- ^ Uniprot
- ^ A b ZOBRAZENÍ
- ^ A b Homologen
- ^ VÝBUCH
- ^ „RTH RTE1-homolog [Arabidopsis thaliana (thale cress)] - gen - NCBI“.
- ^ Resnick JS, Wen CK, Shockey JA, Chang C (květen 2006). „CITLIVOST NA REVERZI K ETHYLENU1, konzervovaný gen, který reguluje funkci receptoru ethylenu u Arabidopsis“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 103 (20): 7917–22. doi:10.1073 / pnas.0602239103. PMC 1458508. PMID 16682642.
- ^ Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (září 2005). „Síť interakce lidský protein-protein: zdroj pro anotování proteomu“. Buňka. 122 (6): 957–68. doi:10.1016 / j.cell.2005.08.029. hdl:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID 16169070.
- ^ Miyakoshi K, Murphy MJ, Yeoman RR, Mitra S, Dubay CJ, Hennebold JD (prosinec 2006). „Identifikace nových ovariálních proteáz pomocí genomických a bioinformatických metodik“. Biol. Reprod. 75 (6): 823–35. doi:10.1095 / biolreprod.106.052290. PMID 16870946.
- ^ Lehner B, Semple JI, Brown SE, Counsell D, Campbell RD, Sanderson CM (leden 2004). „Analýza vysoce výkonného kvasinkového dvouhybridního systému a jeho použití k predikci funkce intracelulárních proteinů kódovaných v humánní oblasti MHC třídy III“. Genomika. 83 (1): 153–67. doi:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID 14667819.
- ^ Spies T, Bresnahan M, Strominger JL (listopad 1989). „Hlavní lidský histokompatibilní komplex obsahuje minimálně 19 genů mezi shlukem komplementu a HLA-B“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 86 (22): 8955–8. Bibcode:1989PNAS ... 86.8955S. doi:10.1073 / pnas.86.22.8955. PMC 298409. PMID 2813433.
Další čtení
- Maruyama K, Sugano S (1994). „Oligo-capping: jednoduchá metoda k nahrazení struktury cap eukaryotických mRNA oligoribonukleotidy“. Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K a kol. (1997). "Konstrukce a charakterizace cDNA knihovny obohacené o celou délku a 5'-end". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS ... 9916899M. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Lehner B, Semple JI, Brown SE a kol. (2004). „Analýza vysoce výkonného kvasinkového dvouhybridního systému a jeho použití k predikci funkce intracelulárních proteinů kódovaných v humánní oblasti MHC třídy III“. Genomika. 83 (1): 153–67. doi:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID 14667819.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T a kol. (2004). „Kompletní sekvenování a charakterizace 21 243 lidských cDNA plné délky“. Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038 / ng1285. PMID 14702039.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Mammalian Gene Collection (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Rual JF, Venkatesan K, Hao T a kol. (2005). „Směrem k mapě interakční sítě lidský protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Natur.437.1173R. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514.
- Gregory SG, Barlow KF, McLay KE a kol. (2006). „Sekvence DNA a biologická anotace lidského chromozomu 1“. Příroda. 441 (7091): 315–21. Bibcode:2006 Natur.441..315G. doi:10.1038 / nature04727. PMID 16710414.