TMEM176B - TMEM176B - Wikipedia

TMEM176B
Identifikátory
AliasyTMEM176B, LR8, MS4B2, transmembránový protein 176B
Externí IDOMIM: 610385 MGI: 1916348 HomoloGene: 8521 Genové karty: TMEM176B
Umístění genu (člověk)
Chromozom 7 (lidský)
Chr.Chromozom 7 (lidský)[1]
Chromozom 7 (lidský)
Genomické umístění pro TMEM176B
Genomické umístění pro TMEM176B
Kapela7q36.1Start150,791,285 bp[1]
Konec150,801,360 bp[1]
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

28959

65963

Ensembl

ENSG00000106565

ENSMUSG00000029810

UniProt

Q3YBM2

Q9R1Q6

RefSeq (mRNA)
RefSeq (protein)
Místo (UCSC)Chr 7: 150,79 - 150,8 MbChr 6: 48,83 - 48,84 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

Transmembránový protein 176Bnebo TMEM176B je transmembránový protein, který je u lidí kódován genem TMEM176B. Předpokládá se, že hraje roli v procesu zrání dendritických buněk.[5]

Gen

Umístění

TMEM176B je také známý jako LR8 a MS4B2.[6] Gen se nachází na minusovém konci Chromozom 7, na dlouhé paži v poloze 7q36.1.[7] Výchozí pozice genu je na 150 791 287 a jde na 150 801 360. Má 10 074 párů bází a má celkem 11 exonů.[8]

Gen

TMEM176A a LOC105375566 je sousedem TMEM176B.[9][10]

Výraz

Tento gen je nejvíce exprimován v játra s ledviny je druhou nejvíce exprimovanou tkání.[6]

Tento obrázek ukazuje úroveň exprese TMEM176B v různých tkáních v celém těle. [1]

Varianty přepisu

Existují 3 izoformy (A, B, C) tohoto genu s variantami izoformy A a C. Isoforma A varianta 1 má 1444 nukleotidů, které kódují 270 aminokyselin. Existuje 17 alternativně sestřižených variant s 1 nesestřílenou variantou přepisu.[11]

Homologie

Paralogy

Jeden je paralog TMEM176B, což je TMEM176A.[12]

Ortology

Toto je nezakořeněný fylogenetický strom založený na tabulce ortologů. Černá skupina jsou ryby, červená skupina Carnivora, modrá skupina je Artiodactyla a Sirenia, zelená skupina je Rodentia a oranžová skupina je Primáti

Níže je tabulka ortology TMEM176B zahrnují blízké a poněkud vzdálené ortology.

Běžné jménoPřístupové čísloDélka sekvenceIdentita sekvenceSekvenční podobnost
ČlověkNP_054739.3270100100
BonoboXP_008966185.12869998
Ugandský červený ColobusXP_023081229.12689192
Malý ušatý GalagoXP_003792108.12686877
Sunda Flying LemurXP_008564209.12717180
House MouseNP_001273581.12635366
Myš RyukyuXP_021020106.12655367
Kůň PřevalskéhoXP_008506799.12707080
GepardXP_026907001.12716877
Vodní buvolXP_006049155.12656676
Wild YakXP_005908946.12656575
Spermie velrybaXP_028345261.12666573
Zabijácká velrybaXP_012392713.12656473
Pacifik mrožXP_004408899.12716475
Obrovská PandaXP_019651134.12716879
Červená LiškaXP_025849593.12736373
Západoindický kapustňákXP_004372786.12716676
KoalaXP_020833594.12684662
Asijská ArowanaXP_018595194.12523847
Štika obecnáXP_010904195.42512646

Existuje asi 125 ortologů genu od primátů po myši a po určité druhy ryb.[13]

Homology

Mezi homology tohoto genu patří šimpanz, Rhesus opice, pes, kráva, myš a krysa.[14]

Protein

Model sekundární struktury TMEM176B. Tato struktura je membránový protein a je to napěťově závislý vápníkový kanál gama-8.

Molekulární hmotnost TMEM176B je 29,1 kilodaltonů (kdal). Protein je bohatý na valin a chudý v kyselina asparagová.[15] V izoformě TMEM176B a jsou 4 transmembránové oblasti.[16] Existuje doména CD20 od 198 do 687.[17]

Domény

Rodina podobná CD20 zahrnuje gen CD20, ale je součástí rodiny pfam04103, která je součástí nadčeledi cl04401. Tato specifická oblast domény je 489 bp.[18]

Sekundární struktura

TMEM176B se skládá z alfa helixů, beta řetězců a TM helixů. Alpha helices tvoří většinu sekundární struktury následované helixy TM.[19]

Subcelulární lokalizace

Je lokalizován hlavně na Golgiho aparátu, ale je navíc lokalizován na plazmatické membráně a nukleoplazmě.[20]

Interakce protein-protein

Protein interaguje nejčastěji s TMEM176A. Také interaguje s TMEM47 a CPXM1 (karboxypeptidáza 1), ale na nižších úrovních.[21]

Schéma TMEM176B interagujících proteinů.

