Riboswitch SAM-II - SAM-II riboswitch

SAM riboswitch (alfa-proteobakterie)
RF00521.jpg
Předpovězeno sekundární struktura a zachování sekvence SAM_alpha
Identifikátory
SymbolSAM_alpha
RfamRF00521
Další údaje
RNA typCis-reg; riboswitch
DoményBakterie
JÍTGO termín musí začínat GO:
TAKSO: 0000035
PDB strukturPDBe

The SAM-II riboswitch je RNA element nachází se převážně v alfa-proteobakterie který se váže S-adenosyl methionin (SAM).[1] Jeho struktura a pořadí se jeví jako nesouvisející s SAM riboswitch nalezen v Grampozitivní bakterie. Tento riboswitch SAM je umístěn před geny metA a metC Agrobacterium tumefaciens, a další methionin a geny pro biosyntézu SAM v jiných alfa-proteobakteriích. Stejně jako ostatní riboswitche SAM pravděpodobně funguje vypnout expresi těchto genů v reakci na zvýšené úrovně SAM. Významná varianta riboswitche SAM-II byla nalezena v Pelagibacter všudypřítomný a související námořní bakterie a zavolal SAM-V.[2] Stejně jako mnoho strukturovaných RNA mohou riboswitche SAM-II tolerovat dlouhé smyčky mezi stonky.[3]

Struktura

Riboswitch SAM-II je krátký s méně než 70 nukleotidy a je strukturálně relativně jednoduchá složená z jediného sponka do vlasů a a pseudoknot.

Viz také

Reference

  1. ^ Corbino KA, Barrick JE, Lim J a kol. (2005). „Důkazy pro druhou třídu S-adenosylmethioninových riboswitchů a dalších regulačních RNA motivů v alfa-proteobakteriích“. Genome Biol. 6 (8): R70. doi:10.1186 / gb-2005-6-8-r70. PMC  1273637. PMID  16086852.
  2. ^ Poiata E, Meyer MM, Ames TD, Breaker RR (listopad 2009). „Variantní třída aptameru riboswitche pro S-adenosylmethionin běžná v mořských bakteriích“. RNA. 15 (11): 2046–2056. doi:10.1261 / rna.1824209. PMC  2764483. PMID  19776155.
  3. ^ Weinberg Z, Wang JX, Bogue J a kol. (Březen 2010). „Srovnávací genomika odhaluje 104 kandidátských strukturovaných RNA z bakterií, archea a jejich metagenomů“. Genome Biol. 11 (3): R31. doi:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. PMC  2864571. PMID  20230605.

externí odkazy