LU doména - LU domain

doména u-PAR / Ly-6
Cd59b.png
Identifikátory
SymbolUPAR_LY6
PfamPF00021
InterProIPR001526
STRÁNKAPDOC00756
KOCOUR1erg
SCOP21erg / Rozsah / SUPFAM
CDDcd00117

The LU doména (Antigen Ly-6 /uPAR ) je evolučně konzervovaná proteinová doména protein se třemi prsty nadčeleď. Tato doména se nachází v doméně extracelulární domény z receptory buněčného povrchu a v obou Ukotveno GPI nebo vylučováno globulární proteiny například rodina Ly-6, CD59 a Sgp-2.[2][3]

Řada GPI vázaných glykoproteinů na buněčném povrchu se skládá z jedné nebo více kopií konzervované LU domény o přibližně 100 aminokyselinových zbytcích.[4][5] Z těchto proteinů obsahuje U-PAR tři tandemové kopie domény, zatímco všechny ostatní jsou tvořeny jednou doménou.

Kromě uPAR zahrnují další receptory s LU doménami členy receptor transformujícího růstového faktoru beta (TGF-beta) nadčeleď, jako je receptor aktivinu typu 2;[6] a kostní morfogenetický proteinový receptor, typ IA.[7] Jiné proteiny domény LU jsou malé globulární proteiny, jako jsou Antigen CD59, LYNX1, SLURP1, a SLURP2.[2][8]

Je zapojeno mnoho proteinů obsahujících doménu LU cholinergní signalizace a vazba acetylcholin receptory, zejména spojující jejich funkci se společnou mechanismus toxicity 3FTx.[2][3][9] Členové rodiny Ly6 / uPAR jsou považováni za evoluční předky společnosti toxin pro tři prsty (3FTx).[10] Jiné proteiny LU, jako je Antigen CD59, mají dobře prostudované funkce v regulaci imunitní systém.[9]

Struktura

Tato doména se skládá do pěti antiparalelních beta listů, což je společná struktura pro nadrodina tří prstů.

Jak je ukázáno v následujícím schématu, tato konzervovaná doména obsahuje 10 cysteinových zbytků zapojených do pěti disulfidové vazby - v U-PAR chybí první kopii domény čtvrtá disulfidová vazba.

    + ------ + + ------------------------ + + --- + | | | | | | xCxxCxxxxxxCxxxxxCxxxxxCxxxxxxxxxxxxxxxxxxCxxxxCxxxxxxxxxxxxxxCCxxxCxxxxxxxx | | | | + --------------------- + + -------------- +

„C“: konzervovaný cystein zapojený do disulfidové vazby.

Podskupiny

Lidské proteiny obsahující tuto doménu

ARS; CD177; CD59; LY6D; LY6E; LY6H; LYNX1; LYPD2; LYPD3; LYPD4; LYPD5; LYPD6; PLAUR; PSCA; SLURP2; SLURP1; SPACA4; TEX101;

Reference

  1. ^ PDB: 2J8B​; Leath KJ, Johnson S, Roversi P, Hughes TR, Smith RA, Mackenzie L, Morgan BP, Lea SM (srpen 2007). "Struktury bakteriálně exprimovaného rozpustného lidského CD59 s vysokým rozlišením". Acta Crystallographica. Sekce F, Strukturní biologie a krystalizační komunikace. 63 (Pt 8): 648–52. doi:10.1107 / S1744309107033477. PMC  2335151. PMID  17671359.
  2. ^ A b C Kessler P, Marchot P, Silva M, služebník D (srpen 2017). „Tříprstový toxinový záhyb: multifunkční strukturální lešení schopné modulovat cholinergní funkce“. Journal of Neurochemistry. 142 Příloha 2: 7–18. doi:10.1111 / jnc.13975. PMID  28326549.
  3. ^ A b Loughner CL, Bruford EA, McAndrews MS, Delp EE, Swamynathan S, Swamynathan SK (duben 2016). "Organizace, vývoj a funkce lidských a myších genů rodiny Ly6 / uPAR". Lidská genomika. 10: 10. doi:10.1186 / s40246-016-0074-2. PMC  4839075. PMID  27098205.
  4. ^ Behrendt N, Ploug M, Patthy L, Houen G, Blasi F, Danø K (duben 1991). "Doména vázající ligand buněčného povrchového receptoru pro aktivátor plazminogenu urokinázového typu". The Journal of Biological Chemistry. 266 (12): 7842–7. PMID  1850423.
  5. ^ Ploug M, Kjalke M, Rønne E, Weidle U, Høyer-Hansen G, Danø K (srpen 1993). „Lokalizace disulfidových vazeb v NH2-terminální doméně buněčného receptoru pro aktivátor plazminogenu typu lidské urokinázy. Struktura domény patřící do nové nadrodiny membránových proteinů ukotvených v glykolipidu“. The Journal of Biological Chemistry. 268 (23): 17539–46. PMID  8394346.
  6. ^ Greenwald J, Fischer WH, Vale WW, Choe S (leden 1999). „Tříprstý toxin se skládá pro extracelulární doménu vázající ligand serin kinázy aktivinového receptoru typu II“. Přírodní strukturní biologie. 6 (1): 18–22. doi:10.1038/4887. PMID  9886286. S2CID  26301441.
  7. ^ Kirsch T, Sebald W, Dreyer MK (červen 2000). „Krystalová struktura ektodoménového komplexu BMP-2-BRIA“. Přírodní strukturní biologie. 7 (6): 492–6. doi:10.1038/75903. PMID  10881198. S2CID  19403233.
  8. ^ Galat A (listopad 2008). "Tříprstá proteinová doména lidského genomu". Buněčné a molekulární biologické vědy. 65 (21): 3481–93. doi:10.1007 / s00018-008-8473-8. PMID  18821057. S2CID  19931506.
  9. ^ A b Tsetlin VI (únor 2015). „Hadové neurotoxiny se třemi prsty a proteiny Ly6 zaměřené na nikotinové acetylcholinové receptory: farmakologické nástroje a endogenní modulátory“. Trendy ve farmakologických vědách. 36 (2): 109–23. doi:10.1016 / j.tips.2014.11.003. PMID  25528970.
  10. ^ Fry BG (březen 2005). „Od genomu k„ venome “: molekulární původ a vývoj proteomu hadího jedu odvozený z fylogenetické analýzy toxinových sekvencí a souvisejících tělesných proteinů“. Výzkum genomu. 15 (3): 403–20. doi:10,1101 / gr.3228405. PMC  551567. PMID  15741511.
Tento článek včlení text od public domain Pfam a InterPro: IPR001526