SAH riboswitch - SAH riboswitch

Riboswitch S-adenosyl-L-homocysteinu
SAH riboswitch sekundární struktura.jpg
Předpovězeno sekundární struktura a zachování sekvence SAH_riboswitch
Identifikátory
SymbolSAH_riboswitch
RfamRF01057
Další údaje
RNA typCis-reg; riboswitch
DoményBakterie
TAKSO: 0005836
PDB strukturPDBe

Riboswitche SAH jsou jakési riboswitch které se vážou S-adenosylhomocystein (SAH).[1] Když koenzym S-adenosylmethionin (SAM) se používá v a methylace reakce, vzniká SAH. Riboswitche SAH typicky up-regulují geny zapojené do recyklace SAH, aby vytvořily více SAM (nebo metabolicky související methionin ). To je zvláště důležité pro buňky, protože vysoké hladiny SAH mohou být toxické.[2] Původně identifikován bioinformatikou,[3] Riboswitche SAH jsou patrné u mnoha druhů bakterie, převážně jistý Proteobakterie a Aktinobakterie. Atomové rozlišení 3-dimenzionální struktura an SAH riboswitch byl vyřešen pomocí rentgenové krystalografie.[4]

Konsensuální sekundární struktura riboswitchů SAH. Rozložení je podobné tomu, které se používá v publikovaném zobrazení.[1] Tři páry bází v této sekundární struktuře byly nesprávně předpovězeny, zatímco další pár bází chybí, jak odhalila terciární struktura s atomovým rozlišením.[4]

Reference

  1. ^ A b Wang JX, Lee ER, Morales DR, Lim J, Breaker RR (2008). „Riboswitche, které snímají S-adenosylhomocystein a aktivují geny podílející se na recyklaci koenzymu“. Mol. Buňka. 29 (6): 691–702. doi:10.1016 / j.molcel.2008.01.012. PMC  2712820. PMID  18374645.
  2. ^ Ueland PM (1982). "Farmakologické a biochemické aspekty S-adenosylhomocysteinu a S-adenosylhomocysteinu hydrolázy". Pharmacol. Rev. 34 (3): 223–253. PMID  6760211.
  3. ^ Weinberg Z, Barrick JE, Yao Z a kol. (2007). „Identifikace 22 kandidátských strukturovaných RNA v bakteriích pomocí komparativního genomického potrubí CMfinder“. Nucleic Acids Res. 35 (14): 4809–4819. doi:10.1093 / nar / gkm487. PMC  1950547. PMID  17621584.
  4. ^ A b Edwards AL, Reyes FE, Héroux A, Batey RT (září 2010). „Strukturální základna pro rozpoznání S-adenosylhomocysteinu riboswitchi“. RNA. 16 (11): 2144–2155. doi:10,1261 / rna.2341610. PMC  2957054. PMID  20864509.

externí odkazy