Terriglobus roseus - Terriglobus roseus

Terriglobus roseus
Vědecká klasifikace Upravit
Doména:Bakterie
Kmen:Acidobakterie
Třída:Acidobakterie
Objednat:Acidobacteriales
Rodina:Acidobacteriaceae
Rod:Terriglobus
Druh:
T. roseus
Binomické jméno
Terriglobus roseus
Eichorst et al. 2007[1]

Terriglobus roseus je bakterie patřící do pododdílu 1 Acidobakterie kmen a úzce souvisí s rody Granulicella a Edaphobacter.[1] T. roseus byl prvním druhem uznaným v rodu Terriglobus v roce 2007.[2] Tento bakteriální druh je extrémně hojný a rozmanitý v zemědělských půdách. T. roseus je aerobní gramnegativní tyč bez pohyblivosti. Tato bakterie může produkovat extracelulární polymerní látky (EPS) za vzniku biofilmu nebo extracelulární matrice pro ochranu, komunikaci mezi sousedními buňkami atd. Jeho typovým kmenem je KBS 63.[1]

Jak naznačuje jeho název, bakteriální kolonie na pevných médiích produkují růžovou pigmentaci, což naznačuje přítomnost karotenoidů. T. roseus roste nejlépe při pokojové teplotě (23 ° C) v kapalném médiu zvaném R2B, obsahující pepton, kasamino kyseliny, kvasnicový extrakt, glukóza, rozpustný škrob, pyruvát sodný a anorganické soli. Ačkoli T. roseus nachází se v půdě a sedimentech, je velmi obtížné jej kultivovat Acidobakterie v laboratorním nastavení. V současné době neexistuje dostatečné růstové médium, které by to umožňovalo T. roseus růst v půdě. Optimální pH tohoto druhu pro růst je pH 6, avšak tento druh může přežít v kyselých podmínkách již při pH 5.[1]

Ekologie

T. roseus, běžné mezi všemi Acidobakterie, je všudypřítomný v půdním prostředí s nízkou dostupností živin a je relativně široce rozšířen po celé půdě. Jeho vysoká četnost v zemědělských půdách tomu nasvědčuje T. roseus hraje rozhodující roli v koloběhu živin. Schopnost pro T. roseus výroba EPS slouží mnoha možným výhodám pro tuto bakterii a její okolní prostředí. Výroba biofilmů může pomoci chránit T. roseus a další organismy obývající extracelulární matrix, shromažďují vodu a živiny pro snadnější přístup a mohly by potenciálně hrát roli při tvorbě agregátů půdy, což by umožňovalo větší tok vody a vzduchu komunitou biofilmu.[1]

Metabolismus

T. roseus je aerobní bakterie, která je kataláza pozitivní a oxidáza negativní. Ačkoli jsou tyto bakterie aerobní, T. roseus je schopen přežít při atmosférických koncentracích pouhých 2% kyslíku. Tyto bakterie jsou chemo-organotrofy, což znamená, že vytvářejí energii oxidací organická hmota, což je činí univerzálními z hlediska výroby energie. T. roseus bylo zjištěno, že oxiduje glukóza, fruktóza, galaktóza, manóza, xylóza, sacharóza, sladový cukr, arabinóza, celobióza a mnoho dalších organických sloučenin. Nicméně, T. roseus není schopen využít mannitol, karboxymethylcelulóza, octan sodný, pyruvát sodný nebo monomery lignin sloučeniny.[1]

V laboratorní kultuře T. roseus prokázal nárůst růstu korelující s několika faktory, včetně zvýšené hladiny oxidu uhličitého, snížené dostupnosti živin a zdrojů uhlíku a dalších polymerních substrátů k vyvolání růstu a aktivity enzymů, jako je xylan a chitosan. T. roseus má pomalou rychlost růstu, což naznačuje, že tyto bakterie jsou oligotrofní mikroorganismy.[1]

Genomické rysy

Genom T. roseus je téměř 5,25 milionu párů bází s 60% obsahem GC. Jeho genom má zajímavě vysoké procento opakujících se sekvencí na 18% veškeré DNA.[3] T. roseus má dvě kopie své 16S ribozomální RNA, což je důkazem toho T. roseus je oligotrofní, kromě své pomalé rychlosti růstu a nízkých zdrojů živin.[1] Předchozí výzkum ukázal korelaci mezi počtem kopií 16S rRNA a relativní metabolismus organismu.[4] Nízký počet kopií 16S rRNA v T. roseus podporuje pomalý růst bakterií.[1]

I když došlo k nárůstu prováděného výzkumu Acidobakterieje stále zapotřebí dalšího výzkumu, abychom lépe porozuměli tomu, jak tyto bakterie T. roseus zejména přispívat k životnímu prostředí kolem nich.

Reference

  1. ^ A b C d E F G h i Eichorst, S.A., Breznak, J.A. a Schmidt, T.M. „Izolace a charakterizace půdních bakterií, které definují Terriglobus gen. nov., v kmeni Acidobacteria. "Appl. Environ. Microbiol. (2007) 73: 2708-2717
  2. ^ "Kompletní genomová sekvence Terriglobus saanensis Typ Strain SP1PR4 T, Acidobakterie z půdy Tundra. “
  3. ^ „Data další generace definované mikrobiální falešné komunity.“
  4. ^ Počet kopií operonu rRNA odráží ekologické strategie bakterií

1. Eichorst, Stephanie A., John A. Breznak a Thomas M. Schmidt. „Izolace a charakterizace půdních bakterií, které definují Terriglobus Gen. Nov., in the Phylum Acidobacteria. “Applied and Environmental Microbiology. American Society for Microbiology, 15. dubna 2007. Web. 11. prosince 2018.

2. ^ Suman R. Rawat, Minna K.Männistö, Valentin Starovoytov, Lynne Goodwin, Matt Nolan, Lauren Hauser, Miriam Land, Karen Walston Davenport, Tanja Woyke a Max M. Häggblom. "Kompletní genomová sekvence Terriglobus saanensis Type Strain SP1PR4 T, an Acidobacteria from Tundra Soil. “Standards in Genomic Sciences. BioMed Central, 10. října 2012. Web. 11. prosince 2018.

3. Zpěvák, Esther, Bill Andreopoulos, Robert M. Bowers, Janey Lee, Shweta Deshpande, Jennifer Chiniquy, Doina Ciobanu, Hans-Peter Klenk, Matthew Zane, Christopher Daum, Alicia Clum, Jan-Fang Cheng, Alex Copeland a Tanja Woyke. „Data další generace definované mikrobiální falešné komunity.“ Zprávy o přírodě. Nature Publishing Group, 27. září 2016. Web. 11. prosince 2018.

4. Klappenbach, J. A., J. M. Dunbar a T. M. Schmidt. 2000. Počet kopií operonu rRNA odráží ekologické strategie bakterií. Appl. Environ. Mikrobiol. 66: 1328–1333.