Krabice spojená s Krüppel - Krüppel associated box - Wikipedia

Krüppel Associated Box
KRAB Domain.png
KRAB doména
Identifikátory
SymbolKRAB
PfamPF01352
InterProIPR001909
CHYTRÝSM00349
STRÁNKAPS50805
SCOP21v65 / Rozsah / SUPFAM

The Krabice spojená s Krüppel (KRAB) doména je kategorie transkripční represivní domény přítomné přibližně u 400 lidí protein zinkového prstu -na základě transkripční faktory (KRAB proteiny se zinkovým prstem).[1] KRAB doména se obvykle skládá z přibližně 75 aminokyselinových zbytků, zatímco minimální represní modul je přibližně 45 aminokyselinových zbytků.[2] Předpokládá se, že bude fungovat prostřednictvím interakcí protein-protein prostřednictvím dvou amfipatický šroubovice. Nejvýznamnější interagující protein se nazývá TRIM28 původně vizualizováno jako SMP1,[3] klonován jako KAP1[4] a TIF1-beta.[5] Substituce za konzervované zbytky ruší represi.

Ukázalo se, že více než 10 nezávisle kódovaných domén KRAB je účinnými represory transkripce, což naznačuje, že tato aktivita je společnou vlastností domény. Domény KRAB lze fúzovat s dCas9 Nástroje CRISPR k vytvoření ještě silnějších represorů.[6]

Vývoj

KRAB doména byla původně identifikována v roce 1988 jako periodické pole leucinových zbytků oddělených šesti aminokyselinami 5 'k oblasti zinkových prstů KOX1 /ZNF10[7] vytvořený heptadový opakování leucinů (také známý jako a leucinový zip ) .[8] Později byla tato doména pojmenována ve spojení s proteinem C2H2-Zinc finger protein Krüppel associated box (KRAB).[9][10] KRAB doména je omezena na genomy z tetrapod organismy. KRAB obsahující geny C2H2-ZNF tvoří největší podskupinu genů zinkových prstů. Více než polovina genů C2H2-ZNF je spojena s doménou KRAB v lidském genomu. Jsou náchylnější ke shlukování a nacházejí se ve velkých shlucích na lidském genomu.[11]

KRAB doména představuje jeden z nejsilnějších represorů v lidském genomu.[2] Jakmile byla doména KRAB fúzována s represor tetracyklinů (TetR), byly fúzní proteiny TetR-KRAB prvním upraveným represorem indukovaným lékem, který pracoval v savčích buňkách.[3]

Příklady

Lidské geny kódující KRAB-ZFP zahrnují KOX1 /ZNF10, KOX8 / ZNF708, ZNF43, ZNF184, ZNF91, HPF4, HTF10 a HTF34.

Reference

  1. ^ Huntley S, Baggott DM, Hamilton AT, Tran-Gyamfi M, Yang S, Kim J, Gordon L, Branscomb E, Stubbs L (květen 2006). „Komplexní katalog lidských genů zinkových prstů spojených s KRAB: pohledy do evoluční historie velké rodiny transkripčních represorů“. Genome Res. 16 (5): 669–77. doi:10,1101 / gr. 4842106. PMC  1457042. PMID  16606702.
  2. ^ A b Margolin JF, Friedman JR, Meyer WK, Vissing H, Thiesen HJ, Rauscher FJ (květen 1994). „Krabice spojené s Krüppel jsou silné domény transkripční represe“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 91 (10): 4509–13. doi:10.1073 / pnas.91.10.4509. PMC  43815. PMID  8183939.
  3. ^ A b Deuschle U, Meyer WK, Thiesen HJ (duben 1995). „Tetracyklinem reverzibilní umlčení eukaryotických promotorů“. Mol. Buňka. Biol. 15 (4): 1907–14. doi:10.1128 / mcb.15.4.1907. PMC  230416. PMID  7891684.
  4. ^ Friedman JR, Fredericks WJ, Jensen DE, Speicher DW, Huang XP, Neilson EG, Rauscher FJ (srpen 1996). „KAP-1, nový corepressor pro vysoce konzervovanou represivní doménu KRAB“. Genes Dev. 10 (16): 2067–78. doi:10.1101 / gad.10.16.2067. PMID  8769649.
  5. ^ Moosmann P, Georgiev O, Le Douarin B, Bourquin JP, Schaffner W (prosinec 1996). „Transkripční represe pomocí prstenového proteinu RING TIF1 beta, který interaguje s KRAB represorovou doménou KOX1“. Nucleic Acids Res. 24 (24): 4859–67. doi:10.1093 / nar / 24.24.4859. PMC  146346. PMID  9016654.
  6. ^ Adli, Mazhar. „Sada nástrojů CRISPR pro úpravy genomu i mimo něj.“ Nature communications 9.1 (2018): 1911, 6-7.
  7. ^ Basilejský institut pro imunologii (1988). Výroční zpráva. Basilej. p. 53. ISSN  0301-3782. OCLC  1793356.
  8. ^ Thiesen HJ (duben 1990). „Více lidských genů kódujících domény zinkového prstu je exprimováno v lidských T buňkách“ (PDF). New Biol. 2 (4): 363–74. PMID  2288909.
  9. ^ Bellefroid EJ, Poncelet DA, Lecocq PJ, Revelant O, Martial JA (květen 1991). „Evolučně konzervovaná krabicová doména spojená s Krüppelem definuje podrodinu eukaryotických víceprstých proteinů“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 88 (9): 3608–12. doi:10.1073 / pnas.88.9.3608. PMC  51501. PMID  2023909.
  10. ^ Thiesen HJ, Bellefroid E, Revelant O, Martial JA (červenec 1991). "Konzervovaná proteinová doména KRAB identifikovaná proti směru od oblasti zinkových prstů Kox 8". Nucleic Acids Res. 19 (14): 3996. doi:10.1093 / nar / 19.14.3996. PMC  328495. PMID  1861988.
  11. ^ Rousseau-Merck MF, Koczan D, Legrand I, Möller S, Autran S, Thiesen HJ (2002). „Geny pro zinkový prst KOX: genomové mapování 368 klonů ZNF PAC s klastry genů pro zinkový prst převážně ve 23 chromozomálních lokusech jsou potvrzeny lidskými sekvencemi anotovanými v EnsEMBL“. Cytogenet. Genome Res. 98 (2–3): 147–53. doi:10.1159/000069802. PMID  12697996. S2CID  29964545.

Další čtení