ZNF184 - ZNF184
| ZNF184 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | ZNF184, kr-ZNF3, protein se zinkovým prstem 184 | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | OMIM: 602277 MGI: 1922244 HomoloGene: 113602 Genové karty: ZNF184 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 6: 27,45 - 27,47 Mb | Chr 13: 21,95 - 21,96 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Protein se zinkovým prstem 184, také známý jako ZNF184, je protein že u lidí je kódován ZNF184 gen[5] na chromozomu 6. Poprvé byl identifikován Goldwurmem et al. v roce 1996.[6]
The Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) Záznam genové databáze[5] pro ZNF184 identifikuje konzervované domény KRAB_A (Krabice spojená s Krüppel ) blízko N-konec a Zn-prst (Zinkový prst ) na C-konec přeloženého proteinu. První je spojen s represí transkripce[7] a druhý s vazbou na DNA (viz Zinkový prst ).
Domény a struktura
Obrázek níže je přeformátovaný a komentovaný konceptuální překlad překladu ZNF184 's Konsenzuální CDS.[8] CCDS zobrazuje exony střídavým černým a modrým písmem, přičemž červená označuje zbytek kódovaný přes hranici sestřihu.
ZNF184 má na konci svého posledního a nejdelšího exonu 19 motivů zinkových prstů. Obrázek ukazuje pravidelnost mezi prsty v tomto proteinu, včetně 2 sloupců zeleně zvýrazněných cysteinových zbytků a 2 sloupců modře zvýrazněných zbytků His, které jsou důvodem, proč se tento typ zinkového prstu nazývá C2H2. Světle šedé zvýrazněné sloupce (jeden se všemi F; jeden s většinou L a F substitucemi) jsou vysoce konzervované hydrofobní zbytky v motivu zinkového prstu. Druhý světle šedý zvýrazněný sloupec (většinou K, s podobnou substitucí R) je příkladem poměrně silné konzervace v částech cívky spojujících sousední prsty.
Blízko N-konce je doména KRAB_A následovaná doménou KRAB_B. KRAB_A má kratší α-Helix následovanou delší α-Helix. Je známo, že motiv KRAB_A v proteinu se zinkovým prstem se váže na protein KAP-1 (aka TRIM28 ) k dosažení funkce transkripčního represoru, avšak gen takto regulovaný ZNF184 ještě musí být identifikován. Jsou indikovány šroubovice prstu o délce 11 a také překrývající se část 7 zbytků v každém prstu, která váže cílenou DNA (pokud prst funguje).
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000096654 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000006720 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b „Entrez Gene: protein se zinkovým prstem 184“.
- ^ Goldwurm S, Menzies ML, Banyer JL, Powell LW, Jazwinska EC (1997-03-15). „Identifikace nového mapování genu pro zinkový prst (ZNF184) souvisejícího s Krueppelem na 6p21.3“. Genomika. 40 (3): 486–9. doi:10.1006 / geno.1996.4583. PMID 9073517.
- ^ Peng H, Begg GE, Harper SL, Friedman JR, Speicher DW, Rauscher III FJ (2000-03-30). „Biochemická analýza domény transkripční represivní reakce spojené s Kruppelem“ (KRAB). Journal of Biological Chemistry. 275 (24): 18000–10. doi:10,1074 / jbc.M001499200. PMID 10748030.
- ^ „Consensus CDS: protein finger finger 184“.
Další čtení
- Iuchi, Shiro; Kuldell, Natalie, eds. (2005). Proteiny ze zinku: Od atomového kontaktu k buněčné funkci. Molekulární biologická zpravodajská jednotka. Vydavatelé Landes Bioscience / Eurekah.com a Kluwer Academic / Plenum. ISBN 978-0-306-48229-8.
- Shi J, Levinson DF, Duan J a kol. (2009). "Běžné varianty na chromozomu 6p22.1 jsou spojeny se schizofrenií". Příroda. 460 (7256): 753–7. Bibcode:2009 Natur.460..753S. doi:10.1038 / nature08192. PMC 2775422. PMID 19571809.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T a kol. (2004). „Kompletní sekvenování a charakterizace 21 243 lidských cDNA plné délky“. Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038 / ng1285. PMID 14702039.
- Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1996). „Normalizace a odčítání: dva přístupy k usnadnění objevování genů“. Genome Res. 6 (9): 791–806. doi:10,1101 / gr. 6.9.791. PMID 8889548.
- Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y a kol. (2006). „Diverzifikace transkripční modulace: rozsáhlá identifikace a charakterizace domnělých alternativních promotorů lidských genů“. Genome Res. 16 (1): 55–65. doi:10,1101 / gr. 4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2002). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS ... 9916899M. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Ravasi T, Suzuki H, Cannistraci CV a kol. (2010). „Atlas kombinatorické transkripční regulace u myší a lidí“. Buňka. 140 (5): 744–52. doi:10.1016 / j.cell.2010.01.044. PMC 2836267. PMID 20211142.
- Barbe L, Lundberg E, Oksvold P a kol. (2008). „Směrem ke konfokálnímu subcelulárnímu atlasu lidského proteomu“. Mol. Buňka. Proteomika. 7 (3): 499–508. doi:10,1074 / mcp.M700325-MCP200. PMID 18029348.