Riboswitch SMK box - SMK box riboswitch

SMK box translační riboswitch
SMK riboswitch structure.jpg
Reprezentace S.MK box translační riboswitch sekundární struktura včetně barevného schématu, které označuje stupeň zachování sekvence.
Identifikátory
SymbolSMK_box_riboswitch
Alt. SymbolySAM-III, SMK
RfamRF01767
Další údaje
RNA typRiboswitch
DoményFirmicutes
PDB strukturPDBe 3e5f 3e5e 3e5c
3D reprezentace S.MKstruktura riboswitche.[1]

The SMKkrabicový riboswitch (také známý jako SAM-III) je a RNA element který reguluje genovou expresi v bakteriích.[2][3] SMK krabice riboswitch se nachází v 5 'UTR genu MetK v bakterie mléčného kvašení. Struktura tohoto prvku se mění po navázání na S-adenosylmethionin (SAM) na konformaci, která blokuje sekvence shine-dalgarno a blokuje translaci genu.

Existují i ​​další známé riboswitche vázající SAM, jako např SAM-I a SAM-II, ale zdá se, že nemají žádnou podobnost v sekvenci ani struktuře se SAM-III.

Struktura

Krystalová struktura riboswitche z E. faecalis byl vyřešen Rentgenová krystalografie. Struktura ukázala, že nejvíce konzervované nukleotidy se podílejí na SAM vazby byly organizovány kolem křižovatky mezi třemi šroubovicemi.[1] U některých druhů jsou v této struktuře velké inzerce až 210 nukleotidů.

Viz také

Reference

  1. ^ A b Lu C, Smith AM, Fuchs RT, Ding F, Rajashankar K, Henkin TM, Ke A (2008). „Krystalové struktury riboswitche SAM-III / S (MK) odhalují mechanismus inhibice translace závislý na SAM“. Nat Struct Mol Biol. 15 (10): 1076–1083. doi:10.1038 / nsmb.1494. PMC  3467307. PMID  18806797.
  2. ^ Fuchs RT, Grundy FJ, Henkin TM (2006). „Box S (MK) je nová RNA vázající SAM pro translační regulaci SAM syntetázy“. Nat. Struct. Mol. Biol. 13 (3): 226–233. doi:10.1038 / nsmb1059. PMID  16491091.
  3. ^ Fuchs RT, Grundy FJ, Henkin TM (2007). „S-adenosylmethionin přímo inhibuje vazbu 30S ribozomálních podjednotek na translační riboswitchovou RNA SMK box“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 104 (12): 4876–4880. doi:10.1073 / pnas.0609956104. PMC  1829232. PMID  17360376.

externí odkazy