ESyPred3D - ESyPred3D

ESyPred3D je automatizovaný homologické modelování program. Metoda získá výhodu zvýšeného výkonu zarovnání strategie zarovnání, která využívá neuronové sítě. Zarovnání se získá kombinací, vážením a skríninkováním výsledků několika více programů zarovnání. Konečná trojrozměrná struktura je vytvořena pomocí modelového balíčku MODELÁŘ.

Kroky

Jsou prováděny obvyklé čtyři kroky modelování homologie:

  1. vyhledejte šablonu (podobná posloupnost známé struktury),
  2. sladit sekvence dotazů a šablon,
  3. sestavte 3D model pomocí posledního zarovnání a struktury šablony a
  4. posoudit konečný 3D model.

Výběr šablony

Šablona je první zásah PDB nalezený pomocí maximálně čtyř iterací PSI-BLAST v databázi NCBI nr.

ABH08746

Zarovnání sekvence

Sekvence dotazu a šablony jsou zarovnány pomocí metody konsensuálního zarovnání. Různá vícenásobná zarovnání sekvence jsou vytvořena pomocí různých srovnávacích programů na dvou sadách sekvencí včetně dotazu a sekvence šablon. Konsenzuální metoda používá neurální síť k nalezení nejlépe zarovnaných zbytků a analýzu všech možných kombinací pomocí algoritmu eliminace slepé uličky.

Generování modelů a modelování smyček

Konečný 3D model je sestaven z vyrovnání cílové šablony a 3D struktury šablony pomocí MODELÁŘ. MODELLER se také používá k vytvoření chybějících smyček.

Posouzení modelu

Výsledný model se hodnotí pomocí programu PROCHECK.

Používání

ESypred3D byl vyhodnocen v EVA, CASP a CAFASP.

ESyPred3D je součástí některých meta-serverů: Meta-PP, Genetegrate a PredictProtein.

Na webovém serveru ESyPred3D běží přibližně 2600 předpovědí měsíčně.

Viz také

Reference

  • Lambert C, Leonard N, De Bolle X, Depiereux E. ESyPred3D: Predikce 3D struktur proteinů. Bioinformatika. 18 (9): 1250-1256 (2002)

externí odkazy