Kluzká sekvence - Slippery sequence

Tandemový sklouznutí 2 tRNA v kluzké sekvenci viru sarcoma viru. Po posunu rámců jsou nové párování bází správné u prvního a druhého nukleotidu, ale nesprávné u polohy kolísání. E, P, a A jsou označena místa ribozomu. Umístění rostoucího polypeptidového řetězce není na obrázku uvedeno, protože dosud neexistuje shoda v tom, zda dojde k skluzu -1 před nebo po přenosu polypeptidu z tRNA z P-místa na tRNA z A-místa (v tomto případě z tRNA Asn do Leu tRNA).[1]

A kluzká sekvence je malá část kodonu nukleotidové sekvence (obvykle UUUAAAC), který řídí rychlost a pravděpodobnost ribozomální posun rámců. Kluzká sekvence způsobí rychlejší přenos ribozomů, což může způsobit, že čtecí ribozom „vyklouzne“. To umožňuje a tRNA posunout o 1 základnu (-1) poté, co se spáruje s antikodonem, čímž se změní čtecí rámec.[2][3][4][5][6] Posun −1 snímků vyvolaný sekvencí, jako je tato, je a Naprogramovaný -1 Ribosomal Frameshift. Za ním je mezerníková oblast a Sekundární struktura RNA. Takové sekvence jsou ve viru běžné polyproteiny.[1]

K posunu snímků dochází v důsledku párování viklání. Gibbsova volná energie sekundárních struktur po proudu dává tušit, jak často dochází k posunu snímků.[7] Svou roli hraje také napětí na molekule mRNA.[8] Seznam kluzkých sekvencí nalezených ve zvířecích virech je k dispozici od Huang et al.[9]

Ze sekvence HIV UUUUUUAA byly vytvořeny kluzké sekvence, které způsobují 2bázový skluz (-2 posun snímků).[8]

Viz také

Reference

  1. ^ A b Jacks T, Madhani HD, Masiarz FR, Varmus HE (listopad 1988). „Signály pro posun ribozomálních rámců v oblasti gag-pol viru Rousova sarkomu“. Buňka. 55 (3): 447–58. doi:10.1016/0092-8674(88)90031-1. PMC  7133365. PMID  2846182. S2CID  25672863.
  2. ^ Green L, Kim CH, Bustamante C, Tinoco I (leden 2008). "Charakterizace mechanického rozvinutí RNA pseudoknotů". Journal of Molecular Biology. 375 (2): 511–28. doi:10.1016 / j.jmb.2007.05.058. PMC  7094456. PMID  18021801.
  3. ^ Yu CH, Noteborn MH, Olsthoorn RC (prosinec 2010). "Stimulace posunu ribozomálních rámců pomocí antisense LNA". Výzkum nukleových kyselin. 38 (22): 8277–83. doi:10.1093 / nar / gkq650. PMC  3001050. PMID  20693527.
  4. ^ „Popis výzkumu Dr. Iana Brierleye“. Katedra patologie, University of Cambridge. Archivovány od originál dne 02.10.2013. Citováno 2013-07-28.
  5. ^ „Molecular Biology: Frameshifting occurs at klzkých sekvencích“. Molecularstudy.blogspot.com. 16. 10. 2012. Citováno 2013-07-28.
  6. ^ Farabaugh PJ, Björk GR (březen 1999). „Jak přesnost překladu ovlivňuje údržbu čtecího rámce“. Časopis EMBO. 18 (6): 1427–34. doi:10.1093 / emboj / 18.6.1427. PMC  1171232. PMID  10075915.
  7. ^ Cao S, Chen SJ (březen 2008). „Predikce účinnosti posunu ribozomálních rámců“. Fyzikální biologie. 5 (1): 016002. Bibcode:2008PhBio ... 5a6002C. doi:10.1088/1478-3975/5/1/016002. PMC  2442619. PMID  18367782.
  8. ^ A b Lin Z, Gilbert RJ, Brierley I (září 2012). "Závislost délky naprogramovaného -1 nebo -2 posunu rámců na heptameru U6A podporuje roli napětí messenger RNA (mRNA) v posunu rámců". Výzkum nukleových kyselin. 40 (17): 8674–89. doi:10.1093 / nar / gks629. PMC  3458567. PMID  22743270.
  9. ^ Huang X, Cheng Q, Du Z (2013). „Genome-wide analysis of RNA pseudoknots that stimulate efficient -1 ribosomal frameshifting or readthrough in animalirus“. BioMed Research International. 2013: 984028. doi:10.1155/2013/984028. PMC  3835772. PMID  24298557.

externí odkazy