LRRN3 - LRRN3
| LRRN3 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | LRRN3, FIGLER5, NLRR-3, NLRR3, neuron 3 s opakováním bohatým na leucin | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | MGI: 106036 HomoloGene: 36315 Genové karty: LRRN3 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 7: 111,09 - 111,13 Mb | Chr 12: 41,45 - 41,49 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Na leucin bohatý opakující se neuronový protein 3, také známý jako neuronální leucin bohatý opakující se protein 3 (NLRR-3), je a protein že u lidí je kódován LRRN3 gen.[5][6]
Gen
LRRN3 se nachází na člověku chromozom 7, v 7q31.1.[7] Obsahuje 6 odlišných intronů gt-ag a transkripce produkuje pět různých mRNA, které se zřejmě liší zkrácením 3 'konce. Existují pouze tři hlavní varianty transkriptu, které ve skutečnosti kódují protein LRRN3, přičemž nejdelší varianta transkriptu má délku 3744 párů bází. Všechny tři z těchto variant přepisu mají různé délky a počet exony, ale všichni mají exon, který zahrnuje celou kódující sekvenci pro protein LRRN3.[8] Jsou také dva paralogy na gen LRRN3. Mezi ně patří LRRN1 a LRRN2 geny, z nichž oba mají stejná opakování bohatá na leucin, která jsou charakteristická pro tuto rodinu genů.[5]
Protein
Protein LRRN3 je 708 aminokyseliny v délce. Molekulová hmotnost tohoto proteinu je 79 424 Daltonů s izoelektrickým bodem 8,02.[9] Je známo, že se jedná o jednoprůchodový membránový protein typu I, protože jednou překlenuje membránu s N-koncem na extracelulární straně membrány a její signální sekvence je odstraněna.[7]
Protein LRRN3 obsahuje 12 opakování bohatých na leucin spolu s doménou LRRNT a LRR_RI. Opakování bohaté na leucin jsou neobvykle bohatí na hydrofobní aminokyselina leucin. Jsou běžné v motivech interakce protein-protein a mají délku typicky 20 - 29 aminokyselin. Je známo, že všechny hlavní třídy LRR mají zakřivenou strukturu podkovy s rovnoběžkou beta list na konkávní straně a většinou spirálové prvky na konvexní straně. Protein LRRN3 má také imunoglobulin doména, a fibronektin doména typu III a transmembránový oblast ke konci proteinu.[10] Složení tohoto proteinu je uvedeno níže.
Zachování genů
Ukázalo se, že gen LRRN3 je extrémně vysoce konzervovaný. Existuje 21 ortology a homology protože tento gen se vrací k zebrám. Tento gen nebyl nalezen u žádného bezobratlých nebo rostlina druh. A vícenásobné zarovnání sekvence prokázal tuto velmi vysokou konzervaci genu LRRN3 u mnoha různých druhů. Všech 12 opakování bohatých na leucin, spolu s oblastmi LRRNT a LRR_RI, je vysoce konzervativní u všech obratlovců, pro které byly získány ortology tohoto proteinu. Ig a FN3 domény také vykazují vysokou konzervaci ve všech ortologních sekvencích pro savce a ptáky, ale nejsou tak vysoce konzervativní pro zbytek homologních sekvencí. Vysoká konzervace repetící bohatých na leucin, Ig domény a FN3 domény ukazuje, že tyto oblasti musí být důležité pro funkčnost genu LRRN3.[11]
Genový výraz
Genový výraz údaje ukazují, že gen LRRN3 je u lidí exprimován na velmi vysokých úrovních, což je přibližně 2,3násobek průměrného genu.[8] To je nejvíce vyjádřeno v mozek, srdce, a testy papírové kapesníky. Je také mírně vyjádřen v ledvinách, svalech, hltanu, placentě a tkáni brzlíku. Nejvyšší exprese genu LRRN3 ve vývojových stádiích je ve stadiu plodu, ale je také exprimována v kojeneckém, juvenilním a dospělém stadiu, jak je vidět na profilu EST.[12]
Data exprese pro gen LRRN3 ukazují, že má nejvyšší expresi v mozku. Celkově se zdá, že gen LRRN3 má vysokou až střední expresi ve většině mozkových tkání. Nejvyšší výraz nalezený v souboru mozková kůra, hipokampální formace, mozečková kůra a paraflocculus. Všechny tyto regiony hrají roli v některých klíčích poznávací funkce zahrnující zpracování jazykových a smyslových podnětů, paměti a okulomotorického chování.[13] Vysoká exprese genu LRRN3 v těchto oblastech mozku by mohla ukázat, že gen LRRN3 má v těchto kognitivních funkcích určitý význam.
