SMG6 - SMG6 - Wikipedia

SMG6
Protein SMG6 PDB 2dok.png
Dostupné struktury
PDBHledání ortologu: PDBe RCSB
Identifikátory
AliasySMG6, C17orf31, EST1A, SMG-6, hSMG5 / 7a, nesmysl zprostředkovaný faktor rozpadu mRNA, faktor SMG6 nesmysl zprostředkovaný faktor rozpadu
Externí IDOMIM: 610963 MGI: 2144117 HomoloGene: 23024 Genové karty: SMG6
Umístění genu (člověk)
Chromozom 17 (lidský)
Chr.Chromozom 17 (lidský)[1]
Chromozom 17 (lidský)
Genomické umístění pro SMG6
Genomické umístění pro SMG6
Kapela17p13.3Start2,059,839 bp[1]
Konec2,303,785 bp[1]
Exprese RNA vzor
PBB GE SMG6 214940 s na fs.png
Další údaje o referenčních výrazech
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

23293

103677

Ensembl

ENSG00000070366

ENSMUSG00000038290

UniProt

Q86US8

P61406

RefSeq (mRNA)

NM_001170957
NM_001256827
NM_001256828
NM_001282326
NM_017575

NM_001002764

RefSeq (protein)

NP_001243756
NP_001243757
NP_001269255
NP_060045

NP_001002764

Místo (UCSC)Chr 17: 2,06 - 2,3 MbChr 11: 74,93 - 75,16 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

Protein vázající na telomerázu EST1A je enzym že u lidí je kódován SMG6 gen na chromozom 17.[5][6][7] Je všudypřítomně exprimován v mnoha tkáních a typech buněk.[8] C-konec proteinu EST1A obsahuje a PilT N-koncová (PIN) doména. Tuto strukturu pro tuto doménu určil Rentgenová krystalografie.[9] Funkce SMG6 k vazbě jednořetězcová DNA v telomer údržba a jednovláknová RNA v nesmyslem zprostředkovaný rozpad mRNA (NMD).[10][11] The SMG6 gen také obsahuje jeden z 27 SNP spojené se zvýšeným rizikem ischemická choroba srdeční.[12]

Struktura

Gen

The SMG6 Gen leží na chromozomu 17 v pásmu 17p13.3 a obsahuje 30 exony.[13] Tento gen produkuje 3 izoformy přes alternativní sestřih.[14]

Protein

SMG6 je jedním ze tří lidí homology pro Est1p nalezen v Saccharomyces cerevisiae. Obsahuje PIN doménu, která je charakteristická pro proteiny s ribonukleáza aktivita.[15] Doména PIN tvoří strukturu skládání alfa / beta, která je podobná struktuře nalezené na 5 ' nukleázy.[16] V doméně PIN je kanonická triáda kyselé zbytky který štěpí jednovláknovou RNA.[17] SMG6 také sdílí a fosfoserin -vázací doména podobná té v 14–3–3 bílkoviny s dalšími dvěma homology, SMG5 a SMG7. Tato doména podobná 14–3–3 a C-koncová spirálová vlásenková doména se sedmi α-šroubovicemi naskládanými kolmo na doménu podobnou 14–3–3 společně tvoří monomerní tetratrikopeptidovou oblast (TPR). Rozdíly v orientaci a specifických zbytcích v TPR mezi SMG6 a jeho homology mohou vysvětlovat, proč SMG6 netvoří komplex s SMG5 a SMG7 při náboru UPF1.[18]

