UPF1 - UPF1
Regulátor nesmyslných přepisů 1 je protein že u lidí je kódován UPF1 gen.[5][6]
Funkce
Tento gen kóduje protein, který je součástí post-sestřihového multiproteinového komplexu, komplex exonových spojů, podílející se na obou mRNA jaderný vývoz a mRNA dohled. Sledování mRNA detekuje exportované mRNA pomocí zkrácených otevřených čtecích rámců a iniciuje nesmyslem zprostředkovaný rozpad mRNA (NMD). Když translace končí upstream od posledního spojení exon-exon, spustí se tím NMD k degradaci mRNA obsahujících předčasné stop kodony. Tento protein se nachází v obou cytoplazma a jádro buňky.[7] Když translace končí, interaguje s proteinem, který je funkčním homologem kvasinkové Upf2p, aby spustil dekapování mRNA. U tohoto genu bylo zaznamenáno použití více polyadenylačních míst.[8]
Interakce
Bylo prokázáno, že UPF1 komunikovat s:
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000005007 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000058301 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ Perlick HA, Medghalchi SM, Spencer FA, Kendzior RJ Jr., Dietz HC (listopad 1996). "Savčí ortology kvasinkového regulátoru nesmyslné stability transkriptu". Proc Natl Acad Sci U S A. 93 (20): 10928–32. doi:10.1073 / pnas.93.20.10928. PMC 38260. PMID 8855285.
- ^ Applequist SE, Selg M, Raman C, Jack HM (březen 1997). „Klonování a charakterizace HUPF1, lidského homologu nesmyslného proteinu UPF1 snižujícího mRNA Saccharomyces cerevisiae“. Nucleic Acids Res. 25 (4): 814–21. doi:10.1093 / nar / 25.4.814. PMC 146496. PMID 9064659.
- ^ Singh AK, Choudhury SR, De S, Zhang J, Kissane S, Dwivedi V, et al. (Březen 2019). Singer RH, Manley JL (eds.). „RNA helikáza UPF1 se asociuje s mRNA ko-transkripčně a je nutná pro uvolňování mRNA z lokusů genů“. eLife. 8: e41444. doi:10,7554 / eLife.41444. PMID 30907728.
- ^ "Entrez Gene: UPF1 UPF1 regulátor nesmyslných transkriptů homologů (kvasinek)".
- ^ A b Lykke-Andersen J (2002). "Identifikace lidského dekapírovacího komplexu spojeného s hUpf proteiny v nesmyslem zprostředkovaném rozpadu". Mol. Buňka. Biol. 22 (23): 8114–21. doi:10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002. PMC 134073. PMID 12417715.
- ^ A b C Lejeune F, Li X, Maquat LE (2003). „Nonsense zprostředkovaný rozpad mRNA v buňkách savců zahrnuje dekapování, deadenylaci a exonukleolytické aktivity“. Mol. Buňka. 12 (3): 675–87. doi:10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6. PMID 14527413.
- ^ A b C Yamashita A, Ohnishi T, Kashima I, Taya Y, Ohno S (2001). „Lidský SMG-1, nová proteinová kináza související s fosfatidylinositol 3-kinázou, se asociuje se složkami komplexu dohledu mRNA a podílí se na regulaci nesmyslem zprostředkovaného rozpadu mRNA.“. Genes Dev. 15 (17): 2215–28. doi:10,1101 / gad. 913001. PMC 312771. PMID 11544179.
- ^ A b C Schell T, Köcher T, Wilm M, Seraphin B, Kulozik AE, Hentze MW (2003). „Komplexy mezi nesmyslem zprostředkovaným faktorem mRNA rozpadové dráhy lidského upf1 (up-frameshift protein 1) a esenciálními nesmyslně zprostředkovanými faktory rozpadu mRNA v buňkách HeLa“. Biochem. J. 373 (Pt 3): 775–83. doi:10.1042 / BJ20021920. PMC 1223536. PMID 12723973.
- ^ Mendell JT, Medghalchi SM, Lake RG, Noensie EN, Dietz HC (2000). „Nové ortology Upf2p naznačují funkční spojení mezi iniciací překladu a nesmyslnými sledovacími komplexy“. Mol. Buňka. Biol. 20 (23): 8944–57. doi:10.1128 / MCB.20.23.8944-8957.2000. PMC 86549. PMID 11073994.
- ^ A b C Lykke-Andersen J, MD Shu, Steitz JA (2000). "Lidské proteiny Upf cílí na mRNA pro nesmyslem zprostředkovaný rozpad, když jsou vázány za terminačním kodonem". Buňka. 103 (7): 1121–31. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2. PMID 11163187. S2CID 18417600.
Další čtení
- Azzalin CM, Lingner J (2006). „Dvojitý život UPF1 v drahách stability RNA a DNA“. Buněčný cyklus. 5 (14): 1496–8. doi:10,4161 / cc. 5,14.3093. PMID 16861888.
- Horikoshi M, Sekimizu K, Natori S (1984). "Analýza stimulačního faktoru RNA polymerázy II v iniciačním a elongačním komplexu". J. Biol. Chem. 259 (1): 608–11. PMID 6200476.