Struktura
Charakteristickým tvarem opakujících se proteinů bohatých na leucin je tvar oblouku nebo podkovy. Tento tvar podkovy proteinu je vytvořen paralelním beta listem na konkávní straně a většinou spirálovitými prvky na konvexní straně. V LRR proteinech je konzervováno jedenáct zbytkových segmentů LRR, odpovídajících beta-vláknu a sousedním smyčkovým oblastem, zatímco zbývající části repetic se mohou lišit. Konkávní obličej a přilehlé smyčky jsou nejběžnější povrchy interakce proteinů na proteinech LRR. 3D struktury některých komplexů LRR protein-ligand ukazují, že konkávní surfakt LRR domény je ideální pro interakci s alfa-šroubovicí, což podporuje závěry, že podlouhlá a zakřivená struktura LRR poskytuje rámec pro dosažení různých interakcí protein-protein.[10]
Srovnání proteinu LRRN3 s řetězcem A krystalové struktury LINGO1 ektodoména ukazuje, že protein LRRN3 získává charakteristický tvar podkovy většiny opakujících se proteinů bohatých na leucin. Ektodoména LINGO1 má také velmi dlouhý úsek repetic bohatých na leucin, což je oblast, která má nejlepší srovnání s proteinem LRRN3. Tato podobná oblast ukazuje, že protein LRRN3 má strukturu, která zahrnuje převážně beta-řetězce, které jsou spojeny smyčkami, s několika alfa helixy.[14]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000173114 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000036295 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b „Entrezův gen: neuron 3 s opakováním bohatým na leucin“.
- ^ Fukamachi K, Matsuoka Y, Kitanaka C, Kuchino Y, Tsuda H (září 2001). "Potkaní neuronální leucin bohatý na opakovaný protein-3: klonování a regulace genové exprese". Biochem. Biophys. Res. Commun. 287 (1): 257–63. doi:10.1006 / bbrc.2001.5579. PMID 11549284.
- ^ A b „Gene Cards: Leucine-Rich Repeat Neuronal 3“.
- ^ A b „ACEView:„ Homo sapiens “komplexní lokus LRRN3“.
- ^ „Proteomický server ExPASY“. Archivovány od originál dne 23. 7. 2003.
- ^ A b „EMBL-EBI: Repeat bohatý na leucin“.
- ^ „SDSC Biology Workbench: Multiple Sequence Alignment“.[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ „UniGene: Leucine-Rich Repeat Neuronal 3".
- ^ "Allen Brain Atlas: Leucine-Rich Repeat Protein 3, Neuronal".
- ^ „The Journal of Biological Chemistry: The Structure of Lingo-1 Ectodomain“.
Další čtení
- Rose JE, Behm FM, Drgon T a kol. (2010). „Personalizované odvykání kouření: interakce mezi dávkou nikotinu, závislostí a skóre genotypu při ukončení léčby“. Mol. Med. 16 (7–8): 247–53. doi:10.2119 / molmed.2009.00159. PMC 2896464. PMID 20379614.
- Sousa I, Clark TG, Holt R a kol. (2010). „Polymorfismy v opakujících se genech bohatých na leucin jsou spojeny s náchylností k poruchám autistického spektra v populacích evropských předků“. Mol autismus. 1 (1): 7. doi:10.1186/2040-2392-1-7. PMC 2913944. PMID 20678249.