Funkce

SMG6 je obecně exprimován ve všech lidských tkáních. Má duální funkce v telomer údržba a RNA cesty dozoru. SMG6 váže jednovláknovou telomerovou DNA a spolupracuje s ní telomeráza reverzní transkriptáza k prodloužení telomer.[6] Nadměrná exprese SMG6 indukuje anafázové můstky v důsledku fúzí na konci chromozomu a ovlivňuje tak omezení telomer, které může přímo vyvolat apoptotickou reakci.[19][5] SMG6 funguje také jako endonukleáza v NMD cesta. Katalytická aktivita SMG6 spočívá v jeho PIN doména, který je nutný pro degradaci kodony předčasného ukončení překladu (PTC) obsahující mRNA v lidských buňkách.[20] SMG6 štěpí mRNA poblíž předčasných kodonů translokace a ukončení a vyžaduje UPF1 a SMG1 snížit hladiny reportérové ​​mRNA.[21]

Klinický význam

U lidí byly identifikovány vybrané genomové oblasti na základě 150 SNP v a genomová asociační studie (GWAS) na ischemickou chorobu srdeční. V souladu s tím byla zkoumána souvislost mezi nedávným kouřením a místy CpG uvnitř a v blízkosti těchto genů souvisejících s onemocněním koronárních tepen u 724 kavkazský subjekty z Rotterdamské studie. Identifikovaný methylace Lokality byly nalezeny v SMG6 společně s jinými geny a několik z těchto lokalit vykazovalo nižší methylaci u subjektů, které v současnosti kouří, ve srovnání s nikdy nekouří.[22]

Klinický marker

Studie multi-lokusového skóre genetického rizika založená na kombinaci 27 lokusů, včetně genu SMG6, identifikovala jedince se zvýšeným rizikem jak příhodných, tak opakovaných příhod onemocnění ischemické choroby srdeční, stejně jako zvýšený klinický přínos léčby statiny. Studie byla založena na komunitní kohortní studii (Malmova dieta a rakovina) a čtyřech dalších randomizovaných kontrolovaných studiích kohort primární prevence (JUPITER a ASCOT) a kohort sekundární prevence (CARE a PROVE IT-TIMI 22).[12]