- Nagase T, Seki N, Ishikawa K a kol. (1997). "Predikce kódujících sekvencí neidentifikovaných lidských genů. VI. Kódující sekvence 80 nových genů (KIAA0201-KIAA0280) odvozené analýzou klonů cDNA z buněčné linie KG-1 a mozku". DNA Res. 3 (5): 321–9, 341–54. doi:10.1093 / dnares / 3.5.321. PMID 9039502.
- Czaplinski K, Ruiz-Echevarria MJ, Paushkin SV, et al. (1998). „Monitorovací komplex interaguje s faktory uvolnění translace, aby zlepšil terminaci a degradoval aberantní mRNA“. Genes Dev. 12 (11): 1665–77. doi:10.1101 / gad.12.11.1665. PMC 316864. PMID 9620853.
- Stránka MF, Carr B, Anders KR a kol. (1999). „SMG-2 je fosforylovaný protein vyžadovaný pro dohled nad mRNA u Caenorhabditis elegans a souvisí s upf1p kvasinek“. Mol. Buňka. Biol. 19 (9): 5943–51. doi:10.1128 / MCB.19.9.5943. PMC 84455. PMID 10454541.
- Bhattacharya A, Czaplinski K, Trifillis P a kol. (2000). „Charakterizace biochemických vlastností lidského produktu genu Upf1, který se podílí na nesmyslně zprostředkovaném rozpadu mRNA“. RNA. 6 (9): 1226–35. doi:10.1017 / S1355838200000546. PMC 1369996. PMID 10999600.
- Mendell JT, Medghalchi SM, Lake RG a kol. (2000). „Nové ortology Upf2p navrhují funkční spojení mezi iniciací překladu a nesmyslnými kontrolními komplexy“. Mol. Buňka. Biol. 20 (23): 8944–57. doi:10.1128 / MCB.20.23.8944-8957.2000. PMC 86549. PMID 11073994.
- Serin G, Gersappe A, Black JD a kol. (2001). „Identifikace a charakterizace lidských ortologů pro Saccharomyces cerevisiae protein Upf2 a protein Upf3 (Caenorhabditis elegans SMG-4)“. Mol. Buňka. Biol. 21 (1): 209–23. doi:10.1128 / MCB.21.1.209-223.2001. PMC 88795. PMID 11113196.
- Lykke-Andersen J, MD Shu, Steitz JA (2001). "Lidské proteiny Upf cílí na mRNA pro nesmyslem zprostředkovaný rozpad, když jsou vázány za terminačním kodonem". Buňka. 103 (7): 1121–31. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2. PMID 11163187. S2CID 18417600.
- Denning G, Jamieson L, Maquat LE a kol. (2001). „Klonování nové kinázy související s fosfatidylinositol kinázou: charakterizace lidského sledovacího proteinu RNA SMG-1“. J. Biol. Chem. 276 (25): 22709–14. doi:10.1074 / jbc.C100144200. PMID 11331269.
- Yamashita A, Ohnishi T, Kashima I a kol. (2001). „Lidský SMG-1, nová proteinová kináza související s fosfatidylinositol 3-kinázou, se asociuje se složkami komplexu dohledu mRNA a podílí se na regulaci nesmyslem zprostředkovaného rozpadu mRNA.“. Genes Dev. 15 (17): 2215–28. doi:10,1101 / gad. 913001. PMC 312771. PMID 11544179.
- Lykke-Andersen J, MD Shu, Steitz JA (2001). "Sdělení polohy spojení exon-exon do sledovacího zařízení mRNA proteinem RNPS1". Věda. 293 (5536): 1836–9. doi:10.1126 / science.1062786. PMID 11546874. S2CID 389385.
- Carastro LM, Tan CK, Selg M a kol. (2002). „Identifikace delta helikázy jako hovězího homologu HUPF1: demonstrace interakce s třetí podjednotkou delta DNA polymerázy“. Nucleic Acids Res. 30 (10): 2232–43. doi:10.1093 / nar / 30.10.2232. PMC 115286. PMID 12000843.
- Mendell JT, ap Rhys CM, Dietz HC (2002). "Oddělitelné role pro rent1 / hUpf1 při změně sestřihu a rozpadu nesmyslných přepisů". Věda. 298 (5592): 419–22. doi:10.1126 / science.1074428. PMID 12228722. S2CID 46447414.
- Lykke-Andersen J (2003). "Identifikace lidského dekapírovacího komplexu spojeného s hUpf proteiny v nesmyslem zprostředkovaném rozpadu". Mol. Buňka. Biol. 22 (23): 8114–21. doi:10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002. PMC 134073. PMID 12417715.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Chiu SY, Serin G, Ohara O, Maquat LE (2003). „Charakterizace lidského Smg5 / 7a: Protein se podobnostmi s Caenorhabditis elegans SMG5 a SMG7, který funguje při defosforylaci Upf1“. RNA. 9 (1): 77–87. doi:10,1261 / rna.2137903. PMC 1370372. PMID 12554878.
- Schell T, Köcher T, Wilm M a kol. (2003). „Komplexy mezi nesmyslem zprostředkovaným faktorem mRNA rozpadové dráhy lidského upf1 (up-frameshift protein 1) a esenciálními nesmyslně zprostředkovanými faktory rozpadu mRNA v buňkách HeLa“. Biochem. J. 373 (Pt 3): 775–83. doi:10.1042 / BJ20021920. PMC 1223536. PMID 12723973.
Tento článek o gen na lidský chromozom 19 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |