RMND5B - RMND5B
Vyžadováno pro meiotickou jadernou divizi 5 homolog B (S. cerevisiae), také známý jako RMND5B, je protein který je u lidí kódován RMND5B gen.[5] Má to zinkový prst doména a je vysoce konzervovaná v mnoha eukaryotických organismech.
Sekvence proteinů
Tento protein je bohatý na leucin (14,0%) a může patřit do rodiny proteinů opakování bohaté na leucin
1 meqcacvere ldkvlqkflt ygqhcersle ellhyvgqlr aelasaalqg tplsatlslv 61 msqccrkikd tvqklasdhk dihssvsrvg kaidrnfdse icgvvsdavw dareqqqqil 121 qmaivehlyq qgmlsvaeel cqestlnvdl dfkqpfleln rilealheqd lgpalewavs 181 hrqrllelns slefklhrlh firllaggpa kqlealsyar hfqpfarlhq reiqvmmgsl 241 vylrlgleks pychlldssh waeicetftr dacsllglsv esplsvsfas gcvalpvlmn 301 ikavieqrqc tgvwnhkdel pieielgmkc wyhsvfacpi lrqqtsdsnp piklicghvi 361 srdalnklin ggklkcpycp meqnpadgkr IIF
Homologie
CAD28476 je v mnoha eukaryotických organismech vysoce konzervovaný. Jeho vysoká ochrana naznačuje, že hraje primární roli v redukční dělení buněk.
Ortology
| taxonomický název | běžné jméno | Vstup NCBI | Procento podobnosti sekvence | Délka (AA) | komentáře |
| Homo sapiens | Člověk | [1] | 100% | 393 | hypotetický protein pro meiózu |
| Pan troglodyty | Šimpanz | [2] | 99.7% | 393 | požadované pro meiotické jaderné dělení 5 izoforma homologu B 6 |
| Macaca mulatta | Makak rhesus | [3] | 98.5% | 393 | Podobně jako izoforma CG3295-PA 11 |
| Rattus norvegicus | Krysa norská | [4] | 98.2% | 393 | Podobně jako RIKEN cDNA 0610039K22 |
| Mus musculus | Dům myš | [5] | 97.7% | 393 | Vyžadováno pro meiotický jaderný dělení 5 homolog B |
| Equus caballus | Kůň | [6] | 97.7% | 273 | PŘEDPOKLÁDANÉ: podobné vyžaduje homolog B meiotického jaderného dělení 5 |
| Bos taurus | Dobytek | [7] | 95.4% | 393 | vyžadováno pro meiotické jaderné dělení 5 homolog B |
| Danio rerio | Zebrafish | [8] | 72.8% | 391 | vyžadováno pro meiotické jaderné dělení 5 homolog B |
| Xenopus laevis | Africké drápy žába | [9] | 70% | 391 | Protein MGC84431 |
| Canis lupus familiaris | Pes | [10] | 70% | 391 | PRIPRAVENO: podobné izoformě A CG3295-PA |
| Tetraodon nigroviridis | Strakaté zelené pufferfish | [11] | 68.5% | 417 | nejmenovaný proteinový produkt |
| Ornithorhynchus anatinus | Ptakopysk | [12] | 64.5% | 389 | |
| Branchiostoma floridae | Florida kopí | [13] | 57% | 491 | hypotetický protein BRAFLDRAFT_126901 |
| Nematostella vectensis | Mořská sasanka | [14] | 50.1% | 389 | |
| Culex quinquefasciatus | Jižní dům komár | [15] | 48.5% | 392 | konzervovaný hypotetický protein |
| Aedes aegypti | Komár žluté zimnice | [16] | 48.2% | 392 | hypotetický protein AaeL_AAEL009407 |
| Strongylocentrotus purpuratus | Fialový ježek | [17] | 48.2 | 405 | PŘIPRAVENO: Podobně jako protein MGC88921 |
| Drosophila virilis | Ovocný let | [18] | 41.5% | 437 | GJ20343 |
| Drosophila melanogaster | Ovocný let | [19] | 40.3% | 431 | CG3295 |
| Acyrthosiphon pisum | Acrythosiphon | [20] | 39.5% | 366 | PŘEDPOKLÁDÁNO: požadováno pro meiothickou jadernou divizi 5 homolg A |
| Oryza sativa | Rýže | [21] | 32.2% | 386 | podobný membránovému proteinu |
Doména se zinkovým prstem
Dva domén byly předpovězeny programem BLIMPS[6] existovat v proteinu, jehož jedna z domén obsahuje doménu se zinkovým prstem.
Zinkový prst domény napomáhají vazbě proteinu na nukleové kyseliny. To ukazuje na přímou interakci CAD28476 s DNA během meiózy. Porovnáním CAD28476 se souvisejícím proteinem se zinkovým prstem[7] v zarovnání lokální sekvence pomocí LALIGN,[8] aminokyseliny Jeho359, Cys381 a Cys384 lze připsat doméně zinkových prstů. Tato struktura zinkových prstů je neobvyklá tak, že zahrnuje jednu histidin místo dvou.
Výraz
Data z mikročipu ukazují, že CAD28476 je vysoce exprimován v tkáni, kde dochází k meióze jako ve varlatech a vaječnících. Kromě toho je také vysoce exprimován v mozku kolem hypotalamu.
Transkripční regulace
Analýza promotér region (nástroje na stránce rVista.[9] ukazuje, že jich existuje několik vazebná místa transkripčního faktoru lokalizovány v konzervovaných oblastech. Je velmi pravděpodobné, že transkripční faktor Ets-1 který patří k Rodina transkripčních faktorů ETS a jeho faktor vazby jádra CBF se podílí na regulaci transkripce protože oba mají nezávislá vazebná místa.
Interagující proteiny
Předpovídaly se dva proteiny[10] které interagují s CAD28476.
| název proteinu | Vstup Uniprot | informace o gen |
|---|---|---|
| Oblast zlomu Ewingova sarkomu 1, izoforma CRA_a | [22] | Gen kóduje domnělý protein vázající RNA. Je známo, že mutace v tomto genu, konkrétně translokace t (11; 22) (q24; q12), Ewingův sarkom stejně jako neuroektodermální a různé další nádory. |
| Matky proti dekapentaplegickému homologu 4 | [23] | SMAD4 |
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000145916 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000001054 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Entrez Gene: RMND5B vyžadováno pro homolog B meiotické jaderné divize 5 (S. cerevisiae)“.
- ^ Jorja Henikoff, Fred Hutchinson Cancer Research Center, 1100 Fairview AV N, A1-162, PO Box 19024 Seattle, WA 98109-1024 FAX: 206-667-5889
- ^ Miyamoto, K .; Tochio, N .; Sato, M .; Koshiba, S .; Inoue, M .; Kigawa, T .; Yokoyama, S. (2005). „PDB entry of 2ct2“. Bude zveřejněno. doi:10,2210 / pdb2ct2 / pdb. Citováno 12. května 2009.
- ^ © 1997 William R. Pearson a University of Virginia (Toto je z distribuce „fasta20u66“, verze 2.0u66, září 1998, prodej nebo začlenění do komerčního produktu výslovně zakázáno bez povolení)
- ^ „domovská stránka rvista“. Citováno 12. května 2009.
- ^ "domovská stránka Genecard". Citováno 12. května 2009.
Další čtení
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Clark HF, Gurney AL, Abaya E a kol. (2003). „Iniciativa pro objevování sekretovaných proteinů (SPDI), rozsáhlé úsilí o identifikaci nových lidských sekretovaných a transmembránových proteinů: hodnocení bioinformatiky“. Genome Res. 13 (10): 2265–70. doi:10,1101 / gr. 1293003. PMC 403697. PMID 12975309.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T a kol. (2004). „Kompletní sekvenování a charakterizace 21 243 lidských cDNA plné délky“. Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038 / ng1285. PMID 14702039.
- Colland F, Jacq X, Trouplin V a kol. (2004). "Funkční proteomické mapování lidské signální dráhy". Genome Res. 14 (7): 1324–32. doi:10,1101 / gr. 2334104. PMC 442148. PMID 15231748.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Mammalian Gene Collection (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Papež SN, Lee IR (2005). „Kvasinková dvouhybridní identifikace prostatických proteinů interagujících s globulinem vázajícím lidské pohlavní hormony“. J. Steroid Biochem. Mol. Biol. 94 (1–3): 203–8. doi:10.1016 / j.jsbmb.2005.01.007. PMID 15862967. S2CID 9746088.
- Rual JF, Venkatesan K, Hao T a kol. (2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.