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000070366 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000038290 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ A b Reichenbach P, Höss M, Azzalin CM, Nabholz M, Bucher P, Lingner J (duben 2003). "Lidský homolog kvasinek Est1 se asociuje s telomerázou a uvolňuje konce chromozomů, když je nadměrně exprimován". Aktuální biologie. 13 (7): 568–74. doi:10.1016 / S0960-9822 (03) 00173-8. PMID  12676087. S2CID  14423276.
  6. ^ A b Snow BE, Erdmann N, Cruickshank J, Goldman H, Gill RM, Robinson MO, Harrington L (duben 2003). "Funkční zachování telomerázového proteinu Est1p u lidí". Aktuální biologie. 13 (8): 698–704. doi:10.1016 / S0960-9822 (03) 00210-0. PMID  12699629. S2CID  6685276.
  7. ^ „Entrez Gene: SMG6 Smg-6 homolog, nesmysl zprostředkovaný faktor rozpadu mRNA (C. elegans)“.
  8. ^ „BioGPS - váš systém genového portálu“. biogps.org. Citováno 2016-10-12.
  9. ^ Takeshita D, Zenno S, Lee WC, Saigo K, Tanokura M (červenec 2006). „Krystalizace a předběžná rentgenová analýza PIN domény lidské EST1A“. Acta Crystallographica oddíl F. 62 (Pt 7): 656–8. doi:10.1107 / S1744309106020057. PMC  2242961. PMID  16820686.
  10. ^ Snow BE, Erdmann N, Cruickshank J, Goldman H, Gill RM, Robinson MO, Harrington L (duben 2003). "Funkční ochrana telomerázového proteinu Est1p u lidí". Aktuální biologie. 13 (8): 698–704. doi:10.1016 / s0960-9822 (03) 00210-0. PMID  12699629. S2CID  6685276.
  11. ^ Huntzinger E, Kashima I, Fauser M, Saulière J, Izaurralde E (prosinec 2008). „SMG6 je katalytická endonukleáza, která štěpí mRNA obsahující nesmyslné kodony v metazoanu“. RNA. 14 (12): 2609–17. doi:10.1261 / rna.1386208. PMC  2590965. PMID  18974281.
  12. ^ A b Mega JL, Stitziel NO, Smith JG, Chasman DI, Caulfield MJ, Devlin JJ, Nordio F, Hyde CL, Cannon CP, Sacks FM, Poulter NR, Sever PS, Ridker PM, Braunwald E, Melander O, Kathiresan S, Sabatine MS (Červen 2015). „Genetické riziko, příhody ischemické choroby srdeční a klinický přínos léčby statiny: analýza studií primární a sekundární prevence“. Lanceta. 385 (9984): 2264–71. doi:10.1016 / S0140-6736 (14) 61730-X. PMC  4608367. PMID  25748612.
  13. ^ „SMG6 SMG6, nesmysl zprostředkovaný faktor rozpadu mRNA [Homo sapiens (člověk)] - gen - NCBI“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2016-10-12.
  14. ^ „SMG6 - protein vázající na telomerázu EST1A - Homo sapiens (člověk) - gen a protein SMG6“. www.uniprot.org. Citováno 2016-10-12.
  15. ^ Glavan F, Behm-Ansmant I, Izaurralde E, Conti E (listopad 2006). „Struktury PIN domén SMG6 a SMG5 odhalují nukleázu v komplexu dohledu mRNA“. Časopis EMBO. 25 (21): 5117–25. doi:10.1038 / sj.emboj.7601377. PMC  1630413. PMID  17053788.
  16. ^ Takeshita D, Zenno S, Lee WC, Saigo K, Tanokura M (září 2007). "Krystalová struktura PIN domény lidského proteinu EST1A spojeného s telomerázou". Proteiny. 68 (4): 980–9. doi:10,1002 / prot.21351. PMID  17557331.
  17. ^ Huntzinger E, Kashima I, Fauser M, Saulière J, Izaurralde E (prosinec 2008). „SMG6 je katalytická endonukleáza, která štěpí mRNA obsahující nesmyslné kodony v metazoanu“. RNA. 14 (12): 2609–17. doi:10.1261 / rna.1386208. PMC  2590965. PMID  18974281.
  18. ^ Chakrabarti S, Bonneau F, Schüssler S, Eppinger E, Conti E (srpen 2014). „Fosfo-závislé a fosfo-nezávislé interakce helikázy UPF1 s NMD faktory SMG5-SMG7 a SMG6“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (14): 9447–60. doi:10.1093 / nar / gku578. PMC  4132714. PMID  25013172.
  19. ^ Karlseder J, brokolice D, Dai Y, Hardy S, de Lange T (únor 1999). „Apoptóza závislá na p53 a ATM indukovaná telomery bez TRF2“. Věda. 283 (5406): 1321–5. doi:10.1126 / science.283.5406.1321. PMID  10037601.
  20. ^ Huntzinger E, Kashima I, Fauser M, Saulière J, Izaurralde E (prosinec 2008). „SMG6 je katalytická endonukleáza, která štěpí mRNA obsahující nesmyslné kodony v metazoanu“. RNA. 14 (12): 2609–17. doi:10.1261 / rna.1386208. PMC  2590965. PMID  18974281.
  21. ^ Nicholson P, Josi C, Kurosawa H, Yamashita A, Mühlemann O (srpen 2014). „Nová interakce nezávislá na fosforylaci mezi SMG6 a UPF1 je pro lidskou NMD nezbytná“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (14): 9217–35. doi:10.1093 / nar / gku645. PMC  4132754. PMID  25053839.
  22. ^ Steenaard RV, Ligthart S, Stolk L, Peters MJ, van Meurs JB, Uitterlinden AG, Hofman A, Franco OH, Dehghan A (2015-01-01). „Kouření tabáku je spojeno s methylací genů souvisejících s onemocněním věnčitých tepen“. Klinická epigenetika. 7: 54. doi:10.1186 / s13148-015-0088-r. PMC  4443552. PMID  26015811.

Další čtení