Nařízení

Gen

V TMEM176B je 11 promotorů. Oblast promotoru před izoformou a je 1101 bp a pokrývá 150 799 077 - 150 800 177.[22]

Protein

V izoformě TMEM176B a jsou 4 fosforylační místa.[23]

Klinický význam

Tam byl výzkum, který naznačuje, že TMEM176B je spojen s rakovinou, když se hromadí abnormální gen.[24]

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000106565 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000029810 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ Picotto G, Morse L, Nguyen N, Saltzman J, Battaglino R (červenec 2019). „TMEM176A a TMEM176B jsou kandidátními regulátory inhibice zrání a funkce dendritických buněk po chronickém poranění míchy“. Journal of Neurotrauma. 37 (3): 528–533. doi:10.1089 / neu.2019.6498. PMC  6978786. PMID  31354034.
  6. ^ A b Přístupové číslo univerzálního zdroje bílkovin Q3YBM2 pro „transmembránový protein 176B“ při UniProt.
  7. ^ „Transmembránový protein TMEM176B 176B [Homo Sapiens (člověk)] - gen - NCBI“. Ncbi.Nlm.Nih.Gov, 2019, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene?cmd=Retrieve&dopt=full_report&list_uids=28959.
  8. ^ „Homo Sapiens Chromosome 7, Grch38.P13 Primary Assembly - Nucleotide - NCBI“. Ncbi.Nlm.Nih.Gov, 2019, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000007.14?report=fasta&from=150791287&to=150801360&strand=true.
  9. ^ "Integrovaná mapa Geneloc pro chromozom 7: Výsledky hledání". Genecards.Weizmann.Ac.Il, 2019, https://genecards.weizmann.ac.il/geneloc-bin/display_map.pl?chr_nr=7&range_type=gc_id&gc_id=GC07M150791#GC07M150791.
  10. ^ Genecards.Org, 2019, https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=LOC105375566.
  11. ^ Danielle Thierry-Mieg a Jean Thierry-Mieg, [email protected]. „Aceview: Geneid: TMEM176B, komplexní anotace lidských, myších a červových genů s Mrnas nebo Estsaceview.“. Ncbi.Nlm.Nih.Gov, 2019, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/Research/Acembly/av.cgi?c=geneid&org=9606&l=28959.
  12. ^ „Gene: TMEM176A (ENSG00000002933) - Paralogy - Homo Sapiens - Ensembl Genome Browser 97“. Useast.Ensembl.Org, 2019, http://useast.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Compara_Paralog?g=ENSG00000002933;r=7:150800403-150805118.
  13. ^ "TMEM176B ortology". NCBI, 2019, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/28959/ortholog/?scope=117570.
  14. ^ Homologene - NCBI ". Ncbi.Nlm.Nih.Gov, 2019, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene/8521.
  15. ^ "Výsledky SAPS". Ebi.Ac.Uk, 2019, https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/web/toolresult.ebi?jobId=saps-I20190730-112615-0877-10414538-p2m.
  16. ^ 2019, https://psort.hgc.jp/cgi-bin/runpsort.pl. Přístupné 4. srpna 2019.
  17. ^ "Transmembránový protein 176B izoforma A [Homo Sapiens] - protein - NCBI". Ncbi.Nlm.Nih.Gov, 2019, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_054739.3.
  18. ^ "Rodina domén chráněných proteinů CDD: CD20". Ncbi.Nlm.Nih.Gov, 2019, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=309291.
  19. ^ Msgstr "Výsledky Phyre 2 pro nedefinované". Sbg.Bio.Ic.Ac.Uk, 2019, http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/phyre2_output/607daef47ac621bf/summary.html.
  20. ^ "Atlas buněk - TMEM176B - Atlas lidských proteinů". Proteinatlas.Org, 2019, http://www.proteinatlas.org/ENSG00000106565-TMEM176B/cell.
  21. ^ "TMEM176B Protein (Human) - STRING Interaction Network". String-Db.Org, 2019, https://string-db.org/cgi/network.pl?taskId=YtRoRnnnUnu6.
  22. ^ "Genomatix". Genomatix.De, 2019, https://www.genomatix.de/cgi-bin/eldorado/eldorado.pl?s=31f15c28bad5fbc98bd01817d3f6f82f;SHOW_ANNOTATION=result_1;ELDORADO_VERSION=E34R1811.
  23. ^ Transmembránový protein 176B Isoform A [Homo Sapiens] - Protein - NCBI ". Ncbi.Nlm.Nih.Gov, 2019, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_054739.3.
  24. ^ Cuajungco MP, Podevin W, Valluri VK, Bui Q, Nguyen VH, Taylor K (listopad 2012). „Abnormální akumulace lidských transmembránových (TMEM) -176A a 176B proteinů je spojena s rakovinovou patologií“. Acta Histochemica. 114 (7): 705–12. doi:10.1016 / j.acthis.2011.12.006. PMC  5419829. PMID  22244448.